单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 26261 - 26280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26261 | 2024-08-09 |
Clinical features and mechanistic insights regarding IgG4-related dacryoadenitis and sialoadenitis: a review
2019-Jul, International journal of oral and maxillofacial surgery
IF:2.2Q2
DOI:10.1016/j.ijom.2019.01.006
PMID:30686634
|
综述 | 本文综述了IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎的临床特征及机制性见解 | 近年来通过应用新一代和单细胞RNA测序等分子生物学方法，揭示了与IgG4相关性疾病发病机制相关的重要机制性见解 | NA | 探讨IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎的临床特征及发病机制 | IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎 | NA | IgG4相关性疾病 | 下一代测序、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 26262 | 2024-08-09 |
Neuronal cell types in the annelid Platynereis dumerilii
2019-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2018.12.008
PMID:30685735
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综述 | 本文综述了海洋环节动物Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性 | Platynereis dumerilii具有一些在主要无脊椎模型生物（如C. elegans和Drosophila）中缺失的生物学特征和细胞类型，如纤毛运动、去甲肾上腺素能神经元和纤毛光感受器细胞 | NA | 探讨Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性及其功能 | Platynereis dumerilii的神经细胞类型及其功能 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、全基因表达图谱、连续电子显微镜重建 | NA | 细胞类型数据 | NA |
| 26263 | 2024-08-09 |
Integrative single-cell analysis
2019-05, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0093-7
PMID:30696980
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术成熟与多种单细胞测量技术结合的最新进展，重点讨论了基因表达数据与其他类型单细胞测量数据的整合分析方法。 | 文章介绍了整合多种单细胞数据类型的新方法，这些方法能够跨数据类型学习，发现细胞模态间的关系，并学习细胞状态的整体表示。 | NA | 探讨单细胞分辨率下不同数据类型的收集与整合，特别是基因表达数据与其他单细胞测量数据的整合。 | 单细胞RNA测序数据与其他单细胞测量数据的整合分析。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据、遗传数据、表观遗传数据、空间数据、蛋白质组数据、谱系信息 | NA |
| 26264 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing to Understand Host-Pathogen Interactions
2019-03-08, ACS infectious diseases
IF:4.0Q1
DOI:10.1021/acsinfecdis.8b00369
PMID:30702856
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨宿主-病原体相互作用，特别是细菌感染中的转录异质性 | 本文强调了单细胞RNA测序在宿主-病原体相互作用研究中的应用，并提出了该技术在感染研究中的未来前景 | 当前限制包括在单细胞水平上检测和分析入侵病原体转录组的挑战 | 旨在通过单细胞水平的整合分析，促进更有效的疫苗和新型治疗药物的开发，以及更准确的诊断标志物 | 宿主-病原体相互作用，特别是细菌感染中的转录异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26265 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing of primate preimplantation embryos reveals chromosome elimination via cellular fragmentation and blastomere exclusion
2019-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.239830.118
PMID:30683754
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研究论文 | 本文利用非人类灵长类模型和单细胞DNA测序技术，研究了灵长类胚胎植入前阶段的染色体内容，揭示了染色体异常通过细胞碎片化和卵裂球排除的消除机制。 | 首次在非人类灵长类模型中使用单细胞DNA测序技术，揭示了人类和猕猴胚胎中染色体异常和微核形成的频率一致性，以及细胞碎片包含来自卵裂球的完整或部分染色体。 | 研究主要集中在胚胎植入前阶段，未涉及植入后阶段的染色体稳定性。 | 探究灵长类胚胎植入前阶段染色体异常的消除机制。 | 254个卵裂球、42个极体和175个细胞碎片，来自50个猕猴分裂阶段的胚胎。 | 数字病理学 | NA | 单细胞DNA测序（scDNA-seq） | NA | DNA | 471个单细胞样本 |
| 26266 | 2024-08-09 |
Population and Single-Cell Analysis of Human Cardiogenesis Reveals Unique LGR5 Ventricular Progenitors in Embryonic Outflow Tract
2019-02-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2019.01.005
PMID:30713072
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研究论文 | 本文通过群体和单细胞RNA测序分析了从多能心脏干细胞/祖细胞到中间及成熟心脏细胞的人类心脏衍生物的全面基因表达谱，并发现了人类特有的LGR5标记的心室祖细胞。 | 本文首次在人类胚胎心脏的近端流出通道中发现了LGR5标记的独特人类心室祖细胞，这些细胞在胎儿发育的4至5周时出现，并促进心脏发育和排列。 | NA | 深入理解人类心脏发生过程，揭示某些人类先天性心脏畸形的潜在起源。 | 人类心脏发生过程中的多能心脏干细胞/祖细胞及其衍生物。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用人类胚胎干细胞衍生的和胚胎/胎儿心脏衍生的心脏细胞进行微解剖。 |
| 26267 | 2024-08-09 |
Optimal-Transport Analysis of Single-Cell Gene Expression Identifies Developmental Trajectories in Reprogramming
2019-02-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.01.006
PMID:30712874
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Waddington-OT的方法，用于分析单细胞基因表达数据，以推断发育时间序列中的祖先-后代命运并模拟其背后的调控程序 | 该方法揭示了比先前所知更广泛的发育程序，并预测了影响命运的转录因子和旁分泌信号 | NA | 理解指导发育过程中分化的分子程序 | 重编程过程中的发育轨迹和调控程序 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 315,000个单细胞样本，采集间隔为半天，持续18天 |
| 26268 | 2024-08-09 |
A Hybrid Clustering Algorithm for Identifying Cell Types from Single-Cell RNA-Seq Data
2019-01-29, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10020098
PMID:30700040
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研究论文 | 本文提出了一种结合结构熵和k近邻的混合聚类算法，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞亚群 | 该方法通过最小化结构熵，无需指定聚类数量即可自然形成社区，与现有方法相比具有更好的性能 | 需要克服高维度、聚类结果不稳定和参数调整复杂性等问题 | 开发一种新的聚类算法，以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合聚类算法 | RNA测序数据 | 八个单细胞RNA测序数据集 |
| 26269 | 2024-08-09 |
(Differential) Co-Expression Analysis of Gene Expression: A Survey of Best Practices
2020 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2019.2893170
PMID:30668502
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综述 | 本文综述了基因表达数据分析的最佳实践，包括共表达分析、共表达网络、差异网络和差异连接性分析，并比较了微阵列和RNA-seq数据 | 强调了RNA-seq数据分析中使用微阵列方法的障碍，并讨论了单细胞RNA-seq数据分析的预处理和工具 | NA | 旨在提供基因表达数据分析的指南，并探讨相关研究问题和挑战 | 基因表达数据，包括微阵列和RNA-seq数据，以及单细胞RNA-seq数据 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 26270 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome provides novel insights into antler stem cells, a cell type capable of mammalian organ regeneration
2019-Jul, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-019-00659-2
PMID:30673893
|
研究论文 | 本研究利用10× Genomics平台进行单细胞转录组测序，分析了鹿角干细胞的基因表达情况 | 首次对鹿角干细胞进行全面的单细胞转录组分析，并发现这些细胞可能是一种介于胚胎和成体干细胞之间的特殊类型 | NA | 探究鹿角干细胞的基因表达模式及其在再生医学中的潜在价值 | 鹿角干细胞 | 再生医学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 4565个鹿角干细胞 |
| 26271 | 2024-08-09 |
Publisher Correction: Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data
2019-05, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0095-5
PMID:30670832
|
correction | 本文是对先前发表的文章中的排版错误的更正，涉及表格1中某些聚类工具的超链接URL和参考列表中的粗体文本注释编号 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26272 | 2024-08-09 |
The Tcf21 lineage constitutes the lung lipofibroblast population
2019-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00254.2018
PMID:30675802
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研究论文 | 本文研究了转录因子Tcf21在肺部间质发育中的作用，特别是其在胚胎发育和成年期中对脂质成纤维细胞的调控作用 | 首次详细描述了Tcf21在胚胎发育和成年期中对脂质成纤维细胞的调控作用，并介绍了可诱导Cre小鼠系作为一种新方法来识别和操纵脂质成纤维细胞 | NA | 探索Tcf21间质谱系在胚胎发育和成年期中的作用 | Tcf21表达细胞在胚胎和成年肺中的发育和功能 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 涉及胚胎和成年期的Tcf21表达细胞 |
| 26273 | 2024-08-09 |
Memory CD4+ T cells are generated in the human fetal intestine
2019-03, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-018-0294-9
PMID:30664737
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研究论文 | 本文通过功能性检测、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序和高通量T细胞抗原受体（TCR）测序，研究了人类胎儿肠道中的CD4 T细胞群，发现了包括幼稚样、调节样和记忆样亚群在内的22个CD4 T细胞簇。 | 首次在人类胎儿肠道中发现并详细描述了记忆样CD4 T细胞的存在及其特性。 | NA | 探究人类胎儿肠道中CD4 T细胞的特性和功能。 | 人类胎儿肠道中的CD4 T细胞。 | 免疫学 | NA | 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、高通量T细胞抗原受体（TCR）测序 | NA | 细胞 | 多个胎儿肠道样本 |
| 26274 | 2024-08-09 |
Optofluidic real-time cell sorter for longitudinal CTC studies in mouse models of cancer
2019-02-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1814102116
PMID:30674677
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研究论文 | 本文介绍了一种光流控实时细胞分选系统，用于在小鼠癌症模型中进行循环肿瘤细胞（CTCs）的纵向研究 | 该系统能够连续数小时每天从基因工程小鼠模型（GEMM）中收集荧光标记的CTCs，持续多天或数周，并使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析CTCs | NA | 揭示CTCs随时间演变的细节，作为药物反应的生物标志物，并促进对CTCs在转移中作用的理解 | 循环肿瘤细胞（CTCs） | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 从多个小鼠中收集CTCs，持续4天 |
| 26275 | 2024-08-09 |
A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq
2019-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-018-0303-9
PMID:30664774
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA-seq差异表达分析的判别学习方法 | 该方法通过伪对齐获得的转录兼容性计数，提供了一种无需量化的3'单细胞RNA-seq分析，能够识别先前无法检测到的标记基因 | NA | 旨在通过差异分析识别不同条件下细胞类型的转录特征 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别学习模型 | 转录兼容性计数 | 大量细胞 |
| 26276 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling identifies myeloid cell subsets with distinct fates during neuroinflammation
2019-01-25, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aat7554
PMID:30679343
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研究论文 | 本研究通过结合深度单细胞转录组分析、命运图谱、体内成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面描述了神经炎症期间中枢神经系统（CNS）中未被充分认识的髓系细胞亚群 | 首次全面描述了神经炎症期间CNS中髓系细胞亚群的转录组特征和动态变化，并揭示了CNS组织巨噬细胞在抗原呈递中的冗余性 | NA | 研究神经炎症期间髓系细胞亚群的存在及其在CNS病理学中的转录组特征和动态变化 | 中枢神经系统中的髓系细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 转基因小鼠模型 |
| 26277 | 2024-08-09 |
Correction to: MISC: missing imputation for single-cell RNA sequencing data
2019-Jan-22, BMC systems biology
DOI:10.1186/s12918-019-0681-3
PMID:30670065
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correction | 更正原始文章中作者姓氏的拼写错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26278 | 2024-08-09 |
Bulk tissue cell type deconvolution with multi-subject single-cell expression reference
2019-01-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-08023-x
PMID:30670690
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MuSiC的方法，利用单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因表达来表征复杂组织中批量RNA测序数据的细胞类型组成 | MuSiC方法通过适当加权显示跨受试者和跨细胞一致性的基因，实现了从一个数据集到另一个数据集的细胞类型特异性基因表达信息的传递 | NA | 旨在通过表征复杂组织的细胞异质性来理解疾病机制 | 胰腺胰岛和全肾表达数据在人类、小鼠和大鼠中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 涉及人类、小鼠和大鼠的胰腺胰岛和全肾组织 |
| 26279 | 2024-08-09 |
Transcriptional Heterogeneity in Naive and Primed Human Pluripotent Stem Cells at Single-Cell Resolution
2019-01-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.12.099
PMID:30673604
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类原始和激活状态的多能干细胞在转录层面的异质性 | 发现了原始和激活多能性状态之间的中间亚群，并确定了区分这两种状态的标记物 | NA | 深入理解人类多能干细胞的转录特征 | 人类原始和激活状态的多能干细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 26280 | 2024-08-09 |
Comparative analysis of differential gene expression analysis tools for single-cell RNA sequencing data
2019-Jan-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2599-6
PMID:30658573
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研究论文 | 本文对11种用于单细胞RNA测序数据的不同基因表达分析软件工具进行了全面评估 | 探讨了样本量对检测准确性的影响，并分析了当前方法在单细胞RNA测序数据上的表现 | 工具在检测差异表达基因时存在真阳性率与精确度的权衡问题 | 评估和比较单细胞RNA测序数据差异基因表达分析方法的性能 | 11种差异基因表达分析软件工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | 使用模拟和真实数据进行评估 |