单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 26241 - 26260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26241 | 2024-08-09 |
Quantifying Waddington's epigenetic landscape: a comparison of single-cell potency measures
2020-Jan-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bby093
PMID:30289442
|
研究论文 | 本研究通过九个独立的单细胞RNA-Seq实验，比较了四种不同的单细胞分化潜能模型，评估了它们在区分不同分化潜能细胞方面的能力 | 研究首次展示了将RNA-Seq数据与蛋白质相互作用网络整合可以显著提高单细胞分化潜能估计的鲁棒性和可靠性，并发现了高分化潜能与网络枢纽蛋白过表达之间的正相关关系 | NA | 评估单细胞分化潜能模型的鲁棒性和可靠性 | 单细胞分化潜能模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 九个独立的单细胞RNA-Seq实验 |
| 26242 | 2024-08-09 |
CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse
2019-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky900
PMID:30289549
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research paper | 本文开发了CellMarker数据库，旨在为人类和小鼠组织中各种细胞类型提供全面准确的细胞标记资源 | 通过手动整理超过10万篇已发表的论文，收集并记录了4124条包含细胞标记信息、组织类型、细胞类型、癌症信息和来源的条目 | NA | 提供一个全面且准确的细胞标记资源，以帮助精确识别和表征细胞，特别是在单细胞水平 | 人类和小鼠组织中的各种细胞类型 | 生物信息学 | NA | NA | NA | 文本 | 收集了13605个细胞标记，涵盖467种细胞类型在158个人类组织/亚组织中；以及9148个细胞标记，涵盖389种细胞类型在81个小鼠组织/亚组织中 |
| 26243 | 2024-08-09 |
Effective Soil Extraction Method for Cultivating Previously Uncultured Soil Bacteria
2018-12-15, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/AEM.01145-18
PMID:30291118
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研究论文 | 本文介绍了一种基于新土壤提取物（NSE）的新型培养基——密集土壤提取培养基（ISEM），使用80%甲醇，用于高效分离先前未培养的细菌和新分类候选菌株 | 开发了一种新型培养基ISEM，能够分离出49%的先前未培养细菌和55%的新分类候选菌株 | 在维持纯培养物通过传代培养方面仍存在困难 | 通过发现新的表型、生理和功能特性以及未知基因的作用，扩展对先前未培养细菌的知识 | 先前未培养的土壤细菌 | NA | NA | 元基因组学和单细胞测序 | NA | NA | 总共检测了258个分离物 |
| 26244 | 2024-08-09 |
The adult human testis transcriptional cell atlas
2018-12, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-018-0099-2
PMID:30315278
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了约6500个年轻成人睾丸细胞，揭示了成人睾丸转录细胞图谱及其在精子发生中的作用 | 发现了五种微环境/体细胞类型，重建了精子发生的计算模型，并识别出五个离散的转录/发育精子干细胞状态，包括一个新的早期精子干细胞状态 | NA | 研究成人精子发生的平衡机制及其与微环境的相互作用 | 成人睾丸细胞及其在精子发生中的转录和表观遗传特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算模型 | 转录组数据 | 约6500个睾丸细胞 |
| 26245 | 2024-08-09 |
Role of phospholipid synthesis in the development and differentiation of malaria parasites in the blood
2018-11-09, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.R118.003213
PMID:30287688
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综述 | 本文综述了磷脂合成在疟原虫血液阶段发育和分化中的作用，特别关注了两种磷脂生物合成酶PfPMT和PfPSD的功能及其作为抗疟药物靶点的潜力。 | 利用遗传工程、单细胞RNA-Seq分析和药物筛选等新技术，提供了关于这些酶在寄生虫发育和性分化中重要性的新视角，并识别了新的抗疟药物开发靶点。 | NA | 探讨磷脂合成酶在疟原虫发育和分化中的作用，并评估其作为抗疟药物靶点的可行性。 | 疟原虫的磷脂合成酶PfPMT和PfPSD。 | 生物化学 | 疟疾 | 单细胞RNA-Seq分析 | NA | RNA | NA |
| 26246 | 2024-08-09 |
Kinetics of adult hematopoietic stem cell differentiation in vivo
2018-11-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20180136
PMID:30291161
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研究论文 | 本文通过结合诱导性谱系追踪、流式细胞术和单细胞RNA测序技术，研究了成年造血干细胞在体内的分化动力学 | 揭示了成年造血干细胞在体内快速分化为主要造血谱系和细胞类型的基本动力学差异 | NA | 研究成年造血干细胞在体内的分化动力学 | 成年造血干细胞的分化过程 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 主要包含长期和一些短期造血干细胞 |
| 26247 | 2024-08-09 |
Type 2 innate lymphoid cells in the induction and resolution of tissue inflammation
2018-11, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.12702
PMID:30294962
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综述 | 本文综述了2型先天淋巴细胞（ILC2s）在组织炎症诱导和消退中的作用及其调控机制 | 探讨了ILC2的激活调控机制，包括转录因子和代谢途径，以及外部信号如细胞因子、脂质介质、激素和神经肽的影响 | NA | 理解调控ILC2多样性和功能的组织特异性途径，以开发针对过敏性疾病的潜在疗法 | 2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在组织炎症中的作用 | NA | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26248 | 2024-08-09 |
RNA Velocity: Molecular Kinetics from Single-Cell RNA-Seq
2018-10-04, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2018.09.026
PMID:30290149
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研究论文 | 本文通过应用RNA转录和剪接的动力学模型，从单细胞RNA测序数据中预测单个细胞的mRNA水平变化 | 提出了一种新的方法来预测单细胞RNA测序数据中的mRNA水平变化 | NA | 研究单细胞RNA测序数据中的分子动力学 | 单细胞的mRNA水平变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 动力学模型 | RNA测序数据 | NA |
| 26249 | 2024-08-09 |
CaSTLe - Classification of single cells by transfer learning: Harnessing the power of publicly available single cell RNA sequencing experiments to annotate new experiments
2018, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0205499
PMID:30304022
|
研究论文 | 本文提出了一种基于迁移学习的单细胞RNA测序数据分类方法CaSTLe，通过利用公开的已标记数据集来注释新的实验数据 | CaSTLe方法通过迁移学习框架，使用XGBoost分类模型和特征工程流程，能够在大多数情况下优于传统的特征选择和分类方法，并具有良好的分类准确性和可扩展性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据分类方法，以克服现有手动标记和流式细胞术方法的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost | 基因表达数据 | NA |
| 26250 | 2024-08-09 |
Targeting individual cells by barcode in pooled sequence libraries
2019-01-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gky856
PMID:30256981
|
研究论文 | 本文介绍了一种多重PCR方法，用于从混合单细胞序列库中选择性测序特定细胞 | 提出了一种分子富集方法，结合FACS技术，有效针对超稀有细胞类型，如AXL+SIGLEC6+树突状细胞子集，减少了单细胞测序所需的努力 | NA | 开发一种方法，从混合单细胞序列库中选择性测序特定细胞 | 人类血液细胞中的多种细胞类型 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 序列数据 | 数千个单细胞 |
| 26251 | 2024-08-09 |
Metabolic regulation of pluripotency and germ cell fate through α-ketoglutarate
2019-01-03, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.201899518
PMID:30257965
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研究论文 | 本文探讨了代谢与细胞身份之间的复杂联系，特别是在早期小鼠胚胎发育模型中，从原始多能性到原始生殖细胞（PGCs）的指定 | 本文通过单细胞RNA测序和统计建模以及能量代谢的调节，展示了氧化线粒体代谢在原始多能性中的功能作用，并揭示了能量代谢与细胞状态转换的表观遗传控制之间的联系 | NA | 研究代谢与细胞身份之间的联系，特别是在早期小鼠胚胎发育中 | 早期小鼠胚胎发育中的原始多能性和原始生殖细胞（PGCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 统计建模 | RNA | NA |
| 26252 | 2024-08-09 |
The deployment of cell lineages that form the mammalian heart
2018-11, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-018-0086-9
PMID:30266935
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综述 | 本文综述了哺乳动物心脏形成过程中不同心脏细胞类型的起源及其谱系关系 | 近年来单细胞转录组学结果开始揭示细胞异质性和早期发育轨迹 | 遗传追踪实验与克隆分析相比需要谨慎，将单细胞转录组学信息与细胞在体内的位置及其谱系历史相对应是一个当前挑战 | 探讨心脏细胞类型的多样性起源及其谱系关系，以理解先天性心脏畸形的起源并为再生医学中产生心脏组织提供基础 | 哺乳动物心脏形成过程中的心脏细胞类型及其谱系关系 | NA | 先天性心脏畸形 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 26253 | 2024-08-09 |
Generation of Functional Hepatocytes from Human Adipose-Derived MYC+ KLF4+ GMNN+ Stem Cells Analyzed by Single-Cell RNA-Seq Profiling
2018-11, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.17-0273
PMID:30272835
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研究论文 | 本文描述了一种新型的人类脂肪组织来源的间充质干细胞（MSCs），并通过单细胞RNA测序分析将其诱导为功能性肝细胞 | 发现了一种新型的人类脂肪组织来源的间充质干细胞（M-ADSCs），具有表观遗传多能性，并能被有效诱导为肝细胞样细胞 | NA | 研究细胞移植在终末期肝病中的应用，并探索新型间充质干细胞的诱导机制 | 人类脂肪组织来源的间充质干细胞及其诱导为肝细胞的过程 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26254 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration
2018-10-26, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aaq0681
PMID:30262634
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研究论文 | 本研究利用Cre-loxP报告基因追踪和单细胞mRNA测序技术，揭示了蝾螈前肢再生过程中连接组织细胞向胚胎肢体芽样表型的多能性转变 | 首次通过单细胞分析技术揭示了蝾螈前肢再生过程中细胞身份的汇聚和分子程序的多阶段变化 | NA | 探究蝾螈前肢再生过程中细胞身份的转变及其分子机制 | 蝾螈前肢再生过程中的细胞类型及其分子变化 | 发育生物学 | NA | 单细胞mRNA测序(scRNA-seq) | NA | mRNA序列 | NA |
| 26255 | 2024-08-09 |
PDGFRβ Cells Rapidly Relay Inflammatory Signal from the Circulatory System to Neurons via Chemokine CCL2
2018-10-10, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2018.08.030
PMID:30269986
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研究论文 | 本文研究了PDGFRβ细胞在系统性炎症中通过分泌趋化因子CCL2快速传递信号至神经元的过程 | 首次揭示了PDGFRβ细胞作为外部刺激的初始感应器，通过分泌CCL2向中枢神经系统传递信号 | NA | 探讨PDGFRβ细胞在系统性炎症中对神经元兴奋性的影响 | PDGFRβ细胞、神经元、趋化因子CCL2 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了Pdgfrb-Cre;Ccl2小鼠模型 |
| 26256 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of Quiescent HIV Infection Reveals Host Transcriptional Profiles that Regulate Proviral Latency
2018-10-02, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.020
PMID:30282021
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研究论文 | 本研究利用单细胞分析方法探讨了HIV潜伏感染的机制及其与宿主转录组的关系 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了HIV下调与特定细胞基因表达的关联，并发现潜伏感染更频繁地发生在表达幼稚和中心记忆T细胞标志物的细胞中 | NA | 深入理解建立或维持HIV潜伏库的机制，以指导消除持续感染的方法 | HIV潜伏感染的细胞模型及其与宿主转录组的关系 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26257 | 2024-08-09 |
The origin-of-cell harboring cancer-driving mutations in human glioblastoma
2018-Oct, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:30269745
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研究论文 | 本研究通过多种测序技术在三重匹配样本中识别了神经干细胞（NSCs）在人类胶质母细胞瘤（GBM）中的克隆关系，提供了NSCs作为GBM驱动突变起源细胞的直接证据 | 首次直接证明了人类SVZ中的神经干细胞（NSCs）是GBM驱动突变的起源细胞 | NA | 确定人类胶质母细胞瘤（GBM）中驱动突变的起源细胞，以理解GBM的本质并开发有效的治疗靶点 | 人类胶质母细胞瘤（GBM）及其起源细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 测序技术 | NA | 组织样本 | 三重匹配样本（肿瘤-自由SVZ、肿瘤和正常组织）来自人类患者 |
| 26258 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris
2018-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-018-0590-4
PMID:30283141
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研究论文 | 本文介绍了来自模式生物小鼠的单细胞转录组数据集，包含来自20个器官和组织的超过10万个细胞 | 这些数据为细胞生物学提供了一个新的资源，揭示了在未充分表征的细胞群体中的基因表达，并允许直接和受控地比较跨组织共享细胞类型的基因表达 | NA | 构建一个转录组细胞生物学的图谱 | 小鼠的20个器官和组织的单细胞转录组数据 | 单细胞测序 | NA | 微流控液滴3'-端计数和基于荧光激活细胞分选的全长转录本分析 | NA | 转录组数据 | 超过10万个细胞 |
| 26259 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling Identifies Key Pathways Expressed by iPSCs Cultured in Different Commercial Media
2018-Sep-28, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2018.08.016
PMID:30267684
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研究论文 | 本研究评估了在自动平台上使用StemFlex和TeSR-E8培养基维持的人类诱导多能干细胞（iPSCs）的多能性，并通过单细胞转录组分析揭示了不同培养基中iPSCs的关键通路表达。 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了在不同商业培养基中培养的iPSCs的分子特征，并比较了两种培养基中的细胞亚群结构。 | NA | 评估不同商业培养基中iPSCs的多能性，并分析其转录组表达。 | 人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其在不同培养基中的表达特征。 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 四个样本，包括两个不同的iPSC系，每个系在两种培养基中培养。 |
| 26260 | 2024-08-09 |
Lineage dynamics of murine pancreatic development at single-cell resolution
2018-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-06176-3
PMID:30254276
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序、免疫荧光、原位杂交和遗传谱系追踪技术，分析了小鼠胰腺发育过程中上皮和间质细胞的类型及其动态变化 | 发现了先前未被充分认识的发育中间质细胞的异质性，并重建了胰腺间皮和间质细胞类型之间的潜在谱系关系；在胰腺上皮中，发现了一个先前未描述的内分泌前体细胞群，以及在人类胎儿组织和人类胚胎干细胞中类似的细胞群 | NA | 揭示小鼠胰腺发育过程中的细胞谱系动态 | 小鼠胰腺的上皮和间质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |