单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 26241 - 26260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26241 | 2024-08-09 |
Stem Cells Heterogeneity
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-030-11096-3_1
PMID:31016591
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review | 本书概述了不同器官在生理和病理条件下干细胞亚型的知识，并讨论了干细胞异质性的可能起源和后果 | 结合荧光和共聚焦显微镜与遗传先进技术，如命运谱系追踪和单细胞RNA测序，显著推进了对干细胞亚群在健康和疾病中多种新功能的发现 | 对干细胞的复杂性和动态性的理解仍然有限 | 深入了解干细胞异质性对组织稳态和疾病的影响 | 不同器官中的干细胞亚型及其在生理和病理条件下的功能 | NA | NA | 荧光显微镜、共聚焦显微镜、命运谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | NA | 超过30个章节 |
| 26242 | 2024-08-09 |
Beyond bulk: a review of single cell transcriptomics methodologies and applications
2019-08, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2019.03.001
PMID:30978643
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）的方法学及其在脑和中枢神经系统（CNS）研究中的应用 | scRNA-seq技术作为神经科学、计算生物学和系统生物学之间的桥梁，提供了对脑和CNS细胞组成的全新无偏见理解 | 单细胞分辨率的基因表达数据通常具有噪声大、稀疏性和高维度的特点，给数据的计算分析带来了挑战 | 综述scRNA-seq的基本样本准备和数据分析流程，并提供分析和可视化这些数据的比较视角 | 脑和中枢神经系统（CNS）的单细胞转录组 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 26243 | 2024-08-09 |
MYRF haploinsufficiency causes 46,XY and 46,XX disorders of sex development: bioinformatics consideration
2019-07-15, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddz066
PMID:30985895
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研究论文 | 本文通过病例对照外显子测序研究，发现MYRF基因中的罕见杂合截短变异在46,XY和46,XX性发育障碍病例中显著富集，表明MYRF可能是这些疾病的致病基因。 | 首次发现MYRF基因在性发育障碍中的致病作用，并通过单细胞RNA测序和染色质免疫沉淀测序数据分析，揭示了MYRF在细胞增殖和迁移中的潜在调控作用。 | 研究样本量较小，且仅限于特定类型的性发育障碍病例，可能影响结果的普遍性。 | 探究MYRF基因在性发育障碍中的作用及其潜在的生物学机制。 | 46,XY和46,XX性发育障碍病例及其相关基因变异。 | 生物信息学 | 性发育障碍 | 外显子测序、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 26例性发育障碍病例和2625例对照组 |
| 26244 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of T Cells in Crohn's Disease
2019-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2018.12.049
PMID:30981784
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26245 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics coming of age
2019-06, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0129-z
PMID:30980030
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26246 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species
2019-05-21, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.03.009
PMID:30979687
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肺肿瘤中的肿瘤浸润髓系细胞（TIMs），揭示了跨个体和物种的髓系细胞群体的保守性 | 首次在单细胞水平上揭示了人及小鼠肺肿瘤中TIMs的多样性和保守性，为免疫治疗提供了新的潜在靶点 | 研究主要集中在肺肿瘤中的髓系细胞，其他类型的肿瘤或细胞群体未被涉及 | 确定肺肿瘤中TIMs的景观，并探索其作为免疫治疗靶点的潜力 | 人及小鼠的非小细胞肺癌中的肿瘤浸润髓系细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及多个非小细胞肺癌患者及小鼠样本 |
| 26247 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Glial Progenitor Diversity and Cell Fate Determinants during Development and Gliomagenesis
2019-05-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.03.006
PMID:30982771
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研究论文 | 通过应用定向谱系的单细胞转录组学技术，揭示了发育中大脑和胶质瘤发生过程中胶质前体细胞的多样性和细胞命运决定因素 | 发现了胶质前体细胞池的意外多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用，并确定了Zfp36l1在调节胶质细胞命运决定和控制胶质瘤发生中的关键作用 | NA | 解析发育和肿瘤发生过程中常见和差异胶质前体细胞的动态谱系 | 胶质前体细胞的多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 26248 | 2024-08-09 |
Evaluating measures of association for single-cell transcriptomics
2019-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0372-4
PMID:30962620
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研究论文 | 本文评估了17种关联度量方法在单细胞转录组学中重建细胞网络、聚类同类型细胞以及将细胞类型特异性转录程序与疾病关联的能力 | 本文首次大规模评估了多种关联度量方法在单细胞转录组学中的表现，并提供了数据驱动的指导 | NA | 探讨单细胞转录组学中识别基因-基因和细胞-细胞关系的最佳关联度量方法 | 单细胞转录组学数据中的基因-基因和细胞-细胞关系 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 |
| 26249 | 2024-08-09 |
Hypoxia tolerance in the Norrin-deficient retina and the chronically hypoxic brain studied at single-cell resolution
2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1821122116
PMID:30988181
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研究论文 | 研究在Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧的大脑中，单细胞分辨率下的缺氧耐受性 | 首次系统地描述了哺乳动物中枢神经系统在慢性缺氧下的细胞类型特异性反应，并揭示了视网膜和大脑在慢性缺氧下基因表达的共享和细胞类型特异性变化 | NA | 探讨Norrin缺乏的视网膜和慢性缺氧大脑在单细胞分辨率下的缺氧耐受性 | Norrin KO小鼠的视网膜和慢性缺氧的大脑 | 数字病理学 | 家族性渗出性视网膜病变 | 单细胞RNA测序，非靶向代谢组学，C-葡萄糖代谢物标记 | NA | 基因表达数据 | Norrin KO小鼠和野生型小鼠的视网膜，以及在低氧环境下饲养一周的小鼠的大脑皮层 |
| 26250 | 2024-08-09 |
A Bayesian mixture model for clustering droplet-based single-cell transcriptomic data from population studies
2019-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-09639-3
PMID:30967541
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研究论文 | 本文开发了一种贝叶斯混合模型（BAMM-SC）用于聚类来自多个个体的液滴单细胞转录组数据 | BAMM-SC模型能够处理数据异质性和批次效应，提高了聚类准确性，特别是在个体间存在异质性的情况下 | NA | 开发一种适用于大规模人群单细胞转录组研究的聚类方法 | 液滴单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 贝叶斯混合模型 | 转录组数据 | 数万个来自多个个体的单细胞 |
| 26251 | 2024-08-09 |
Strategies for Converting RNA to Amplifiable cDNA for Single-Cell RNA Sequencing Methods
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_1
PMID:30968357
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中分子生物学技术的特点，包括实验室开发的方法 | 介绍了无需转换为可扩增cDNA的直接从RNA扩增第一链cDNA的技术 | 讨论了现有策略的优缺点，但未详细说明新技术在实际应用中的局限性 | 旨在帮助使用单细胞转录组技术的用户理解不同方法的定量性能与其分子特征之间的关系 | 单细胞RNA测序技术及其分子生物学方法 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 26252 | 2024-08-09 |
Nx1-Seq (Well Based Single-Cell Analysis System)
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_4
PMID:30968360
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研究论文 | 本文介绍了新开发的基于孔板的单细胞转录组方法 | 提出了基于孔板的单细胞转录组方法，用于分析细胞分化和细胞异质性的连续变化 | NA | 研究细胞分化和细胞异质性的层次结构 | 单个细胞的多样性和组织微环境 | 生物技术 | NA | 单细胞基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 数百个单细胞 |
| 26253 | 2024-08-09 |
An Informative Approach to Single-Cell Sequencing Analysis
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_6
PMID:30968362
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综述 | 本文综述了单细胞测序分析的多层平台，主要介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并比较了其他单细胞RNA-seq系统，同时描述了处理大型复杂单细胞数据集的计算方法 | 介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并提供了处理稀疏数据集的信息学方法，如插补、批次效应校正、降维和聚类 | 由于单细胞RNA-seq数据深度不足，导致低表达基因的转录组信息严重缺乏，数据解释有时较为困难 | 综述单细胞测序分析的平台和技术，并探讨处理大型复杂单细胞数据集的方法 | 单细胞测序分析的平台和技术，以及处理单细胞数据集的计算方法 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 26254 | 2024-08-09 |
scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz240
PMID:30951147
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRNAss的单细胞RNA测序组装方法，该方法通过填补丢失信息和结合接合策略来重建全长转录本 | scRNAss通过显式策略填补由丢失事件引起的丢失信息，并采用结合策略来推断转录本，显示出对未知新异构体的恢复能力和计算效率 | NA | 开发一种适用于单细胞RNA测序数据的转录本组装方法 | 单细胞RNA测序数据中的全长转录本重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 26255 | 2024-08-09 |
Functional genomics of CDHR3 confirms its role in HRV-C infection and childhood asthma exacerbations
2019-10, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.01.052
PMID:30930175
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研究论文 | 本研究通过功能基因组学方法，证实了CDHR3蛋白在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用 | 使用单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除和基因型特异性供体实验，首次在原代气道上皮细胞中研究CDHR3的功能及其对HRV-C感染的影响 | NA | 确定CDHR3是否是HRV-C感染原代气道上皮细胞所必需的，并识别CDHR3变异体增加哮喘加重风险的分子机制 | CDHR3蛋白及其编码变异体rs6967330在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用 | 遗传学 | 哮喘 | 单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 原代气道上皮细胞 |
| 26256 | 2024-08-09 |
Single-cell Transcriptomics and Solid Organ Transplantation
2019-09, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000002725
PMID:30946217
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在实体器官移植中的应用，探讨了其在移植病理学中的潜力及未来发展方向 | scRNA-seq能够识别稀有细胞类型、新的细胞状态和细胞间通信网络，这些在传统的整体转录组分析中可能被掩盖 | NA | 探讨单细胞测序技术在移植领域的应用及其未来发展 | 单细胞RNA测序技术及其在实体器官移植中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 26257 | 2024-08-09 |
Spatial heterogeneity in the mammalian liver
2019-07, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-019-0134-x
PMID:30936469
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物肝脏中肝细胞基因表达的空间异质性及其对肝脏功能的影响 | 利用单细胞转录组技术构建了小鼠肝细胞基因表达的全局空间图谱，揭示了约50%的肝细胞基因以区域化方式表达 | 文章未明确提及具体的研究局限 | 研究肝脏区域化的基因表达模式及其对肝脏功能的影响 | 肝细胞的基因表达及其在肝脏区域化中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肝细胞 |
| 26258 | 2024-08-09 |
Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399
PMID:30943771
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术定义了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用 | 研究仅限于12周龄的C57BL/6J小鼠，且仅在实验室正常饮食条件下进行，可能限制了结果的普遍性 | 研究动脉粥样硬化早期阶段血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用 | 野生型和ApoE缺陷型小鼠的主动脉外膜细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 12周龄的C57BL/6J小鼠 |
| 26259 | 2024-08-09 |
Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Current protocols in cell biology
DOI:10.1002/cpcb.86
PMID:30957983
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研究论文 | 本文介绍了从胚胎器官中制备细胞用于单细胞RNA测序的方法 | 采用低温解离技术使用冷活性蛋白酶，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的质量 | 胚胎器官中的细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26260 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species
2019-05, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018090931
PMID:30948627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞基因表达特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术定义了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞的细胞表面标记物 | 目前尚无法在不同物种中识别相同的驻留巨噬细胞类型 | 确定能跨物种识别驻留巨噬细胞的新标记物 | 小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织中的CD45+先天免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织样本 |