单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26241	2024-08-09	Estimating Differentiation Potency of Single Cells Using Single-Cell Entropy (SCENT) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_9 PMID:30758824	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞熵（SCENT）算法评估单细胞分化潜能的详细协议	提出了SCENT算法，通过整合单细胞RNA-Seq数据与交互网络来近似分化潜能，为单细胞研究提供了新的计算方法	NA	旨在从单细胞数据中提取生物学知识，特别是在识别新型干细胞或祖细胞样表型方面	单细胞的分化潜能	生物信息学	癌症	RNA-Seq	NA	单细胞RNA-Seq数据	人类胚胎干细胞和多潜能祖细胞，代表三个主要胚层
26242	2024-08-09	Using BRIE to Detect and Analyze Splicing Isoforms in scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_12 PMID:30758827	review	本文回顾了单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的挑战，并讨论了BRIE模型在解决这些问题中的应用	提出了BRIE模型，通过学习序列特征的先验分布来解决剪接异构体定量的问题	单细胞RNA测序技术在解析RNA加工事件如剪接变异性的应用上存在局限	探讨单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的方法	单细胞RNA测序数据中的剪接异构体	natural language processing	NA	scRNA-seq	Bayesian hierarchical model	text	130个鼠细胞
26243	2024-08-09	Antigen Receptor Sequence Reconstruction and Clonality Inference from scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_15 PMID:30758830	研究论文	本文介绍了用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中重建配对全长抗原受体序列和克隆性推断的计算工具TraCeR和BraCeR	TraCeR通过从每个细胞的读取中提取源自TCR的序列读取并将其组装成长度重组的TCR序列，而BraCeR在此基础上考虑了体细胞超突变（SHM）和同种型转换	NA	开发用于从scRNA-seq数据中重建抗原受体序列和推断克隆性的计算工具	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	单细胞
26244	2024-08-09	McImpute: Matrix Completion Based Imputation for Single Cell RNA-seq Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00009 PMID:30761179	研究论文	本文介绍了一种基于低秩矩阵完成的单细胞RNA测序数据填补技术mcImpute	mcImpute技术显著改善了真实数据集中真零与缺失值的区分、细胞聚类、差异表达分析、细胞类型可分离性、细胞可视化的降维技术性能以及基因分布	NA	开发一种新技术来填补单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	生物信息学	NA	低秩矩阵完成	NA	RNA测序数据	多个真实数据集
26245	2024-08-09	PROSSTT: probabilistic simulation of single-cell RNA-seq data for complex differentiation processes 2019-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz078 PMID:30715210	研究论文	本文介绍了一种名为PROSSTT的概率模拟方法，用于生成具有复杂拓扑结构的单细胞RNA测序数据集，以支持细胞谱系树重建工具的测试和开发	PROSSTT能够模拟具有任意复杂度、噪声水平、噪声模型和大小的单细胞RNA测序数据集，并提供脚本量化预测谱系树的质量	NA	开发和测试用于细胞谱系树重建的工具	单细胞RNA测序数据集及其谱系树	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	概率模拟	RNA测序数据	任意大小
26246	2024-08-09	Defining the Cell Types That Drive Idiopathic Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell RNA Sequencing 2019-Jun-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201901-0197ED PMID:30715901	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26247	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 2019-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1104/pp.18.01482 PMID:30718350	研究论文	本研究利用商业化的基于液滴的微流控平台进行高通量单细胞RNA测序，从超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体中获得了单细胞转录组	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于植物细胞，揭示了拟南芥根细胞的主要组织和发育阶段，并识别了不同的亚群和稀有细胞类型	NA	展示单细胞RNA测序在植物中的可行性和实用性，并提供拟南芥根细胞的单细胞分辨率基因表达图谱	拟南芥根细胞的单细胞转录组	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体
26248	2024-08-09	Sensitive high-throughput single-cell RNA-seq reveals within-clonal transcript correlations in yeast populations 2019-04, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0346-9 PMID:30718850	研究论文	本文开发了一种敏感、可扩展且成本低廉的酵母单细胞RNA测序（yscRNA-seq）方法，用于检测酵母克隆群体中的转录相关性	yscRNA-seq方法能够以链特异性和异构体特异性的方式数字化计数转录起始位点，检测低丰度的非编码RNA和至少一半的蛋白质编码基因	尽管检测到每个基因平均约3.5个分子，但单细胞水平上表达的异构体数量受到限制	揭示酵母克隆群体中的转录相关性	酵母单细胞RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	酵母克隆细胞群体
26249	2024-08-09	MicroRNA-155 coordinates the immunological landscape within murine melanoma and correlates with immunity in human cancers 2019-03-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.126543 PMID:30721153	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠中生长的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中CD45+免疫细胞群体的动态变化，揭示了miR-155在调节肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	首次详细分析了miR-155在实验性黑色素瘤肿瘤中免疫细胞类型和基因表达特征的作用，并阐明了其在哺乳动物肿瘤中协调抗肿瘤免疫反应的角色	NA	探讨miR-155在肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中的CD45+免疫细胞群体	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤样本，以及TCGA数据库中29种其他人类实体肿瘤的基因表达数据
26250	2024-08-09	Fast interpolation-based t-SNE for improved visualization of single-cell RNA-seq data 2019-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0308-4 PMID:30742040	研究论文	本文提出了一种基于快速插值的t-SNE方法，用于改进单细胞RNA测序数据的可视化	本文显著加速了t-SNE算法，无需数据下采样，从而能够可视化稀有细胞群，并实现了一种基于一维t-SNE的热图样式可视化方法	NA	改进单细胞RNA测序数据的可视化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	基因表达数据	大量单细胞样本
26251	2024-08-09	Specification of diverse cell types during early neurogenesis of the mouse cerebellum 2019-02-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.42388 PMID:30735127	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期13.5天的小鼠小脑中约9400个细胞的全基因组表达情况，并通过迭代聚类和伪时间排序重建发育轨迹，揭示了小脑细胞类型和亚群的多样性及其调控机制。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了小脑发育过程中细胞命运指定的新转录程序，并发现了一些先前未知的亚群，这些亚群可能在小脑的形成和功能中起着关键作用。	NA	研究小鼠小脑早期神经发生过程中细胞类型的多样性及其分子调控机制。	小鼠胚胎期13.5天的小脑细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约9400个细胞
26252	2024-08-09	Lymphocyte innateness defined by transcriptional states reflects a balance between proliferation and effector functions 2019-02-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08604-4 PMID:30737409	研究论文	本文通过低输入和单细胞RNA测序研究人类淋巴细胞群体，揭示了固有T细胞的转录状态及其效应状态的维持机制	发现了连续的'固有性梯度'和四种广泛的固有状态，揭示了固有性由预形成的效应功能mRNA编码，但细胞增殖受损	NA	探讨固有T细胞如何维持准备好的效应状态	固有T细胞，包括不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞和γδ T细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	人类淋巴细胞群体
26253	2024-08-09	Human Spermatogonial Stem Cells Scrutinized under the Single-Cell Magnifying Glass 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.010 PMID:30735645	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术详细研究了人类精原干细胞（SSCs）的分子特征	利用单细胞RNA测序技术对人类精原干细胞进行详细定义和分子特征分析	NA	研究人类精原干细胞的分子特征	人类精原干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括具有人类SSCs特征的精原子集的多种人类睾丸细胞群体
26254	2024-08-09	The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level 2019-02-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.045 PMID:30726734	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类新生期和成年期的睾丸细胞	首次在单细胞水平上详细描述了人类新生期和成年期睾丸的细胞组成，并鉴定了原始精原细胞状态的蛋白质标记物	NA	深入理解人类精子发生过程	人类新生期和成年期的睾丸细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个新生期和成年期睾丸样本
26255	2024-08-09	Publisher Correction: A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08614-2 PMID:30718493	correction	本文是针对原始文章中的两个方程错误进行的更正	NA	NA	更正原始文章中的数学方程错误	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
26256	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals midbrain dopamine neuron diversity emerging during mouse brain development 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08453-1 PMID:30718509	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠大脑发育过程中表达转录因子Pitx3的中脑多巴胺神经元的多样性	首次在全基因表达水平上系统地分类了中脑多巴胺神经元的多样性，并发现了七个神经元亚群，其中五个表达多巴胺能标记，两个分别表达谷氨酸能和GABA能标记	NA	揭示中脑多巴胺神经元在哺乳动物大脑中的亚群发育和功能	中脑多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑发育过程中的多个阶段的中脑多巴胺神经元
26257	2024-08-09	Neutrophils escort circulating tumour cells to enable cell cycle progression 2019-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-0915-y PMID:30728496	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了中性粒细胞与循环肿瘤细胞（CTCs）的相互作用，揭示了中性粒细胞在促进CTCs细胞周期进展和增强转移潜能中的作用	首次详细描述了中性粒细胞与CTCs的相互作用及其对CTCs细胞周期进展的影响，为乳腺癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于乳腺癌患者和鼠模型，可能需要进一步验证在其他类型癌症中的普遍性	探究癌症细胞与免疫细胞在癌症扩散过程中的相互作用，为开发新的癌症疗法提供依据	乳腺癌患者和鼠模型中的循环肿瘤细胞及其伴随的中性粒细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	乳腺癌患者和鼠模型的样本
26258	2024-08-09	Stem Cells and Cellular Origins of Mammary Gland: Updates in Rationale, Controversies, and Cancer Relevance 2019, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2019/4247168 PMID:30728840	综述	本文综述了乳腺干细胞的特征及其在乳腺发育和癌症中的作用	介绍了单细胞测序技术对乳腺上皮细胞层次结构和谱系特征的全面理解	NA	探讨乳腺干细胞的异质性及其多样化的分化，并阐述乳腺干细胞与乳腺癌干细胞的关系	乳腺干细胞及其在乳腺发育和癌症中的作用	NA	乳腺癌	单细胞测序	NA	细胞	NA
26259	2024-08-09	Dissociation of Tissues for Single-Cell Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9021-4_5 PMID:30742262	研究论文	本文介绍了一种冷活性蛋白酶方法，用于器官和组织的单细胞解离，以更好地保留体内基因表达模式	提出了一种新的冷活性蛋白酶方法，用于单细胞解离，以保留细胞的体内基因表达模式	NA	旨在改进单细胞RNA测序技术，以创建人体所有细胞类型的基因表达图谱	人体器官和组织的单细胞	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个细胞
26260	2024-08-09	Neural crest migration with continuous cell states 2019-11-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.01.029 PMID:30707976	研究论文	本文探讨了颅神经嵴细胞迁移的连续状态模型，并通过实验数据验证了其有效性	提出了连续状态模型，包括信号选择和信号组合两种版本，这些模型在细胞迁移距离上优于离散状态模型	需要进一步调整模型参数以更好地匹配实验观察结果	验证连续状态模型在描述神经嵴细胞迁移中的有效性	颅神经嵴细胞的迁移行为	NA	NA	单细胞转录组数据分析	连续状态模型	转录组数据	具体样本数量未提及