单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26201	2024-08-09	SinNLRR: a robust subspace clustering method for cell type detection by non-negative and low-rank representation 2019-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz139 PMID:30821315	研究论文	本文提出了一种名为SinNLRR的新型单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞类型检测方法，基于相似性学习的非负和低秩表示的鲁棒子空间聚类方法	该方法通过在相似矩阵上施加非负和低秩结构，并采用交替方向乘子法解决优化问题，提出了一种自适应惩罚选择方法以避免对参数的敏感性	NA	开发新的scRNA-seq聚类方法以解决细胞异质性和多样性的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同数据集
26202	2024-08-09	Destin: toolkit for single-cell analysis of chromatin accessibility 2019-10-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz141 PMID:30821321	研究论文	本文介绍了Destin工具包，用于单细胞染色质可及性数据的生物信息学和统计分析	Destin通过加权主成分分析进行细胞类型聚类，并利用现有基因组注释和公开的调控组数据进行加权，优于现有方法	NA	开发和评估一种新的生物信息学和统计框架，用于单细胞染色质可及性数据的全面分析	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	scATAC-seq	加权主成分分析	单细胞数据	2088个成年小鼠前脑细胞
26203	2024-08-09	Compartmentalized distributions of neuronal and glial cell-surface proteins pattern the synaptic network 2019-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2019.01.025 PMID:30826628	research paper	本文总结了近期研究发现，表明来自神经元和胶质的细胞表面蛋白相互作用并协作，控制特定突触的连接性、结构和功能	本文强调了胶质细胞表面蛋白在塑造突触连接中的重要作用，这是以往研究中较少关注的	NA	探讨神经元和胶质细胞表面蛋白如何共同影响突触网络的模式	神经元和胶质细胞的细胞表面蛋白及其在突触连接中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
26204	2024-08-09	Cell lineage inference from SNP and scRNA-Seq data 2019-06-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz146 PMID:30820578	研究论文	本文开发了一种方法，从scRNA-Seq数据中检测显著的、细胞类型特异性的序列突变，并展示了这些突变与表达数据结合可以提高重建模型的准确性	本文提出了一种新的方法，通过检测scRNA-Seq数据中的序列突变来重建细胞谱系，这种方法结合了表达数据，提高了模型的准确性	目前的方法存在局限性，如伪时间排序方法和使用CRISPR插入随机突变的方法都有其不足之处	开发一种新的方法来从scRNA-Seq数据中推断细胞谱系	研究对象包括scRNA-Seq数据和序列突变	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	NA
26205	2024-08-09	Conserved pathway activation following xenogeneic, heterotypic fusion 2019-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201801700R PMID:30807240	研究论文	本文研究了人类间充质干细胞与小鼠心肌细胞异种融合后的转录组变化，探讨了融合过程中是否涉及保守通路的激活	首次记录了在融合伙伴中潜伏的少数基因在杂交种中的表达，如人类生长激素1、小鼠核糖体蛋白S27和小鼠ATP合酶H转运线粒体Fo复合体亚基C2	NA	探索异种融合后细胞转录组的保守通路激活	人类间充质干细胞与小鼠心肌细胞的异种融合细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及人类和小鼠的多种细胞类型
26206	2024-08-09	Role of alternative polyadenylation dynamics in acute myeloid leukaemia at single-cell resolution 2019-06, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2019.1586139 PMID:30810468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序数据分析了急性髓系白血病（AML）中不同细胞类型的选择性多聚腺苷酸化（APA）动态变化	首次在单细胞分辨率下探讨了AML中不同细胞类型的APA动态变化，揭示了APA在白血病发展和红细胞生成中的广泛调控作用	NA	探讨急性髓系白血病中不同细胞类型的选择性多聚腺苷酸化动态变化	急性髓系白血病患者和健康个体的骨髓单个核细胞（BMMCs）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16,843个骨髓单个核细胞（BMMCs）
26207	2024-08-09	Evolution of neuronal types and families 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2019.01.022 PMID:30826503	综述	本文综述了近年来在神经元和神经系统进化方面的概念进展，特别是通过比较单细胞转录组学来定义细胞类型，并探讨了如何利用单细胞数据识别和大规模比较神经元类型及其家族	利用比较单细胞转录组学方法，为解决神经元进化的关键问题提供了新的研究途径	NA	探讨神经元和神经系统的进化问题，包括神经元起源、神经元表型的趋同进化以及从简单神经网到复杂中央神经系统的转变	神经元类型及其家族，特别是脊椎动物前脑不同部位的GABA能神经元家族	NA	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	NA
26208	2024-08-09	A general computational approach to predicting synergistic transcriptional cores that determine cell subpopulation identities 2019-04-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz147 PMID:30820550	研究论文	本文开发了一种新的计算方法，用于确定细胞群体中亚群的协同转录核心，这些核心决定了亚群的身份	该方法使用信息论度量来量化转录协同作用，并实现了一种新的算法来搜索最优协同核心，不依赖于任何候选基因或基因调控网络的先验知识	NA	开发一种计算方法来识别定义细胞亚群身份的转录因子协同组合	细胞亚群的转录因子协同组合	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	八组已发表的单细胞RNA测序数据
26209	2024-08-09	Rate of Progression through a Continuum of Transit-Amplifying Progenitor Cell States Regulates Blood Cell Production 2019-04-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.01.026 PMID:30827895	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，揭示了在红细胞生成过程中，过渡放大前体细胞状态的连续性及其与细胞增殖潜能的相关性	首次展示了过渡放大前体细胞在红细胞生成过程中的转录组状态连续性，并揭示了糖皮质激素通过减缓这一连续性的进展来增强红细胞生成的机制	NA	探究红细胞生成过程中过渡放大前体细胞状态的连续性及其调控机制	红细胞生成过程中的过渡放大前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26210	2024-08-09	COX-2 mediates tumor-stromal prolactin signaling to initiate tumorigenesis 2019-03-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1819303116 PMID:30819896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了正位小鼠前列腺癌模型中肿瘤微环境内的肿瘤-基质通讯，发现COX-2介导的催乳素信号传导在肿瘤发生中的作用	首次揭示了COX-2通过诱导肺基质细胞分泌催乳素，进而影响肿瘤细胞的微转移过程	NA	探究肿瘤微环境中的肿瘤-基质通讯对肿瘤发生和转移的影响	小鼠前列腺癌模型中的肿瘤细胞和肺基质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠和人类癌症样本
26211	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals AML Hierarchies Relevant to Disease Progression and Immunity 2019-03-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.031 PMID:30827681	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和基因分型技术，分析了40个骨髓抽吸样本中的38,410个细胞，揭示了急性髓系白血病（AML）的细胞类型层次结构及其与疾病进展和免疫反应的关系	首次大规模应用单细胞RNA测序技术于AML研究，揭示了AML细胞类型的多样性和其在疾病进展中的作用	研究样本仅包括16名AML患者和5名健康捐赠者，可能影响结果的普遍性	探索AML的细胞类型层次结构及其与疾病进展和免疫反应的关系	急性髓系白血病（AML）患者的骨髓细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	机器学习分类器	RNA序列	38,410个细胞，来自40个骨髓抽吸样本，包括16名AML患者和5名健康捐赠者
26212	2024-08-09	Quiescence Modulates Stem Cell Maintenance and Regenerative Capacity in the Aging Brain 2019-03-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.040 PMID:30827680	研究论文	本文报道了衰老小鼠大脑中神经干细胞（NSCs）数量显著下降，并发现这种减少的干细胞库通过增加静止状态来保护，使得老年NSCs对再生受伤大脑更具抵抗力。	研究首次揭示了静止状态是老年NSCs的关键特征，并发现了通过中和微环境中的炎症信号和Wnt拮抗剂sFRP5来激活NSCs的方法。	NA	理解年龄相关疾病中分子基础的下降，并寻找对抗方法。	衰老大脑中的神经干细胞（NSCs）及其再生能力。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
26213	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of cultured human adipose-derived mesenchymal stem cells 2019-02-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2019.31 PMID:30806636	研究论文	本研究对来自三名供体的24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞进行了大规模单细胞转录组测序	提供了高质量的数据集，有助于解析培养的ADSCs的种群内异质性以及在单细胞分辨率下探究任何感兴趣谱系的谱系启动模式	NA	探究脂肪源间充质干细胞的临床应用潜力	培养的人类脂肪源间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24,358个培养的人类脂肪源间充质干细胞
26214	2024-08-09	Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006733 PMID:30818329	研究论文	本文提出了一种名为单细胞通量平衡分析（scFBA）的计算框架，用于将单细胞转录组数据转化为单细胞代谢通量数据，并通过肺癌和乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据进行验证	首次将单细胞RNA测序数据集成到群体模型中，以表征癌症细胞的代谢特性，揭示细胞间的代谢相互作用	目前的模型主要描述细胞群体的平均行为，掩盖了肿瘤发生和药物抗性中的固有异质性	旨在通过计算模型弥合代谢数据与生物功能之间的差距，并揭示细胞群体中的代谢异质性	肺癌和乳腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌, 乳腺癌	单细胞RNA测序	通量平衡分析（FBA）	转录组数据	肺癌和乳腺癌患者的细胞样本
26215	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Oligodendrocyte Lineage Cells from the Mouse Central Nervous System 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9072-6_1 PMID:30820890	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序技术研究小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞谱系细胞异质性的方法	利用单细胞RNA测序技术揭示复杂组织中不同细胞状态/群体	NA	探索小鼠中枢神经系统中少突胶质细胞谱系细胞的异质性	小鼠中枢神经系统中的少突胶质细胞谱系细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
26216	2024-08-09	SuperCT: a supervised-learning framework for enhanced characterization of single-cell transcriptomic profiles 2019-05-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz116 PMID:30799483	研究论文	本文提出了一种基于监督学习的单细胞转录组特征增强分析框架SuperCT	该框架通过训练可扩展的监督分类器，实现了对单细胞表达谱输入后立即揭示单细胞身份的功能，相比传统方法具有更高的准确性、鲁棒性、兼容性和可扩展性	NA	提高单细胞转录组数据分析的效率和准确性	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督学习分类器	转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集
26217	2024-08-09	The role of astroglia in Alzheimer's disease: pathophysiology and clinical implications 2019-04, The Lancet. Neurology DOI:10.1016/S1474-4422(18)30490-3 PMID:30795987	研究论文	本文探讨了星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的病理生理作用及其临床意义	研究焦点从神经元转向胶质细胞和神经炎症，利用干细胞衍生的星形胶质细胞进行体内研究，探索人类疾病，并尝试开发星形胶质细胞生物标志物和靶向疗法	使用啮齿动物模型可能不足以完全模拟人类疾病，因为啮齿动物的星形胶质细胞在形态、功能和基因表达上与人类有显著差异	理解星形胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用，并开发新的生物标志物和药物靶点	星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的功能和病理作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及人类和啮齿动物的星形胶质细胞
26218	2024-08-09	hESC-Derived Thalamic Organoids Form Reciprocal Projections When Fused with Cortical Organoids 2019-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.12.015 PMID:30799279	研究论文	本文描述了一种从人胚胎干细胞（hESCs）分化出特定区域的丘脑类器官（hThOs）的方法，并通过融合丘脑和皮质类器官来研究它们之间的相互投射	首次探索了人类丘脑的三维（3D）类器官模型，并开发了一种3D系统来创建丘脑和皮质之间的相互投射	NA	研究人类丘脑的发育和脑内电路组织的建模及相关疾病	人胚胎干细胞分化的丘脑类器官和皮质类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	类器官	NA
26219	2024-08-09	Revolutionizing immunology with single-cell RNA sequencing 2019-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-019-0214-4 PMID:30796351	综述	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在免疫学中的应用	scRNA-seq技术能够比传统方法更详细地识别细胞异质性	介绍了scRNA-seq技术的优缺点	探讨scRNA-seq在免疫学中的潜在应用和未来创新	免疫细胞的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
26220	2024-08-09	Dissecting Cell Lineages: From Microscope to Kaleidoscope 2019-02-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.054 PMID:30794779	研究论文	Gehart等人（2019）利用单细胞转录组学与动态双色荧光技术，实时解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程	揭示了新的细胞谱系特征和细胞身份的转变，并在类器官实验中发现了通过该方法鉴定的转录调控因子的特定作用	NA	解析成年哺乳动物细胞轨迹，特别是肠道内分泌细胞的分化过程	成年哺乳动物的细胞谱系和肠道内分泌细胞的分化	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学，动态双色荧光	NA	转录组数据	NA