单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2601	2025-03-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，揭示了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制，并发现褪黑素具有潜在的治疗作用	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的关键作用，并发现褪黑素可通过抑制CD177+中性粒细胞浸润和NETs表达来改善肺损伤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的潜在机制和有效治疗策略	脓毒症诱导的急性肺损伤	生物信息学	脓毒症	单细胞测序，分子生物学实验方法	小鼠盲肠结扎穿刺（CLP）模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
2602	2025-03-11	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	研究论文	本研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	发现了与缺氧密切相关的POSTN+ Fib细胞亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）以预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨缺氧如何调节CRC免疫微环境并促进其恶性进展	结直肠癌患者及其相关数据	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据，临床病理信息	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
2603	2025-03-11	TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis 2025-Apr, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12279 PMID:39891588	review	本文回顾了TREM2从基础研究到作为动脉粥样硬化治疗靶点的历程，并探讨了其临床应用的可能性	揭示了TREM2在泡沫巨噬细胞存活和动脉粥样硬化进展中的重要性，并提出了TREM2作为治疗靶点的潜力	NA	探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的可行性和临床应用前景	动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞和TREM2表达	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2604	2025-03-11	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	本研究通过整合和分析单细胞RNA测序数据，探索了银屑病关节炎（PsA）与衰老之间的共同分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据整合分析，识别出PsA与衰老共同上调的细胞亚群，并发现关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G与PsA的因果关系	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，样本来源有限，可能影响结果的普适性	探索银屑病关节炎与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎患者、衰老患者及正常人群的滑液和外周血样本	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	PsA患者滑液、衰老患者外周血及正常人群样本
2605	2025-03-11	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	研究论文	本文研究了高强度压力对毛囊生长的影响及其机制，通过小鼠模型和单细胞RNA测序分析揭示了压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP途径抑制毛囊干细胞细胞周期的机制	首次揭示了高强度压力通过激活交感神经系统和cAMP信号通路抑制毛囊干细胞细胞周期的具体机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨高强度压力对毛囊生长的具体影响及其分子机制	小鼠毛囊干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
2606	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
2607	2025-03-11	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Mar-10, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎（GPA）患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的表达定位	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了GPA患者近端气道黏膜的细胞组成，并发现了一种仅存在于GPA中的CD4-/CD8-炎症性T细胞亚群	研究样本量较小（GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10），且仅在单一三级医疗中心进行，可能限制结果的普遍性	旨在揭示GPA患者近端气道疾病的细胞组成及其病理机制	GPA患者、特发性声门下狭窄（iSGS）患者、插管后近端狭窄（PIPS）患者及对照组的近端气道样本	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序	Monocle 3	RNA测序数据	GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10
2608	2025-03-11	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-Mar-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	研究论文	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型去卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了个体标记基因的空间异质性详细图谱，并结合Potts模型促进空间连续性，统一了细胞类型去卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种新的空间转录组学细胞类型去卷积方法，以提高细胞类型去卷积的准确性和鲁棒性	多细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Potts模型	空间转录组数据	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
2609	2025-03-11	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-Mar-08, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	研究论文	本研究探讨了Prader-Willi综合征（PWS）患者下丘脑视交叉上核（SCN）中精氨酸加压素（AVP）神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元和GFAP表达星形胶质细胞的选择性变化，并探讨了这些变化与PWS患者昼夜节律紊乱的关联	研究样本量有限，且仅基于尸检组织，无法进行动态观察	研究PWS患者SCN中特定细胞类型的变化及其与昼夜节律紊乱的关系	Prader-Willi综合征患者和匹配对照的下丘脑组织	神经科学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织图像	PWS患者和匹配对照的尸检下丘脑组织
2610	2025-03-11	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Mar-08, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	本文探讨了新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何通过转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤的发展	揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过转录重编程绕过BRAF诱导的生长停滞，促进黑色素瘤发展的新机制	研究主要依赖于小鼠模型和基因组分析，人类临床数据的应用可能有限	研究新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何影响BRAFV600E诱导的生长停滞及黑色素瘤发展	黑色素细胞	癌症研究	黑色素瘤	基因组分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因组数据、临床数据、转录组数据	NA
2611	2025-03-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals that CD177+ Tregs enhance immunosuppression through apoptosis and resistance to immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03330-2 PMID:40055567	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和严格筛选策略，发现CD177作为肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）的特异性生物标志物，揭示了其在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制作用和潜在治疗靶点	首次鉴定出CD177作为TiTregs的特异性生物标志物，并揭示了其在HCC中的免疫抑制机制和潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证CD177抑制的效果	探索肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）	癌症免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	CD177 Treg条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
2612	2025-03-11	Sour neuronal signalling attenuates macrophage mediated liver injury 2025-Mar-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	研究论文	本研究探讨了酸味刺激通过神经信号减轻巨噬细胞介导的肝损伤的机制	揭示了TAFA2蛋白在神经元中的诱导作用及其通过CCR2受体招募和激活巨噬细胞导致肝损伤的机制，并发现酸味刺激能减少TAFA2的产生和肝损伤	NA	研究酸味刺激对肝缺血再灌注损伤（IRI）的影响及其机制	小鼠和人类	NA	肝病	单细胞测序、RNA测序	NA	基因表达数据、临床数据	小鼠模型和人类临床试验
2613	2025-03-11	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	本文通过命运映射和单细胞转录组学技术，揭示了肺再生与肿瘤发生之间的相似性，并发现Il1r1作为AT2重编程的共同激活因子	揭示了NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用，以及突变细胞如何通过获得谱系不忠实性和可逆状态转变来调控野生型AT2细胞动态	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨调控干细胞命运的失调如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变的肺泡II型（AT2）干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运映射、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个小鼠AT2干细胞
2614	2025-03-11	Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1 2025-Mar-06, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815 PMID:40057081	研究论文	本研究利用人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，探讨了甲型流感病毒（IAV）与肺炎链球菌（SP）共感染对肺部免疫反应的影响，特别关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制	首次结合人类肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，揭示了IAV与SP共感染引起的复杂免疫反应，并明确了ZO-1在维持肺屏障完整性中的关键作用	研究依赖于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫环境	探讨IAV与SP共感染对肺部免疫反应的影响，特别是ZO-1的作用机制	人类肺芯片模型中的肺细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序	人类肺芯片模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
2615	2025-03-11	Spatially separated epithelium-associated and lamina propria neutrophils present distinct functional identities in the inflamed colon mucosa 2025-Mar-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.02.008 PMID:40057307	研究论文	本文研究了炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞（PMNs）的功能差异	首次揭示了结肠黏膜中不同空间位置的中性粒细胞（LPNs和EANs）具有不同的功能特性，并发现EANs可能作为疾病驱动因素	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类IBD的复杂性	探讨炎症性肠病（IBD）中结肠黏膜内不同空间位置的中性粒细胞的功能差异及其临床意义	结肠黏膜中的中性粒细胞（PMNs），特别是位于固有层黏膜（LPNs）和隐窝上皮（EANs）的中性粒细胞	生物医学研究	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间RNA转录组学，实时活体成像	NA	RNA测序数据，活体成像数据	小鼠模型和人类IBD患者样本
2616	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
2617	2025-03-11	Pancreatic alpha and beta cell fate choice is directed by apical-basal polarity dynamics 2025-Mar-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.02.008 PMID:40056911	研究论文	本文探讨了细胞顶端-基底极性在胰腺内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运中的调控作用	首次揭示了顶端-基底极性状态作为多能内分泌祖细胞分化为α或β细胞命运的关键调控因素	研究主要基于人类内分泌祖细胞，未涉及其他物种或细胞类型	研究细胞顶端-基底极性如何调控胰腺内分泌祖细胞的分化命运	人类胰腺内分泌祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
2618	2025-03-11	ENPP1 promotes immune suppression, drug resistance, and adverse outcomes in bladder cancer: Potential for targeted therapy 2025-Mar-04, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2025.03.001 PMID:40058167	研究论文	本研究探讨了ENPP1在膀胱癌中的表达及其对肿瘤进展、凋亡和免疫微环境的影响	首次系统性地研究了ENPP1在膀胱癌中的作用，揭示了其与肿瘤进展、免疫浸润和化疗耐药性的关系	样本量较小，仅包括36名膀胱癌患者的本地临床队列	研究ENPP1在膀胱癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	膀胱癌患者和膀胱癌细胞系	生物信息学	膀胱癌	RT-qPCR, Western blotting, 免疫组化, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	36名膀胱癌患者的本地临床队列, TCGA-BLCA和GEO数据集
2619	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2620	2025-03-11	Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study 2025-Mar, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104446 PMID:39923360	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）和未折叠蛋白反应（UPR）过程是否可以作为复发性流产（RPL）预防、诊断和治疗的潜在靶点	通过生物信息学方法，首次系统地分析了ERS和UPR在RPL中的作用，并验证了六个关键基因的表达趋势	研究主要依赖于公开数据集，缺乏实验验证	探索ERS和UPR在RPL中的潜在作用	复发性流产（RPL）	生物信息学	复发性流产	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因表达数据	两个RPL数据集（GSE165004和GSE26787）