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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2601 | 2025-10-06 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓细胞脂肪酸代谢通过激活邻近造血干细胞促进射血分数保留型心力衰竭的新机制 | 首次发现骨髓细胞脂肪酸代谢通过VCAM1促进造血干细胞增殖,构成HFpEF的新干细胞特征 | 动物模型与人类疾病存在差异,机制研究仍需进一步验证 | 探究HFpEF发病机制中免疫细胞与造血干细胞的相互作用 | HFpEF患者样本和高脂饮食高血压小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 射血分数保留型心力衰竭 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,质谱分析,碳标记 | NA | 单细胞转录组数据,质谱数据,流式细胞数据 | 患者样本和动物模型(具体数量未明确说明) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2602 | 2025-10-06 |
Identification and characterization of early human photoreceptor states and cell-state-specific retinoblastoma-related features
2025-Apr-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.530247
PMID:38915659
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研究论文 | 通过全长单细胞RNA测序识别早期人类光感受器状态及视网膜母细胞瘤相关特征 | 首次揭示未解决的感光细胞前体状态,发现早期锥细胞前体内在基因表达在视网膜母细胞瘤起始中的作用 | NA | 理解人类锥感光细胞与杆细胞的发育差异及其在视网膜母细胞瘤发生中的作用 | 人类锥感光细胞和杆感光细胞的发育状态 | 单细胞基因组学 | 视网膜母细胞瘤 | 全长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2603 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases
2025-Apr, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03530-z
PMID:40016452
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研究论文 | 通过多模态单细胞测序和空间转录组学揭示非小细胞肺癌脑转移的基因组景观 | 首次在初治NSCLC患者中整合单核RNA/T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序,发现染色体不稳定性是脑转移的显著特征 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 探索非小细胞肺癌脑转移的生物学机制 | 非小细胞肺癌患者的脑转移灶和原发肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单核RNA测序, T细胞受体测序, 单细胞空间转录组学, 全基因组测序, 多重免疫荧光 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 空间转录组数据 | 初治NSCLC患者样本(具体数量未明确)+ 4,869名独立患者验证队列 + 12,275名NSCLC患者新队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全基因组测序 | NA | NA |
2604 | 2025-10-06 |
STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57117-w
PMID:39979358
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研究论文 | 提出一种统一统计模型STANCE,用于检测空间转录组学中的空间变异基因和细胞类型特异性空间变异基因 | 在线性混合效应模型框架下整合基因表达、空间位置和细胞类型组成信息,确保组织空间旋转不变性的结果 | 未在论文摘要中明确说明 | 开发能够准确检测空间变异基因和细胞类型特异性空间变异基因的统计方法 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | 线性混合效应模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2605 | 2025-10-06 |
The use of deidentified organ donor testes for research
2025-Feb-06, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70008
PMID:39912553
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综述 | 探讨使用去标识化器官捐赠者睾丸组织进行人类睾丸发育与功能研究的价值与应用 | 系统阐述利用遗体捐赠者完整睾丸组织作为研究资源的独特价值,弥补活检样本的局限性 | 未涉及具体实验数据,主要基于现有研究进行综述分析 | 推动人类睾丸发育与功能的基础科学研究 | 去标识化人类捐赠者睾丸组织 | 生殖医学 | 不育症 | 单细胞转录组分析、表观基因组分析、细胞技术开发 | 体外模型 | 分子数据、细胞学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、表观基因组学 | NA | NA |
2606 | 2025-10-06 |
Identification of therapeutic targets for Alzheimer's Disease Treatment using bioinformatics and machine learning
2025-01-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88134-w
PMID:39890844
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研究论文 | 通过生物信息学和机器学习方法识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点 | 整合多种生物信息学方法和机器学习算法识别出五个与AD相关的枢纽基因,其中PLCB1具有最高诊断价值 | NA | 识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点 | 阿尔茨海默病相关基因 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、Mfuzz聚类、单细胞RNA测序 | LASSO回归、SVM-RFE、随机森林 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2607 | 2025-10-06 |
GPX4 expression changes in proximal tubule cells highlight the role of ferroptosis in IgAN
2025-01-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-87228-9
PMID:39890853
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和微阵列数据分析,探讨了氧化应激在IgA肾病中的作用机制,重点关注近端肾小管细胞中铁死亡的调控 | 首次在IgA肾病中发现近端肾小管细胞中铁死亡活动的显著改变,并确定GPX4作为关键调控因子 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证 | 探究氧化应激在IgA肾病中的作用机制及细胞组织损伤保护机制 | IgA肾病患者的肾脏组织样本 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 微阵列, 免疫组织化学 | 基因集变异分析(GSVA), 富集分析 | 基因表达数据, 组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列分析 | NA | NA |
2608 | 2025-10-06 |
TRα1 mutant suppresses KLF9 to cause endometrial metaplasia with ectopic IL-33 expression leading to uterine fibrosis and infertility
2025-01-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-86848-5
PMID:39890871
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了TRα1突变通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和异位IL-33表达,进而引发子宫纤维化和不孕的分子机制 | 首次发现TRα1突变通过抑制KLF9导致子宫内膜鳞状化生,并鉴定IL-33是驱动子宫纤维化和不孕的关键因子 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 阐明甲状腺激素受体突变导致女性不孕的分子机制 | 表达突变TRα1的Thra1转基因小鼠 | 生殖医学 | 不孕症 | RNA-seq, 激光捕获显微切割, 空间转录组学 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学, RNA测序 | NA | NA |
2609 | 2025-10-06 |
A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause
2025-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55440-2
PMID:39753552
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研究论文 | 通过单细胞RNA和ATAC测序构建了人类健康输卵管在月经周期和绝经期间的全面细胞图谱 | 首次系统揭示了输卵管在月经周期和绝经期间细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的重大变化 | 仅关注健康输卵管组织,未涉及病理状态下的变化 | 构建人类输卵管在生殖周期不同阶段的细胞图谱 | 人类输卵管组织 | 单细胞组学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 85,107个绝经前细胞和46,111个绝经后细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
2610 | 2025-10-06 |
Deeper response predicts better outcomes in high-risk-smoldering-myeloma: results of the I-PRISM phase II clinical trial
2025-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55308-5
PMID:39753553
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研究论文 | 评估伊沙佐米、来那度胺和地塞米松联合治疗高危冒烟型骨髓瘤的II期临床试验结果 | 首次证明深度治疗反应与高危冒烟型骨髓瘤患者长期预后显著相关 | 单臂研究设计,样本量较小(55例患者) | 评估早期治疗干预对高危冒烟型骨髓瘤患者长期预后的影响 | 55例高危冒烟型骨髓瘤患者 | 临床医学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,基因表达数据 | 55例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2611 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of healthy and fibrotic human liver at single-cell resolution
2025-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55325-4
PMID:39747812
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术绘制了健康与纤维化人类肝脏的单细胞分辨率空间图谱 | 首次在单细胞分辨率下描述人类肝脏的空间组织结构,并揭示纤维化过程中的细胞空间重塑 | NA | 探索人类肝脏在健康和纤维化状态下的空间细胞组织和基因表达特征 | 人类肝脏组织(健康和纤维化样本) | 空间转录组学 | 肝纤维化 | MERFISH, snRNA-seq | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 多重错误稳健荧光原位杂交(MERFISH),单核RNA测序(snRNA-seq) |
2612 | 2025-10-06 |
Isolation of Mouse Bone Marrow Niche Cells for Single-Cell Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_630
PMID:40397275
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方法论文 | 介绍从小鼠股骨和胫骨中分离骨髓微环境细胞用于单细胞RNA测序的方法 | 通过荧光激活细胞分选技术实现高质量骨髓微环境细胞的分离,确保高活性和纯度 | NA | 开发骨髓微环境细胞分离方法以支持单细胞测序研究 | 小鼠骨髓微环境细胞 | 单细胞生物学 | NA | 荧光激活细胞分选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2613 | 2025-10-06 |
Stem Cell Niche: iPSC-Based Assembloids for Modeling Human Hematopoiesis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_629
PMID:40459837
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研究论文 | 开发了一种基于iPSC的3D骨髓模拟组装体用于模拟人类造血过程 | 建立了患者特异性3D骨髓模拟组装体平台,可精确控制细胞组成和遗传背景,成功重现了骨髓增生性肿瘤的关键特征 | NA | 研究造血调控机制和骨髓微环境重塑 | 诱导多能干细胞(iPSCs)、人类原代间充质基质细胞(MSCs) | 干细胞研究 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 3D组装体模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2614 | 2025-10-06 |
Integrated Bioinformatics and Experimental Validation Reveal Macrophage Polarization-Related Biomarkers for Osteoarthritis Diagnosis
2025, Journal of multidisciplinary healthcare
IF:2.7Q2
DOI:10.2147/JMDH.S537507
PMID:40765736
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证构建与巨噬细胞极化相关的骨关节炎诊断模型 | 首次整合WGCNA、差异表达分析和多种机器学习算法识别巨噬细胞极化相关关键基因,并构建骨关节炎诊断模型 | 需要进一步的临床研究和实验评估来验证研究结果 | 识别骨关节炎中巨噬细胞极化相关关键基因并构建诊断模型 | 骨关节炎患者的滑膜组织和基因表达数据 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RT-qPCR, IHC | LASSO, 随机森林, SVM-RFE | 基因表达数据 | 15例临床样本(OA:10, 对照:5)用于RT-qPCR,11例样本(OA:6, 对照:5)用于IHC | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2615 | 2025-10-06 |
The novel diagnostic markers for systemic lupus erythematosus and periodontal disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1614044
PMID:40766309
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别系统性红斑狼疮和牙周病的共同诊断标志物 | 首次通过WGCNA和机器学习方法识别出LY96和TMEM140作为SLE和PD的共同诊断标志物 | 研究主要基于公共数据库的微阵列数据,需要进一步实验验证 | 探索系统性红斑狼疮和牙周病的共同遗传标志物及其诊断治疗价值 | 系统性红斑狼疮和牙周病患者基因表达数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮,牙周病 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 随机森林 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE61635,GSE16134,GSE10334,GSE50772) | NA | 单细胞RNA测序,微阵列 | NA | NA |
2616 | 2025-10-06 |
Integrating proteomics and machine learning reveals characteristics and risks of lymph node-independent distant metastasis in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1622528
PMID:40766310
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组学和机器学习方法,揭示了结直肠癌中不依赖淋巴结转移的远处转移特征和风险 | 首次开发了淋巴结非依赖性转移基因特征来预测I-II期结直肠癌患者的同步远处转移风险,并发现ITGA11在早期转移中的关键作用 | 样本量相对较小(12例患者),需要在更大规模队列中进一步验证 | 探索结直肠癌中不依赖淋巴结转移的远处转移的生物学特征和预测方法 | 结直肠癌患者组织样本和SW480细胞系 | 机器学习 | 结直肠癌 | 数据非依赖性采集质谱、单细胞RNA测序、免疫组织化学、伤口愈合实验、transwell实验 | 机器学习模型 | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据 | 12例结直肠癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
2617 | 2025-10-06 |
Single-cell and multi-omics analysis reveals the role of stem cells in prognosis and immunotherapy of lung adenocarcinoma patients
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1634830
PMID:40766320
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研究论文 | 通过单细胞和多组学分析构建基于干细胞的预后模型,用于预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗反应 | 首次通过单细胞RNA测序识别干细胞群体,结合多组学数据和多种机器学习算法构建干细胞预后模型,能够预测免疫治疗反应和肿瘤免疫微环境特征 | 模型验证主要依赖回顾性队列,需要在前瞻性研究中进一步验证 | 研究干细胞在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 机器学习 | CoxBoost+Enet, 多种机器学习算法 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 7个独立肺腺癌队列和免疫治疗数据集,外加内部医院队列 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
2618 | 2025-10-06 |
Targeting PDCD4 in cancer and atrial fibrillation: mechanistic insights from integrated multi-omics and single-cell analysis
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1593815
PMID:40766329
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研究论文 | 通过整合多组学和单细胞分析揭示PDCD4在癌症和心房颤动中的调控机制 | 首次整合蛋白质相互作用网络、转录组分析和单细胞RNA测序数据系统研究PDCD4在心房颤动中的作用机制 | 样本量有限,主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探索PDCD4相关关键基因及其在心房颤动中的调控机制 | 心房颤动患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 分子对接 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络, miRNA-mRNA调控网络 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 心房颤动患者和健康对照者的PBMCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
2619 | 2025-10-06 |
Inferring Metabolic Flux from Gene Expression Data Using METAFlux
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_10
PMID:40779111
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研究论文 | 开发了一种名为METAFlux的计算方法,用于从基因表达数据推断代谢通量 | 首次将通量平衡分析(FBA)应用于从bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据推断代谢反应活性 | 依赖于代谢组学技术的当前限制,可能无法完全表征肿瘤代谢组 | 解决肿瘤代谢重编程研究的计算分析缺口 | 恶性肿瘤细胞和肿瘤微环境中的细胞 | 计算生物学 | 癌症 | 通量平衡分析(FBA), RNA测序 | METAFlux | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2620 | 2025-10-06 |
Inferring Phenotypes of Copy Number Clones in Cancer Populations Using TreeAlign
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4566-6_7
PMID:40779108
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研究论文 | 介绍使用TreeAlign方法联合分析单细胞全基因组测序和单细胞RNA测序数据中的拷贝数和基因表达 | 开发了能够匹配scRNA数据与scWGS推断克隆的系统发育感知方法,能够稳健建模基因剂量对基因表达的影响 | 需要同时具备单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据,两种模式的联合测量并不常见 | 在单细胞水平上关联表达变化与拷贝数变化 | 癌症细胞群体中的拷贝数克隆 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞全基因组测序 | TreeAlign | 基因表达数据, 拷贝数变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞全基因组测序 | NA | NA |