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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26161 | 2024-08-07 |
uPAR (PLAUR) Marks Two Intra-Tumoral Subtypes of Glioblastoma: Insights from Single-Cell RNA Sequencing
2024-Feb-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25041998
PMID:38396677
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,分析了uPAR(PLAUR)在胶质母细胞瘤(GBM)中的作用及其分子合作者 | 首次全面研究uPAR在GBM内部亚型中的功能及其分子合作者,无需预设生物学途径 | NA | 探讨uPAR在胶质母细胞瘤内部亚型中的作用及其分子机制 | uPAR在胶质母细胞瘤中的作用及其分子合作者 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 37名胶质母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 26162 | 2024-08-07 |
Targeting tumor-stromal interactions in triple-negative breast cancer using a human vascularized micro-tumor model
2024-01-05, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01760-y
PMID:38183074
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研究论文 | 本研究利用人血管化微肿瘤模型,探索三阴性乳腺癌中肿瘤-基质相互作用的分子基础及潜在治疗靶点 | 采用先进的体外微生理系统——血管化微肿瘤模型,结合单细胞RNA测序技术,揭示了正常乳腺组织基质细胞在三阴性乳腺癌微环境中的促癌信号通路 | NA | 研究三阴性乳腺癌中肿瘤-基质相互作用的分子机制,并探索潜在的治疗靶点 | 三阴性乳腺癌中的肿瘤-基质相互作用及其治疗靶点 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 血管化微肿瘤模型 | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26163 | 2024-08-04 |
Tumor-associated macrophages promoting PD-L1 expression in infiltrating B cells through the CXCL12/CXCR4 axis in human hepatocellular carcinoma
2024, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:38455420
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研究论文 | 该研究探讨了肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞通过CXCL12/CXCR4轴促进浸润B细胞PD-L1表达的机制 | 发现了一种新型的调节性B细胞PD-L1 Bregs,揭示了它们与CXCL12 TAMs之间的相互作用以及其在肝细胞癌中的作用 | 该研究的局限性可能在于基于单细胞RNA-seq数据的分析,这可能不能完全代表肿瘤微环境的复杂性 | 研究肝细胞癌中细胞间通信的机制 | 调节性B细胞、肿瘤相关巨噬细胞及其在肝细胞癌中的相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA-seq、免疫组化 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | 使用了小鼠模型进行实验验证,具体样本数量未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 26164 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals one cancer-associated fibroblasts subtype linked to metastasis in breast cancer: MXRA5 as a potential novel marker for prognosis
2024, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:38455411
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了乳腺癌中与转移相关的特定癌症相关成纤维细胞亚型FN1+CAF2,并鉴定了MXRA5作为潜在的新型预后标志物。 | 首次识别出与乳腺癌转移相关的特定癌症相关成纤维细胞亚型FN1+CAF2,并发现MXRA5可能作为新的标志物参与乳腺癌转移的调控。 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据,未来需要更多的实验验证MXRA5在乳腺癌转移中的具体作用机制。 | 揭示乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在转移中的作用,寻找新的预后标志物。 | 乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其亚型,以及它们与乳腺癌转移的关系。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个乳腺癌患者的组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26165 | 2024-08-07 |
Single-cell expression profile of Drosophila ovarian follicle stem cells illuminates spatial differentiation in the germarium
2023-06-20, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01636-9
PMID:37340484
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型的基因表达模式,以研究干细胞群体内的异质性和与分化相关的变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术对果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型进行基因表达分析,揭示了干细胞群体的空间分化模式 | NA | 研究干细胞群体在成年组织中的组织和调控机制,以及这些机制如何影响癌症起源和细胞替代策略的开发 | 果蝇卵巢滤泡干细胞及其邻近细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括滤泡干细胞及其邻近细胞类型(护送细胞和滤泡细胞)的预分类细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 26166 | 2024-08-07 |
Ezrin's role in gastric cancer progression: Implications for immune microenvironment modulation and therapeutic potential
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27155
PMID:38449647
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组技术分析胃癌细胞系MKN-45和HGC-27之间的差异表达蛋白,筛选出ezrin作为目标蛋白,并探讨了ezrin表达水平与免疫微环境和基因组变化之间的关系。 | 首次探讨了ezrin在胃癌中的免疫调节作用及其与基因组不稳定性的关系,并预测了ezrin与免疫治疗和化疗敏感性的关联。 | 研究主要基于细胞系和数据库分析,未来需要更多临床样本验证ezrin在胃癌中的作用。 | 阐明ezrin在胃癌中的预后、免疫学和治疗价值。 | 胃癌细胞系MKN-45和HGC-27,以及TCGA和GEO数据库中的患者信息。 | 数字病理学 | 胃癌 | 蛋白质组技术 | NA | 蛋白质数据 | 涉及胃癌细胞系和数据库中的患者信息 | NA | NA | NA | NA |
| 26167 | 2024-08-07 |
Bulk anda single-cell transcriptome profiling reveals the molecular characteristics of T cell-mediated tumor killing in pancreatic cancer
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27216
PMID:38449660
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞转录组分析,揭示了胰腺癌中T细胞介导的肿瘤杀伤的分子特征 | 开发了TRGscore评分系统,有效预测胰腺癌患者对化疗或免疫治疗的反应及总体生存率 | NA | 探索胰腺癌中T细胞介导的肿瘤杀伤的分子机制,并识别可能从免疫检查点阻断治疗中获益的患者亚群 | 胰腺癌患者的T细胞介导的肿瘤杀伤机制 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 涉及胰腺癌患者的样本,分为两个亚群进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 26168 | 2024-08-07 |
Loss of chromosome Y in regulatory T cells
2024-Mar-05, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10168-7
PMID:38443832
|
研究论文 | 研究探讨了染色体Y在调节性T细胞中的缺失情况及其对T淋巴细胞分化的影响 | 首次发现调节性T细胞中染色体Y的缺失显著增加,并影响淋巴细胞分化 | 研究样本量有限,需要进一步的大规模研究验证 | 探究染色体Y在特定CD4+ T淋巴细胞亚群中的缺失情况及其对疾病风险的影响 | 调节性T细胞及其他T淋巴细胞亚群 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 23个PBMC样本和32个CD4+ T淋巴细胞富集样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26169 | 2024-08-07 |
Targeted knockdown of PGAM5 in synovial macrophages efficiently alleviates osteoarthritis
2024-Mar-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00318-8
PMID:38433252
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研究论文 | 本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶5(PGAM5)在滑膜巨噬细胞中的作用及其对骨关节炎(OA)的影响 | 首次发现PGAM5在OA滑膜巨噬细胞中的显著增加,并通过条件性敲除PGAM5减轻OA症状,促进软骨细胞的合成代谢 | NA | 研究PGAM5在滑膜巨噬细胞中的作用,探索其作为治疗骨关节炎的新策略 | 骨关节炎(OA)中的滑膜巨噬细胞和软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类样本的组织学分析和鼠模型的单细胞RNA测序结果 | NA | NA | NA | NA |
| 26170 | 2024-08-04 |
ITGAM-mediated macrophages contribute to basement membrane damage in diabetic nephropathy and atherosclerosis
2024-Feb-27, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-024-03505-1
PMID:38413872
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研究论文 | 本研究分析了ITGAM介导的巨噬细胞在糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的作用 | 发现ITGAM作为关键基因参与了糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤 | 未提供研究中可能存在的具体局限性信息 | 研究糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤及其相关机制 | 糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者的转录组特征 | 生物信息学 | 糖尿病相关并发症 | 转录组分析、免疫浸润分析、单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 来源于基因表达综合数据库的糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26171 | 2024-08-07 |
Unraveling the activation process and core driver genes of HSCs during cirrhosis by single-cell transcriptome
2023-08, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.1177/15353702231191109
PMID:37674431
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了非肝硬化和肝硬化肝组织样本,深入探索了肝星状细胞(HSCs)的激活过程并发现了更好的治疗靶基因 | 通过单细胞RNA测序和伪时间分析,揭示了HSCs向肌成纤维细胞分化的关键基因,并识别了HSCs从静止到激活状态的主要调控因子 | NA | 深入探索肝星状细胞(HSCs)的激活过程并发现更好的治疗靶基因 | 肝星状细胞(HSCs)及其在肝硬化中的激活过程 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个非肝硬化肝组织样本和10个肝硬化肝组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26172 | 2024-08-07 |
Establishment of the large-scale longitudinal multi-omics dataset in COVID-19 patients: data profile and biospecimen
2022-Sep, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:35996834
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研究论文 | 本文建立了COVID-19患者的大规模纵向多组学数据集,并提供了数据概况和生物样本信息 | 本研究收集了300名COVID-19患者和120名健康对照的全面生物样本和纵向多组学数据,包括全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序等 | NA | 旨在帮助管理当前和未来的病毒介导的流行病,并促进对COVID-19感染中涉及的生物相互作用的理解 | COVID-19患者的生物样本和多组学数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 全基因组测序、单细胞RNA测序结合T细胞受体和B细胞受体测序、批量TCR/BCR测序、细胞因子 profiling | NA | 生物样本和多组学数据 | 300名COVID-19患者和120名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 26173 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation
2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032
PMID:33039479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型 | 本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因,并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架 | NA | 旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因 | 哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 哮喘急性发作患者和健康对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 26174 | 2024-08-04 |
A dynamical perspective: moving towards mechanism in single-cell transcriptomics
2024-Apr-22, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2023.0049
PMID:38432314
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评论 | 本文探讨了单细胞转录组学中从表象描述转向机制理解的重要性 | 提出在单细胞分辨率下捕获动态信息的价值,以获取机制见解 | 未明确指出该研究的具体限制 | 目的在于促进对基因调控的机制理解 | 主要研究单细胞转录组学技术和动态信息 | 数字病理学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26175 | 2024-08-04 |
Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing
2024-Mar-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03602-23
PMID:38315121
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研究论文 | 本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统,以检测水平基因转移 (HGT) | 引入了元基因组共条形码测序(MECOS),实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道 | 传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制 | 旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制 | 研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落 | 数字病理学 | NA | 元基因组共条形码测序 | NA | DNA序列 | 超过3000个HGT块,涉及约6000个基因和100个分类组 | NA | NA | NA | NA |
| 26176 | 2024-08-07 |
Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Mar-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10147-y
PMID:38438962
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据,识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。 | 首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制,特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。 | 研究主要集中在细胞实验层面,未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 揭示白癜风的发病机制,特别是RNA结合蛋白在其中的作用。 | 白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。 | 数字病理学 | 白癜风 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq),批量RNA测序(RNA-seq) | NA | RNA | 14种不同细胞类型,28种细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 26177 | 2024-08-04 |
Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics
2024-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46413-6
PMID:38431724
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研究论文 | 该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder,能够快速识别恶性细胞 | 提出了一种新的算法Cancer-Finder,具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注 | 目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现 | 研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性 | 研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序和空间转录组测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26178 | 2024-08-04 |
High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling
2024-Feb-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85419
PMID:38390967
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研究论文 | 该文章建立了一种新型的多重追踪方法,同时表征单神经元的投射组和转录组 | 提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法,能够同时分析神经元投射和转录组特征 | 该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战 | 帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制 | 探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征 | 神经科学 | NA | 条形码连接组学 | NA | 转录组数据 | 大量单神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26179 | 2024-08-07 |
Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state
2024-02-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53381-w
PMID:38332235
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研究论文 | 本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞,无需经过原始状态 | 本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞,无需添加外源性BMP4,通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路 | NA | 探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制 | 人类多能干细胞和滋养层干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 26180 | 2024-08-07 |
Microglia sense astrocyte dysfunction and prevent disease progression in an Alexander disease model
2024-02-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awad358
PMID:37955589
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研究论文 | 本研究探讨了微胶质细胞在亚历山大疾病模型中感知星形胶质细胞功能障碍并防止疾病进展的作用 | 首次展示了微胶质细胞通过P2Y12受体感知星形胶质细胞功能障碍,并通过改变形态和钙信号传导来保护对抗亚历山大疾病病理 | NA | 探究微胶质细胞在亚历山大疾病中的作用及其机制 | 微胶质细胞和星形胶质细胞在亚历山大疾病模型中的相互作用 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 免疫组织化学研究,钙成像,单细胞RNA测序,ATP成像 | NA | 图像数据 | 60TM小鼠模型和野生型小鼠 | NA | NA | NA | NA |