单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26161	2024-08-09	Seq-Well: A Sample-Efficient, Portable Picowell Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_8 PMID:31028635	研究论文	Seq-Well是一种低成本的微型井平台，可用于同时分析来自不同临床样本的数千个细胞的转录组	Seq-Well通过独特的条形码mRNA捕获珠和细胞共同限制在微型井中，使用半透膜密封，实现高效的细胞裂解和mRNA捕获	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序平台	单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	数千个细胞
26162	2024-08-09	Targeted TCR Amplification from Single-Cell cDNA Libraries 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_13 PMID:31028640	研究论文	本文描述了一种从单细胞全长cDNA文库中针对TCR CDR3区域进行靶向扩增的敏感协议	利用RNase H依赖的PCR（rhPCR）的特异性，实现TCR等位基因的扩增和细胞条形码的添加在一个PCR步骤中完成	NA	开发一种新的方法来确定T细胞的特异性	TCR CDR3区域	基因组学	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	cDNA	单细胞
26163	2024-08-09	Simultaneous Profiling of mRNA Transcriptome and DNA Methylome from a Single Cell 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_21 PMID:31028648	研究论文	本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析DNA甲基化和RNA转录组	scMT-seq方法能够从单个细胞中同时测量DNA甲基化和RNA转录水平，这在技术上是一个重大突破	NA	揭示单个细胞中DNA甲基化和转录水平之间的调控关系	单个细胞中的DNA甲基化和RNA转录组	数字病理学	NA	scMT-seq	NA	DNA甲基化和RNA转录数据	从单个细胞中测量了0.5-1百万个CpG位点的DNA甲基化状态和10,000个基因的mRNA水平
26164	2024-08-09	Differential Expression Analysis in Single-Cell Transcriptomics 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_25 PMID:31028652	研究论文	本文探讨了在单细胞转录组学中使用edgeR工具进行差异表达分析的方法	比较了不同工具在单细胞数据差异表达分析中的表现，发现edgeR与准似然F检验（QLF）优于其他方法	NA	研究单细胞转录组数据中差异表达分析的方法	单细胞转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	两组或多组单细胞样本
26165	2024-08-09	A Bioinformatic Toolkit for Single-Cell mRNA Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_26 PMID:31028653	研究论文	本文介绍了一个用于单细胞mRNA分析的生物信息学工具包，涵盖了从实验设计到数据处理的各个步骤	本文提供了一个通用的分析流程概述，并介绍了一系列现有的工具	NA	介绍和评估用于单细胞RNA-Seq分析的计算工具	单细胞RNA-Seq数据分析的各个步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	多达一百万个单细胞
26166	2024-08-09	scClustViz - Single-cell RNAseq cluster assessment and visualization 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16198.2 PMID:31016009	研究论文	本文介绍了一种名为scClustViz的R Shiny软件工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的聚类评估和可视化	scClustViz提供了一个简单的交互式图形用户界面，用于探索scRNAseq数据并评估聚类结果的生物学相关性	NA	开发一种工具，用于评估和可视化单细胞RNA测序数据的聚类结果	单细胞RNA测序数据及其聚类结果的生物学相关性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
26167	2024-08-09	Detection of differentially expressed genes in discrete single-cell RNA sequencing data using a hurdle model with correlated random effects 2019-12, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13074 PMID:31009065	研究论文	本文提出了一种新的统计模型，用于高维和零膨胀的单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数数据，以识别不同细胞类型中的差异表达（DE）基因	本文引入了一种基于初始细胞聚类的相关随机效应模型，以捕捉治疗组内细胞间的变异性，并展示了该模型在检测表达细胞比例和平均表达水平差异方面的优势	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的计算方法，以识别差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	hurdle model	计数数据	NA
26168	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing of paired TCRα and TCRβ genes for the direct expression-cloning and functional analysis of murine T-cell receptors 2019-08, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201848030 PMID:31017295	研究论文	本文介绍了一种高通量策略，用于从初级小鼠T细胞中无偏差地扩增和自动序列分析配对的TCRα和TCRβ基因	该平台能够在单细胞水平上连接细胞表型和TCR基因序列信息，并通过高效克隆两个基因和生成稳定表达TCR的细胞系，实现直接功能分析	NA	确定小鼠T细胞受体库的多样性和质量	小鼠T细胞的TCRα和TCRβ基因	NA	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	初级小鼠T细胞
26169	2024-08-09	Single-Cell Lymphocyte Heterogeneity in Advanced Cutaneous T-cell Lymphoma Skin Tumors 2019-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-0148 PMID:31010835	研究论文	本文通过单细胞转录组分析探讨了晚期皮肤T细胞淋巴瘤皮肤肿瘤中淋巴细胞的异质性	首次通过液滴法单细胞转录组分析揭示了患者特异性的恶性与反应性淋巴细胞在肿瘤局部微环境中的景观，为识别特定标记物提供了基础	仅限于5名晚期CTCL患者和4名健康捐赠者的皮肤活检样本	探讨皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中T淋巴细胞的异质性，为诊断和治疗提供新的标记物	晚期皮肤T细胞淋巴瘤患者的皮肤肿瘤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,056个CD3+淋巴细胞（448个来自正常样本，13,608个来自CTCL皮肤样本）
26170	2024-08-09	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	Masuda等人使用单细胞RNA测序技术研究了小鼠大脑中不同解剖部位、发育阶段和病理类型的微胶质细胞，并对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析	首次对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析，并发现了跨物种保守的微胶质细胞亚群	NA	研究大脑发育和疾病中微胶质细胞的空间和时间异质性	小鼠和多发性硬化症患者的微胶质细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和多发性硬化症患者的样本
26171	2024-08-09	Droplet-based single cell RNAseq tools: a practical guide 2019-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc01239c PMID:30997473	review	本文通过比较三种主要的基于液滴的单细胞RNA测序系统（Drop-seq、inDrop和Chromium 10X）及其衍生系统，提供了一个实用的指南，涵盖了典型的单细胞RNA测序实验的所有步骤	NA	讨论了这些系统的局限性及其在基因组细胞计数新兴领域中的应用	理解这些系统深入探究生物学的能力	基于液滴的单细胞RNA测序系统	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
26172	2024-08-09	A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root 2019-05-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2019.04.004 PMID:31004836	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞转录组的高度异质性，并识别了24个潜在的细胞群及其特异性标记基因	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了拟南芥根部细胞的高度异质性及其在根细胞分化过程中的中间状态表达特征	NA	探索拟南芥根部细胞在动态发育过程中的转录调控	拟南芥根部细胞的转录组异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个拟南芥根部细胞
26173	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of the regenerating intestine reveal a revival stem cell 2019-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1154-y PMID:31019301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了再生小肠中的特定细胞类型，即复苏干细胞（revSC），并探讨了其在肠道再生中的作用	首次鉴定出一种新的干细胞类型——复苏干细胞（revSC），并揭示了其在肠道再生中的重要作用	NA	研究肠道再生过程中的特定细胞类型及其作用机制	小肠再生过程中的细胞类型和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肠道样本
26174	2024-08-09	Select sequencing of clonally expanded CD8+ T cells reveals limits to clonal expansion 2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1902649116 PMID:30992377	研究论文	本文开发了一种名为SELECT-seq的方法，用于选择基于RNA表达的稀有细胞，并对其进行深度单细胞RNA测序，以研究抗原特异性T细胞的克隆性	SELECT-seq方法允许在深度单细胞RNA测序之前选择基于RNA表达的稀有细胞，从而研究抗原特异性T细胞的克隆性	文章指出，高度扩增的传统CD8 T细胞下调白细胞介素2受体α（IL2RA，或CD25）蛋白并显示衰老迹象，表明克隆扩增存在固有限制	研究抗原特异性T细胞的克隆性及其扩增的限制	外周血淋巴细胞中的CD8 T细胞、不变自然杀伤T细胞（iNKT）和黏膜相关不变T细胞（MAIT）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	单个外周血淋巴细胞
26175	2024-08-09	Early alterations in stem-like/resident T cells, innate and myeloid cells in the bone marrow in preneoplastic gammopathy 2019-04-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.127807 PMID:31013254	研究论文	研究分析了健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者骨髓中的免疫细胞，通过质谱流式细胞术和单细胞转录组分析，揭示了在癌前病变中免疫微环境的早期变化	首次详细描述了在癌前病变中先天性和适应性免疫的变化，并提出骨髓驻留T细胞库的耗竭可能与骨髓瘤中免疫监视的丧失有关	样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	理解宿主对癌前病变的反应如何在恶性转化期间维持和改变，以预防癌症	健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	12名健康捐赠者和26名MGUS/骨髓瘤患者
26176	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Analyses of Neural Stem Cell Heterogeneity and Contextual Plasticity in a Zebrafish Brain Model of Amyloid Toxicity 2019-04-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.090 PMID:31018142	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了斑马鱼脑部模型中神经干细胞的异质性和环境可塑性，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。	首次揭示了在阿尔茨海默病条件下，斑马鱼脑部神经干细胞的异质性和空间组织，以及细胞间通讯通过配体-受体对的改变。	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能与人类神经干细胞的行为存在差异。	探索神经干细胞在阿尔茨海默病模型中的分子基础和可塑性，以及其在再生疗法中的潜在应用。	斑马鱼脑部的神经干细胞和神经元，特别是在Aβ42诱导的阿尔茨海默病模型中的表现。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	涉及成年斑马鱼脑部的多个细胞样本
26177	2024-08-09	ChimeraMiner: An Improved Chimeric Read Detection Pipeline and Its Application in Single Cell Sequencing 2019-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20081953 PMID:31010074	研究论文	本文构建了ChimeraMiner，一个改进的嵌合读取检测管道，用于分析MDA的测序数据并分类嵌合序列	ChimeraMiner能够发现先前管道遗漏的6,736,168个新型嵌合体，并在相同的硬件条件下显著减少了处理时间	NA	提高嵌合读取检测的效率，减少单细胞研究中的错误阳性结构变异	MDA方法产生的嵌合读取	测序技术	NA	MDA	NA	测序数据	两个数据集（MDA1和MDA2），分别包含773百万和528百万读取对
26178	2024-08-09	Single cell transcriptomics based-MacSpectrum reveals novel macrophage activation signatures in diseases 2019-04-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.126453 PMID:30990466	研究论文	本文开发了一种名为MacSpectrum的高分辨率算法平台，用于分析单细胞转录组数据，揭示了脂肪组织巨噬细胞在疾病中的新型激活特征。	首次开发了MacSpectrum平台，能够高分辨率地映射巨噬细胞的激活状态，并捕捉其在体外和体内的动态变化。	NA	旨在填补现有模型无法精确描述巨噬细胞在体内动态调节特征的知识空白。	主要研究脂肪组织巨噬细胞及其在肥胖和糖尿病中的作用。	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了来自骨髓衍生的巨噬细胞的单细胞转录组数据
26179	2024-08-09	Leveraging Single-Cell RNA Sequencing Experiments to Model Intratumor Heterogeneity 2019-04, JCO clinical cancer informatics IF:3.3Q2 DOI:10.1200/CCI.18.00074 PMID:30995123	研究论文	本文利用单细胞RNA测序实验来模拟肿瘤内异质性，并提出使用广义多样性指数（GDI）来量化多尺度上的异质性，将其与疾病演变联系起来。	本文创新性地使用广义多样性指数（GDI）来量化肿瘤内异质性，这一方法在揭示样本间差异和条件变化时比传统的香农多样性指数更为有效。	NA	研究目的是通过单细胞RNA测序数据来量化肿瘤内异质性，并探讨其与疾病演变的关系。	研究对象包括健康骨髓捐赠者、急性髓系白血病患者以及肺癌患者的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA）	NA	基因表达数据	研究涉及的数据来自两位健康骨髓捐赠者、两位急性髓系白血病患者（移植前后）、四种预分类的谱系样本以及六位多区域采样的肺癌患者。
26180	2024-08-09	Discovery and characterization of variance QTLs in human induced pluripotent stem cells 2019-04, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1008045 PMID:31002671	研究论文	本文通过全基因组方法识别表达变异数量性状位点（vQTLs），使用来自53名约鲁巴个体的诱导多能干细胞（iPSCs）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行研究	首次在人类诱导多能干细胞中识别出表达变异数量性状位点（vQTLs），并探讨了分散数量性状位点（dQTLs）对表达变异的影响	识别出的vQTLs中，部分可以被解释为对平均表达的影响，且需要大量样本才能检测到最强的dQTLs	理解基因表达变异的遗传控制	人类诱导多能干细胞中的基因表达变异	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	53名约鲁巴个体的5,447个单细胞