单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27085 篇文献，本页显示第 26161 - 26180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 26161 | 2024-08-09 |
Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment
2018-07-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.06.057
PMID:30021172
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研究论文 | 本研究通过特征化视黄酸（RA）报告鼠系，进一步解析造血干细胞（HSC）隔室，发现RA-CFP-dim HSCs主要为非增殖状态，并具有更优的植入潜能 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了细胞周期活动是HSC转录异质性的主要驱动因素，并展示了RA-CFP报告鼠系在分离优质HSC中的应用 | NA | 解析HSC隔室的异质性 | 造血干细胞（HSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过1,200个HSCs |
| 26162 | 2024-08-09 |
Single Cell RNA Sequencing of Rare Immune Cell Populations
2018, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2018.01553
PMID:30022984
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研究论文 | 本文描述了采用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术研究罕见免疫细胞在其微解剖生态位中的经验 | scRNA-Seq技术的发展使得能够识别和表征以往在群体分析中常被忽视的罕见细胞类型，揭示了免疫系统的异质性和可塑性 | NA | 探索和表征罕见免疫细胞类型及其在免疫系统中的作用 | 罕见免疫细胞及其微解剖生态位 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列数据 | 具体样本数量未提及 |
| 26163 | 2024-08-09 |
netSmooth: Network-smoothing based imputation for single cell RNA-seq
2018, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.13511.3
PMID:29511531
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研究论文 | 本文介绍了一种基于网络扩散的方法netSmooth，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的基因表达值平滑处理 | netSmooth利用基因表达谱的协方差结构先验知识，改善了scRNA-seq实验的聚类结果 | NA | 旨在解决scRNA-seq实验中的技术偏差问题，如丢失值和高方差 | 单细胞RNA测序实验中的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 网络扩散模型 | 基因表达数据 | 涉及不同细胞群体、时间序列实验和癌症基因组学的scRNA-seq实验 |
| 26164 | 2024-08-09 |
Comparison of Computational Methods for Imputing Single-Cell RNA-Sequencing Data
2020 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2018.2848633
PMID:29994128
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研究论文 | 本文比较了八种单细胞RNA测序数据插补方法，评估了它们恢复原始真实数据的能力，并分析了它们在细胞类型聚类、差异表达基因检测和谱系轨迹重建中的效果。 | 本文首次对多种单细胞RNA测序数据插补方法进行了大规模比较和评估。 | 文中指出没有一种方法在所有情况下都表现最佳，且存在可扩展性、鲁棒性和某些情况下的不可用性等缺陷。 | 比较和评估不同的单细胞RNA测序数据插补方法。 | 单细胞RNA测序数据插补方法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了模拟数据集和真实数据集进行分析 |
| 26165 | 2024-08-09 |
iS-CellR: a user-friendly tool for analyzing and visualizing single-cell RNA sequencing data
2018-12-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty517
PMID:29982379
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研究论文 | iS-CellR是一个基于网络的Shiny应用程序，旨在为用户提供友好的单细胞RNA测序数据综合分析平台 | iS-CellR通过提供一个易于访问的图形用户界面，使用户无需编程技能即可进行复杂的单细胞RNA测序分析 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于分析和可视化单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Shiny应用程序 | 数据 | NA |
| 26166 | 2024-08-09 |
NeuroSystematics and Periodic System of Neurons: Model vs Reference Species at Single-Cell Resolution
2018-08-15, ACS chemical neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.1021/acschemneuro.8b00100
PMID:29989789
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研究论文 | 本文通过结合现代系统发生基因组学、单细胞测序（scRNA-seq）、机器学习、单细胞蛋白质组学和代谢组学，重建了神经元的进化历史，并提出了神经元系统学的概念。 | 本文首次提出了神经元系统学（NeuroSystematics）的概念，类似于化学元素周期表，具有预测神经元表型和可塑性的潜力。 | NA | 研究神经元的进化历史，并提出神经元系统学的概念。 | 神经元的进化历史和神经元系统学。 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及34个门类的动物 |
| 26167 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics of a Human Kidney Allograft Biopsy Specimen Defines a Diverse Inflammatory Response
2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018020125
PMID:29980650
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肾移植活检标本，揭示了复杂的炎症反应。 | 首次使用单细胞转录组学技术分析肾移植活检标本，识别了多种细胞类型及其状态，并建立了可搜索的在线基因表达数据库。 | 仅限于单个活检标本的研究，可能需要更多样本以验证结果的普遍性。 | 验证单细胞RNA测序技术在肾移植活检标本中的应用，并探索其在诊断和治疗中的潜力。 | 人肾移植活检标本中的细胞类型和状态。 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 8746个单细胞转录组 |
| 26168 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing the Glomerulus, Unraveling the Molecular Programs of Glomerular Filtration, One Cell at a Time
2018-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018060626
PMID:30002221
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 26169 | 2024-08-09 |
Methods for high-dimensional analysis of cells dissociated from cryopreserved synovial tissue
2018-07-11, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-018-1631-y
PMID:29996944
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研究论文 | 本文介绍了从冷冻保存的滑膜组织中提取细胞并进行高维度分析的方法 | 开发了一种稳健的协议，用于从冷冻保存的滑膜组织中获取具有完整转录组和细胞表面表型的活细胞 | NA | 旨在通过高维度分析滑膜组织中的细胞，以识别驱动组织病理和关节损伤的细胞表型 | 冷冻保存的滑膜组织中的细胞 | 数字病理学 | 风湿性关节炎 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、RNA测序 | NA | 细胞 | 约30个关节置换术样本和约20个滑膜活检样本 |
| 26170 | 2024-08-09 |
Metabolic signaling directs the reciprocal lineage decisions of αβ and γδ T cells
2018-07-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aas9818
PMID:29980617
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研究论文 | 研究报告了mTORC1复合体1如何通过结合微环境信号与代谢程序来协调两种基本不同的T细胞系（αβ和γδ T细胞）的相互发展 | 首次揭示了mTORC1依赖的活性氧生成控制作为关键代谢信号，介导αβ和γδ T细胞发育的机制 | NA | 探究mTORC1如何通过代谢信号调控αβ和γδ T细胞的相互发展 | αβ和γδ T细胞的发育 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26171 | 2024-08-09 |
Detection of HPV E7 Transcription at Single-Cell Resolution in Epidermis
2018-12, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2018.06.169
PMID:29964033
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术检测了表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞中HPV16-E7 mRNA的表达 | 本研究首次在单细胞水平上敏感且特异性地检测到HPV16-E7 mRNA，并发现E7 mRNA拷贝数与E7诱导基因表达增加相关 | NA | 探讨HPV感染与鳞状细胞癌发展之间的可能联系 | 表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 表达HPV16 E7基因的小鼠角质形成细胞 |
| 26172 | 2024-08-09 |
A novel long noncoding RNA lnc158 promotes the differentiation of mouse neural precursor cells into oligodendrocytes by targeting nuclear factor-IB
2018-09-05, Neuroreport
IF:1.6Q4
DOI:10.1097/WNR.0000000000001083
PMID:29965871
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研究论文 | 本文报道了一种新的非编码RNA lnc158，通过靶向核因子-IB促进小鼠神经前体细胞向少突胶质细胞的分化 | 发现了一种新的非编码RNA lnc158，其在神经前体细胞中通过调节NFIB编码基因的转录水平，促进少突胶质细胞的分化 | NA | 研究非编码RNA在正常少突胶质细胞分化中的作用 | 非编码RNA lnc158及其在神经前体细胞分化为少突胶质细胞中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠少突胶质细胞 |
| 26173 | 2024-08-09 |
Gene mutations and clonal architecture in myelodysplastic syndromes and changes upon progression to acute myeloid leukaemia and under treatment
2018-09, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.15461
PMID:29974943
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研究论文 | 本研究通过测序八个患者的骨髓样本，分析了骨髓增生异常综合症（MDS）及其向急性髓系白血病（AML）进展过程中的基因突变和克隆结构变化，以及治疗对其的影响 | 首次通过单细胞测序证实了不同克隆中相同基因的多个突变，并发现DNA甲基化变化可能与单个患者的进展相关 | 样本量较小，仅涉及八个患者 | 理解MDS及其向AML进展的疾病动态，优化治疗方案 | MDS患者的基因突变和克隆结构 | 数字病理学 | 骨髓增生异常综合症 | DNA甲基化分析 | NA | 基因组数据 | 八个患者的骨髓样本 |
| 26174 | 2024-08-09 |
Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment
2018-08-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.060
PMID:29961579
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌肿瘤微环境中45,000个免疫细胞的表型多样性 | 开发了SEQC预处理管道和Biscuit贝叶斯聚类与归一化方法来解决单细胞数据的计算挑战，并分析了T细胞受体（TCR）序列对表型多样性的组合影响 | NA | 理解癌症进展和免疫治疗反应的机制 | 乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞表型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 45,000个免疫细胞和27,000个额外T细胞 |
| 26175 | 2024-08-09 |
Recovering Gene Interactions from Single-Cell Data Using Data Diffusion
2018-07-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2018.05.061
PMID:29961576
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研究论文 | 本文开发了一种名为MAGIC的方法，通过数据扩散在相似细胞间共享信息，以去噪细胞计数矩阵并填补缺失的转录本，从而从单细胞RNA测序数据中恢复基因间的相互作用 | 提出了MAGIC方法，通过数据扩散技术在相似细胞间共享信息，有效去噪并填补单细胞RNA测序数据中的缺失转录本 | NA | 解决单细胞RNA测序技术中的技术噪声问题，特别是由于mRNA分子采样不足导致的“dropout”现象，以恢复重要的基因间关系 | 单细胞RNA测序数据中的基因间相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞计数矩阵 | 涉及多个生物系统 |
| 26176 | 2024-08-09 |
Recent Developments in Single-Cell RNA-Seq of Microorganisms
2018-07-17, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2018.06.008
PMID:29958658
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在微生物领域的最新进展，并讨论了当前的挑战和未来方向 | 单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用尚不广泛，主要受限于细胞壁的阻碍和RNA材料的不足 | 当前单细胞RNA测序技术的检测效率较低，需要进一步的开发或改进 | 探讨单细胞RNA测序技术在微生物领域的应用，并提出改进方向 | 微生物的单细胞RNA测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 26177 | 2024-08-09 |
Lifelong CMV infection improves immune defense in old mice by broadening the mobilized TCR repertoire against third-party infection
2018-07-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1719451115
PMID:29967140
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研究论文 | 本文探讨了终身感染巨细胞病毒（CMV）对老年小鼠免疫防御的影响，特别是通过扩大动员的TCR库对第三方感染的反应。 | 研究发现，老年小鼠感染CMV后，其针对模型抗原OVA的CD8 T细胞受体β（TCRβ）库显示出更多样化的克隆型，这些克隆型提供了广泛的抗原肽变体识别能力。 | 研究主要集中在老年小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于人类。 | 探讨CMV感染对老年小鼠免疫防御的影响及其潜在的积极作用。 | 研究对象包括老年小鼠、CMV感染以及模型抗原OVA。 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | T细胞受体β（TCRβ）库数据 | 研究涉及成年、老年对照和老年CMV感染的小鼠群体 |
| 26178 | 2024-08-09 |
Transcriptional synergy as an emergent property defining cell subpopulation identity enables population shift
2018-07-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05016-8
PMID:29968757
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研究论文 | 本文提出了一种基于转录因子协同作用定义细胞亚群身份的计算平台TransSyn，并展示了其在再生医学中的应用潜力 | 开发了一种新的计算平台TransSyn，用于识别决定细胞亚群身份的协同转录核心，并预测细胞亚群间的身份转换 | NA | 开发一种新的计算方法来识别和利用转录因子的协同作用，以定义细胞亚群的身份 | 细胞亚群的身份及其转录因子协同作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 186个亚群，3786对细胞亚群 |
| 26179 | 2024-08-09 |
Human in vivo-generated monocyte-derived dendritic cells and macrophages cross-present antigens through a vacuolar pathway
2018-07-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-04985-0
PMID:29967419
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研究论文 | 研究探讨了人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞通过空泡途径交叉呈递抗原的能力 | 首次证实人体自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞能够通过空泡途径有效交叉呈递抗原 | 研究仅限于使用腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞，未涉及其他来源的细胞 | 探究人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞交叉呈递抗原的机制 | 人体内自然产生的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 腹水中的单核细胞衍生的树突状细胞和巨噬细胞 |
| 26180 | 2024-08-09 |
AmpUMI: design and analysis of unique molecular identifiers for deep amplicon sequencing
2018-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty264
PMID:29949956
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研究论文 | 本文介绍了AmpUMI软件工具，用于设计和分析基于UMI的扩增子测序研究 | 提出了一个模型来确定防止UMI碰撞和减少等位基因畸变所需的最小UMI长度，并开发了AmpUMI软件工具 | NA | 旨在为扩增子测序实验提供最佳UMI长度设计的指导 | 扩增子测序实验中的UMI设计和分析 | 测序技术 | NA | 扩增子测序 | NA | DNA片段 | NA |