单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26141	2024-08-09	Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399 PMID:30943771	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	研究仅限于12周龄的C57BL/6J小鼠，且仅在实验室正常饮食条件下进行，可能限制了结果的普遍性	研究动脉粥样硬化早期阶段血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用	野生型和ApoE缺陷型小鼠的主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	12周龄的C57BL/6J小鼠
26142	2024-08-09	Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Current protocols in cell biology DOI:10.1002/cpcb.86 PMID:30957983	研究论文	本文介绍了从胚胎器官中制备细胞用于单细胞RNA测序的方法	采用低温解离技术使用冷活性蛋白酶，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	胚胎器官中的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26143	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species 2019-05, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090931 PMID:30948627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞基因表达特征	首次通过单细胞RNA测序技术定义了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞的细胞表面标记物	目前尚无法在不同物种中识别相同的驻留巨噬细胞类型	确定能跨物种识别驻留巨噬细胞的新标记物	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织中的CD45+先天免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织样本
26144	2024-08-09	Involvement of the myeloid cell compartment in fibrogenesis and systemic sclerosis 2019-05, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-019-0212-z PMID:30953037	综述	本文综述了骨髓细胞在系统性硬化症（SSc）纤维化过程中的作用	探讨了骨髓细胞在SSc纤维化中的关键作用，并提出其作为疾病生物标志物的潜在价值	NA	总结当前关于骨髓细胞在SSc患者纤维化中作用的知识	骨髓细胞在系统性硬化症纤维化中的功能	NA	系统性硬化症	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
26145	2024-08-09	DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors 2019-04-24, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.03.003 PMID:30954475	研究论文	本文介绍了一种名为DoubletFinder的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测由技术伪影引起的“双峰”现象	DoubletFinder通过使用基因表达数据，预测每个真实细胞在基因表达空间中与人工双峰的接近程度来识别双峰	NA	开发一种新的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确检测双峰	单细胞RNA测序数据中的双峰现象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	随机选择的细胞对
26146	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies inflammatory tissue T cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI125917 PMID:30958799	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）这一特定组织过敏疾病	首次识别出八种不同的组织T细胞亚型（T1-T8），并发现T7和T8在病变组织中富集，揭示了FFAR3在放大EoE局部Th2反应中的潜在作用	NA	解析过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）	从疾病活动度不同的患者中提取的1088个单个T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	1088个单个T细胞
26147	2024-08-09	Singling out Th2 cells in eosinophilic esophagitis 2019-04-08, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI128479 PMID:30958801	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎患者组织中T细胞的异质性	首次使用单细胞RNA测序技术识别嗜酸性食管炎中的相关细胞群和机制	NA	探讨嗜酸性食管炎中T细胞的异质性及其在疾病中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞和T细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26148	2024-08-09	Defining the developmental program leading to meiosis in maize 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav6428 PMID:30948545	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，重建了玉米雄性减数分裂的发展程序	发现了减数分裂前转录组的两步重组过程，并排除了干细胞模型	NA	研究玉米减数分裂的发展程序	玉米雄性减数分裂	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及26.7%的转录本在减数分裂前发生两倍或更多的表达变化
26149	2024-08-09	Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis 2019-04-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav9776 PMID:30948552	研究论文	研究使用空间转录组学方法，分析了小鼠和ALS患者死后脊髓组织中的基因表达，以揭示ALS中分子病理学的时空动态	首次利用空间转录组学技术，系统地研究了ALS中驱动运动神经元丢失的分子事件的时空顺序	NA	揭示ALS中分子病理学的时空动态	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织样本
26150	2024-08-09	A fast and efficient count-based matrix factorization method for detecting cell types from single-cell RNAseq data 2019-04-05, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-019-0699-6 PMID:30953530	研究论文	本文开发了一种快速高效的基于计数的矩阵分解方法scNBMF，用于从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型	scNBMF方法能够直接处理单细胞RNA测序数据的原始计数，并且在处理大量细胞时速度更快	NA	开发一种新的矩阵分解方法，以更有效地从单细胞RNA测序数据中提取细胞类型信息	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达数据	三个公共单细胞RNA测序数据集，包括脑、胚胎干细胞和胰岛细胞
26151	2024-08-09	A Subset of TREM2+ Dermal Macrophages Secretes Oncostatin M to Maintain Hair Follicle Stem Cell Quiescence and Inhibit Hair Growth 2019-04-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.011 PMID:30930146	研究论文	本文研究了Oncostatin M（OSM）通过JAK-STAT5信号通路维持毛囊干细胞静止状态并抑制毛发生长的机制	首次揭示了TREM2+皮肤巨噬细胞分泌的OSM在维持毛囊干细胞静止和抑制毛发生长中的作用	NA	阐明JAK-STAT信号通路如何主动抑制毛发生长	毛囊干细胞的静止状态和毛发生长	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26152	2024-08-09	Identification of ERBB Pathway-Activated Cells in Triple-Negative Breast Cancer 2019-Mar, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2019.17.1.e3 PMID:30929404	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据，在三阴性乳腺癌中识别出ERBB通路激活的细胞群体	本文揭示了ERBB信号通过间接途径激活，并在单细胞水平上改变了分子亚型，为乳腺癌亚型提供了新的视角	NA	研究乳腺癌中的肿瘤内异质性及其分子特征，以促进精准医疗	三阴性乳腺癌中的ERBB通路激活细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自公共资源的单细胞RNA测序数据
26153	2024-08-09	Functional-genetic approaches to understanding drug response and resistance 2019-02, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2019.03.003 PMID:30951975	综述	本文综述了功能基因工具在理解药物反应和耐药机制中的应用及其局限性	介绍了CRISPR/Cas9、高级RNAi方法和靶向蛋白质降解等新兴技术在寻找治疗靶点和评估药物开发前的应用	讨论了这些功能基因工具在高通量筛选和深入分析候选靶点及现有药物方面的局限性	探讨功能基因工具在药物反应和耐药机制研究中的应用	功能基因工具如CRISPR/Cas9、RNAi方法和靶向蛋白质降解	NA	NA	CRISPR/Cas9, RNAi, 靶向蛋白质降解, 时间分辨和单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26154	2024-08-09	Tanycyte-Independent Control of Hypothalamic Leptin Signaling 2019, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2019.00240 PMID:30941008	研究论文	本研究分析了小鼠中tanycytes中leptin受体的表达及其功能	首次通过单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和tanycytes中特异性删除leptin受体，证明了tanycytes中leptin受体的表达缺失或极低，且tanycytes不直接通过依赖leptin受体的机制调节下丘脑leptin信号	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探讨tanycytes在调节下丘脑leptin信号中的作用	tanycytes中的leptin受体表达及其对下丘脑leptin信号的影响	NA	NA	单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA	小鼠
26155	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of CD34+ Stem Cell-Derived Myeloid Cells Infected With Human Cytomegalovirus 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.00577 PMID:30949159	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人巨细胞病毒（CMV）感染的CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	利用10×基因组学平台对约7000个单细胞进行转录组分析，揭示了病毒复制发生在特定的细胞亚群中，这些细胞与CFU-GEMM多能祖细胞转录相关	NA	揭示人巨细胞病毒感染髓系细胞的机制	CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约7000个单细胞
26156	2024-08-09	PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data 2019-01-01, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baz046 PMID:30951143	研究论文	本文介绍了PanglaoDB，一个用于探索小鼠和人类单细胞RNA测序数据的在线数据库	PanglaoDB提供了一个用户友好的界面，包含预处理和预计算的分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和协议，并建立了一个社区维护的细胞类型标记目录	NA	开发一个易于访问的在线数据库，以便生物学研究人员探索已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序研究	小鼠和人类的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，来自多种组织和器官，涵盖1054个单细胞实验
26157	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Data Interpretation by Evolutionary Multiobjective Clustering 2020 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2906601 PMID:30908236	研究论文	本文提出了一种基于自适应非负矩阵分解的多目标进化聚类方法（MCANMF），用于单细胞RNA测序数据的多目标聚类	本文创新性地采用了自适应非负矩阵分解和基于学习向量量化的多目标聚类算法，有效解决了单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题	NA	解决单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题，提高细胞亚型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	多目标进化聚类	RNA测序数据	六个已发表的单细胞RNA测序数据集
26158	2024-08-09	Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz204 PMID:30923815	研究论文	本文介绍了基于相似矩阵优化的单细胞数据分析方法SoptSC，用于推断细胞亚群、伪时间排序、细胞谱系及标记基因，并预测细胞间通信网络	SoptSC方法整合了无监督聚类、伪时间排序、细胞谱系推断和标记基因识别，通过结构化的细胞间相似矩阵实现多任务一致性处理	NA	旨在解决细胞间通信推断的挑战，通过一致性的数学框架实现多任务处理	单细胞转录组数据中的细胞亚群、细胞谱系及细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	相似矩阵优化	转录组数据	NA
26159	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident Cell Populations 2019-05-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.02.026 PMID:30922843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的结合方法，精确绘制了成年小鼠肌肉中10种不同的单核细胞类型图谱，并鉴定了每种细胞类型的关键区分标记	本文发现了两个先前研究不足的细胞群体，其中一个表达转录因子scleraxis，能在体外生成tenocytes；另一个表达平滑肌和间充质细胞的标记，具有成肌潜能并促进MuSC植入	NA	揭示骨骼肌组织细胞组成，为研究肌肉疾病提供新见解	成年小鼠骨骼肌中的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	基因表达数据	成年小鼠肌肉中的10种不同单核细胞类型
26160	2024-08-09	Simplified Drop-seq workflow with minimized bead loss using a bead capture and processing microfluidic chip 2019-04-23, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c9lc00014c PMID:30920557	研究论文	本文介绍了一种简化的Drop-seq工作流程，通过使用微流控芯片捕获和处理珠子，减少了珠子损失	重新设计了原始的dropleting设备，使其兼容空气压力系统和注射泵，并设计了一个用于封装后珠子处理的芯片，从而简化了Drop-seq的细胞处理效率	NA	优化和重新设计Drop-seq技术，提高其灵活性和效率	单细胞RNA测序技术中的Drop-seq平台	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微流控芯片	细胞	数千个细胞