单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26101	2024-08-09	Neuronal heterogeneity and stereotyped connectivity in the auditory afferent system 2018-09-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06033-3 PMID:30209249	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了耳蜗螺旋神经节（SG）神经元的四种类型，包括三种新型I型神经元亚类和II型神经元，并提供了一个全面的遗传框架来定义它们的潜在突触通信模式。	本研究首次识别了耳蜗螺旋神经节神经元的四种类型，并揭示了这些神经元在听觉感知中的潜在功能。	NA	揭示耳蜗螺旋神经节神经元的细胞和分子复杂性，以及它们在听觉感知中的功能。	耳蜗螺旋神经节神经元的类型和其突触连接模式。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四种类型及亚类的耳蜗螺旋神经节神经元
26102	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of adult mouse testes 2018-09-11, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/sdata.2018.192 PMID:30204153	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成年小鼠睾丸中的精子发生过程	首次使用单细胞RNA测序技术对成年小鼠睾丸中的所有精子发生阶段进行全面分析	仅限于8周龄的C57Bl/6J小鼠，可能不适用于其他品种或年龄的小鼠	揭示成年小鼠睾丸中精子发生的分子机制	成年小鼠睾丸中的精子发生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	2500个细胞，来自两只8周龄的C57Bl/6J小鼠
26103	2024-08-09	Deciphering the differentiation trajectory from hematopoietic stem cells to mast cells 2018-09-11, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018019539 PMID:30206100	综述	本文通过整合早期细胞培养实验结果与单细胞转录组学数据，提出了一种造血分化景观模型，并重点讨论了肥大细胞的分化过程	引入高通量单细胞RNA测序技术，对传统的基于树模型的造血分化过程提出了质疑，并提出了新的分化景观模型	NA	探讨从造血干细胞到肥大细胞的分化轨迹	造血干细胞、肥大细胞及造血分化过程	NA	血液系统肿瘤系统性肥大细胞增多症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
26104	2024-08-09	GraphDDP: a graph-embedding approach to detect differentiation pathways in single-cell-data using prior class knowledge 2018-09-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-05988-7 PMID:30206223	研究论文	本文介绍了一种名为GraphDDP的图嵌入方法，用于结合先验类别知识在单细胞数据中检测分化途径	GraphDDP通过结合聚类信息和密度梯度强调分化轨迹，提供了一种直观的方法来识别其他方法难以检测的分化途径	NA	开发一种新的方法来更好地理解和可视化单细胞数据中的细胞分化过程	肠道上皮细胞和髓系祖细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图嵌入	单细胞表达谱	具体样本数量未在摘要中提及
26105	2024-08-09	Generation and assembly of human brain region-specific three-dimensional cultures 2018-09, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0032-7 PMID:30202107	研究论文	本文描述了如何从人类多能干细胞（hPSCs）生成和组装特定脑区的三维（3D）模型，即脑区特异性类器官	本文介绍了生成和组装特定脑区类器官的方法，这些类器官能够模拟体内神经元的相互作用，并可用于多种实验研究	NA	研究人类脑发育，并为健康个体和患者提供对神经系统的深入理解	人类多能干细胞（hPSCs）生成的特定脑区类器官	数字病理学	NA	NA	NA	细胞	NA
26106	2024-08-09	Estimating the frequency of multiplets in single-cell RNA sequencing from cell-mixing experiments 2018, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.5578 PMID:30202659	研究论文	本文通过细胞混合实验估计单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	首次推导出在细胞类型不均匀混合情况下，从观察到的纯和混合转录组数量中解析计算多细胞频率的方程	NA	研究单细胞RNA测序中多细胞转录组的频率	单细胞RNA测序中的多细胞转录组频率	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两种不同类型的细胞混合
26107	2024-08-09	Intra-host Symbiont Diversity and Extended Symbiont Maintenance in Photosymbiotic Acantharea (Clade F) 2018, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2018.01998 PMID:30210473	研究论文	本研究使用单细胞测序方法和高级荧光显微镜技术，探讨了光合共生原生生物中宿主-共生体动态关系，特别是在寡营养亚热带环流中的F类棘球藻。	首次展示了F类棘球藻同时宿主多个来自不同属的甲藻，并发现宿主内共生体群落组成与外部自由生活的共生体群落不同，表明这些棘球藻能长期维持共生体。	NA	研究光合共生原生生物中的宿主-共生体动态关系及其是否为互惠共生。	F类棘球藻及其共生体。	NA	NA	单细胞测序方法，荧光共聚焦显微镜	NA	18S rRNA基因序列	单个棘球藻宿主及环境样本
26108	2024-08-09	A novel role for Lyl1 in primitive erythropoiesis 2018-10-11, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.162990 PMID:30185409	研究论文	本研究探讨了Lyl1在原始红细胞生成中的作用	首次证明Lyl1在维持原始红细胞生成中的功能	NA	确定Lyl1是否能在原始红细胞生成中发挥作用	Lyl1基因敲除小鼠和表达Cre重组酶的小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序, ChIP-seq	NA	基因表达数据	胚胎样本, 人类红白血病细胞系
26109	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Sequential Cell Fate Transition during Human Spermatogenesis 2018-10-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.08.007 PMID:30174296	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了人类精子发生过程中的细胞命运转换顺序	首次建立了人类精子发生过程中细胞分化的层次模型，并鉴定了多个阶段特异性的标记基因	NA	揭示人类精子发生过程中的细胞发育景观	人类睾丸细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次模型	RNA测序数据	2,854个正常精子发生供体的睾丸细胞和174个非阻塞性无精子症（NOA）供体的睾丸细胞
26110	2024-08-09	MEG3 is increased in idiopathic pulmonary fibrosis and regulates epithelial cell differentiation 2018-09-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.122490 PMID:30185671	研究论文	本文研究了MEG3在特发性肺纤维化（IPF）中的表达及其对肺上皮细胞分化的影响	首次揭示了MEG3在IPF肺组织中的高表达及其与气道上皮基因表达模式的关联，以及MEG3对肺上皮细胞分化的调控作用	NA	探讨MEG3在特发性肺纤维化中的作用及其对肺上皮细胞分化的影响	特发性肺纤维化患者的肺组织和肺上皮细胞	数字病理学	肺病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IPF肺组织中的肺上皮细胞
26111	2024-08-09	Transcriptional and epigenomic landscapes of CNS and non-CNS vascular endothelial cells 2018-09-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.36187 PMID:30188322	研究论文	本文分析并比较了来自小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞的转录组、可及染色质和DNA甲基化组景观，揭示了共享和器官特异性的内皮细胞调控网络。	本文首次全面分析了中枢神经系统（CNS）和非CNS血管内皮细胞的转录和表观基因组景观，并发现了新的内皮细胞亚型标记。	NA	探索控制血管内皮细胞器官特异性分子和细胞特化的基因组机制。	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组、染色质可及性和DNA甲基化数据	小鼠大脑、肝脏、肺和肾脏的血管内皮细胞样本
26112	2024-08-09	Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq 2018-09-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-06052-0 PMID:30181541	research paper	本文通过单细胞RNA测序技术研究了三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	本文揭示了基因型驱动个体亚群的基因表达表型，并发现了一个与治疗抵抗和转移相关的独特亚群，该亚群的特征是激活了糖神经鞘脂代谢和相关先天免疫途径	NA	研究三阴性乳腺癌中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态	三阴性乳腺癌中的细胞异质性和基因表达模式	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-seq	NA	gene expression	超过1500个细胞来自六个原发性三阴性乳腺癌样本
26113	2024-08-09	Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering 2018-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0113-0 PMID:30171231	研究论文	本文讨论了如何利用单细胞基因组学技术优化人类细胞和组织工程	应用单细胞基因组学技术生成细胞多样性的高分辨率图谱，并探讨其如何深入理解工程和疾病过程	NA	理解人类发育和疾病，以及再生受损组织	特定细胞类型和3D微环境	生物技术	NA	单细胞基因组学	NA	细胞	NA
26114	2024-08-09	clusterExperiment and RSEC: A Bioconductor package and framework for clustering of single-cell and other large gene expression datasets 2018-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006378 PMID:30180157	研究论文	介绍了一个名为clusterExperiment的Bioconductor R包，该包实现了基于重采样的序列集成聚类（RSEC）策略，用于处理单细胞和其他大型基因表达数据集的聚类问题	RSEC策略允许用户基于不同技术和相关调优参数轻松创建多个竞争性聚类，并通过整合多个聚类形成最终的共识聚类	NA	开发一种通用的、灵活的聚类策略，用于发现生物学上有意义的样本亚型，特别是在处理大量样本的基因表达数据时	单细胞转录组测序（RNA-Seq）数据和其他大型基因表达数据集	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	基因表达数据	大量样本
26115	2024-08-09	Single-cell analysis of progenitor cell dynamics and lineage specification in the human fetal kidney 2018-08-30, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.164038 PMID:30166318	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术分析了人类胎儿肾脏中不同细胞群体的基因表达，研究了个体细胞动态和谱系轨迹	揭示了人类胎儿肾脏发育中新的细胞类型标记和关键信号通路的组成部分	NA	深入了解人类肾脏发育过程	人类胎儿肾脏中的前体细胞动态和谱系分化	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6414个细胞，来自五个个体样本
26116	2024-08-09	Impact of similarity metrics on single-cell RNA-seq data clustering 2019-11-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby076 PMID:30137247	研究论文	本文比较了多种相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响	首次对不同相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响进行了基准测试，并发现基于相关性的度量（如皮尔逊相关）优于基于距离的度量（如欧几里得距离）	文章未提及具体的局限性	研究不同相似性度量对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	基于核的聚类算法 (SIMLR)	基因表达数据	多个注释的单细胞RNA测序数据集
26117	2024-08-09	Co-expression in Single-Cell Analysis: Saving Grace or Original Sin? 2018-11, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2018.07.007 PMID:30146183	评论	本文讨论了单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因共表达的可重复性及其对解释细胞类型特异性基因表达的影响	NA	NA	探讨单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因共表达的可重复性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因共表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26118	2024-08-09	A Comprehensive Roadmap of Murine Spermatogenesis Defined by Single-Cell RNA-Seq 2018-09-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.07.025 PMID:30146481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对成年小鼠睾丸中的约35,000个细胞进行了分析，揭示了精子发生过程中不同细胞类型的发育轨迹	本文首次识别了所有已知的生殖细胞和体细胞类型，并发现了两种新的体细胞类型	NA	研究精子发生过程中生殖细胞和体细胞的发育轨迹	小鼠的精子发生过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约35,000个细胞
26119	2024-08-09	Single-cell heterogeneity in Sézary syndrome 2018-08-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018022608 PMID:30139925	研究论文	研究了Sézary综合征患者恶性T细胞中的单细胞异质性和对组蛋白去乙酰化酶抑制剂（HDACi）的抗性	发现Sézary综合征患者的恶性T细胞存在高度的单细胞异质性，并存在对HDACi具有抗性的亚群	NA	探讨Sézary综合征中恶性T细胞的单细胞异质性和对HDACi的抗性	Sézary综合征患者的恶性T细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	mRNA和蛋白质	所有研究的Sézary综合征患者
26120	2024-08-09	Identification of an Early Unipotent Neutrophil Progenitor with Pro-tumoral Activity in Mouse and Human Bone Marrow 2018-08-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.07.097 PMID:30157427	研究论文	本研究通过CyTOF和scRNA-seq技术在成年小鼠和人类骨髓中鉴定出一种具有促肿瘤活性的早期单能中性粒细胞前体细胞	首次在成年小鼠和人类骨髓中发现并定义了早期单能中性粒细胞前体细胞（NeP和hNeP），并发现这些细胞在转移至小鼠癌症模型中时显著增加肿瘤生长	NA	研究中性粒细胞前体细胞在癌症发展中的作用，并探索其作为癌症早期发现生物标志物的可能性	小鼠和人类骨髓中的中性粒细胞前体细胞	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序	小鼠和人类骨髓样本，以及治疗前黑色素瘤患者的血液样本