单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26081	2024-08-09	High-dimensional analysis reveals a pathogenic role of inflammatory monocytes in experimental diffuse alveolar hemorrhage 2019-08-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.129703 PMID:31391335	研究论文	本文通过高维分析揭示了炎症性单核细胞在实验性弥漫性肺泡出血中的致病作用	首次通过高维分析和单细胞RNA测序揭示了炎症性单核细胞在弥漫性肺泡出血中的关键作用，并发现干扰素调节因子8在疾病发展中的重要性	NA	探究弥漫性肺泡出血的病理生理机制及潜在治疗靶点	炎症性单核细胞在弥漫性肺泡出血中的作用	数字病理学	系统性红斑狼疮相关并发症	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	使用小鼠模型进行研究
26082	2024-08-09	Landscape of Intercellular Crosstalk in Healthy and NASH Liver Revealed by Single-Cell Secretome Gene Analysis 2019-08-08, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.07.028 PMID:31398325	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和非酒精性脂肪肝（NASH）小鼠肝脏中非实质细胞的细胞间通讯网络	揭示了肝脏中细胞间信号传递的全局景观，并发现了NASH相关巨噬细胞（NAMs）和肝星状细胞（HSCs）在疾病中的新作用	NA	阐明健康和NASH状态下肝脏细胞间通讯的全球景观	健康和NASH小鼠肝脏中的非实质细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康和NASH小鼠肝脏样本
26083	2024-08-09	Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the joint 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1471-1 PMID:31391580	研究论文	本文通过命运图谱、三维光片荧光显微镜和单细胞RNA测序技术，全面分析了健康和炎症关节中巨噬细胞亚群的组成、起源和分化，并研究了这些巨噬细胞在关节炎中的作用	发现了一种由CXCR1组织驻留巨噬细胞组成的动态膜状结构，这些巨噬细胞在滑膜衬里形成内部免疫屏障，通过紧密连接介导的盾牌限制炎症反应	NA	研究巨噬细胞在炎症性关节疾病中的确切起源和作用	健康和炎症关节中的巨噬细胞亚群	NA	风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
26084	2024-08-09	Single-Cell RNA Transcriptome Helps Define the Limbal/Corneal Epithelial Stem/Early Transit Amplifying Cells and How Autophagy Affects This Population 2019-08-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.19-27656 PMID:31419300	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究了野生型和自噬缺陷小鼠的角膜/结膜上皮干细胞及其早期过渡放大细胞，并探讨了自噬对这些细胞群体的影响	通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了角膜/结膜上皮细胞的多个亚群及其分子特征，并发现了新的干细胞/早期过渡放大细胞调控因子	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现	探索角膜/结膜上皮干细胞及其早期过渡放大细胞的分子特征，并研究自噬对这些细胞群体的影响	野生型和自噬缺陷小鼠的角膜/结膜上皮细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	t-分布随机邻域嵌入	基因表达数据	野生型和beclin 1缺陷（beclin1+/-）小鼠的眼部前段组织
26085	2024-08-09	The single-cell sequencing: new developments and medical applications 2019, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-019-0314-y PMID:31391919	综述	本文综述了单细胞测序技术的最新进展及其在肿瘤学、微生物学、神经学、生殖学、免疫学、消化系统和泌尿系统中的应用	介绍了单细胞测序技术在多个医学领域的最新应用	NA	探讨单细胞测序技术在医学领域的应用	单细胞的基因组、转录组及其他多组学特征	NA	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组等多组学数据	NA
26086	2024-08-09	Growth Hormone Promotes in vitro Maturation of Human Oocytes 2019, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2019.00485 PMID:31396155	研究论文	本研究探讨了生长激素（GH）在体外成熟（IVM）人卵母细胞中的作用	首次系统研究了生长激素在人卵母细胞IVM中的应用，并通过单细胞RNA测序分析了其对基因表达的影响	研究仅限于特定的生长激素浓度和特定的人卵母细胞样本	提高人卵母细胞体外成熟的成功率	人卵母细胞及其在体外成熟过程中的基因表达	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了不同浓度的生长激素处理的人卵母细胞样本
26087	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of T Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9728-2_16 PMID:31396939	研究论文	本文提供了一个实验和计算工作流程，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析T细胞	介绍了使用scRNA-seq技术研究T细胞异质性的新途径，并讨论了其在T细胞生物学中的未来方向	讨论了当前方法在T细胞生物学中的局限性	探索T细胞的异质性，并提供一个可重现的生物信息学管道	T细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从基于板的排序T细胞中提取的数据，使用流式细胞术和全长转录组协议如Smart-Seq2
26088	2024-08-09	A Gene Rank Based Approach for Single Cell Similarity Assessment and Clustering 2021 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2931582 PMID:31369384	研究论文	本文介绍了一种基于基因排序的单细胞相似性评估和聚类方法BioRank	BioRank是一种新的细胞相似性评估方法，基于注释基因集和基因排序，能够更好地进行单细胞聚类	scRNA-seq数据分析面临高噪声、高维度和稀疏性的挑战，且多个潜在因素对基因表达异质性和细胞类型识别能力的影响尚不明确	旨在克服scRNA-seq数据分析中的挑战，准确识别不同的细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	12个公共scRNA-seq数据集
26089	2024-08-09	ACTINN: automated identification of cell types in single cell RNA sequencing 2020-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz592 PMID:31359028	研究论文	本文介绍了一种名为ACTINN的自动化细胞类型识别方法，该方法使用具有三个隐藏层的神经网络，通过预定义细胞类型的数据集进行训练，并基于训练参数预测其他数据集的细胞类型	ACTINN采用神经网络自动识别细胞类型，避免了传统方法中的人工查找和标记物不足的问题	NA	开发一种自动化的细胞类型识别方法，以改进单细胞RNA测序中的细胞类型分配	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	文本	包括小鼠细胞类型图谱（Tabula Muris Atlas）和人类免疫细胞数据集
26090	2024-08-09	VirtualCytometry: a webserver for evaluating immune cell differentiation using single-cell RNA sequencing data 2020-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz610 PMID:31373613	研究论文	介绍了一个名为VirtualCytometry的网络计算平台，用于利用单细胞RNA测序数据评估免疫细胞分化	利用单细胞RNA测序数据，通过细胞间基因表达的变异来识别不同功能状态的细胞亚群，从而更全面地理解免疫细胞分化	NA	开发一种新的分析方法，用于研究免疫细胞分化	免疫细胞分化过程中的细胞亚群和关键信号分子及转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过226个单细胞RNA测序数据集，涵盖正常和疾病组织中的多种人和小鼠免疫细胞类型
26091	2024-08-09	Human kidney organoids: progress and remaining challenges 2019-10, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0176-x PMID:31383997	research paper	本文综述了人类肾脏类器官的研究进展及其面临的挑战	成功使用肾脏类器官模拟肾小球和肾小管疾病，并利用单细胞RNA测序技术识别了多种细胞类型	类器官的成熟度是一个主要挑战，需要更详细的单细胞水平分析	研究正常和疾病状态下人类肾脏的发育	人类肾脏类器官及其在疾病模型中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多种细胞类型
26092	2024-08-09	Targeted sequencing aids in identifying clonality in chronic myelomonocytic leukemia 2019-09, Leukemia research IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.leukres.2019.106190 PMID:31377458	研究论文	本研究通过分子和细胞遗传学分析以及单细胞测序技术，探讨了慢性粒单核细胞白血病（CMML）中克隆性的鉴定	首次在韩国CMML患者中使用单细胞测序技术，发现与先前在白种人研究中不同的突变频率和类型	研究样本仅限于韩国患者，可能限制了结果的普遍性	确定CMML的克隆性，并探讨其分子和细胞遗传学特征	慢性粒单核细胞白血病患者	数字病理学	血液疾病	靶向测序	NA	基因数据	35名CMML患者，41份骨髓样本，2例单细胞分析
26093	2024-08-09	SingleCellNet: A Computational Tool to Classify Single Cell RNA-Seq Data Across Platforms and Across Species 2019-08-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.06.004 PMID:31377170	研究论文	介绍了一种名为SingleCellNet的计算工具，用于跨平台和跨物种的单细胞RNA-seq数据分类	SingleCellNet能够定量地利用其他单细胞RNA-seq研究数据，提高了分类的敏感性和特异性，并能跨平台和跨物种进行分类	NA	开发一种新的工具来改进单细胞RNA-seq数据的分类	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
26094	2024-08-09	Immuno-PET identifies the myeloid compartment as a key contributor to the outcome of the antitumor response under PD-1 blockade 2019-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1905005116 PMID:31375632	研究论文	研究使用免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET）和单细胞RNA测序技术，探讨了PD-1阻断治疗下MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中肿瘤内CD8 T细胞和CD11b髓系细胞的动态分布及其与治疗反应的关系	首次通过immuno-PET和单细胞RNA测序技术，揭示了PD-1阻断治疗对肿瘤内髓系细胞的影响，并发现CD11b髓系细胞的分布变化可作为评估抗PD-1治疗效果的生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证这些发现	探讨PD-1阻断治疗对肿瘤内免疫细胞分布的影响及其与治疗反应的关系	MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中的CD8 T细胞和CD11b髓系细胞	数字病理学	结肠直肠癌	免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET），单细胞RNA测序	NA	图像，RNA	小鼠模型中的肿瘤样本
26095	2024-08-09	Circulating Tumour Cell Biomarkers in Head and Neck Cancer: Current Progress and Future Prospects 2019-Aug-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11081115 PMID:31387228	综述	本文综述了头颈癌中循环肿瘤细胞（CTCs）作为生物标志物的当前进展和未来前景	介绍了微流控技术在CTC分离中的应用，以及单细胞测序在识别可操作突变和基因表达特征中的潜力	CTC分离方法的标准化和下游分析仍是一个主要障碍	探讨CTC作为生物标志物在头颈癌治疗决策中的应用，以改善患者预后并实现个性化治疗	头颈癌中的循环肿瘤细胞及其生物标志物	数字病理学	头颈癌	微流控技术，单细胞测序	NA	细胞	NA
26096	2024-08-09	Gene expression atlas of a developing tissue by single cell expression correlation analysis 2019-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0492-x PMID:31363221	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和基于基因表达相关性的分析方法，构建了果蝇翅盘组织的基因表达图谱	开发了一种基于基因表达相关性的scRNA-seq数据分析方法，能够计算翅盘组织中所有检测到的基因的表达图谱，并发现具有空间限制表达模式的824个基因	NA	构建果蝇翅盘组织的完整基因表达图谱，并发现新的基因及其功能	果蝇翅盘组织的基因表达模式及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	824个具有空间限制表达模式的基因
26097	2024-08-09	A Single-Cell Window into Pancreas Cancer Fibroblast Heterogeneity 2019-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0576 PMID:31371323	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术解析了胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性，并识别了一种新的抗原呈递CAF群体	本文首次识别了一种新的抗原呈递CAF群体	NA	解析胰腺导管腺癌中CAF的异质性	癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
26098	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Developing Cardiac Outflow Tract Reveals Convergent Development of the Vascular Smooth Muscle Cells 2019-07-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.092 PMID:31365875	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了发育中的心脏流出道细胞，揭示了血管平滑肌细胞的趋同发育	本研究首次通过单细胞转录组测序揭示了心脏流出道发育过程中血管平滑肌细胞的趋同发育路径，并发现了可能调控细胞转化的转录因子	NA	深入理解正常心脏流出道发育的细胞多样性、转变和调控网络，以解开流出道畸形的病因	小鼠心脏流出道细胞	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	55,611个小鼠心脏流出道细胞，来自三个发育阶段
26099	2024-08-09	Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets 2019-07-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/59866 PMID:31380847	研究论文	本文描述了一种使用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术生成高质量、大规模转录组数据的方法，用于分析人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	采用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术，能够生成每个内分泌细胞类型的高质量转录组数据。	需要仔细处理、准确测量和严格的质量控制。	生成高质量、大规模的转录组数据，以构建正常或特定条件下每个内分泌细胞类型的基因表达谱。	人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约20,000个人类单个胰岛细胞
26100	2024-08-09	Characteristics of a novel cell line ZJU-0430 established from human gallbladder carcinoma 2019, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-019-0911-1 PMID:31367188	研究论文	本文介绍了从人胆囊癌中建立的新型细胞系ZJU-0430的特性	建立了新的胆囊癌细胞系ZJU-0430，并对其进行了全面的体外和体内特性分析	NA	建立胆囊癌细胞系以研究胆囊癌的分子发病机制	胆囊癌细胞系ZJU-0430	NA	胆囊癌	单细胞RNA测序, 光学和电子显微镜, DNA含量分析, 细胞遗传学分析, 短串联重复(STR)DNA指纹分析, 免疫表型特征分析, 异种移植	NA	细胞	NA