单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25981	2024-08-09	Defining human cardiac transcription factor hierarchies using integrated single-cell heterogeneity analysis 2018-11-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07333-4 PMID:30464173	研究论文	本文通过综合单细胞异质性分析，定义了人类心脏转录因子层次结构	应用单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，结合转录组和剪接分析，揭示了hiPSC-CMs中的多个不同单细胞群体及其转录调控因子	NA	研究hiPSC-CMs的异质性来源及其与心脏转录调控因子的关系	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）及其在心脏分化过程中的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CRISPR基因编辑，ChIP-seq	NA	RNA	超过半打的单细胞群体
25982	2024-08-09	Machine learning based classification of cells into chronological stages using single-cell transcriptomics 2018-11-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-018-35218-5 PMID:30464314	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的框架GERAS，用于根据单细胞转录组数据将细胞分类到其时间顺序阶段	GERAS框架能够以超过90%的准确率对斑马鱼和人类胰腺细胞的时间顺序阶段进行分类，并显示出对生物和技术噪声的鲁棒性	NA	开发一种新的技术来确定细胞的年龄，以便预防与年龄相关的疾病	斑马鱼和人类胰腺细胞	机器学习	NA	单细胞转录组学	机器学习框架	转录组数据	斑马鱼和人类胰腺细胞的独立单细胞样本
25983	2024-08-09	Seq-ing out the Killers of Mice and Men 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.007 PMID:30462994	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠和人类脾脏及血液中的自然杀伤细胞的转录组特征	揭示了组织和物种特异性的转录组特征	NA	探索小鼠和人类自然杀伤细胞的多样性	小鼠和人类的脾脏及血液中的自然杀伤细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25984	2024-08-09	The Molecular Signature of Megakaryocyte-Erythroid Progenitors Reveals a Role for the Cell Cycle in Fate Specification 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.084 PMID:30463007	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）的分子特征，揭示了细胞周期在巨核细胞和红细胞分化中的作用	首次揭示了细胞周期调控因子在巨核细胞和红细胞分化中的作用，并通过遗传和药物调控验证了这一发现	NA	探索巨核细胞和红细胞前体分化的分子机制	人类巨核细胞-红细胞前体（MEPs）及其相关前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25985	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2018-11-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.10.093 PMID:30463022	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了雌激素信号如何协同增强乳腺癌细胞中的一碳代谢、多胺合成和嘌呤合成	首次在单细胞水平上重建了雌激素响应的转录网络，并展示了雌激素刺激下的代谢转换机制	NA	深入理解雌激素受体α在乳腺癌进展中的转录调控机制	雌激素受体α阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25986	2024-08-09	[GSA: Genome Sequence Archive] 2018-Nov-20, Yi chuan = Hereditas DOI:10.16288/j.yczz.18-178 PMID:30465538	研究论文	介绍了中国新开发的基因组序列存档库（GSA），该库遵循国际核苷酸序列数据库合作（INSDC）标准，支持多种测序平台的数据存储和共享	GSA是一个新的数据存储库，专门用于原始序列读取，支持多种测序技术，并免费为全球科学界提供服务	NA	推广国家生物信息中心的中国计划，专注于组学数据提交、存储和共享	基因组序列数据	生物信息学	NA	测序技术	NA	序列数据	超过500 TB的数据
25987	2024-08-09	Single cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of cardiac progenitor cell transition states and lineage settlement 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07307-6 PMID:30451828	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和ATAC-seq技术，全面分析了从E7.5到E9.5标记为Nkx2-5和Isl1表达的小鼠心脏前体细胞（CPCs）的转录组和染色质可及性，揭示了心脏前体细胞命运转变的转录和表观遗传调控机制	研究首次揭示了多能Isl1心脏前体细胞在分化前通过一个吸引态，然后分离成不同的发育分支，而Nkx2-5的延长表达使心脏前体细胞向心肌细胞命运单向发展	NA	研究心脏前体细胞命运转变的基因调控网络和表观遗传变化	小鼠心脏前体细胞（CPCs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，ATAC-seq	NA	转录组数据，染色质可及性数据	从E7.5到E9.5的小鼠心脏前体细胞
25988	2024-08-09	Publisher Correction: Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific transcriptional signatures at the maternal-foetal interface during pregnancy 2018-11-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms16219 PMID:30468158	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25989	2024-08-09	Modulation of Drosophila post-feeding physiology and behavior by the neuropeptide leucokinin 2018-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007767 PMID:30457986	研究论文	研究探讨了果蝇后进食生理和行为受神经肽亮氨酸激酶（LK）调控的机制	首次详细描绘了LK神经回路，并发现LK信号在Lk和Lk受体（Lkr）突变体中的缺陷影响了多个协调过程，如压力调节、水平衡、进食、运动活动和代谢率	文章中提到的机制和神经回路的具体作用仍需进一步研究	旨在理解神经肽如何协调复杂的竞争行为	果蝇的后进食生理和行为	神经科学	NA	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	涉及果蝇的Lk和Lkr突变体以及特定敲降Lkr的果蝇
25990	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveals Heterogeneity and Drug Response of Human Colorectal Cancer Organoids 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8512784 PMID:30440885	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探讨了人结直肠癌类器官的转录组特征及其对一线抗癌药物奥沙利铂的反应	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法揭示了肿瘤类器官中的癌症异质性及其对化疗药物的反应	NA	研究肿瘤类器官是否能重现患者肿瘤中观察到的细胞异质性及其对化疗的反应	人结直肠癌类器官及其对奥沙利铂的反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25991	2024-08-09	Identifying progressive gene network perturbation from single-cell RNA-seq data 2018-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC.2018.8513444 PMID:30441472	研究论文	本文介绍了一种名为PIPER的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别驱动基因调控网络差异的扰动基因	PIPER方法专门为单细胞RNA测序数据设计，能够联合识别多种渐进条件下的基因网络，并通过差异网络分析识别主要调控因子	NA	识别控制发育或疾病的基因调控网络	单细胞RNA测序数据中的渐进基因网络扰动	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25992	2024-08-09	Single-cell analyses identify distinct and intermediate states of zebrafish pancreatic islet development 2019-06-01, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjy064 PMID:30407522	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了转基因斑马鱼胰腺胰岛在四个胚胎发育阶段的动态变化	本文首次详细描述了胰腺胰岛发育过程中的不同状态和分子特征，并识别了具有不同细胞周期阶段的增殖性内分泌前体细胞	NA	定义胰腺胰岛发育过程中的特征和分化过程	胰腺胰岛细胞的发育轨迹及其调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从TgBAC(neurod1:EGFP)转基因斑马鱼中分离的单个胰岛细胞
25993	2024-08-09	Single-cell sequencing defines genetic heterogeneity in pancreatic cancer precursor lesions 2019-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.5194 PMID:30430578	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，分析了胰腺癌前病变——导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）的遗传异质性	首次在单细胞水平上揭示了IPMNs中同一驱动基因内不同突变的频繁共存现象，并提出了多克隆起源或未知的初始事件的可能性	研究样本量较小，仅涉及十个IPMNs组织	旨在阐明IPMNs在单细胞层面的遗传异质性	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMNs）	数字病理学	胰腺癌	下一代测序	NA	基因组数据	十个IPMNs组织中的单细胞
25994	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human Mesenchymal Stem Cells Reveal Age-Related Cellular Subpopulation Depletion and Impaired Regenerative Function 2019-02, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2934 PMID:30412645	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了人骨髓间充质干细胞在年龄相关性细胞亚群耗竭和再生功能受损中的分子机制	发现了年轻供体骨髓间充质干细胞中存在一种独特的静止亚群，该亚群仅在年轻细胞中存在，且与更高的组织再生基因表达相关	NA	探究年龄对骨髓间充质干细胞功能的影响及其分子机制	人骨髓间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25995	2024-08-09	Building and Regenerating the Lung Cell by Cell 2019-01-01, Physiological reviews IF:29.9Q1 DOI:10.1152/physrev.00001.2018 PMID:30427276	研究论文	本文探讨了哺乳动物肺部细胞和分子机制在肺形态发生中的作用	利用单细胞RNA测序数据和高分辨率成像技术，揭示了肺部细胞类型的显著异质性及其在肺发育中的基因表达	NA	研究肺部细胞多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径	肺部细胞的多样性、肺形成和功能以及肺器官发生中的细胞和分子途径	数字病理学	肺疾病	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
25996	2024-08-09	Spatial Transcriptomics of C. elegans Males and Hermaphrodites Identifies Sex-Specific Differences in Gene Expression Patterns 2018-12-17, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2018.10.016 PMID:30416013	研究论文	本文利用空间转录组学技术生成了C. elegans雄性和雌雄同体的高分辨率前后基因表达图谱，并开发了计算方法来发现区域和组织特异性基因	本文发现了大量性别特异性的基因表达差异，特别是在生殖细胞和精子中，并识别出在雄性生殖道中特异性表达的一组未表征基因，这些基因编码小分泌蛋白，对雄性生育力至关重要	NA	为了深入理解驱动细胞和组织特化的遗传程序，需要全面概述基因表达模式	C. elegans雄性和雌雄同体的基因表达模式	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	C. elegans雄性和雌雄同体
25997	2024-08-09	Identity Noise and Adipogenic Traits Characterize Dermal Fibroblast Aging 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.10.012 PMID:30415840	研究论文	研究探讨了在小鼠皮肤成纤维细胞在生理老化过程中，不同饮食制度对其的影响	首次揭示了老化过程中成纤维细胞身份的模糊化及其获得脂肪生成特性的现象	NA	探究成纤维细胞在老化过程中的变化及其与系统代谢的关系	小鼠皮肤成纤维细胞	NA	NA	群体和单细胞转录组学，长期谱系追踪	NA	转录组数据	NA
25998	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice 2018-11-20, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.09.009 PMID:30413361	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类和小鼠的NK细胞在不同器官中的异质性	首次在单细胞分辨率下识别出人类和小鼠NK细胞在脾脏和血液中的不同亚群，并揭示了跨器官和物种的NK细胞亚群的相似性	NA	研究NK细胞在不同器官和物种间的异质性	人类和小鼠的NK细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个从脾脏和血液中分离的单个细胞
25999	2024-08-09	A web server for comparative analysis of single-cell RNA-seq data 2018-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07165-2 PMID:30425249	研究论文	本文开发了一个自动化流程，用于下载、处理和注释公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，以实现大规模监督性细胞类型鉴定，并通过一个网络服务器scQuery展示其应用。	本文扩展了监督神经网络，以获得高效且准确的scRNA-seq数据表示，并展示了监督方法在细胞类型识别上优于非监督方法。	目前的细胞特征分析方法主要依赖于少数已知的标记基因，仅限于几种已充分表征的细胞类型。	开发一种自动化流程和网络服务器，用于大规模监督性分析scRNA-seq数据，以提高细胞类型鉴定的准确性。	公开的scRNA-seq数据集及其在健康和疾病状态下的细胞类型分布比较。	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	scRNA-seq数据	超过500个不同研究中的超过300种独特细胞类型
26000	2024-08-09	VIPER: variability-preserving imputation for accurate gene expression recovery in single-cell RNA sequencing studies 2018-11-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1575-1 PMID:30419955	research paper	开发了一种名为VIPER的方法，用于在单细胞RNA测序研究中填补零值，以促进单细胞水平上的准确转录组定量	VIPER基于非负稀疏回归模型，能够逐步推断出对感兴趣细胞表达水平最具预测性的稀疏局部邻域细胞集，以进行填补	NA	旨在提高单细胞RNA测序研究中基因表达数据的准确性	单细胞RNA测序中的零值填补	digital pathology	NA	single-cell RNA sequencing	nonnegative sparse regression models	gene expression data	NA