本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2581 | 2025-10-06 |
Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice
2025-Aug, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01999-y
PMID:40629142
|
研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了小鼠GABA能神经元发育中前体细胞时间性调控对神经元成熟的机制 | 发现神经发生的时间进程特异性调控成熟能力而非分化能力,并鉴定NFIB转录因子及其靶基因构成的调控模块 | 研究仅限于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究前体细胞能力如何影响GABA能神经元的成熟和分化 | 小鼠胚胎端脑GABA能投射神经元和中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学, 染色质可及性分析, 谱系追踪, 出生日期标记, 移植实验, 扰动测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
2582 | 2025-10-06 |
A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09113-9
PMID:40739356
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术构建了小鼠狐猴的转录组图谱Tabula Microcebus | 首次创建了小鼠狐猴的分子细胞图谱,定义了750多种分子细胞类型,并揭示了灵长类细胞和基因表达的进化特征 | 仅使用4个供体的样本,样本量相对有限 | 建立新兴灵长类模型生物的细胞和分子基础 | 小鼠狐猴(Microcebus) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 细胞聚类、整合和注释算法 | 单细胞转录组数据 | 4个供体的27个器官,共226,000个细胞 | NA | 液滴式单细胞RNA测序,平板式单细胞RNA测序 | NA | NA |
2583 | 2025-10-06 |
Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09114-8
PMID:40739355
|
研究论文 | 利用小鼠狐猴单细胞图谱研究灵长类基因、生理和疾病特征 | 首次构建小鼠狐猴单细胞图谱,发现数千个新基因和数万个灵长类特异性剪接位点,建立反向遗传分析实验框架 | 作为新兴模式生物,小鼠狐猴的遗传学、细胞和分子生物学研究仍处于初步阶段 | 建立小鼠狐猴分子和遗传分析基础,确定未来研究的灵长类基因、异构体、生理和疾病优先方向 | 小鼠狐猴(Microcebus spp)27个器官的单细胞数据 | 单细胞基因组学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 27个器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2584 | 2025-10-06 |
Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70425
PMID:40770837
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭动态及肿瘤免疫逃逸机制 | 首次发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物,并揭示核糖体干性在肿瘤免疫逃逸中的作用 | 样本量较小(仅6例患者),需要在更大队列中验证 | 探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其对临床预后的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序,单细胞T细胞受体/B细胞受体测序,空间转录组学,免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,免疫组化数据 | 6例结直肠癌患者的20个组织样本(涵盖不同TNM分期) | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞VDJ测序,空间转录组学 | NA | NA |
2585 | 2025-10-06 |
CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell
2025-Aug, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71060
PMID:40776410
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了皮肤鳞状细胞癌中产生CXCL16的肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制 | 首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16,并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境 | 样本量较小(仅10个肿瘤样本),需要更大规模研究验证发现 | 探究皮肤鳞状细胞癌肿瘤演化的详细机制和免疫微环境形成 | 皮肤基底细胞癌、原位鳞状细胞癌和侵袭性鳞状细胞癌的肿瘤样本 | 数字病理学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体克隆分析, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 10个皮肤肿瘤样本(5个BCC, 3个SCCIS, 2个SCC),共117,663个细胞 | NanoString | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx DSP空间转录组分析平台 |
2586 | 2025-10-06 |
Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer
2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70680
PMID:40778650
|
研究论文 | 基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹开发新的分子分型系统和风险预测模型 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组和大样本RNA测序数据,首次基于恶性细胞分化轨迹构建乳腺癌分子分型系统 | 模型准确度中等(AUC=0.708),需要进一步验证 | 开发基于恶性细胞分化轨迹的乳腺癌分子分型系统和预后预测模型 | 乳腺癌患者和乳腺癌骨转移 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq, UMAP分析, monocle 2伪时间分析, LASSO回归 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | TCGA-BRCA队列1097个bulk RNA-seq样本,2493个恶性spots | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq | NA | NA |
2587 | 2025-10-06 |
Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes
2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666829
PMID:40766630
|
研究论文 | 提出了一种用于长读长单细胞转录组结构注释和解码的灵活神经网络框架 | 采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计,能够精确识别结构元件,即使元件因测序噪声或文库构建变异性而发生移位、部分降解或重复 | NA | 开发用于处理长读长单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 长读长单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,长读长测序 | 混合神经网络 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 单细胞RNA-seq | ONT | Oxford Nanopore长读长测序平台 |
2588 | 2025-10-06 |
Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data
2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.666637
PMID:40766507
|
研究论文 | 本研究应用持久同调分析单细胞RNA测序数据,评估数据整合对拓扑特征和生物学信号检测的影响 | 首次将拓扑数据分析中的持久同调技术系统应用于评估scRNA-seq数据整合效果,提供了一种变形不变的结构模式捕捉框架 | 研究仅基于八种组织类型的数据集,未涵盖所有可能的生物条件和实验协议 | 评估数据整合对单细胞RNA测序数据拓扑特征和生物学可解释性的影响 | 八种不同组织类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 拓扑数据分析 | 持久同调聚类 | 基因表达数据 | 涵盖八种组织类型的多个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2589 | 2025-10-06 |
Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666708
PMID:40766555
|
研究论文 | 整合12种空间和单细胞技术系统表征三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用 | 首次整合12种互补空间单细胞技术构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络,发现黑色素细胞-成纤维细胞-T细胞共定位的癌症群落及CD44-FGF2等关键相互作用 | NA | 深入表征皮肤癌微环境并揭示细胞间相互作用机制 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤三种主要皮肤癌类型 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、配体-受体分析、遗传关联图谱 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、糖组数据、遗传数据 | 超过500,000个体遗传数据 | NA | 空间转录组学,单细胞技术,多组学整合 | Opal Polaris, RNAScope, Proximal Ligation Assay | 整合四种空间转录组平台,使用Opal Polaris、RNAScope和邻近连接分析进行验证 |
2590 | 2025-10-06 |
Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation
2025-Jul-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003
PMID:40633623
|
研究论文 | 本研究通过化学表观遗传筛选发现HDAC1/2抑制可促进结直肠癌分化并抑制肿瘤生长 | 首次揭示HDAC1/2催化域抑制通过调控H3K27ac和H3K9ac组蛋白修饰促进结直肠癌分化的分子机制 | 研究主要基于体外模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子 | 结直肠癌细胞系、小鼠模型和患者来源的类器官 | 表观遗传学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰谱分析、质谱分析、遗传筛选 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、组蛋白修饰数据 | 多种结直肠癌模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2591 | 2025-10-06 |
Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions
2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.31083/RCM39383
PMID:40776966
|
综述 | 本文探讨富血小板血浆在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及技术创新 | 提出结合纳米技术靶向递送系统、CRISPR编辑外泌体和人工智能驱动的个性化治疗策略 | PRP成分因制备方法差异存在变异性,且存在安全性问题 | 推动PRP从经验性治疗向数据驱动型精准干预转变 | 心血管再生医学 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,纳米技术,CRISPR基因编辑 | 人工智能 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2592 | 2025-10-06 |
Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor
2025-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005
PMID:40777809
|
研究论文 | 本研究揭示人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过递送miR-27b-3p靶向抑制白血病抑制因子表达,从而缓解骨关节炎 | 首次发现U-sEVs优先被FLSs和SFCs摄取,并鉴定miR-27b-3p/LIF轴作为治疗骨关节炎的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化潜力需进一步验证 | 探究间充质干细胞来源小细胞外囊泡治疗骨关节炎的作用机制 | 小鼠骨关节炎模型、人脐带间充质干细胞、成纤维样滑膜细胞和软骨表层细胞 | 细胞治疗 | 骨关节炎 | miRNA测序, 单细胞RNA测序, RNA测序, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
2593 | 2025-10-06 |
The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data
2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.24-206
PMID:40777820
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析揭示UCHL1在三阴性乳腺癌恶性上皮细胞中通过调控铁死亡增强顺铂耐药性的分子机制 | 首次在单细胞水平识别TNBC恶性上皮细胞中的耐药与敏感细胞簇,并发现UCHL1通过抑制铁死亡通路介导顺铂耐药的新机制 | 研究仅基于9个TNBC样本的单细胞数据,样本量有限;机制验证主要在细胞系中进行,缺乏体内实验验证 | 探索三阴性乳腺癌化疗耐药的关键分子机制 | 三阴性乳腺癌恶性上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2594 | 2025-10-06 |
Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf600
PMID:40598893
|
研究论文 | 研究一种脂质-siRNA偶联物在大脑中的转运途径和细胞类型依赖性基因沉默效果 | 开发了新型L2-siRNA偶联物,能在脑脊液注射后有效转运至全脑,并实现长达5个月的持久基因沉默 | 研究主要在啮齿类动物模型中进行,尚未在更高等动物或人类中验证 | 探索脂质-siRNA偶联物在大脑中的转运机制和基因沉默效果 | 小鼠和大鼠的大脑组织及不同脑细胞类型 | 神经科学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,基因沉默技术 | NA | 基因表达数据,测序数据 | 小鼠和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2595 | 2025-10-06 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
|
研究论文 | 本研究通过整合空间多组学分析揭示了三阴性乳腺癌中黑人与白人患者肿瘤微环境的种族差异 | 首次结合成像质谱流式技术和空间转录组学系统比较不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量有限,研究结果需要在更大队列中验证 | 探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制 | 自我认同为黑人和白人的三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2596 | 2025-10-06 |
Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170
PMID:40777001
|
研究论文 | 本研究揭示了放射性肺炎通过加剧肿瘤氧化应激和代谢紊乱促进肺癌免疫治疗耐药及转移的新机制 | 首次阐明放射性肺炎与免疫治疗协同作用通过氧化应激途径导致治疗抵抗和转移的生物学机制 | 主要基于小鼠模型,临床验证样本有限 | 探究放射性肺炎对肺癌免疫治疗疗效影响的分子机制 | 肺癌小鼠模型和多中心肺腺癌队列 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多中心肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2597 | 2025-10-06 |
Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178
PMID:40777021
|
研究论文 | 本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对滤泡辅助性T细胞分化的双阶段调控作用 | 首次发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化,而在晚期抑制其分化的时间依赖性调控机制 | 研究仅限于LCMV病毒感染模型,未在其他慢性病毒感染模型中验证 | 探究Themis在慢性病毒感染期间对CD4⁺ T细胞分化为TFH细胞的调控机制 | 野生型和Themis条件性基因敲除小鼠的CD4⁺ T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,过继细胞转移 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2598 | 2025-10-06 |
Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174
PMID:40777026
|
研究论文 | 通过单细胞测序和多组学分析研究宫颈癌肿瘤微环境中TSPAN1+肿瘤上皮细胞亚型与免疫检查点的相互作用及其对药物敏感性的影响 | 首次在宫颈癌中系统鉴定TSPAN1+肿瘤上皮细胞亚型,并揭示其与免疫检查点的相互作用对治疗反应的调控机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究尚需进一步实验证实 | 优化宫颈癌个性化治疗策略 | 宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
2599 | 2025-10-06 |
Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080
PMID:40777034
|
研究论文 | 评估麻醉诱导后采集的血液样本是否适合作为免疫学研究的健康对照 | 首次系统评估吸入麻醉对儿童免疫系统即时影响,为使用麻醉期间采集的样本作为健康对照提供依据 | 样本量有限,仅针对特定麻醉方案(一氧化二氮和七氟醚),未评估其他麻醉药物或长期影响 | 研究麻醉诱导是否影响血液免疫细胞组成和功能,验证其作为健康对照样本的适用性 | 接受择期牙科手术的儿童血液样本 | 免疫学 | NA | 多参数流式细胞术, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, RNA测序数据 | 未明确具体样本数量(儿童血液样本) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
2600 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1629102
PMID:40777122
|
研究论文 | 本研究结合单细胞测序和机器学习方法识别胶质瘤生物标志物和治疗靶点 | 首次将单细胞测序数据与机器学习结合,识别分化相关基因特征并揭示泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胶质瘤异质性,识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物 | 胶质瘤组织和细胞系 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | LASSO,SVM-RFE,加权相关网络分析 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 来自GEO数据库(GSE159416, GSE159605, GSE186057)和TCGA数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |