单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2581	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
2582	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
2583	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
2584	2025-03-12	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，定义了非造血基质细胞中与年龄相关的变化，并发现了两类非典型胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的出现	发现了与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态，这些细胞在胸腺髓质周围形成高密度的上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化特征	未明确aaTECs在胸腺再生中的具体分子机制	研究胸腺随年龄增长的功能衰退和再生能力下降的原因	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	老年疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	未明确具体样本数量，但涉及年龄相关的胸腺组织
2585	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
2586	2025-03-12	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与周围体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路中的差异，并首次通过实验验证了前迁移PGCs中LEFTY1/2蛋白的特异性上调	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析已发表数据集进行推测，缺乏直接实验验证	研究原始生殖细胞在迁移过程中的转录异质性及其与体细胞微环境的相互作用	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞
2587	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
2588	2025-03-12	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢和炎症反应基因的表达，影响肌肉再生的时间依赖性机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的作用及其与免疫微环境的相互作用	肌肉干细胞及其免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单核单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2589	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
2590	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
2591	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	研究论文	本文报告了小鼠精囊的第一个单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在生殖过程中的作用	小鼠精囊	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
2592	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
2593	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠
2594	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
2595	2025-03-12	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	本文研究了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用，通过去除猕猴中的先天和/或适应性CD8+淋巴细胞，展示了CD8α+细胞的缺失如何显著影响结核分枝杆菌感染的早期控制	首次在猕猴模型中系统地展示了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用，并揭示了CD8+淋巴细胞的多功能细胞毒性反应作为疫苗靶点的潜力	研究仅限于猕猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用	猕猴	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	生物样本数据	猕猴样本
2596	2025-03-12	Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium 2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2022.10.25.22281528 PMID:36324802	研究论文	本文探讨了严重COVID-19患者中真菌定植与鼻咽部IL-17反应增强的关联	通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重COVID-19患者中真菌定植与IL-17刺激的免疫特征之间的关系	研究样本量有限，且未涵盖所有COVID-19严重程度的患者	研究严重COVID-19患者中真菌定植的频率及其与特定免疫反应的关联	严重COVID-19患者	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一组严重COVID-19患者
2597	2025-03-12	CD4+ T-Cell Dysfunction in Severe COVID-19 Disease Is Tumor Necrosis Factor-α/Tumor Necrosis Factor Receptor 1-Dependent 2022-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202111-2493OC PMID:35348444	研究论文	本文研究了严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与肿瘤坏死因子-α（TNF-α）/肿瘤坏死因子受体1（TNF receptor 1）依赖性的关系	研究发现严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与TNF-α/TNF receptor 1依赖性相关，并证明TNF-α阻断剂可以挽救S1特异性CD4 T细胞增殖并减少细胞死亡	研究样本量有限，且未涉及其他潜在免疫机制的影响	探讨严重COVID-19患者中T细胞功能障碍的免疫机制	严重COVID-19患者和轻度COVID-19患者的T细胞反应	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、RNA测序数据	148名严重COVID-19患者
2598	2025-03-12	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析揭示了猕猴肺肉芽肿中结核病控制的细胞相关性	通过结合纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序和细菌清除测量，首次定义了结核病肉芽肿中细菌控制的复杂多细胞生态系统	研究仅限于猕猴模型，可能不完全适用于人类结核病	揭示结核病肉芽肿中细菌控制的细胞相关性，为开发新的疫苗和治疗策略提供依据	猕猴肺肉芽肿	数字病理	结核病	纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	猕猴肺肉芽肿样本
2599	2025-03-12	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues 2020-05-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035 PMID:32413319	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2的受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其在不同组织细胞亚群中的分布	发现ACE2是人类干扰素刺激基因（ISG），并揭示了其在肺、回肠和鼻黏膜特定细胞亚群中的共表达	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏直接的实验验证	理解SARS-CoV-2的致病机制及其受体ACE2的表达调控	人类、非人类灵长类动物和小鼠的气道上皮细胞及组织细胞亚群	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类、非人类灵长类动物和小鼠的组织样本
2600	2025-03-11	Immunogenic cuproptosis in cancer immunotherapy via an in situ cuproptosis-inducing system 2025-Aug, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123201 PMID:40020502	研究论文	本文探讨了基于细胞死亡的疗法与免疫疗法结合在癌症治疗中的潜力，特别是铜死亡在结直肠癌中的免疫原性及其机制	首次系统评估了12种细胞死亡模式在结直肠癌中的免疫原性，并发现铜死亡与免疫原性细胞死亡（ICD）及免疫反应之间的强相关性，开发了一种原位铜死亡诱导系统以增强免疫细胞效应	研究主要集中于结直肠癌，未涉及其他癌症类型，且临床样本量有限	探索铜死亡在结直肠癌中的免疫原性及其与免疫疗法的结合潜力	结直肠癌细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、体外和体内实验	NA	RNA测序数据、实验数据	内部队列及独立队列的结直肠癌样本