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当前共找到 38047 篇文献,本页显示第 2581 - 2600 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2581 2026-03-02
CellRank for directed single-cell fate mapping
2022-02, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文介绍了CellRank,一种用于单细胞命运映射的计算方法,适用于方向未知的多样化场景,如再生、重编程和疾病 结合轨迹推断的鲁棒性和RNA速度的方向信息,考虑细胞命运决策的渐进性和随机性,以及速度向量的不确定性 NA 开发一种能够处理方向未知生物过程的单细胞命运映射工具 单细胞RNA测序数据,应用于胰腺发育、细胞重编程和肺损伤后再生等场景 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2582 2026-03-02
Metabolic modeling of single Th17 cells reveals regulators of autoimmunity
2021-08-05, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究开发了Compass算法,通过单细胞RNA测序和通量平衡分析,揭示了Th17细胞代谢状态与其自身免疫致病性之间的关联,并验证了多胺代谢在调控Th17细胞功能中的关键作用 开发了Compass算法,首次将单细胞RNA测序与通量平衡分析结合,实现了单细胞代谢状态的表征,并发现了多胺代谢在Th17细胞致病性中的新调控机制 算法基于RNA测序数据推断代谢状态,可能无法完全反映实际的代谢通量变化,且体内验证主要集中于中枢神经系统自身免疫模型 研究Th17细胞的代谢状态如何调控其自身免疫致病性 Th17细胞(T辅助17细胞) 计算生物学 自身免疫疾病 单细胞RNA测序,通量平衡分析,代谢测定 Compass算法(基于通量平衡分析) RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2583 2026-03-02
Multifunctional barcoding with ClonMapper enables high-resolution study of clonal dynamics during tumor evolution and treatment
2021-07, Nature cancer IF:23.5Q1
研究论文 本文介绍了一种名为ClonMapper的功能化谱系追踪系统,该系统整合了DNA条形码、单细胞RNA测序和克隆分离技术,用于全面表征异质群体中的数千个克隆 开发了ClonMapper系统,首次将DNA条形码与单细胞RNA测序及克隆分离相结合,实现了对特定克隆的活细胞操作和基因组、表观组、转录组测量的整合 NA 研究肿瘤进化与治疗过程中的克隆动态 慢性淋巴细胞白血病细胞系及原代人类慢性淋巴细胞白血病样本 数字病理学 慢性淋巴细胞白血病 DNA条形码,单细胞RNA测序,克隆分离 NA 单细胞转录组数据 数千个克隆 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2584 2026-03-02
Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis
2021-Jun-25, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,系统描绘了小鼠和人类在发育、衰老及纤维化过程中肺间充质细胞的异质性,并鉴定了一个新的细胞亚群 首次在胚胎、出生后、成年及衰老纤维化肺中,对小鼠和人类的间充质细胞进行跨物种、跨发育阶段的单细胞转录组比较分析,鉴定了一个新的细胞亚群,并揭示了各亚群在纤维化中均参与基质基因表达 未明确提及新细胞亚群的具体功能验证,且分析主要基于转录组数据,缺乏蛋白水平或功能实验的深入验证 阐明肺间充质细胞在发育和纤维化疾病中的异质性、亚群分类及其转录特征 小鼠和人类在胚胎期、出生后、成年期及衰老纤维化肺组织中的间充质细胞 单细胞组学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 涵盖小鼠和人类多个发育阶段(胚胎、出生后、成年、衰老)及纤维化状态的肺组织样本,具体样本数量未明确 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2585 2026-03-02
Identification of EMT signaling cross-talk and gene regulatory networks by single-cell RNA sequencing
2021-05-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了TGF-β1诱导的MCF10A细胞上皮-间质转化过程,揭示了EMT信号通路的交叉调控和基因调控网络 利用单细胞RNA测序和伪时间聚类重建,首次在单细胞水平上揭示了EMT过程中信号通路的顺序和并行激活模式,并识别了关键的NOTCH信号通路作为TGF-β诱导EMT的主要驱动因素 研究仅基于MCF10A细胞系模型,未在体内或更多细胞类型中验证,且单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应等局限性 探究上皮-间质转化过程中的信号通路交叉调控机制和基因调控网络 MCF10A细胞系在TGF-β1刺激下经历EMT的过程 单细胞组学 癌症 单细胞RNA测序 伪时间聚类分析、随机电路扰动方法 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但基于MCF10A细胞系进行单细胞测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2586 2026-03-02
Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells
2021-05, Diabetes IF:6.2Q1
研究论文 本研究利用fliFISH技术在单个细胞水平上量化小鼠胰岛切片中的转录本,验证了胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式 采用fliFISH技术克服了scRNA-Seq在检测低丰度转录本和空间组织信息方面的局限性,首次在完整胰岛的空间背景下评估转录异质性 研究仅聚焦于小鼠胰岛,未涉及人类样本或其他物种;分析的基因数量有限,可能未全面覆盖胰岛β细胞的异质性 验证胰岛β细胞中基因表达的异质性模式,并探索其空间组织与细胞成熟状态的关系 小鼠胰岛β细胞 数字病理学 NA fliFISH(基于波动定位成像的荧光原位杂交) NA 图像 未明确指定样本数量,但涉及单个胰岛的多个细胞 NA 单细胞RNA测序(作为比较技术提及),但主要使用fliFISH NA NA
2587 2026-03-02
SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references
2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为SCDC的批量基因表达去卷积方法,该方法利用多个单细胞RNA测序参考数据集中的细胞类型特异性基因表达谱,通过集成方法整合不同实验室和时间产生的数据,以解决批次效应问题,并在模拟和实验混合细胞系中验证了其优于现有方法的准确性 SCDC采用集成方法整合多个scRNA-seq参考数据集,隐式处理批次效应混淆问题,提高了细胞类型分解的准确性 NA 开发一种基于多个单细胞RNA测序参考数据集的批量RNA测序去卷积方法,以更准确地分解细胞类型比例 批量RNA测序数据,包括模拟生成的伪批量样本和实验混合细胞系,以及人类胰岛和小鼠乳腺组织数据集 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 集成方法 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2588 2026-03-02
A `one-two punch' therapy strategy to target chemoresistance in estrogen receptor positive breast cancer
2021-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 本研究探讨了通过HDAC抑制剂靶向化疗诱导的癌症干细胞样细胞,以克服雌激素受体阳性乳腺癌的化疗耐药性 提出“一打二击”治疗策略,利用HDAC抑制剂阻断化疗诱导的癌症干细胞样细胞富集,并揭示IIa类和IIb类HDAC在逆转化疗耐药状态中的关键作用 研究主要基于体外实验和患者样本分析,缺乏大规模临床试验验证,且对HDAC抑制剂的具体作用机制仍需进一步探索 开发针对雌激素受体阳性乳腺癌化疗耐药性的新型治疗策略 雌激素受体阳性转移性乳腺癌肿瘤细胞及患者来源的癌症细胞 癌症生物学 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2589 2026-03-02
A distinct GM-CSF+ T helper cell subset requires T-bet to adopt a TH1 phenotype and promote neuroinflammation
2020-Oct-23, Science immunology IF:17.6Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序和高维单细胞质谱流式技术,识别了一种独特的GM-CSF+ T辅助细胞亚群(TGM),并探讨其在神经炎症中的作用 首次系统性地识别并表征了GM-CSF+ TGM细胞亚群,揭示了其缺乏经典T细胞谱系标志,但能在IL-12刺激下向TH1表型转化并促进神经炎症 研究主要基于小鼠模型和健康人血液样本,在人类自身免疫疾病中的直接验证尚需进一步研究 探究GM-CSF+ T辅助细胞的身份、特性及其在自身免疫神经炎症中的致病机制 健康人血液中的抗原经验性CD45RA- CD4+ T细胞,以及实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型中的外周和中枢神经系统细胞 免疫学 自身免疫性疾病 单细胞RNA测序,高维单细胞质谱流式 NA 单细胞转录组数据,质谱流式数据 健康人血液样本及EAE小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2590 2026-03-02
SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble
2020-01-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1
研究论文 本文提出了一种名为SAME-clustering的集成聚类方法,通过混合模型整合多种单细胞RNA测序数据的聚类结果,以提高聚类准确性 SAME-clustering采用混合模型集成策略,从多种聚类方法中选择最大多样性的子集,生成改进的集成聚类解决方案,这在单细胞RNA测序数据分析中是一种创新方法 论文未明确讨论该方法在极端大规模数据集或高度噪声数据下的性能限制,也未涉及计算效率的详细评估 开发一种集成聚类方法,以解决单细胞RNA测序数据聚类中不同方法结果不一致的问题,提高聚类结果的准确性和鲁棒性 单细胞RNA测序数据,涉及从49到32,695个单细胞,涵盖3到15个不同的细胞类型或簇 机器学习 NA 单细胞RNA测序 混合模型 单细胞RNA测序数据 15个数据集,单细胞数量从49到32,695个 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2591 2026-03-02
Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
2019-12, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 本文介绍了一种名为Harmony的算法,用于高效、敏感且准确地整合单细胞RNA-seq数据,以解决不同数据集间的技术和生物差异问题 Harmony算法能够将细胞投影到共享嵌入空间中,使细胞按细胞类型而非数据集特定条件分组,同时考虑多个实验和生物因素,在计算资源需求较低的情况下实现高性能整合 NA 开发一种算法以整合多样化的单细胞RNA-seq数据集,实现跨技术和条件的细胞类型转录特征分析 单细胞RNA-seq数据集,包括外周血单个核细胞、胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据 生物信息学 NA 单细胞RNA-seq Harmony算法 单细胞RNA-seq数据 约10^6个细胞 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2592 2026-03-02
Single-Cell Profiling of Cutaneous T-Cell Lymphoma Reveals Underlying Heterogeneity Associated with Disease Progression
2019-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法,揭示了皮肤T细胞淋巴瘤(特别是Sézary综合征)的转录组异质性,并开发了预测疾病阶段的基因特征模型 首次在Sézary综合征中应用单细胞RNA测序结合Monocle包的机器学习逆向图嵌入方法,定义了不同的转录组状态,并识别了FOXP3+恶性T细胞在克隆进化中的关键作用 研究样本量有限,且主要聚焦于Sézary综合征,可能无法完全代表所有CTCL亚型 探究皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)的疾病进展机制,并开发预测疾病阶段的分类模型 皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)患者,特别是Sézary综合征的恶性T细胞 单细胞组学 皮肤T细胞淋巴瘤 单细胞RNA测序,机器学习逆向图嵌入 增强树分类模型 单细胞RNA测序数据 未明确指定样本数量,但涉及CTCL患者样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2593 2026-03-02
Single-cell RNA-seq analysis identifies markers of resistance to targeted BRAF inhibitors in melanoma cell populations
2018-09, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文介绍了一种名为SAKE的单细胞RNA-seq分析方法,用于识别黑色素瘤细胞对BRAF抑制剂耐药性的标记物 开发了SAKE方法,提供分析流程各步骤的定量统计指标,并在大型复杂细胞群体中优于其他方法 未明确说明方法在小型或简单群体中的性能比较,可能受限于特定平台数据 识别黑色素瘤细胞对靶向BRAF抑制剂的耐药性标记物 人类黑色素瘤细胞 单细胞分析 黑色素瘤 单细胞RNA-seq SAKE算法 单细胞RNA-seq数据 未明确指定样本数量,涉及多个细胞群体 Fluidigm, 10x Genomics 单细胞RNA-seq Fluidigm C1, 10x Genomics平台 Fluidigm C1和10x Genomics单细胞RNA-seq平台
2594 2026-03-02
Distinct Mesenchymal Lineages and Niches Promote Epithelial Self-Renewal and Myofibrogenesis in the Lung
2017-Sep-07, Cell IF:45.5Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和信号谱系报告系统,绘制了肺间充质细胞的空间和转录图谱,揭示了不同间充质谱系在肺泡上皮细胞自我更新和损伤后肌成纤维细胞生成中的独特功能 首次系统性地绘制了肺间充质细胞的空间和转录图谱,并明确了Wnt响应性间充质肺泡生态位细胞和Axin2+肌源性祖细胞在稳态维持与损伤修复中的不同功能 NA 阐明肺间充质细胞的空间分布、转录特征及其在肺泡上皮细胞自我更新和损伤修复中的调控功能 小鼠肺组织中的间充质细胞谱系 单细胞组学 肺疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2595 2026-03-01
Single-cell transcriptomics and metabolomics demonstrate that Taohe Chengqi decoction alleviates sepsis-associated acute lung injury by modulating immunometabolism
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析,探讨了桃核承气汤通过调节免疫代谢缓解脓毒症相关急性肺损伤的机制 整合单细胞转录组学和非靶向代谢组学,首次揭示了桃核承气汤通过抑制糖酵解改善肺泡-毛细血管屏障和免疫微环境的机制 研究基于一批桃核承气汤样本,需进一步验证多批次样本的一致性和可重复性 探索桃核承气汤治疗脓毒症相关急性肺损伤的潜在免疫代谢机制 LPS诱导的SA-ALI小鼠模型 数字病理学 脓毒症相关急性肺损伤 单细胞转录组学, 非靶向代谢组学, Western blotting, RT-PCR, ELISA, 流式细胞术 NA 转录组数据, 代谢组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 代谢组学 NA NA
2596 2026-03-01
Supplementation with Lycium barbarum glycopeptide (LbGP) rescues the quality of aged oocytes
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了枸杞糖肽(LbGP)对老年小鼠卵巢功能和卵母细胞质量的恢复作用及其机制 首次全面揭示了LbGP通过激活PPAR信号通路恢复老年卵母细胞线粒体功能,并通过单细胞RNA测序系统重塑卵巢微环境 研究仅基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性有待进一步验证 研究LbGP对生殖衰老的对抗作用及改善卵母细胞质量的机制 老年雌性小鼠的卵巢组织和卵母细胞 生殖医学 生殖衰老 组织学分析、体外受精(IVF)、早期胚胎培养、活细胞成像、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像、文本(测序数据) 老年雌性小鼠 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2597 2026-03-01
Inhibition of the p38/JNK MAPK pathway mediated by circadian rhythm genes: Study of the mechanism of Linggan Wuwei Jiangxin decoction in the treatment of COPD
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了苓甘五味姜辛汤通过调节昼夜节律基因抑制p38/JNK MAPK通路治疗慢性阻塞性肺疾病的机制 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序及机器学习算法,揭示了苓甘五味姜辛汤通过昼夜节律基因Bmal1和Per2调控p38/JNK MAPK通路的新机制 研究主要基于大鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证,且机制探索可能未涵盖所有潜在通路 阐明苓甘五味姜辛汤预防和治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 慢性阻塞性肺疾病大鼠模型及BEAS-2B细胞系 生物信息学 慢性阻塞性肺疾病 UPLC-MS/MS, 代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, 分子对接, 分子动力学模拟 机器学习算法(未指定具体模型), WGCNA 组学数据, 图像, 文本 慢性阻塞性肺疾病大鼠模型及BEAS-2B细胞 NA 单细胞RNA测序, 代谢组学, 转录组学 NA NA
2598 2026-03-01
Clusterin Drives Fiber Endocytosis by Mesothelial Cells to Resolve Liver Fibrosis
2026-Mar, Gastroenterology IF:25.7Q1
研究论文 本研究揭示了簇集蛋白(CLU)通过其受体LRP2驱动间皮细胞纤维内吞以缓解肝纤维化的新机制,并设计了一种模拟CLU的肽段CLUtide,展示了其治疗潜力 首次发现CLU通过LRP2受体特异性作用于肝脏间皮细胞(而非肝星状细胞),诱导其增殖、迁移并内吞纤维,从而缓解肝纤维化,并设计了具有治疗潜力的模拟肽CLUtide 研究主要在动物模型中进行,CLUtide在人体中的安全性和有效性仍需进一步验证 探究CLU在肝纤维化中的作用机制及治疗潜力 肝纤维化患者及小鼠模型、CLU敲除小鼠、间皮细胞特异性LRP2敲除小鼠 NA 肝纤维化 单细胞RNA测序、免疫荧光、基因敲除、肽段设计 NA 基因表达数据、图像数据 患者及小鼠样本(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2599 2026-03-01
Endothelin-1/endothelin B receptor signalling mediates Prx1+ skeletal stem cells senescence: A driver of osteoporotic bone loss
2026-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1
研究论文 本研究揭示了内皮素-1/内皮素B受体信号轴通过诱导Prx1+骨骼干细胞衰老,从而驱动骨质疏松性骨丢失的机制 首次将血管内皮素-1信号与骨骼干细胞衰老及骨质疏松联系起来,并确定了ETBR是关键的介导受体,为骨质疏松治疗提供了新的靶点 研究主要基于小鼠模型,其在人类中的直接相关性仍需进一步验证;长期ETBR抑制的安全性和副作用有待评估 探究内皮素-1信号是否驱动骨骼干细胞衰老及其在骨质疏松发生中的作用机制 骨骼干细胞、间充质干细胞、衰老和卵巢切除小鼠模型、转基因小鼠模型 干细胞生物学与骨代谢研究 骨质疏松 单细胞RNA测序、转录组分析、基因敲除、药理学抑制 小鼠疾病模型(衰老、OVX)、转基因小鼠模型(TET-1, Prx1-Cre;ETBR fl/fl) 单细胞RNA测序数据、转录组数据、表型数据 涉及人类单细胞RNA测序数据集及多种小鼠模型,具体样本数量未在摘要中明确 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2600 2026-03-01
Dual Role of PSMB9 Linking Immune Activation and Tumor Adaptation in Hepatocellular Carcinoma With Therapeutic and Prognostic Implications
2026-Mar, Anticancer research IF:1.6Q4
研究论文 本研究探讨了PSMB9在肝细胞癌(HCC)中连接免疫激活与肿瘤适应的双重作用,及其治疗和预后意义 识别PSMB9作为HCC中免疫热表型的关键生物标志物,揭示其既促进免疫激活又预测不良生存的矛盾表型 未明确PSMB9促进肿瘤适应的具体分子机制,且研究基于回顾性队列,需前瞻性验证 探索HCC中免疫激活的分子决定因素及其预后和治疗意义 肝细胞癌(HCC)患者样本和HepG2细胞系 生物信息学与癌症研究 肝细胞癌 单样本基因集富集分析(ssGSEA)、差异表达基因筛选、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、体外功能实验 NA 基因表达数据、单细胞RNA-seq数据 TCGA-LIHC队列、HCC TACE治疗队列、多个免疫治疗和靶向治疗队列 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
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