单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2581	2025-03-12	A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932 PMID:38118400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细分析了K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2感染期间的肺组织分子和细胞反应	首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中，利用单细胞RNA测序技术全面解析了SARS-CoV-2感染引起的肺组织病理变化和细胞动态反应	研究仅限于K18-hACE2转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类SARS-CoV-2感染的复杂性	探究SARS-CoV-2感染在肺组织中的分子和细胞机制，以期为COVID-19的诊断和治疗提供新思路	K18-hACE2转基因小鼠的肺组织	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	K18-hACE2转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了K18-hACE2转基因小鼠的肺组织
2582	2025-03-12	CD8+ lymphocytes are critical for early control of tuberculosis in macaques 2023-12-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230707 PMID:37843832	研究论文	本文研究了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用，通过去除猕猴中的先天和/或适应性CD8+淋巴细胞，展示了CD8α+细胞的缺失如何显著影响结核分枝杆菌感染的早期控制	首次在猕猴模型中系统地展示了CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的关键作用，并揭示了CD8+淋巴细胞的多功能细胞毒性反应作为疫苗靶点的潜力	研究仅限于猕猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨CD8+淋巴细胞在结核病早期控制中的功能作用	猕猴	免疫学	结核病	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	生物样本数据	猕猴样本
2583	2025-03-12	Severe COVID-19 is associated with fungal colonization of the nasopharynx and potent induction of IL-17 responses in the nasal epithelium 2022-Oct-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2022.10.25.22281528 PMID:36324802	研究论文	本文探讨了严重COVID-19患者中真菌定植与鼻咽部IL-17反应增强的关联	通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重COVID-19患者中真菌定植与IL-17刺激的免疫特征之间的关系	研究样本量有限，且未涵盖所有COVID-19严重程度的患者	研究严重COVID-19患者中真菌定植的频率及其与特定免疫反应的关联	严重COVID-19患者	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一组严重COVID-19患者
2584	2025-03-12	CD4+ T-Cell Dysfunction in Severe COVID-19 Disease Is Tumor Necrosis Factor-α/Tumor Necrosis Factor Receptor 1-Dependent 2022-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202111-2493OC PMID:35348444	研究论文	本文研究了严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与肿瘤坏死因子-α（TNF-α）/肿瘤坏死因子受体1（TNF receptor 1）依赖性的关系	研究发现严重COVID-19患者中CD4+ T细胞功能障碍与TNF-α/TNF receptor 1依赖性相关，并证明TNF-α阻断剂可以挽救S1特异性CD4 T细胞增殖并减少细胞死亡	研究样本量有限，且未涉及其他潜在免疫机制的影响	探讨严重COVID-19患者中T细胞功能障碍的免疫机制	严重COVID-19患者和轻度COVID-19患者的T细胞反应	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、RNA测序数据	148名严重COVID-19患者
2585	2025-03-12	Multimodal profiling of lung granulomas in macaques reveals cellular correlates of tuberculosis control 2022-05-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.04.004 PMID:35483355	研究论文	本文通过多模态分析揭示了猕猴肺肉芽肿中结核病控制的细胞相关性	通过结合纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序和细菌清除测量，首次定义了结核病肉芽肿中细菌控制的复杂多细胞生态系统	研究仅限于猕猴模型，可能不完全适用于人类结核病	揭示结核病肉芽肿中细菌控制的细胞相关性，为开发新的疫苗和治疗策略提供依据	猕猴肺肉芽肿	数字病理	结核病	纵向PET-CT成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	猕猴肺肉芽肿样本
2586	2025-03-12	SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues 2020-05-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.04.035 PMID:32413319	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2的受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其在不同组织细胞亚群中的分布	发现ACE2是人类干扰素刺激基因（ISG），并揭示了其在肺、回肠和鼻黏膜特定细胞亚群中的共表达	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏直接的实验验证	理解SARS-CoV-2的致病机制及其受体ACE2的表达调控	人类、非人类灵长类动物和小鼠的气道上皮细胞及组织细胞亚群	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类、非人类灵长类动物和小鼠的组织样本
2587	2025-03-11	Immunogenic cuproptosis in cancer immunotherapy via an in situ cuproptosis-inducing system 2025-Aug, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123201 PMID:40020502	研究论文	本文探讨了基于细胞死亡的疗法与免疫疗法结合在癌症治疗中的潜力，特别是铜死亡在结直肠癌中的免疫原性及其机制	首次系统评估了12种细胞死亡模式在结直肠癌中的免疫原性，并发现铜死亡与免疫原性细胞死亡（ICD）及免疫反应之间的强相关性，开发了一种原位铜死亡诱导系统以增强免疫细胞效应	研究主要集中于结直肠癌，未涉及其他癌症类型，且临床样本量有限	探索铜死亡在结直肠癌中的免疫原性及其与免疫疗法的结合潜力	结直肠癌细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序、体外和体内实验	NA	RNA测序数据、实验数据	内部队列及独立队列的结直肠癌样本
2588	2025-03-11	CD177+ neutrophils exacerbate septic lung injury via the NETs/AIM2 pathway: An experimental and bioinformatics study 2025-Apr-04, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114292 PMID:40007380	研究论文	本研究通过实验和生物信息学方法，揭示了CD177+中性粒细胞通过NETs/AIM2途径加剧脓毒症肺损伤的机制，并发现褪黑素具有潜在的治疗作用	首次揭示了CD177+中性粒细胞在脓毒症肺损伤中的关键作用，并发现褪黑素可通过抑制CD177+中性粒细胞浸润和NETs表达来改善肺损伤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的潜在机制和有效治疗策略	脓毒症诱导的急性肺损伤	生物信息学	脓毒症	单细胞测序，分子生物学实验方法	小鼠盲肠结扎穿刺（CLP）模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
2589	2025-03-11	Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation 2025-Apr, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23882 PMID:39835715	研究论文	本研究探讨了缺氧如何通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞（CAF）的形成促进结直肠癌（CRC）的恶性进展	发现了与缺氧密切相关的POSTN+ Fib细胞亚群，并开发了POSTNFib缺氧相关风险模型（PFHRM）以预测CRC患者的生存和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨缺氧如何调节CRC免疫微环境并促进其恶性进展	结直肠癌患者及其相关数据	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据，临床病理信息	来自TCGA和GEO数据库的CRC患者数据
2590	2025-03-11	TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis 2025-Apr, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12279 PMID:39891588	review	本文回顾了TREM2从基础研究到作为动脉粥样硬化治疗靶点的历程，并探讨了其临床应用的可能性	揭示了TREM2在泡沫巨噬细胞存活和动脉粥样硬化进展中的重要性，并提出了TREM2作为治疗靶点的潜力	NA	探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的可行性和临床应用前景	动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞和TREM2表达	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2591	2025-03-11	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	本研究通过整合和分析单细胞RNA测序数据，探索了银屑病关节炎（PsA）与衰老之间的共同分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据整合分析，识别出PsA与衰老共同上调的细胞亚群，并发现关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G与PsA的因果关系	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，样本来源有限，可能影响结果的普适性	探索银屑病关节炎与衰老的共同分子机制	银屑病关节炎患者、衰老患者及正常人群的滑液和外周血样本	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	PsA患者滑液、衰老患者外周血及正常人群样本
2592	2025-03-11	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	研究论文	本文研究了高强度压力对毛囊生长的影响及其机制，通过小鼠模型和单细胞RNA测序分析揭示了压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP途径抑制毛囊干细胞细胞周期的机制	首次揭示了高强度压力通过激活交感神经系统和cAMP信号通路抑制毛囊干细胞细胞周期的具体机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨高强度压力对毛囊生长的具体影响及其分子机制	小鼠毛囊干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
2593	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
2594	2025-03-11	Characterizing the Cellular Constituents of Proximal Airway Disease in Granulomatosis With Polyangiitis 2025-Mar-10, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.1197 PMID:40062629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了肉芽肿性多血管炎（GPA）患者近端气道黏膜的细胞组成，揭示了GPA风险基因在免疫细胞中的表达定位	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了GPA患者近端气道黏膜的细胞组成，并发现了一种仅存在于GPA中的CD4-/CD8-炎症性T细胞亚群	研究样本量较小（GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10），且仅在单一三级医疗中心进行，可能限制结果的普遍性	旨在揭示GPA患者近端气道疾病的细胞组成及其病理机制	GPA患者、特发性声门下狭窄（iSGS）患者、插管后近端狭窄（PIPS）患者及对照组的近端气道样本	数字病理学	肉芽肿性多血管炎	单细胞RNA测序	Monocle 3	RNA测序数据	GPA n=9，iSGS n=7，PIPS n=5，对照 n=10
2595	2025-03-11	Robust Spatial Cell-Type Deconvolution with Qualitative Reference for Spatial Transcriptomics 2025-Mar-09, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401145 PMID:40059456	研究论文	本文提出了一种基于定性参考的空间转录组学细胞类型去卷积方法QR-SIDE，用于处理多细胞空间转录组数据	QR-SIDE方法通过自适应调整每个标记基因的贡献，提供了个体标记基因的空间异质性详细图谱，并结合Potts模型促进空间连续性，统一了细胞类型去卷积与空间聚类	在缺乏可靠参考数据集或存在异质批次效应的情况下，现有方法可能引入偏差	开发一种新的空间转录组学细胞类型去卷积方法，以提高细胞类型去卷积的准确性和鲁棒性	多细胞空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Potts模型	空间转录组数据	模拟数据和三个真实空间转录组数据集（来自10x Visium和ST平台）
2596	2025-03-11	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-Mar-08, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	研究论文	本研究探讨了Prader-Willi综合征（PWS）患者下丘脑视交叉上核（SCN）中精氨酸加压素（AVP）神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元和GFAP表达星形胶质细胞的选择性变化，并探讨了这些变化与PWS患者昼夜节律紊乱的关联	研究样本量有限，且仅基于尸检组织，无法进行动态观察	研究PWS患者SCN中特定细胞类型的变化及其与昼夜节律紊乱的关系	Prader-Willi综合征患者和匹配对照的下丘脑组织	神经科学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织图像	PWS患者和匹配对照的尸检下丘脑组织
2597	2025-03-11	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Mar-08, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	本文探讨了新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何通过转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤的发展	揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过转录重编程绕过BRAF诱导的生长停滞，促进黑色素瘤发展的新机制	研究主要依赖于小鼠模型和基因组分析，人类临床数据的应用可能有限	研究新生儿UV辐射或Lkb1缺失如何影响BRAFV600E诱导的生长停滞及黑色素瘤发展	黑色素细胞	癌症研究	黑色素瘤	基因组分析、单细胞转录组学	小鼠模型	基因组数据、临床数据、转录组数据	NA
2598	2025-03-11	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals that CD177+ Tregs enhance immunosuppression through apoptosis and resistance to immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2025-Mar-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03330-2 PMID:40055567	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和严格筛选策略，发现CD177作为肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）的特异性生物标志物，揭示了其在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制作用和潜在治疗靶点	首次鉴定出CD177作为TiTregs的特异性生物标志物，并揭示了其在HCC中的免疫抑制机制和潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证CD177抑制的效果	探索肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）在肝细胞癌（HCC）中的免疫抑制机制及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）中的肿瘤浸润调节性T细胞（TiTregs）	癌症免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组测序	CD177 Treg条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
2599	2025-03-11	Sour neuronal signalling attenuates macrophage mediated liver injury 2025-Mar-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	研究论文	本研究探讨了酸味刺激通过神经信号减轻巨噬细胞介导的肝损伤的机制	揭示了TAFA2蛋白在神经元中的诱导作用及其通过CCR2受体招募和激活巨噬细胞导致肝损伤的机制，并发现酸味刺激能减少TAFA2的产生和肝损伤	NA	研究酸味刺激对肝缺血再灌注损伤（IRI）的影响及其机制	小鼠和人类	NA	肝病	单细胞测序、RNA测序	NA	基因表达数据、临床数据	小鼠模型和人类临床试验
2600	2025-03-11	Sustained NF-κB activation allows mutant alveolar stem cells to co-opt a regeneration program for tumor initiation 2025-Mar-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.011 PMID:39978341	研究论文	本文通过命运映射和单细胞转录组学技术，揭示了肺再生与肿瘤发生之间的相似性，并发现Il1r1作为AT2重编程的共同激活因子	揭示了NF-κB持续激活在肿瘤发生中的关键作用，以及突变细胞如何通过获得谱系不忠实性和可逆状态转变来调控野生型AT2细胞动态	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨调控干细胞命运的失调如何导致肿瘤发生	小鼠野生型和KrasG12D突变的肺泡II型（AT2）干细胞	肿瘤生物学	肺癌	命运映射、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个小鼠AT2干细胞