单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-09	Spatial Transcriptomics in Human Cardiac Tissue 2025-Jan-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26030995 PMID:39940764	review	本文综述了空间转录组学在人类心脏组织中的应用，探讨了当前技术及其在心脏发育、电解剖学、免疫学和缺血性心脏病研究中的关键研究	空间转录组学通过保留组织内的空间背景，改变了我们对基因表达的理解，并展示了与其他组学技术结合使用的潜力	空间转录组学存在一些挑战，限制了其广泛采用和更广泛的应用	探讨空间转录组学在心血管研究中的应用及其潜力	人类心脏组织	digital pathology	cardiovascular disease	空间转录组学	NA	NA	NA
242	2025-05-09	Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression 2025-Jan-07, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.035780 PMID:39719426	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性和基因表达差异	首次在猫、人和小鼠中比较MYBPC3相关肥厚型心肌病的单细胞转录组差异，揭示生物学过程保守但驱动基因不同的现象	研究仅关注MYBPC3相关突变，未涵盖其他可能导致肥厚型心肌病的遗传因素	阐明不同物种间MYBPC3相关肥厚型心肌病的共同和特异性病理通路，评估小鼠模型的临床相关性	携带MYBPC3变异的猫、人和小鼠心脏组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单核RNA测序	NA	RNA测序数据	猫、人和小鼠的心脏组织样本（具体数量未提及）
243	2025-05-09	Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf002 PMID:39960663	research paper	该研究开发了一种名为SpaSNE的空间解析降维方法，用于整合空间和分子信息，以更准确地可视化空间解析分析数据	开发了SpaSNE方法，专门针对空间解析分析数据，整合了空间和分子信息，相比t-SNE和UMAP能提供更准确和有意义的数据可视化	NA	开发一种新的降维方法，用于更准确地分析和解释空间解析分析数据	空间解析分析数据，包括来自不同疾病、组织和细胞类型的公共数据集	machine learning	NA	spatially resolved profiling technologies	SpaSNE, t-SNE, UMAP	spatially resolved profiling data	4个空间解析分析数据集，来自3种不同的实验平台（Visium、STARmap和MERFISH），涵盖疾病和正常组织
244	2025-05-09	Exploring the cellular and molecular basis of murine cardiac development through spatiotemporal transcriptome sequencing 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf012 PMID:39960664	研究论文	利用空间转录组测序技术探索小鼠心脏发育的细胞和分子基础，构建早期小鼠心脏发育的时空细胞图谱	首次构建了小鼠心脏早期发育的时空细胞图谱，揭示了心脏细胞谱系的空间组织及其在发育过程中的相互作用，并识别了与心肌再生能力丧失相关的关键基因和转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类心脏发育	探索小鼠心脏发育的细胞和分子机制	小鼠心脏发育过程中的细胞和分子变化	空间转录组学	心血管疾病	空间转录组测序	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠心脏发育的多个阶段
245	2025-05-09	Evolutionary convergence of sensory circuits in the pallium of amniotes 2025-Jan-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp3411 PMID:39946453	研究论文	研究探讨了羊膜动物大脑皮层中感觉电路的进化趋同性	揭示了鸟类和哺乳动物感觉电路在发育和功能上的差异与相似性，提出了羊膜动物高阶感觉处理的趋同进化	研究仅涉及鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠），样本范围有限	解析羊膜动物大脑皮层感觉电路的发育和进化关系	鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠）的大脑皮层感觉电路	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、数学建模	NA	转录组数据	三种物种（鸡、壁虎、小鼠）的样本
246	2025-05-09	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出SeqBMC算法，利用基因频率对矩阵分块后使用矩阵分解补全缺失值，并保留可能存在的生物零值	未明确说明算法在大规模数据集上的计算效率或处理其他类型数据的能力	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达数据	NA
247	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	research paper	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，研究了精囊在哺乳动物繁殖中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	理解精囊这一未被充分研究的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
248	2025-05-09	scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43590-8 PMID:38012145	研究论文	介绍了一种名为scDREAMER的数据集成框架，用于整合异质性单细胞测序数据集	结合深度生成模型和对抗训练，支持无监督和有监督的数据集成，能够处理批次效应、细胞类型分布不均等问题	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	开发一个高效的框架来整合跨组织、时间和条件的单细胞测序数据集	单细胞测序数据集	生物信息学	NA	单细胞测序	深度生成模型与对抗分类器	单细胞测序数据	六个真实基准数据集和一个包含100万细胞的数据集
249	2025-05-09	Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43387-9 PMID:38012143	研究论文	通过高通量全长单细胞RNA测序在卵巢癌中检测异构体和基因组改变	使用长读长单细胞RNA测序技术，提高了PacBio测序深度至每个细胞12,000读长，捕获了152,000个异构体，其中52,000个是先前未报道的	研究样本仅来自三名卵巢癌患者，样本量较小	理解癌症的复杂背景，提供单细胞分辨率的基因型-表型信息	卵巢癌患者的临床样本	数字病理学	卵巢癌	长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq），PacBio测序	NA	RNA测序数据	三名卵巢癌患者的临床样本
250	2025-05-09	Robust mapping of spatiotemporal trajectories and cell-cell interactions in healthy and diseased tissues 2023-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43120-6 PMID:38007580	研究论文	开发了三种计算统计算法，整合空间转录组学的多种数据类型，以增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	提出了基于空间图的方法PSTS、空间约束的两级置换测试SCTP以及基于神经网络的插补方法stSME，用于建模细胞间相互作用和纠正技术噪声	NA	增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	细胞过程、细胞间相互作用	空间转录组学	癌症、脑损伤	空间转录组学	神经网络、基于图的方法	基因表达数据、物理距离数据、组织形态数据	NA
251	2025-05-09	The extrafollicular B cell response is a hallmark of childhood idiopathic nephrotic syndrome 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43504-8 PMID:37996443	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，揭示了儿童特发性肾病综合征（INS）中B细胞的异常反应特征	首次在儿童INS中发现了以非滤泡性B细胞反应为主的免疫扰动，并识别了特定的B细胞亚群扩增	样本量较小（13名INS患儿和24名健康对照），且仅分析了血液样本	探究儿童特发性肾病综合征的免疫发病机制	儿童特发性肾病综合征患者和健康对照的B细胞	免疫学	肾病综合征	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞数据	13名INS患儿和24名健康对照的血液样本
252	2025-05-09	Mouse models of pediatric high-grade gliomas with MYCN amplification reveal intratumoral heterogeneity and lineage signatures 2023-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43564-w PMID:38001143	research paper	该研究通过构建基因工程小鼠模型，模拟人类MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤，揭示了肿瘤的分子特征和潜在治疗选项	首次构建了模拟人类HGG-MYCN的小鼠模型，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤内异质性和谱系特征	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索MYCN扩增的儿童高级别胶质瘤的肿瘤发生机制和分子特征，寻找潜在治疗选项	基因工程小鼠模型和人类肿瘤细胞	肿瘤生物学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序，高通量药物筛选	基因工程小鼠模型	基因表达数据，药物反应数据	未明确说明小鼠数量，但使用了小鼠和人类肿瘤细胞进行实验
253	2025-05-09	Vector-borne Trypanosoma brucei parasites develop in artificial human skin and persist as skin tissue forms 2023-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43437-2 PMID:37996412	研究论文	该研究通过人工人类皮肤模型和采采蝇自然感染，详细描述了布氏锥虫在皮肤中的发育过程及其进入可逆静止状态的特性	首次使用先进的人工人类皮肤模型和单细胞RNA测序技术，揭示了布氏锥虫在皮肤中的发育时序及其可逆静止状态	研究依赖于人工皮肤模型，可能无法完全模拟自然感染环境	探究布氏锥虫在人类皮肤中的发育过程及其持久感染机制	布氏锥虫及其在人工人类皮肤中的发育	寄生虫学	锥虫病	单细胞RNA测序	人工人类皮肤模型	RNA序列数据	NA
254	2025-05-09	Single-cell epigenomics and spatiotemporal transcriptomics reveal human cerebellar development 2023-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43568-6 PMID:37993461	研究论文	通过单细胞表观基因组学和时空转录组学揭示人类小脑发育的分子调控网络	结合单细胞转录组学、空间转录组学和单细胞染色质可及性状态，系统描绘了人类胎儿小脑发育的时空景观	研究主要关注人类胎儿小脑发育，可能不适用于其他物种或成体小脑	揭示人类小脑发育的分子调控机制及其与神经精神疾病的关联	人类胎儿小脑	基因组学	神经精神疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	人类胎儿小脑样本
255	2025-05-09	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke 2023-Feb-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2557290/v1 PMID:36824976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为调控小胶质细胞炎症反应的新基因，特别是在衰老和中风背景下	首次发现Ifi27l2a基因在小胶质细胞炎症反应中的调控作用，并证实其在中风后神经炎症中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外培养的小胶质细胞，人类样本验证有限	探索调控小胶质细胞功能的基因，以寻找针对中风等炎症性疾病的治疗新靶点	衰老小鼠脑组织、中风模型、体外培养的小胶质细胞及人类尸检样本	神经科学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
256	2025-05-08	The secretomes of bovine mammary epithelial cell subpopulations differentially modulate macrophage function 2025-Dec, The veterinary quarterly DOI:10.1080/01652176.2025.2463338 PMID:39921381	研究论文	研究牛乳腺上皮细胞亚群分泌组对巨噬细胞功能的不同调节作用	首次发现不表达CD73的牛MDEC亚群分泌组能显著增强巨噬细胞的吞噬作用和ROS积累	研究仅针对体外培养的巨噬细胞，未进行体内实验验证	优化牛MDEC分泌组作为乳腺炎治疗方案的生成	牛乳腺上皮细胞亚群分泌组和巨噬细胞	细胞生物学	乳腺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、细胞功能数据	NA
257	2025-05-08	Reading of human acute immune dynamics in omicron SARS-CoV-2 breakthrough infection 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染与初次感染在免疫反应动态上的差异，特别是在细胞因子反应和免疫细胞动态方面	样本量较小（13名参与者），可能限制结果的普遍性	理解人类对SARS-CoV-2突破性感染的免疫反应动态	奥密克戎SARS-CoV-2突破性感染患者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
258	2025-05-08	Identification of CXCL13 as a Promising Biomarker for Immune Checkpoint Blockade Therapy and PARP Inhibitor Therapy in Ovarian Cancer 2025-Jun, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01207-5 PMID:38856873	research paper	该研究识别了CXCL13作为卵巢癌免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的潜在生物标志物	发现CXCL13在HRD肿瘤中显著上调，并作为反映HRD状态的生物标志物，为卵巢癌ICB治疗提供了新的预后生物标志物视角	研究依赖于公共数据库和独立队列的验证，可能需要更多实验数据进一步确认CXCL13的临床应用价值	探索卵巢癌中免疫检查点阻断疗法和PARP抑制剂疗法的生物标志物	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	基因组测序、免疫组化、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据、单细胞测序数据	来自TCGA、ICGC、GEO等公共数据库的数据，以及独立验证队列
259	2025-05-08	Phosphodiesterase 5 inactivation in vascular smooth muscle cells aggravates aortic aneurysm and dissection 2025-Jun, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6411 PMID:40145405	研究论文	本研究探讨了血管平滑肌细胞中磷酸二酯酶5A（PDE5A）的失活如何加剧主动脉瘤和夹层（AAD）的发病机制	揭示了PDE5A在血管平滑肌细胞中的特异性作用及其通过cGMP/PKG信号通路调节主动脉平滑肌松弛的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明PDE5A在主动脉瘤和夹层发病中的具体作用机制	人类和小鼠的主动脉组织及血管平滑肌细胞	血管病理学	主动脉瘤和夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、免疫荧光、免疫组织化学染色	PDE5A基因敲除和过表达小鼠模型	基因表达数据、组织病理学图像	人类和小鼠的主动脉组织样本
260	2025-05-08	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	研究探讨了使用anakinra预防性治疗在淋巴瘤患者接受CAR-T细胞疗法时对细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的影响	首次在预防性使用anakinra的背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是IFN-γ通路的关键作用	每日一次的anakinra预防性治疗在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的患者