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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-05-19 |
Integrative analysis of RiboSis-related gene expression in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy
2025-12, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-025-02166-1
PMID:40839324
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研究论文 | 综合分析了结直肠癌中核糖体生物合成相关基因的表达,探讨了其在预后和免疫治疗中的意义 | 首次利用单细胞RNA测序和整合机器学习方法,构建了基于核糖体生物合成相关基因的预后模型,并验证了PFDN2作为枢纽基因在结直肠癌中的作用 | 未提及具体局限性 | 探索核糖体生物合成相关基因在结直肠癌中的临床意义,特别是在预后和免疫治疗响应中的潜在作用 | 结直肠癌组织样本中的细胞和基因 | 机器学习 | 结直肠癌 | scRNA-seq, NMF, 机器学习 | 基于十种算法的整合机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 3个结直肠癌组织的scRNA-seq数据,13个样本的26,961个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 242 | 2026-05-19 |
High-resolution single-cell analyses reveal evolutionary constraints and evolvability of sexual circuits in Drosophila
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2516083122
PMID:41248285
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研究论文 | 利用高分辨率单细胞转录组学分析揭示了Drosophila物种中性别决定基因标记的神经回路的进化约束和可进化性 | 首次在高分辨率水平上描绘了四种果蝇物种中由性别决定基因标记的84种分子独特的细胞类型,并揭示了神经肽信号通路的细胞类型特异性进化更替 | 研究未探讨这些进化变化在行为层面的直接功能影响,且样本仅限于Drosophila属的少数物种 | 理解神经细胞和分子组成如何进化以编码物种特异性行为,特别是雄性性行为的多样性 | Drosophila属(包括D. melanogaster、D. simulans、D. yakuba和D. erecta)中由性别决定基因标记的性回路神经元 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 四种果蝇物种的性回路细胞,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 243 | 2026-05-19 |
Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation
2025-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010
PMID:40499782
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示卵泡素缺失通过异常激活TFEB导致亨勒环囊肿形成 | 首次明确FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用,特别是对亨勒环囊肿形成的调控机制 | 仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证该机制 | 探究卵泡素基因缺失在肾脏不同肾单位节段中的具体作用及囊肿形成机制 | 肾单位特异性Flcn基因敲除小鼠及其双基因敲除小鼠 | 机器学习和组学分析 | Birt-Hogg-Dubé综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及Flcn单敲除、Flcn/Tfe3双敲除和Flcn/Tfeb双敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 244 | 2026-05-19 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Palmitoylation Landscape in Lung Adenocarcinoma and Identifies ABHD17C as a Novel Biomarker
2025-09, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024
PMID:40582697
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示肺腺癌中棕榈酰化修饰的全景图,并鉴定ABHD17C为新型生物标志物 | 首次在单细胞水平描绘了肺腺癌中棕榈酰化修饰的景观,发现了与上皮间充质转化和血管生成相关的C4上皮亚型,并鉴定ABHD17C作为潜在生物标志物和治疗靶点 | 未提及具体局限性 | 分析肺腺癌中蛋白质棕榈酰化修饰的异质性,并探索其与肿瘤进展的关系 | 肺腺癌上皮细胞 | 单细胞测序 | 肺腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA(未在标题和摘要中明确样本数量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 245 | 2026-05-19 |
Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01623-8
PMID:40156736
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研究论文 | 通过全基因组分析揭示前列腺癌体细胞遗传驱动因素 | 通过整合多组学数据(GTEx、UK Biobank、PRACTICAL、FinnGen、TCGA和单细胞RNA-seq)和孟德尔随机化分析,首次系统性地识别了150个与前列腺癌有因果关联的前列腺特异性基因,并进一步通过多种验证手段锁定MSMB为关键基因 | 仅67个基因在TCGA数据集中与MR分析结果一致,且研究主要基于欧洲人群队列,可能限制了结果的普适性 | 探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素 | 前列腺特异性基因与前列腺癌的遗传关联 | 机器学习 | 前列腺癌 | 全基因组关联研究、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、总结统计数据、单细胞转录组数据 | UK Biobank: 9131例病例和173493例对照; PRACTICAL: 79148例病例和61106例对照; FinnGen: 13216例病例和119948例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2026-05-19 |
Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040
PMID:40139473
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示健康人膝关节不同部位韧带的成纤维细胞异质性 | 首次建立健康人膝关节不同部位韧带的全面细胞图谱,并发现与解剖位置相关的三种成纤维细胞亚群及FTH1/FTL_SCARA5信号通路 | 未明确提及局限性 | 研究健康膝关节不同部位韧带的细胞组成和成纤维细胞异质性 | 15名健康受试者膝关节不同部位的韧带组织 | 单细胞组学 | 膝关节韧带疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名健康受试者,约106,077个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2026-05-19 |
Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling
2025-03-01, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 发现Dectin-2通过Syk/NOX2/ROS信号轴促进破骨细胞分化,在牙周炎骨质流失中起关键作用,敲除Dectin-2可减轻骨吸收 | 首次揭示Dectin-2在破骨细胞生成中的作用及其分子机制,提出Dectin-2作为牙周炎等骨质破坏疾病的新治疗靶点 | 未在人类样本中验证Dectin-2的表达和功能,且仅使用小鼠模型和体外细胞实验,缺乏临床试验支持 | 探究Dectin-2在破骨细胞介导的骨质流失中的调控作用及潜在治疗价值 | 牙周炎疾病模型中的破骨细胞分化与骨吸收 | 机器学习 | 牙周炎 | 单细胞测序, 转录组分析, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 转录组数据 | 小鼠模型:Dectin-2敲除小鼠和野生型小鼠;细胞样本:RAW264.7细胞和骨髓来源巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 248 | 2026-05-19 |
scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994
PMID:39818255
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞在系统性红斑狼疮患者免疫反应中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析系统性红斑狼疮患者单核细胞的炎症因子表达,发现IRF1在单核细胞中高度表达,并验证了多种炎症因子的上调 | 未提及具体局限性 | 探索系统性红斑狼疮患者单核细胞在炎症反应中的机制,发现新的诊断靶点 | 系统性红斑狼疮患者和健康志愿者的外周血循环免疫细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | SLE患者和健康志愿者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 249 | 2026-05-19 |
Single-cell transcriptome reveals three types of adipocytes associated with intramuscular fat content in pigs
2025-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110998
PMID:39855485
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,在猪肌肉组织中发现了三种与肌内脂肪含量相关的新型脂肪细胞类型 | 首次在猪肌肉组织中鉴定出三种此前未被描述的脂肪细胞亚型(Adipocyte 1、Adipocyte 2和Aregs),并揭示其与肌内脂肪含量的相关性以及跨物种保守性 | 未具体说明局限性 | 探究猪肌肉组织中细胞类型组成及其与肌内脂肪含量的关联机制 | 成年猪的肌肉组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 成年猪肌肉组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序及ATAC-seq |
| 250 | 2026-05-19 |
In silico integrative scRNA analysis of human colonic epithelium indicates four tuft cell subtypes
2025-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024
PMID:39589317
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研究论文 | 通过整合分析人类结肠上皮的单细胞RNA测序数据,揭示了四种簇细胞亚型及其在健康和炎症性肠病中的差异 | 首次通过整合性单细胞RNA-seq分析鉴定出人类结肠中存在四种具有独特基因表达谱的簇细胞亚型,并发现其中两种亚型在健康和炎症性肠病组织中的频率和基因表达显著差异 | 该研究基于公开数据集进行计算机模拟分析,尚需后续生理学实验验证这些簇细胞亚型的确切功能 | 通过整合单细胞RNA测序数据,解析人类结肠簇细胞的异质性和潜在生物学功能 | 人类结肠上皮中的簇细胞亚型 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 四个公开数据集的人类结肠单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2026-05-19 |
Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma
2025-02, Gynecologic oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002
PMID:39787746
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研究论文 | 利用空间转录组学分析揭示HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的显著差异 | 首次将空间转录组学技术应用于外阴鳞状细胞癌,揭示了HPV依赖性和非依赖性亚型之间免疫细胞浸润的显著差异,特别是发现HPV非依赖性肿瘤中CD45+免疫细胞显著增多 | 研究样本量较小(仅4例患者),可能影响结果的普适性 | 探索HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌的肿瘤微环境基因表达差异 | HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌组织(包括SCC区域、炎症区域、苔藓硬化区域和高级别鳞状上皮内病变区域) | 空间转录组学 | 外阴鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | CIBERSORTx | 基因表达数据 | 4例早期外阴鳞状细胞癌患者(2例HPV独立性,2例HPV依赖性) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 252 | 2026-05-19 |
Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976
PMID:39657893
|
研究论文 | 通过多组学证据揭示阿尔茨海默病中外周细胞毒性CD4+ T细胞的扩增现象及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序结合孟德尔随机化分析,确认CD4-CTLs在阿尔茨海默病患者外周血中显著扩增,并鉴定TBX21和MYBL1为关键转录因子,以及SRGN和ITGB1作为风险基因 | 未明确提及样本量大小及功能验证的体内外模型细节,仅基于现有公共数据集的关联性分析 | 探索阿尔茨海默病中适应性免疫应答的作用,特别是CD4-CTLs的扩增机制及其与认知衰退的关联 | 阿尔茨海默病患者的外周血单核细胞中的CD4细胞毒性T细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据集的阿尔茨海默病患者样本,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 具体配置未在摘要中说明 |
| 253 | 2026-05-19 |
Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974
PMID:39694081
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱 | 首次提供驴精子发生和成熟的单细胞分辨率转录图谱,发现CDK1、CETN3和UBE2J1等基因在特定生殖细胞中的表达模式 | NA | 解析驴精子发生和成熟的单细胞转录组特征 | 驴睾丸和附睾组织中的生殖细胞和体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2026-05-19 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982
PMID:39706310
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示皮肤伤口愈合过程中肌成纤维细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序对皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕中的肌成纤维细胞进行深入分析,发现了11个亚群,并揭示了特定亚群在慢性溃疡中的关键作用 | 研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕,可能无法完全代表所有伤口愈合类型;动物模型验证尚需更多临床数据支持 | 探索肌成纤维细胞在不同伤口愈合场景中的异质性及其对伤口修复的影响 | 来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕的89148个细胞 | 单细胞组学 | 皮肤溃疡, 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 89148个细胞(来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2026-05-19 |
Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis
2024-09, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109
PMID:38527663
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研究论文 | 研究损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎代谢和炎症介质的性别特异性影响 | 首次揭示β-肾上腺素受体激动剂异丙肾上腺素在雌性而非雄性小鼠中抑制创伤后骨关节炎相关炎症,表明交感神经信号通路治疗存在性别差异 | 研究仅观察急性效应,未评估长期治疗结果;仅使用单一βAR激动剂,未测试其他激动剂或拮抗剂 | 探究关节内β-肾上腺素受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的抑制作用及其性别差异 | 12周龄雄性和雌性小鼠的膝部损伤模型,特别是髌下脂肪垫和滑膜组织 | NA | 创伤后骨关节炎 | 多重基因表达分析、滑液代谢组学、单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据、代谢组学数据、组织学图像 | 12周龄雄性和雌性小鼠,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 分析已发表的单细胞RNA测序数据,未指定具体平台 |
| 256 | 2026-05-19 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
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研究论文 | METI通过整合细胞形态与空间转录组学,深度描绘肿瘤生态系统 | 提出了形态学增强空间转录组分析整合器(METI),弥补了现有工具未充分考虑组织学特征且依赖单细胞RNA测序数据的不足 | 文中未提及具体限制 | 开发一种整合细胞形态与空间转录组学的分析框架,以更深入地理解肿瘤微环境中的分子景观和细胞相互作用 | 多种肿瘤组织,包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前病变组织 | 计算机视觉, 机器学习 | 肺癌, 胃癌, 膀胱癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 257 | 2026-05-19 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和力测序技术读取单细胞RNA-seq文库中同聚物序列的能力,并分析其对read比对和多聚腺苷酸化位点定量的影响 | 首次验证亲和力测序技术能够准确读取胸腺嘧啶同聚物序列,并利用双端比对直接分配reads到多聚腺苷酸化位点,绕过传统方法的复杂性和局限性 | 双端比对在提升read比对率方面并不一致优于单端比对,且未排除其他新兴平台具有类似性能的可能性 | 评估亲和力测序技术用于单细胞RNA-seq文库表征的准确性和有效性 | 单细胞RNA-seq文库中经poly(dT)引物逆转录产生的cDNA片段 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器采用亲和力测序化学,Illumina平台用于对比 |
| 258 | 2026-05-19 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
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研究论文 | 通过感染健康人类肺组织并使用单细胞RNA测序,定义了SARS-CoV-2病毒的细胞趋向性和转录组效应,发现活化的间质巨噬细胞是病毒接管和炎症的焦点 | 首次通过“感染伪时间”重构单个肺细胞类型的转录程序,并揭示间质巨噬细胞作为病毒主要靶点及其促纤维化和炎症反应 | 研究限于体外感染人类肺组织,可能不能完全反映体内动态过程 | 探索COVID-19早期阶段在人类肺部的病毒趋向性和转录组变化 | 健康人类肺组织中的间质巨噬细胞和肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,SARS-CoV-2病毒体外感染 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康人类肺组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium平台用于单细胞RNA测序 |
| 259 | 2026-05-19 |
A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really?
2024, Frontiers in neural circuits
IF:3.4Q2
DOI:10.3389/fncir.2024.1436915
PMID:39091993
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评论 | 综述了生长抑素中间神经元分类的历史,重点讨论了基于单细胞RNA-seq的现代分类方法及其对实验神经科学的影响 | 提出将生长抑素中间神经元划分为约十个“超型”作为最实用的分类层级,批评基于细微基因表达差异的精细分类缺乏表型差异,对实验研究帮助有限 | 作者承认该综述具有主观偏见,未涵盖所有相关研究,且对基因表达差异的生物学意义评估可能不全面 | 探讨生长抑素中间神经元分类的演变历史,并建议适用于实验神经科学的实用分类策略 | 生长抑素中间神经元(somatostatin interneurons) | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA(综述文章,未涉及具体样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2026-05-19 |
Histamine H4 receptor and TRPV1 mediate itch induced by cadaverine, a metabolite of the microbiome
2024 Jan-Dec, Molecular pain
IF:2.8Q2
DOI:10.1177/17448069241272149
PMID:39079948
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研究论文 | 研究发现微生物代谢物尸胺通过组胺H4受体和TRPV1通路介导瘙痒反应 | 首次揭示尸胺作为一种新型内源性瘙痒原,通过结合H4R并激活TRPV1信号通路诱导瘙痒 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证,且未完全阐明肠道微生物产生尸胺与瘙痒之间的直接体内联系 | 探究尸胺是否调节疼痛或瘙痒及其分子机制 | 小鼠及DRG神经元 | 机器学习 | 瘙痒相关疾病 | 分子对接模拟、scRNA-Seq、钙成像、膜片钳 | NA | 序列数据、成像数据 | 实验小鼠及DRG神经元样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |