单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-20	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇通过诱导内皮细胞衰老导致血脑屏障功能障碍的转录组学机制，并发现VTN和PTN通路在衰老状态中的富集	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
242	2025-07-20	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	首次在单细胞水平上揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因共表达及低表达状态	研究仅使用了实验室克隆株3D7和IT4，未涵盖自然感染情况下的寄生虫多样性	探究疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃避中的作用	恶性疟原虫克隆株3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	实验室克隆株3D7和IT4寄生虫系
243	2025-07-20	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，相比现有方法在性能和计算效率上表现更优，并显著提高了难以分割的肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测准确性	NA	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割方法（Proseg）	空间转录组数据	来自三种商业平台生成的数据集以及肾细胞癌患者样本
244	2025-07-20	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤集体迁移中的作用	发现了小胶质细胞在肿瘤侵袭前沿的形态和功能转变，以及plexin-B2在TAMs中解决细胞碰撞、引导GBM细胞排列和重塑细胞外基质的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBMs的验证仍需进一步研究	探索GBM侵袭的分子机制及TAMs在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	NA
245	2025-07-20	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2信号通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch信号通路和Sox2表达来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常发育情况	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
246	2025-07-20	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用	发现了一种新型的终末雪旺细胞亚型，其在去神经-再神经循环中起关键作用，并揭示了SPP1信号作为神经肌肉接头动态的关键调节因子	研究主要基于动物模型，结果向人类应用的转化需要进一步验证	探索肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献	肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头	生物医学研究	神经肌肉和神经退行性疾病	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	NA
247	2025-07-20	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，并揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响及其机制	人多能干细胞来源的胰岛类器官、人原代内皮细胞和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	3D血管化类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及SC-胰岛细胞、内皮细胞和成纤维细胞的组合
248	2025-07-20	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	研究论文	本研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型，并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解	发现KYNU作为肺腺癌的预后生物标志物，揭示了其在免疫抑制代谢中的作用，并指出了物种特异性表达模式对临床前建模的挑战	研究结果在小鼠模型中表现不佳，表明物种特异性表达模式可能限制临床前研究的适用性	探索与肺腺癌患者预后相关的基因及其在致癌基因型和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	肺腺癌	meta分析、单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	多个肺腺癌数据集和小鼠模型数据
249	2025-07-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab能加速肺上皮再生和减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化区域相邻，并证明ipilimumab治疗能通过扩增Cd3e+ T细胞和减少衰老细胞积累来促进纤维化消退	研究仅在人类化小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CTLA4表达T细胞在肺纤维化消退中的作用机制	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠模型
250	2025-07-20	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	首次结合MERFISH空间转录组与深度学习核分割技术，在单细胞分辨率构建了涵盖7个发育时间点、8个皮层区域、超1800万细胞的空间图谱，发现了皮层区域分化的两种新模式（连续梯度式与V1-V2间的离散突变式），并挑战了传统的中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的观点	研究仅聚焦胎儿发育阶段，未涵盖出生后皮层发育过程；MERFISH技术检测的基因数量有限于预选panel	解析人类大脑皮层分层与区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层（7个发育时间点，8个皮层区域）	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习（核分割）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点和8个皮层区域
251	2025-07-20	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究探讨了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经祖细胞的增殖和神经生成能力，精细调节大脑皮层的发育和连接	揭示了人类特异性增强子HARE5通过调节WNT信号通路影响神经祖细胞行为的新机制，为人类大脑皮层扩展和复杂性提供了新的理解	研究主要依赖基因编辑的小鼠和灵长类模型，与完整人类大脑发育过程可能存在差异	探索人类特异性DNA序列对人类大脑皮层发育的调控机制	人类特异性增强子HARE5及其对神经祖细胞和大脑皮层发育的影响	神经科学	NA	基因编辑、单细胞RNA测序、活体成像、谱系分析	基因编辑小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	多种基因编辑模型（小鼠、灵长类、人类和黑猩猩细胞）
252	2025-07-20	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）免疫谱系的变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活与扩增、Treg细胞比例减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调控作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅基于转录组数据，未进行蛋白水平验证	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照
253	2025-07-20	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	研究论文	介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化	Popari模型通过差异先验和空间降采样技术，实现了多分辨率层次分析，并在多样本和多分辨率空间指标上优于现有方法	未明确提及	开发一种用于多样本空间转录组数据整合和分析的方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌	空间转录组学技术（STARmap PLUS、Slide-TCR-seq、CosMx）	概率图模型	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌样本
254	2025-07-20	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞转录组图谱，定义了负责产生精液的上皮细胞和免疫细胞群体	研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性有待验证	理解精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
255	2025-07-20	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	技术尚处于早期阶段，可能存在数据解析和整合的挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用	皮肤组织的分子病理学	digital pathology	dermatology	spatial multi-omic technologies	NA	genomic, proteomic, epigenomic data	NA
256	2025-07-20	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证明了冷冻保存的可行性	样本量较小（仅5对样本），且颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞缺失可能影响结果	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
257	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
258	2025-07-20	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	research paper	该研究揭示了中年时期内脏脂肪中脂肪祖细胞（APCs）的显著脂肪生成活动及其与年龄相关代谢疾病的关联	发现了一种独特的脂肪祖细胞群体CP-A，其在中年时期出现并表现出高脂肪生成能力，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关系	小鼠内脏脂肪中的脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
259	2025-07-20	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	该论文介绍了一种名为L loki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	L loki框架无需共享基因面板即可整合基于成像的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据稀疏性和技术变异性问题	NA	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	空间转录组数据	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学	scGPT	基因表达数据	小鼠脑样本（五种不同技术）和五个卵巢癌数据集
260	2025-07-20	Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development 2025-Apr-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt6113 PMID:40249812	研究论文	本研究探讨了孕酮信号在输卵管上皮细胞中对免疫反应的调节作用及其对胚胎植入前发育的影响	揭示了孕酮受体在输卵管上皮细胞中的表达对胚胎发育的关键作用，并发现通过抑制炎症可改善胚胎发育	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	了解孕酮信号在早期妊娠中的作用，以解决妊娠失败问题	输卵管上皮细胞和小鼠胚胎	生殖生物学	妊娠失败	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠胚胎和输卵管组织