单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-13	Differential Localization of β-catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	research paper	该研究探讨了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白的不同定位如何导致不同的转录谱	揭示了β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位会导致不同的基因表达谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注了CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌，可能不适用于其他类型的癌症	确定β-catenin蛋白在核内或膜/细胞质中的不同定位如何影响下游基因表达	CTNNB1外显子3突变的子宫内膜癌样本	digital pathology	endometrial cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
242	2025-05-13	WFDC3 identified as a prognostic and immune biomarker in pancreatic cancer 2025-May-08, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12444 PMID:40350979	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了WFDC3在胰腺癌中的促癌作用及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次系统评估WFDCs在胰腺癌中的表达模式，并发现WFDC3通过诱导上皮-间质转化和抑制T细胞毒性促进肿瘤转移和免疫逃逸	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究WFDCs家族成员在胰腺癌发生发展中的作用机制	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	RNA-seq, CCK-8, EdU, transwell, 流式细胞术, Western blotting, qRT-PCR	LASSO regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的胰腺癌样本
243	2025-05-13	scMUSCL: multi-source transfer learning for clustering scRNA-seq data 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	研究论文	提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于利用多个注释参考数据集对单细胞RNA测序数据进行聚类	scMUSCL通过深度神经网络提取域和批次不变的细胞表示，无需目标数据集的聚类数量先验知识，也无需源与目标数据集间的批次校正	未明确提及具体限制	提升单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度神经网络	RNA测序数据	20个真实数据集
244	2025-05-13	Single-cell MultiOmics and spatial transcriptomics demonstrate neuroblastoma developmental plasticity 2025-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.013 PMID:40347947	research paper	该研究通过单细胞多组学和空间转录组学技术，探索了神经母细胞瘤的发育可塑性和肿瘤内异质性	发现了高危神经母细胞瘤中的发育中间状态，揭示了表观遗传启动及其潜在的状态转换能力，并绘制了增强子基因调控网络和肿瘤微环境	研究主要基于小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本，可能无法完全反映所有神经母细胞瘤的复杂性	解析神经母细胞瘤发育状态的转录和表观遗传调控机制	神经母细胞瘤	digital pathology	neuroblastoma	single-cell MultiOmics, spatial transcriptomics	NA	omics data, spatial transcriptomics data	小鼠自发肿瘤模型和人类患者样本
245	2025-05-13	Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence 2025-May, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2025.112725 PMID:40049422	research paper	本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制，并评估其在膝骨关节炎治疗中的潜力	首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于体外实验，需要在动物模型和临床试验中进一步验证	探究芹菜素在膝骨关节炎中的潜在靶点和作用机制	芹菜素、EIF6基因、SW1353细胞和人类软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	网络药理学分析、SMR分析、分子对接、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、分子对接数据	人类软骨组织单细胞RNA测序数据、体外培养的SW1353细胞
246	2025-05-13	Targeting p53 for immune modulation: Exploring its functions in tumor immunity and inflammation 2025-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217614 PMID:40054656	review	本文综述了p53在肿瘤免疫和炎症中的双重作用及其在免疫调节中的功能	详细探讨了p53在免疫动态中的影响，包括其对多种免疫细胞的作用及其在免疫原性细胞死亡中的关键角色	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有文献综述	探索p53在肿瘤免疫和炎症中的功能及其治疗潜力	p53蛋白及其在免疫细胞（如巨噬细胞、树突状细胞、NK细胞、T细胞和B细胞）中的作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序、CRISPR筛选	NA	文献数据	NA
247	2025-05-13	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，揭示了牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化，并重建了表皮细胞分化的轨迹	研究仅针对牦牛，结果可能不适用于其他物种	探究毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞	分子生物学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
248	2025-05-13	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并突出了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和软骨	生物医学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
249	2025-05-13	Hepatic immune environment differences among common mouse strains in models of MASH and liver cancer 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101380 PMID:40342632	研究论文	该研究比较了不同小鼠品系在健康和疾病状态下的肝脏免疫环境差异，并进行了小鼠与人类的跨物种免疫比较	揭示了常见小鼠品系在健康和疾病状态下肝脏免疫环境的显著差异，并验证了小鼠模型可以部分重现人类肝脏免疫变化	研究仅涉及三种小鼠品系，可能无法完全代表所有小鼠模型的免疫差异	探究不同小鼠品系在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)和肝细胞癌(HCC)模型中的肝脏免疫环境差异	C57BL/6、BALB/c和FVB/N小鼠的肝脏免疫细胞	免疫学	肝细胞癌、代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	高维光谱流式细胞术、scRNA-seq	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	每种条件4只小鼠
250	2025-05-13	A Germline Heterozygous Dominant Negative IKZF2 Variant Causing Syndromic Primary Immune Regulatory Disorder and ICHAD 2025-Apr-28, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-025-01882-2 PMID:40295428	research paper	本文详细描述了一例携带IKZF2基因变异的儿科患者的免疫学评估，揭示了该变异导致的免疫失调综合征ICHAD的免疫表型	首次报道了种系显性负性HELIOS缺陷的免疫表型，并在单细胞水平上扩展了对自身免疫性溶血性贫血发病机制的理解	研究仅基于单个病例，样本量有限	研究IKZF2基因变异导致的免疫失调综合征的免疫学特征	携带IKZF2基因变异的儿科患者	免疫学	原发性免疫调节障碍	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床样本数据、单细胞转录组数据	1例儿科患者
251	2025-05-13	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Apr-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向MMP12抑制M2型肿瘤相关巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为新型MMP12抑制剂调节肿瘤微环境中TAMs的功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其分子机制	肝细胞癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	单细胞RNA测序、TCGA数据库分析、细胞热转移实验、表面等离子共振	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型和细胞系）
252	2025-05-13	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Apr-21, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞在转录组水平上存在异质性，特别是多倍体细胞表现出促纤维化特征，并鉴定出SPP1作为多倍体细胞的关键枢纽基因	研究仅关注了缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），未涵盖AKI-to-CKD转变的全过程	探究近端肾小管上皮细胞在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	近端肾小管上皮细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
253	2025-05-13	MultiOmics analysis of metabolic dysregulation and immune features in breast cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114376 PMID:40054322	研究论文	通过多组学分析乳腺癌中的代谢失调和免疫特征，构建代谢风险模型以预测患者预后	首次全面整合代谢和免疫因素，构建基于代谢相关特征基因的乳腺癌预后预测模型	样本量相对较小（247例），且仅基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据	评估代谢和免疫因素在乳腺癌预后预测中的作用	乳腺癌患者	多组学分析	乳腺癌	GSVA、单细胞测序分析、机器学习算法	代谢风险模型	基因表达数据、临床病理数据	247例乳腺癌样本（来自TCGA和GEO数据库）
254	2025-05-13	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	research paper	通过单细胞转录组分析研究鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞的异质性响应	研究仅针对gilthead seabream，结果可能不适用于其他鱼类	探究鱼类肠道细胞对甲基汞暴露的特定响应机制	gilthead seabream的肠道细胞	单细胞转录组学	重金属中毒	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
255	2025-05-13	TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data 2025-Apr-15, ArXiv PMID:40321945	research paper	提出了一种名为TransST的新型迁移学习框架，用于从空间转录组学数据中推断细胞水平的异质性	TransST通过自适应地利用外部来源的细胞标记信息，提高了从空间转录组学数据中提取真实生物信号的可靠性	技术限制包括相对较低的分辨率和测序深度不足	提高空间转录组学数据分析的准确性和可靠性	空间转录组学数据	生物医学研究	乳腺癌	空间转录组学	迁移学习框架TransST	空间转录组学数据	多个真实研究和模拟设置
256	2025-05-13	Paradoxical Effect of Myosteatosis on the Immune Checkpoint Inhibitor Response in Metastatic Renal Cell Carcinoma 2025-Apr, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13758 PMID:40052383	research paper	该研究探讨了在转移性肾细胞癌（mRCC）患者中，治疗前低骨骼肌质量（LSMM）和肌脂肪变性对一线免疫检查点抑制剂（ICI）治疗预后的影响	首次揭示了肌脂肪变性在PD-1抑制剂联合CTLA-4抑制剂治疗组和PD-1抑制剂联合TKI治疗组中对预后的相反影响，并结合单细胞RNA测序分析了免疫微环境差异	样本量较小（90例患者），且为回顾性研究	评估LSMM和肌脂肪变性对mRCC患者ICI治疗预后的影响	90例接受一线ICI治疗的转移性肾细胞癌患者	肿瘤免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	90例mRCC患者（26.7%女性，中位年龄60.5岁）
257	2025-05-13	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪神经支配的背根神经节神经元中作为主要机械感受器，并揭示了其在脂肪组织感觉调控中的重要作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织的感觉神经支配	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
258	2025-05-13	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Apr, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖采集（DIA）方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现了与细胞大小变化相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其在治疗抵抗和癌症进展中的作用	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	NA
259	2025-05-13	Deciphering the role of pyroptosis-related genes and natural killer T cells in sepsis pathogenesis: a comprehensive bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2025-Apr, Journal of physiology and pharmacology : an official journal of the Polish Physiological Society IF:2.0Q3 DOI:10.26402/jpp.2025.2.10 PMID:40350654	research paper	该研究通过生物信息学和孟德尔随机化分析，探讨了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	首次综合分析了焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症中的角色，并发现了多个潜在的诊断生物标志物	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	阐明焦亡相关基因和自然杀伤T细胞在脓毒症发病机制中的作用	脓毒症患者样本和健康对照样本	生物信息学	脓毒症	WGCNA, ssGSEA, scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	机器学习方法	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57065, GSE95233, GSE65682, GSE167363）
260	2025-05-13	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	介绍了一种名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断酶活性，并应用于肝癌亚型分类和肿瘤微环境中的代谢与免疫调节研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体局限性	开发高精度推断代谢酶活性的方法，并研究肿瘤代谢偏好及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	代谢酶活性、肝癌亚型、肿瘤微环境	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播策略	基因表达数据	NA