单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-26	Decoding chicken growth regulation through multi-omics insights and emerging genetic tools for growth optimization 2025-Jul-05, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105542 PMID:40652768	综述	本文综述了鸡生长调控的多组学研究和新兴遗传工具，旨在优化鸡的生长性能	强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决生长相关组织细胞异质性中的应用，以及CRISPR/Cas9介导的基因组编辑在鸡精准育种中的新途径	现有发现对可持续和高效家禽生产的应用仍有限	理解鸡生长的遗传调控机制，推动精准育种方法的发展	鸡的生长性状及其遗传调控	遗传学与精准育种	NA	多组学研究（基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、scRNA-seq、CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
242	2025-07-26	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病微环境	首次在JIA治疗初期未接受治疗的儿童中，通过多组学技术揭示了滑膜组织的细胞组成和空间结构，并发现了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法完全代表疾病进展后期的病理变化	揭示幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞基础，为精准靶向治疗提供依据	幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确说明数量的JIA患儿滑膜组织活检样本及匹配的滑液和外周血样本
243	2025-07-26	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jul-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文研究了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）进展的机制	首次揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发型AD风险降低47%的关联，并阐明了其通过外周髓系细胞浸润介导的保护机制	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本验证有限	探究克隆造血与阿尔茨海默病病理的相互作用机制	TET2突变髓系细胞、AD小鼠模型、人类iPSC衍生小胶质细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术	AD小鼠模型	基因测序数据、行为学数据、病理学数据	UK Biobank人群数据、实验小鼠、人类iPSC衍生细胞
244	2025-07-26	GRANet: a graph residual attention network for gene regulatory network inference 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf349 PMID:40708222	研究论文	提出了一种名为GRANet的图残差注意力网络，用于基因调控网络推断	利用残差注意力机制自适应学习复杂的基因调控关系，并整合多维生物特征进行更全面的推断	未提及具体局限性	提高基因调控网络推断的准确性	基因调控网络(GRNs)	机器学习	NA	scRNA-seq	GRANet (Graph Residual Attention Network)	基因表达数据	多个数据集（未具体说明样本数量）
245	2025-07-26	Metabolic reprogramming in astrocytes prevents neuronal death through a UCHL1/PFKFB3/H4K8la positive feedback loop 2025-Jul, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-025-01467-x PMID:40016338	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤(SCI)后通过UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路防止神经元死亡的机制	揭示了UCHL1/PFKFB3/H4K8la正反馈环路在星形胶质细胞代谢重编程中的新作用机制，并提出了SCI治疗的潜在靶点	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	阐明星形胶质细胞代谢重编程在脊髓损伤后神经元保护中的作用机制	星形胶质细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
246	2025-07-26	De novo TANC2 variants caused developmental and epileptic encephalopathy and epilepsy 2025-Jul, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.18358 PMID:40110879	research paper	本研究探讨了TANC2基因变异与癫痫及发育性癫痫性脑病（DEE）的关联及其表型变异的机制	首次将TANC2基因确定为癫痫和DEE的致病基因，并通过果蝇模型和单细胞RNA测序验证了其功能	样本量较小（仅6例），且功能研究主要基于果蝇模型，可能不完全适用于人类	探索TANC2基因与癫痫及神经发育障碍的关联机制	癫痫患者及TANC2基因变异	遗传学	癫痫及发育性癫痫性脑病	外显子测序、单细胞RNA测序、果蝇模型	果蝇基因敲除模型	基因测序数据、表达谱数据	6例癫痫患者
247	2025-07-26	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Jul, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次识别出CX3CR1、ELF1、CUL1、PARP3、DDX60、SP140L和MUC1作为pSS和PBC之间的串扰基因，并强调了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的关键作用	研究依赖于公开的转录组数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索pSS和PBC之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	转录组学	自身免疫性疾病	差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的pSS（GSE66795）和PBC（GSE119600）数据集
248	2025-07-26	Mobilizing antigen-presenting mast cells in anti-PD-1-refractory triple-negative breast cancer: a phase 2 trial 2025-Jul, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03776-7 PMID:40563015	research paper	该研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗中抗PD-1耐药的新机制，并通过临床试验验证了一种新型治疗策略的有效性和安全性	揭示了乳腺组织中抗原呈递肥大细胞（apMCs）与抗PD-1疗效的关联，并发现过敏药物色甘酸可增强apMC介导的T细胞免疫，从而克服抗PD-1耐药	研究样本量有限，且仅针对女性患者，可能影响结果的普适性	探索三阴性乳腺癌抗PD-1耐药的机制并开发新的治疗策略	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境	precision immuno-oncology	triple-negative breast cancer	single-cell transcriptome, clinical trial	NA	transcriptome data, clinical data	44名初治TNBC患者（单细胞转录组分析）和484名TNBC患者（独立验证）
249	2025-07-26	A novel subset of inflammation-related liver NK cells modulates immune responses in a murine model of primary biliary cholangitis 2025-Jul, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103454 PMID:40609234	研究论文	本文发现了一种新型炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，其在原发性胆汁性胆管炎（PBC）的免疫调节中起关键作用	首次鉴定出具有CD49aCXCR6特征的irNK细胞亚群，并揭示其在PBC中的免疫调节功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究PBC发病机制中的免疫调节机制	炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）和CD4 T细胞	免疫学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	ARE-Del小鼠模型	基因表达数据	PBC小鼠模型和患者样本
250	2025-07-26	Guard cells on the adaxial and abaxial leaf surfaces use different compositions of potassium ion channels to drive light-induced stomatal opening 2025-Jul, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-02026-5 PMID:40634560	研究论文	本研究探讨了植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子机制	揭示了上下表皮保卫细胞利用不同钾离子通道驱动气孔光诱导开放的分子机制	研究仅基于拟南芥和烟草两种模式植物，结论在其他植物中的普适性有待验证	探究植物叶片上下表面气孔对光响应差异的分子基础	拟南芥和烟草的上下表皮保卫细胞	植物生理学	NA	单细胞RNA测序、转录组测序、OnGuard计算机模拟	NA	基因表达数据	两种模式植物（拟南芥和烟草）的保卫细胞
251	2025-07-26	OM-85, a Bacterial Lysate, Reduces Pulmonary Nodule Malignant Probability: A Retrospective Study 2025-Jul, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70109 PMID:40692186	研究论文	本研究探讨了细菌裂解物OM-85在治疗慢性支气管炎患者CT检测到的高风险肺结节中的疗效	首次评估OM-85对高风险肺结节的疗效，并发现其通过增加NK细胞比例降低恶性概率	回顾性研究设计，样本量相对较小	评估OM-85对高风险肺结节的治疗效果	慢性支气管炎患者的高风险肺结节	临床医学	肺癌	流式细胞术、多重免疫荧光(mIF)分析、scRNA-seq	NA	临床数据、影像数据(CT)、分子数据(scRNA-seq)	162名患者(72名治疗组，90名对照组)，共204个肺结节(93个治疗组结节，111个对照组结节)
252	2025-07-26	Single-cell RNA sequencing reveals Shen-Bai-Jie-Du decoction retards colorectal tumorigenesis by regulating the TMEM131-TNF signaling pathway-mediated differentiation of immunosuppressive dendritic cells 2025-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2025.05.013 PMID:40698132	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示参白解毒汤通过调节TMEM131-TNF信号通路介导的免疫抑制性树突状细胞分化延缓结直肠肿瘤发生	首次利用单细胞RNA测序技术揭示参白解毒汤通过调节TMEM131-TNF信号通路影响免疫抑制性树突状细胞分化，从而延缓结直肠肿瘤发生	研究机制尚未完全阐明，需要进一步验证TMEM131作为潜在靶点的作用	探究参白解毒汤延缓结直肠肿瘤发生的分子机制	结直肠肿瘤微环境中的免疫抑制性树突状细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化、流式细胞术、批量RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	小鼠和临床患者样本
253	2025-07-26	IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626873 PMID:40661457	研究论文	该研究通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选，识别了胶质母细胞瘤(GBM)中的关键细胞靶点	开发了一种新的计算流程，能够在单细胞水平识别GBM的特异性脆弱状态(VS)，并发现这些状态对癌症药物的不同敏感性	研究主要基于体外实验数据，需要进一步体内验证	识别胶质母细胞瘤中的关键治疗靶点	胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	迭代层次聚类	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	49个GBM肿瘤样本
254	2025-07-26	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态学上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，显著提升细胞分割的准确性和计算效率，尤其在肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测中表现优异	研究主要基于三种商业平台生成的数据集，可能在其他平台或数据类型上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性，以更精确地分析细胞的转录状态和微环境	单细胞空间转录组数据，特别是肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割模型（Proseg）	空间转录组数据	来自肾细胞癌患者样本的数据集
255	2025-07-26	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了衰老过程中efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis功能受损与COVID-19严重程度的关系，并发现肺泡巨噬细胞功能下降是重要机制	研究仅在小鼠模型中进行，需要进一步人类研究验证	探究衰老个体对SARS-CoV-2感染的免疫反应失调机制	老年和年轻小鼠的免疫反应差异	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	老年和年轻小鼠组(具体数量未提及)
256	2025-07-26	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞间通过TGFβ信号通路相互作用促进疾病进展的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA-seq、WGCNA、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用公开数据集GSE112278和GSE196676
257	2025-07-26	GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.06.652497 PMID:40654835	研究论文	本文提出了一种使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因排名的方法，以改进细胞聚类和注释	提出平均重叠度量来比较差异表达基因排名，提高了单细胞聚类和注释的准确性和生物学意义	方法在高度相似的T细胞群体中进行了验证，但在其他细胞类型中的适用性尚未验证	改进单细胞RNA测序中的细胞聚类和注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	高度相似的T细胞群体数据集和未分类的小鼠胸腺细胞数据
258	2025-07-26	A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling 2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.07.648438 PMID:40654723	研究论文	本文研究了人类和小鼠衰老β细胞亚群通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制	通过单细胞RNA测序等技术鉴定了衰老β细胞亚群，并发现其通过特定SASP因子诱导次级衰老和β细胞功能障碍，JAK抑制剂可逆转这一效应	研究主要基于小鼠模型和有限的人类胰岛样本，需要在更大人群中验证	阐明衰老β细胞亚群在糖尿病进展中的作用机制并探索潜在治疗靶点	人类和小鼠的胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	scRNA-seq, 流式细胞术, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	高脂饮食小鼠模型和来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛
259	2025-07-26	EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses 2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf004 PMID:40073167	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞（MBC）形成和功能中的作用	揭示了EZH2在记忆B细胞分化和功能中的关键作用，特别是在流感感染模型中	EZH2敲除不完全，可能影响结果的解释	研究EZH2在记忆B细胞编程和回忆反应中的作用	小鼠（Mus musculus）的记忆B细胞	免疫学	流感感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	EZH2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了EZH2敲除小鼠和野生型小鼠
260	2025-07-26	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析可能受到样本量和异质性的限制	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序(ScRNA-seq)	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠(具体数量未明确说明)