单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-15	Rutaecarpine alleviates liver fibrosis by modulating the TRPV1/Connexin 43 axis: A study based on transcriptome data, single-cell sequencing data, and cell experiments 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152506 PMID:40848544	研究论文	本研究基于转录组数据、单细胞测序和细胞实验，探讨吴茱萸碱通过调节TRPV1/Cx43轴缓解肝纤维化的机制	首次揭示TRPV1与Cx43在肝纤维化中的负相关关系，并证明吴茱萸碱通过调控该轴发挥治疗作用	研究主要基于体外细胞模型和生物信息学分析，缺乏体内动物实验验证	探索吴茱萸碱缓解肝纤维化的潜在分子机制	肝纤维化病理过程及相关分子靶点	生物医学研究	肝纤维化	转录组分析、单细胞测序、分子对接、细胞模型	逻辑回归模型、ROC曲线分析	基因表达数据、单细胞数据、分子对接数据	基于GSE84044数据集，具体样本量未明确说明
242	2025-09-15	Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma 2025-Sep-23, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184 PMID:40644859	研究论文	本研究探讨慢性肾脏病（CKD）通过TNF-α+中性粒细胞功能障碍促进口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展的机制	首次揭示CKD通过降低TNF-α+中性粒细胞比例并调控Tregs和CTLs功能促进OSCC进展，提出'肾-口腔'轴新概念	样本量较小（52例患者），动物模型与人类疾病存在差异，机制研究仍需进一步验证	探究CKD在OSCC进展中的作用及免疫机制	OSCC患者（含CKD与非CKD群体）和CKD条件小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌和慢性肾脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光、体外共培养实验	NA	临床数据、测序数据、图像数据	52例OSCC患者（23例伴CKD）及小鼠模型肿瘤样本
243	2025-09-15	Single-cell transcriptomics of neuroinflammation and cerebrovascular endothelial cells in the aged rat hippocampus 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113332 PMID:40933643	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了老年大鼠海马体神经炎症的细胞景观，特别关注脑血管内皮细胞的作用	首次在老年海马体中通过scRNA-seq揭示神经炎症微环境，并发现内皮细胞REDD1基因在氧化应激中的关键作用	研究仅基于LPS诱导的炎症模型，样本来源于老年大鼠，可能无法完全代表人类病理状况	阐明围手术期神经认知障碍中神经炎症的细胞机制和内皮细胞功能异常的作用	老年大鼠海马体细胞，包括小胶质细胞、浸润免疫细胞和脑血管内皮细胞	单细胞组学	神经认知障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	老年大鼠海马体细胞（具体数量未明确说明）
244	2025-09-15	Decoding the gut microbiota metabolite-matrix metalloproteinase-3 axis in breast cancer: a multi-omics and network pharmacology study 2025-Sep-14, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-025-11351-y PMID:40946247	研究论文	通过多组学和网络药理学方法研究肠道微生物代谢物与基质金属蛋白酶-3在乳腺癌中的相互作用机制	首次系统揭示肠道微生物代谢物-MMP3轴在乳腺癌中的作用，并发现8种具有强结合亲和力的无毒代谢物	需要后续体外和体内实验验证	探究肠道微生物代谢物与乳腺癌发展的分子机制	乳腺癌相关的肠道微生物代谢物及其靶点	多组学分析	乳腺癌	网络药理学、机器学习、SHAP、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接	机器学习模型	多组学数据	NA
245	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a novel porcine alveolar macrophage subtype with high SLAMF7 expression promoting PRRSV infection 2025-Sep-13, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2560894 PMID:40944943	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现猪肺泡巨噬细胞中高表达SLAMF7的新型亚型促进PRRSV感染	鉴定出表达SLAMF7的新型猪肺泡巨噬细胞亚型，并证明其调控PRRSV感染和炎症反应	体外培养与体内分离的PAMs转录谱存在差异，可能无法完全模拟体内疾病过程	探究PRRSV感染机制及宿主细胞响应	猪肺泡巨噬细胞(PAMs)、T细胞、B细胞	单细胞组学	猪繁殖与呼吸综合征	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量，但包含体外培养和体内分离的PAMs以及感染PRRSV的细胞亚群
246	2025-09-15	Tuberculosis susceptibility in genetically diverse mice reveals functional diversity of neutrophils 2025-Sep-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102441 PMID:40937719	研究论文	利用19种地理来源多样的野生近交系小鼠研究结核病易感性，揭示中性粒细胞功能多样性在感染控制中的作用	首次在野生来源小鼠中鉴定出与感染控制失败相关的新型中性粒细胞特征，并发现高中性粒细胞数量与易感性并非绝对相关	研究仅关注早期感染阶段，尚未验证这些发现在人类中的适用性	探究遗传多样性对结核病易感性的影响及免疫细胞功能差异	19种野生来源近交系小鼠	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫细胞计数数据	19种小鼠品系
247	2025-09-15	The citrullinating enzyme PADI4 governs progenitor cell proliferation and translation in developing hair follicles 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adx4511 PMID:40938992	研究论文	本研究揭示了PADI4酶通过瓜氨酸化修饰调控毛囊发育过程中祖细胞增殖和翻译的机制	首次发现PADI4通过瓜氨酸化翻译抑制因子4E-BP1并影响其磷酸化，从而调控蛋白质合成和核糖体RNA转录	研究主要基于小鼠毛囊发育模型，在人类或其他组织中的普适性仍需验证	阐明PADI4酶在毛囊发育过程中对祖细胞状态转换的调控作用	毛囊发育过程中的祖细胞和分化细胞，特别是LEF1阳性毛干定向祖细胞	发育生物学	NA	单细胞测序，体内功能验证	NA	单细胞转录组数据，蛋白质组数据	NA
248	2025-09-15	CLL to Richter syndrome: Integrating network strategies with experiments elucidating disease drivers and personalized therapies 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu7705 PMID:40938978	研究论文	本文通过整合数学模型与实验数据，首次建立了慢性淋巴细胞白血病向Richter综合征转化的动态模型，并识别了关键疾病驱动因子及个性化治疗靶点	开发了首个疾病转化的计算机动态模型，结合数学逻辑建模与多层级实验数据验证，实现了机制探索与个性化靶点筛选的协同方法	动物模型和细胞系资源有限可能影响模型泛化能力，需进一步实验验证	揭示CLL向RS转化的机制并探索个性化治疗策略	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者样本、单细胞RNA测序数据、FFPE组织队列	计算生物学	血液肿瘤	数学逻辑建模、单细胞RNA测序、FFPE组织分析	动态逻辑模型	基因组数据、转录组数据、临床样本数据	CLL/RS患者FFPE组织队列（具体数量未明确说明）
249	2025-09-15	Integrated transcriptome and single-cell RNA sequencing analysis revealed the prognostic significance of GBP4 in pancreatic adenocarcinoma 2025-Sep-12, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102532 PMID:40944976	研究论文	本研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了GBP4基因在胰腺腺癌中的预后意义及其促癌功能	首次结合转录组与单细胞RNA测序技术系统解析GBP4在PAAD中的作用机制，并构建了基于GBP4相关基因的预后风险模型	数据主要来源于公共数据库，需进一步临床样本验证；功能实验仅针对GBP4，其他预后基因的作用未深入探讨	明确GBP4基因对胰腺腺癌（PAAD）患者预后的影响及其分子机制	胰腺腺癌（PAAD）患者及相关细胞系	生物信息学	胰腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cox回归、LASSO回归、体外功能实验、体内实验	预后风险模型（基于Cox和LASSO回归）	RNA测序数据、单细胞数据	公共数据库中的PAAD转录组和scRNA-seq数据（具体样本量未明确说明）
250	2025-09-15	Potential modulation of microglial ferroptosis by Linggui Zhugan decoction in Alzheimer's disease through IL-17 and TNF pathways 2025-Sep-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115489 PMID:40945030	研究论文	本研究探讨苓桂术甘汤通过IL-17和TNF信号通路调节阿尔茨海默病中小胶质细胞铁死亡的潜在作用	首次结合单细胞RNA测序和网络药理学分析传统中药复方对AD中铁死亡的调控机制	研究发现仅为相关性结果，需进一步机制验证以确立因果关系	探究苓桂术甘汤成分通过炎症通路调节AD中铁死亡的潜在治疗效果	AD模型小鼠和Aβ1-42处理的小胶质细胞	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、网络药理学、体外实验	NA	基因表达数据、行为学数据	AD模型小鼠（具体数量未注明）和体外培养小胶质细胞
251	2025-09-15	Targeting CD161 inhibitory receptors enhances NK cell-mediated changes in synovial fibroblast function in rheumatoid arthritis 2025-Sep-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115528 PMID:40945032	研究论文	本研究探讨CD161作为抑制性受体在类风湿关节炎中的作用及其治疗潜力	首次揭示CD161通过IFN-γ和PI3K-AKT通路抑制滑膜成纤维细胞肿瘤样特性的机制	NA	研究CD161在类风湿关节炎发病机制中的作用及治疗响应预测价值	类风湿关节炎患者样本、胶原诱导关节炎模型、NK细胞系和滑膜成纤维细胞	免疫学	类风湿关节炎	RNA-seq, scRNA-seq, 全基因组测序, 体外细胞共培养实验	NA	基因表达数据、临床样本数据、体外实验数据	类风湿关节炎患者临床样本和胶原诱导关节炎模型
252	2025-09-15	A comprehensive single-cell atlas of three centenarian cohorts unveils unique natural killer cell signatures and enhanced mutual interactions among peripheral immune cells 2025-Sep-12, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105922 PMID:40945050	研究论文	本研究通过单细胞测序等技术揭示了百岁老人外周免疫细胞中NK细胞的独特特征及其增强的细胞间相互作用	首次整合三个百岁老人队列的单细胞数据，发现NK细胞具有年轻化特征并增强与T细胞的互作	样本量相对有限，且主要基于中国特定地区人群	探究百岁老人超级长寿相关的免疫特征	百岁老人、其子女及对照人群的外周血单核细胞	免疫学	老年疾病	scRNA-seq, 质谱流式, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	31名百岁老人、17名子女及26名对照
253	2025-09-15	Multi-scaled transcriptomics of chronically inflamed nasal epithelium reveals immune-epithelial dynamics and tissue remodeling in nasal polyp formation 2025-Sep-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.009 PMID:40945518	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了慢性鼻窦炎中免疫-上皮细胞互作及组织重塑在鼻息肉形成中的作用机制	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学，系统解析了慢性鼻窦炎中免疫细胞与上皮细胞的动态互作，并发现了与鼻息肉形成相关的独特基底细胞分化轨迹	NA	阐明慢性鼻窦炎（特别是伴鼻息肉型）的病理生理学机制，重点关注免疫-上皮相互作用在疾病进展中的作用	人类慢性鼻窦炎患者（伴和不伴鼻息肉）及对照个体的鼻窦组织	生物医学研究	慢性鼻窦炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序），空间转录组学	NA	转录组数据，空间基因表达数据	超过100名慢性鼻窦炎患者的组织样本
254	2025-09-15	Lead binds HIF-1α contributing to depression-like behaviour through modulating mitochondria-associated astrocyte ferroptosis 2025-Sep-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08824-z PMID:40935814	研究论文	研究铅暴露通过稳定HIF-1α蛋白诱导星形胶质细胞铁死亡，进而导致小鼠抑郁样行为	首次揭示Pb²⁺直接结合HIF-1α的脯氨酸羟化位点（P138），通过HIF-1α/VDAC1轴调控线粒体功能障碍和星形胶质细胞铁死亡	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究铅暴露导致抑郁行为的分子机制	小鼠模型和星形胶质细胞	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、计算模型、实验验证	NA	基因表达数据、行为学数据	NA
255	2025-09-15	Identification of CD159A as a prognostic and immune biomarker in kidney renal clear cell carcinoma 2025-Sep-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18515-8 PMID:40935873	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨CD159A在肾透明细胞癌中的表达、预后意义及免疫调控作用	首次将CD159A识别为KIRC中的关键免疫检查点，并揭示其通过CD159A-HLA-E通路促进免疫逃逸的机制	研究主要基于回顾性数据和体外实验，缺乏大规模前瞻性临床验证	评估CD159A作为肾透明细胞癌预后和免疫治疗生物标志物的潜力	肾透明细胞癌（KIRC）组织样本、细胞系及肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	肾癌	多组学分析、qRT-PCR、IHC、单细胞RNA测序、流式细胞术	机器学习分析	基因组数据、表达数据、临床数据、实验数据	TCGA数据库样本及湘雅KIRC验证队列
256	2025-09-15	Elevated P4HB expression in hepatocellular carcinoma and its role in UCA1-mediated malignant progression 2025-Sep-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112131 PMID:40945634	研究论文	本研究探讨P4HB在肝细胞癌中的表达及其通过UCA1促进恶性进展的作用	发现P4HB与lncRNA UCA1的新型相互作用，并揭示其通过增强糖酵解促进HCC恶性行为	NA	研究P4HB在肝细胞癌进展中的作用及其作为诊断生物标志物的潜力	肝细胞癌（HCC）细胞及患者样本	肿瘤学	肝细胞癌	单细胞测序、ROC分析、体外和体内功能实验	NA	测序数据、血清数据	HCC患者、健康对照及良性肝病患者血清样本
257	2025-09-15	Appendiceal B Lymphocytes Contribute to the Pathogenesis of Experimental Colitis through Fueling Colonic CD4+ T Polarization 2025-Sep-11, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2025.09.001 PMID:40945653	研究论文	本研究探讨了阑尾B淋巴细胞通过CCL20-CCR6轴迁移至结肠并加剧实验性结肠炎的机制	首次揭示阑尾B细胞通过促进Th1/Th17免疫反应加剧结肠炎，并提出阑尾口炎症可能代表溃疡性结肠炎的特殊亚型	研究主要基于小鼠模型，人类数据相关性需进一步验证	阐明阑尾在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及治疗潜力	小鼠模型和溃疡性结肠炎患者的组织样本	免疫学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、免疫荧光共染色	NA	基因表达数据、组织图像数据	小鼠实验模型和人类UC患者结肠组织样本
258	2025-09-15	Targeting CIRP and IL-6R-mediated microglial inflammation to improve outcomes in intracerebral hemorrhage 2025-Sep-09, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.012 PMID:40934970	研究论文	本研究探讨神经元来源的CIRP通过IL-6R信号通路激活小胶质细胞炎症的机制，并评估靶向CIRP和IL-6R的肽抑制剂TCC的治疗潜力	首次揭示CIRP通过IL-6R/STAT3通路驱动小胶质细胞炎症反应的机制，并开发了新型双靶点肽抑制剂TCC	研究主要基于动物模型，人类临床数据仅涉及相关性分析，需进一步验证治疗策略的临床转化潜力	阐明脑出血后神经炎症机制并开发靶向治疗策略	大鼠脑出血模型、体外氧糖剥夺模型、小胶质细胞特异性IL-6Rα敲除小鼠及人类脑出血患者	神经科学	脑出血	单细胞RNA测序、肽抑制剂设计、基因敲除模型	动物疾病模型（大鼠/小鼠）及体外细胞模型	基因表达数据、行为学数据、影像学数据、临床数据	包括动物模型（具体数量未明确说明）和人类患者（数量未明确说明）的多层次样本
259	2025-09-15	METTL3 promotes ovarian cancer progression through YTHDF2-dependent degradation of GATA4 2025-Sep-09, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156224 PMID:40945198	研究论文	本研究揭示了METTL3通过YTHDF2介导的GATA4 mRNA降解促进卵巢癌进展的分子机制	首次发现METTL3-YTHDF2调控轴通过m6A修饰特异性降解GATA4 mRNA，并证实靶向该轴具有治疗潜力	机制研究主要基于体外实验，临床转化价值需进一步验证	阐明m6A修饰在卵巢癌进展中的调控机制	卵巢癌细胞及肿瘤微环境中的颗粒细胞、成纤维细胞和内皮细胞	肿瘤表观遗传学	卵巢癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、m6A修饰分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	NA（未明确样本数量）
260	2025-09-15	OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480 PMID:40920823	研究论文	介绍OmnibusX，一个集成化、注重隐私的统一平台，用于无代码多组学数据分析	整合多种组学技术分析流程于单一应用，提供高精度细胞类型预测引擎和交互式绘图编辑器，支持本地数据处理避免外部传输	NA	降低多组学数据分析的技术门槛，增强可重复性，加速生物发现	多组学数据（包括RNA-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和空间转录组学数据）	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	omics数据	NA