单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-08-08	Semi-supervised contrastive learning variational autoencoder Integrating single-cell multimodal mosaic datasets 2025-Aug-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06239-5 PMID:40759922	research paper	提出了一种基于变分自编码器的半监督对比学习框架scGCM，用于整合单细胞多模态镶嵌数据集并消除批次效应	开发了一种灵活的整合框架scGCM，针对单细胞多模态镶嵌数据的高维度和稀疏性问题，以及批次效应挑战，相比现有方法在聚类精度和数据一致性上具有显著优势	未明确提及具体局限性	整合单细胞多模态镶嵌数据并消除批次效应	单细胞多模态镶嵌数据集	生物信息学	NA	单细胞测序技术	变分自编码器（Variational Autoencoder）	单细胞多模态数据	多个数据集，涵盖不同单细胞数据模态
242	2025-08-08	Repurposed clindamycin suppresses pyroptosis in tumor-associated macrophages through Inhibition of caspase-1 2025-Aug-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03478-5 PMID:40759978	研究论文	本研究通过计算和实验方法发现克林霉素可抑制肿瘤相关巨噬细胞中的caspase-1活性，从而减少炎症小体激活和细胞焦亡	开发了一种结合单细胞转录组学、网络分析和药物对接模拟的新型计算流程，用于筛选可重新利用的药物，并首次发现克林霉素对caspase-1的抑制作用	研究仅在体外实验验证了克林霉素的作用，尚未进行体内实验或临床试验	探索肿瘤相关巨噬细胞的免疫调节方法，以改善葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境	肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和葡萄膜黑色素瘤(UM)	计算生物学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞转录组学、网络分析、多标准决策技术、药效团对接模拟	NA	单细胞转录组数据	NA
243	2025-08-08	A programmed decline in ribosome levels governs human early neurodevelopment 2025-Aug-04, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01708-8 PMID:40760247	研究论文	该研究探讨了核糖体水平在人类早期神经发育中的调控作用及其与神经发育障碍的关联	首次揭示了早期大脑发育过程中蛋白质产生的下降现象，并发现核糖体水平在神经上皮分化过程中的减少使细胞对核糖体生物发生的扰动特别敏感	研究主要基于人类大脑类器官模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究核糖体生物发生减少如何导致组织和发育特异性缺陷	人类大脑类器官及核糖体生物发生因子AIRIM/C1orf109的变异	神经发育生物学	神经发育障碍	蛋白质组学、单细胞RNA测序、单类器官翻译分析	人类大脑类器官模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（人类大脑类器官）
244	2025-08-08	Identification of IQGAP3 prognostic potential and involvement in immune cell infiltration in LUAD 2025-Aug-04, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02976-8 PMID:40760442	研究论文	本研究探讨了IQGAP3在肺腺癌(LUAD)中的预后潜力及其在免疫细胞浸润中的作用	首次揭示了IQGAP3通过RAS-ERK信号通路调控细胞周期和诱导T细胞耗竭促进LUAD进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证仍需扩大	探究IQGAP3在LUAD进展和肿瘤免疫微环境调控中的作用	肺腺癌(LUAD)组织和细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	RNA测序(RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, Western blotting, 多重免疫荧光染色	皮下移植瘤小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据	临床标本和C57BL/6小鼠模型
245	2025-08-08	Blocking CXCR4+ CD4+ T cells reprograms Treg-mediated immunosuppression via modulating the Rho-GTPase/NF-κB signaling axis 2025-Aug-04, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01515-8 PMID:40760450	研究论文	本研究探讨了CXCR4在调节性T细胞（Treg）介导的肿瘤免疫抑制中的作用及其分子机制	揭示了CXCR4通过调控Rho-GTPase/NF-κB信号轴在Treg细胞介导的免疫抑制中的关键作用，并验证了CXCR4阻断剂在增强抗肿瘤免疫治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类临床数据，需要在更广泛的人类癌症类型中进一步验证	探究CXCR4在肿瘤微环境中调节Treg细胞介导的免疫抑制的分子机制	CXCR4+ CD4+ T细胞和Treg细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌和乳腺癌	单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、磷酸化蛋白质组学、ChIP-seq	条件性敲除小鼠模型（Cxcr4flox/flox, LckCre）和人类器官模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和临床试验数据	多个癌症类型的单细胞转录组数据集和两个临床试验数据集（NCT02826486和NCT04516616）
246	2025-08-08	Identification and validation of ANXA3 and SOCS3 as biomarkers for acute myocardial infarction related to sphingolipid metabolism 2025-Aug-04, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00515-3 PMID:40760666	研究论文	本研究通过分析基因表达数据，识别并验证了ANXA3和SOCS3作为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物	首次将ANXA3和SOCS3鉴定为与急性心肌梗死相关的鞘脂代谢生物标志物，并通过多种分析方法验证其诊断价值	研究结果需要进一步的临床验证，样本量可能限制结论的普适性	探索鞘脂代谢相关基因在急性心肌梗死中的作用，支持临床诊断	急性心肌梗死患者的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 分子对接	ANN, 机器学习	基因表达数据	两个数据集(GSE48060和GSE123342)
247	2025-08-08	BCAP31 Promotes Colorectal Cancer Metastasis via Oxidative Phosphorylation-Dependent Macrophage Immunosuppression: A Single-Cell Transcriptomic Study 2025-Aug-04, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.002 PMID:40769312	研究论文	通过单细胞转录组学研究揭示了BCAP31通过氧化磷酸化依赖性巨噬细胞免疫抑制促进结直肠癌转移的机制	首次发现BCAP31在结直肠癌转移中的关键作用，并开发了10基因巨噬细胞相关预后特征	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的体内实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞驱动的免疫失调机制	结直肠癌组织中的巨噬细胞亚群	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	结直肠癌组织样本（具体数量未明确说明）
248	2025-08-08	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-Aug-04, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115414 PMID:40769386	研究论文	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到Padi4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤后恢复中的作用，特别是性别差异的影响	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq分析、Padi4基因敲除小鼠模型	动物模型（小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	使用Cl-amidine处理的小鼠及Padi4基因敲除小鼠
249	2025-08-08	A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-Aug-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08586-8 PMID:40753276	研究论文	构建了首个膝关节骨关节炎的单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中组织干细胞减少和炎症性疼痛巨噬细胞增加的分子机制	首次构建了膝关节多组织的单细胞RNA测序图谱，发现了骨关节炎中组织干细胞和免疫细胞的显著变化	研究仅关注了膝关节的几种组织，可能未涵盖所有相关组织类型	揭示骨关节炎的分子机制并构建多组织单细胞图谱	人类膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种膝关节组织样本（具体数量未提及）
250	2025-08-08	Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03133-7 PMID:40753308	research paper	该研究通过整合形态相似性网络和空间转录组学，识别了青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制	首次结合形态相似性网络和空间转录组学，揭示了青少年抑郁症的两种神经生物学亚型及其分子机制，为精准治疗提供了新框架	研究样本可能不够多样化，且未涉及长期随访数据验证亚型稳定性	识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制，推动精准治疗发展	青少年重度抑郁症患者	神经科学	抑郁症	形态相似性网络分析、空间转录组学、HYDRA算法	HYDRA	神经影像数据、转录组数据	未明确说明样本数量
251	2025-08-08	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	本文提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域自适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	引入了一个即插即用模块，生成重要性感知且相互独立的权重，自适应地调节源域和目标域之间每个样本的潜在表示	未明确提及具体局限性	提高单细胞水平药物反应预测的准确性	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域自适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括细胞系、PDX模型和临床肿瘤患者队列
252	2025-08-08	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	research paper	介绍DARLIN小鼠模型，用于高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪	DARLIN模型通过整合三个条形码阵列并结合Cas9和TdT，提高了每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞检测中恢复超过70%细胞的谱系条形码	执行该协议需要对测序文库生成和Linux操作有一定了解	开发一种高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪工具	小鼠模型	基因组学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）结合	DARLIN小鼠模型	基因组数据	NA
253	2025-08-08	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Aug, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性清除CCR8+Treg细胞来增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫，并评估了抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗的疗效和安全性	揭示了抗CCR8疗法通过重塑肿瘤微环境和破坏CCR8+Treg-C-CL5+树突状细胞相互作用，与PD1阻断协同作用的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限，需要进一步验证	探索增强肺癌抗肿瘤免疫的新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型和临床患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型和临床患者数据
254	2025-08-08	Presbycusis: Pathology, Signal Pathways, and Therapeutic Strategy 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410413 PMID:40349177	综述	本文综述了老年性耳聋的病理机制、信号通路及治疗策略，特别关注了血管纹在其中的关键作用	重点探讨了血管纹在老年性耳聋中的作用，并介绍了单细胞转录组学在该领域的应用	NA	增进对老年性耳聋中血管纹作用的理解，为个性化治疗和预防策略提供依据	老年性耳聋（特别是血管纹的作用）	NA	老年性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
255	2025-08-08	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记方法，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），以评估耳蜗神经的完整性	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物实现耳蜗SGNs的动物水平体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人类临床	开发一种新型方法，用于评估耳蜗神经的完整性，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	数字病理	听力损失	核成像	NA	图像	小鼠和猪模型
256	2025-08-08	Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415276 PMID:40387572	研究论文	本研究探讨了HTR2B在骨肉瘤进展中的潜在作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体途径和促进OASL1+巨噬细胞产生来增强抗肿瘤免疫的机制	首次提出HTR2B作为骨肉瘤治疗的新靶点，揭示了其通过双重机制（直接抑制肿瘤细胞增殖和增强宿主免疫反应）发挥作用	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验的进一步验证	探索HTR2B在骨肉瘤进展中的作用及其潜在治疗价值	骨肉瘤组织和细胞系	肿瘤学	骨肉瘤	转录组测序分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TARGET、GEO数据库中的骨肉瘤组织样本及医院收集的样本
257	2025-08-08	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	本研究探讨了通过重塑缺氧的三阴性乳腺癌（TNBC）微环境来恢复Vγ9Vδ2 T细胞疗法的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，并提出了通过抑制HIF-1信号通路来增强Vγ9Vδ2 T细胞疗法的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	提高Vγ9Vδ2 T细胞疗法在晚期乳腺癌治疗中的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、TCGA数据、实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及TNBC、非TNBC及健康个体的数据
258	2025-08-08	Patterns of intra- and intertumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Aug-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	研究论文	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，揭示了患者、转移灶和细胞水平的表型异质性，并发现分子亚型异质性与基因组和临床特征的关联	样本量相对较小（52名患者），且仅针对致死性前列腺癌，可能不适用于其他阶段或类型的前列腺癌	探究致死性前列腺癌的肿瘤异质性模式及其临床意义	52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本	数字病理学	前列腺癌	原位组织学分析、测序方法、单细胞测序	NA	组织样本、测序数据	52名患者的630多个肿瘤样本
259	2025-08-08	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284 PMID:40545078	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究和表达数量性状位点数据，研究HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	首次发现HLA-DPA1在非经典单核细胞中的表达与特发性肺动脉高压的免疫失调和血管重塑密切相关	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	阐明HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	特发性肺动脉高压患者的单核细胞和非经典单核细胞	生物信息学	特发性肺动脉高压	scRNA-seq, GWAS, eQTL, sc-eQTL, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	特发性肺动脉高压患者和健康对照的外周血单核细胞和肺组织样本
260	2025-08-08	Targeting the HNRNPA2B1/HDGF/PTN Axis to Overcome Radioresistance in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Aug, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0808 PMID:40643435	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌(NSCLC)中放射抗性的分子机制，聚焦于HNRNPA2B1/HDGF/PTN信号通路及其在自噬依赖性铁死亡调控中的作用	揭示了HNRNPA2B1/HDGF/PTN通路通过影响自噬依赖性铁死亡来促进放射抗性的新机制	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索克服非小细胞肺癌放射抗性的潜在治疗靶点	非小细胞肺癌细胞系和小鼠肿瘤模型	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、生化染色、RT-qPCR、Western blot、MeRIP-qPCR	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	放射抗性和放射敏感性细胞系