单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31406 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-09-24 |
Alleviated T cell exhaustion and SLC1A3-mediated stroma-remodelling dictate chemoimmunotherapy efficacy in oesophageal squamous cell carcinoma
2025-Sep-22, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335642
PMID:40983502
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组等技术揭示了化疗联合PD-1抑制剂治疗食管鳞癌的协同机制及耐药原因 | 发现化疗通过减轻TIGIT-NECTIN2等免疫检查点相互作用缓解T细胞耗竭，并首次鉴定SLC1A3高表达肿瘤细胞通过调控癌相关成纤维细胞导致细胞外基质富集微环境 | 样本量有限，耐药机制的临床转化价值需进一步验证 | 探究化疗增强免疫检查点抑制剂疗效的机制并解析耐药原因 | 食管鳞癌患者组织样本及小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞癌 | 单细胞转录组测序、T细胞受体谱分析、多重免疫组化 | 小鼠模型 | 转录组数据、组织影像数据 | 接受联合治疗与单药治疗的食管鳞癌患者纵向组织样本 |
| 242 | 2025-09-24 |
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Sep-22, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03182-3
PMID:40983627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ENO1基因通过促进糖代谢重编程驱动骨肉瘤转移的新机制 | 首次在单细胞水平揭示ENO1通过调控糖代谢重编程（从氧化磷酸化转向糖酵解）促进骨肉瘤转移的机制 | 样本量较小（仅10例儿科骨肉瘤样本），需要更大规模临床验证 | 阐明骨肉瘤转移的潜在分子机制 | 儿科骨肉瘤患者组织样本（原发灶无转移、原发灶有转移、肺转移灶） | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、生物信息学分析、体外功能实验、体内动物模型、批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、批量RNA测序数据 | 10例儿科骨肉瘤样本（分为三组：原发无转移组、原发有转移组、肺转移组） |
| 243 | 2025-09-24 |
Toxic Switch and Key Effectors of Cu in Zebrafish Gills: Coupling Single-Cell RNA Sequencing and Redox Imaging
2025-Sep-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05966
PMID:40983989
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和氧化还原成像技术，系统揭示了斑马鱼鳃组织中铜毒性的关键调控机制 | 首次在鱼类鳃组织中应用单细胞RNA测序技术，并开发新型原位荧光探针实现Cu(I)/Cu(II)空间分布的同步可视化 | 研究仅针对斑马鱼模型，其他水生生物的适用性需进一步验证 | 解析低铜负荷下导致鱼类大量死亡的毒性开关机制 | 斑马鱼鳃组织细胞 | 环境毒理学 | 重金属中毒 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据、荧光成像数据 | 斑马鱼鳃组织细胞群体（鉴定出6个显著变化的细胞群体） |
| 244 | 2025-09-24 |
Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930
PMID:40616840
|
研究论文 | 本文提出了一种头颈癌类器官单细胞解离的实验方案 | 通过优化胰蛋白酶浓度（0.05%）和机械解离方法，在保证细胞活性的同时最大化单细胞产量 | 未涉及不同头颈癌亚型类器官的解离效果比较 | 建立适用于下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的头颈癌类器官单细胞悬液制备标准流程 | 头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs） | 数字病理 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像 | NA | 生物样本数据 | NA |
| 245 | 2025-09-24 |
Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932
PMID:40650899
|
研究论文 | 提出使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的实验方案 | 开发了scVIDR模型，这是首个专门用于模拟单细胞剂量依赖性化学扰动基因表达的变分自编码器框架 | NA | 建立预测化学扰动下单细胞基因表达变化的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Docker容器化技术 | 变分自编码器(VAE)，scVIDR模型 | 基因表达数据 | NA |
| 246 | 2025-09-24 |
Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960
PMID:40700014
|
方法论文 | 本文提供了一个使用公开数据集进行scATAC-seq分析的详细操作流程 | 为scATAC-seq分析新手提供标准化的分析流程指南，包含多组学整合计算方法 | 仅使用公开数据集进行演示，未涉及实验数据生成环节 | 降低scATAC-seq分析的技术门槛，建立标准化分析流程 | 染色质可及性分析 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq（单细胞转座酶可及染色质测序） | NA | 基因组测序数据 | 公开数据集（未指定具体样本数量） |
| 247 | 2025-09-24 |
Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000
PMID:40748762
|
研究论文 | 提出一种用于小鼠肠道隐窝上皮细胞单细胞RNA测序的自动化图聚类分析流程 | 开发了ACDC（自动化群体检测）Python包，实现大规模scRNA-seq数据的高效自动化图聚类 | NA | 建立单细胞RNA测序数据的自动化聚类分析流程 | 小鼠肠道隐窝上皮细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图聚类算法 | 基因表达数据 | NA |
| 248 | 2025-09-24 |
Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104074
PMID:40938748
|
研究论文 | 提出一种无需包埋或切片即可对培养细胞和工程组织进行单细胞空间转录组分析的操作方案 | 开发了与标准包埋切片不兼容的2D工程组织和细胞培养物的空间转录组分析新方法 | NA | 建立适用于特殊样本类型的空间转录组分析标准化流程 | 2D工程组织和细胞培养物 | 空间转录组学 | NA | Visium HD空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 249 | 2025-09-24 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Sep-19, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞分析构建小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达时空图谱 | 首次发现并描述了一种新型睾丸切除诱导的成纤维细胞亚型（OIF），并整合空间转录组学揭示了前列腺各叶特异性时空动态变化 | 研究局限于小鼠模型，人类前列腺的响应机制可能存在差异 | 解析雄激素剥夺疗法下前列腺的细胞和转录组动态变化机制 | 小鼠前列腺组织（背叶、腹叶、侧叶和前叶） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间定位数据 | 睾丸切除后多时间点的小鼠前列腺样本 |
| 250 | 2025-09-24 |
Differentiation latency and dormancy signatures define fetal liver hematopoietic stem cells at single-cell resolution
2025-Sep-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116289
PMID:40971295
|
研究论文 | 本研究通过构建模拟胎肝内皮微环境的培养平台，结合单细胞技术揭示了具有连续移植能力的胎肝造血干细胞的独特特征 | 首次在单细胞水平上鉴定出胎肝造血干细胞的分化延迟、细胞分裂对称性和生物合成休眠特征 | 研究主要依赖体外培养模型，需进一步验证在完整生物体内的适用性 | 解析胎肝造血干细胞自我更新的内在和外在调控机制 | 胎肝造血干细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞分选、活细胞成像、移植实验 | NA | 单细胞转录组数据、影像数据 | 未明确样本数量，但强调稀有细胞群体研究 |
| 251 | 2025-09-24 |
Predicting the structural impact of human alternative splicing
2025-Sep-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03744-x
PMID:40963109
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研究论文 | 利用AlphaFold2预测人类超过11,000种剪接异构体的三维结构，系统研究选择性剪接对蛋白质结构的影响 | 首次大规模应用AlphaFold2预测人类剪接异构体结构，并开发多维度指标系统评估剪接诱导的结构变化 | 仅基于计算预测未进行实验验证，结构预测精度可能受限于算法本身 | 探究选择性剪接对蛋白质三维结构及功能的影响机制 | 人类蛋白质剪接异构体 | 计算生物学 | NA | AlphaFold2结构预测、单细胞RNA-seq | AlphaFold2 | 蛋白质序列数据、单细胞转录组数据 | 超过11,000种人类剪接异构体 |
| 252 | 2025-09-24 |
LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease
2025-Sep-17, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf042
PMID:40972652
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序技术揭示了LIGHT细胞因子与IL-13或IL-17协同调控人肺成纤维细胞炎症转录特征的作用机制 | 首次发现LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用可诱导肺成纤维细胞产生独特的炎症转录特征，并通过单细胞RNA测序验证其在间质性肺病患者中的存在 | 研究主要基于体外细胞实验，需要进一步体内实验验证其病理生理意义 | 探究LIGHT细胞因子在肺成纤维细胞炎症反应中的调控作用及其与肺部疾病的相关性 | 人肺成纤维细胞及间质性肺病患者的单细胞RNA测序数据 | 分子生物学 | 肺部疾病（哮喘和间质性肺病） | 批量RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外培养的人肺成纤维细胞及来自间质性肺病患者的单细胞RNA测序数据集 |
| 253 | 2025-09-24 |
Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis
2025-Sep-16, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00710-5
PMID:40958051
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研究论文 | 本研究揭示了平滑肌细胞中RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5传感器活性影响动脉粥样硬化发展的新机制 | 首次发现平滑肌细胞特异性RNA编辑对动脉粥样硬化的调控作用，并阐明ADAR1-MDA5信号轴在血管疾病中的关键功能 | NA | 探究RNA编辑酶ADAR1在冠状动脉疾病中对平滑肌细胞表型和动脉粥样硬化进程的调控机制 | 人类斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 冠状动脉疾病/动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、人类斑块分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据、基因表达数据 | Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本及实验动物模型 |
| 254 | 2025-09-24 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases
2025-Sep-16, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017
PMID:40961941
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研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合变异数据、RNA测序和功能注释的专家策展基因图谱 | 需要持续更新以保持临床和科学实用性 | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA测序（bulk和single-cell） | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 255 | 2025-09-24 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Sep-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508358
PMID:40948400
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研究论文 | 提出一种多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法MCIST，整合多尺度拓扑表示与空间深度学习技术 | 首次在空间转录组分析中考虑多尺度细胞间相互作用，通过集成多尺度拓扑表示与先进空间深度学习技术实现创新 | NA | 提升空间转录组数据分析性能，特别是空间域检测任务 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间基因表达数据 | 37个基准空间转录组数据集 |
| 256 | 2025-09-24 |
Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673125
PMID:40950173
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达 | 开发了识别振荡基因和细胞类型的严格统计方法，首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡基因表达 | 未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，研究范围限于幼虫发育阶段 | 系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式 | 果蝇幼虫的不同细胞类型（包括角质层生成细胞、胶质细胞等） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、PCA分析、UMAP分析 | 统计模型 | 基因表达数据 | 识别超过5,000个振荡基因 |
| 257 | 2025-09-24 |
Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf919
PMID:40973453
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研究论文 | 提出ASCENT计算方法，用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异检测 | 基于统计建模实现真正的绝对拷贝状态推断，无需参考样本即可检测拷贝中性杂合性缺失 | 未明确说明方法在其他癌症类型或更大样本量下的适用性 | 开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的精确CNV检测方法 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序 | 统计模型 | DNA测序数据 | 儿科B-ALL样本（具体细胞数量未明确说明） |
| 258 | 2025-09-24 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-Sep-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
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研究论文 | 介绍空间转录组学数据库DeepSpaceDB的功能及其在生物组织分析中的应用案例 | 开发了首个综合性动态空间转录组学数据库DeepSpaceDB，提供先进工具和交互功能 | 空间转录组学技术仍存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的可及性和探索分析 | 小鼠脑组织样本和结直肠癌转移的鼠肝组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学技术 | NA | 空间基因表达数据 | 多个公开数据集（含小鼠脑组织和肝组织样本） |
| 259 | 2025-09-24 |
Morphogen-guided neocortical organoids recapitulate regional areal identity and model neurodevelopmental disorder pathology
2025-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.672952
PMID:40950130
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研究论文 | 开发了一种通过形态发生素引导生成具有区域特异性的大脑皮层类器官的方法，并用于模拟神经发育障碍 | 建立了通过短期早期暴露于前后轴形态发生素来生成区域化类器官的简便方法，首次在类器官中重现了大脑皮层区域特异性 | 当前的大脑皮层类器官模型大多无法重现这种区域化模式 | 建立能够重现大脑皮层区域特异性并模拟神经发育障碍病理的平台 | 人类新皮层类器官和脆性X综合征疾病模型 | 发育生物学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA |
| 260 | 2025-09-24 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄性兔子肠道上皮细胞在哺乳期到断奶期过渡时的转录组变化 | 首次构建了兔子肠道上皮的单细胞图谱，发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（小鼠缺乏此类细胞），并揭示了固体食物摄入对各类上皮细胞的特异性转录组影响 | 研究仅针对雄性兔子，未涉及雌性个体；样本来源局限于盲肠区域 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 同龄同窝雄性兔子的肠道上皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 年龄匹配的同窝雄性兔子（具体数量未明确说明） |