单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-30	Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307 PMID:41016295	研究论文	本研究揭示双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化，将肝癌免疫冷肿瘤微环境转化为免疫热状态	首次发现双氢青蒿素通过YAP1-乳酸化正反馈环路调控肿瘤微环境免疫状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探索双氢青蒿素将肝癌免疫抑制微环境转化为免疫刺激状态的具体机制	肝细胞癌小鼠模型和肝癌细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、Western blot、免疫荧光、代谢流分析、共免疫沉淀、趋化因子芯片、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	多种免疫缺陷小鼠模型（NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠）和肝特异性Yap1敲除小鼠
242	2025-09-30	Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676655 PMID:41000831	研究论文	本研究利用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育过程中的单细胞尺度空间基因表达图谱	首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下，通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了卵巢发育过程中近单细胞分辨率的空间基因表达分析	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物卵巢	解析哺乳动物卵巢发育过程中的空间转录组特征及其调控机制	发育期和成年期小鼠卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	10X Genomics Visium HD空间转录组技术	NA	空间转录组数据	8个关键胎儿期和出生后时间点的卵巢样本
243	2025-09-30	Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy 2025-Sep-16, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757 PMID:40967330	研究论文	本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡并下调NF-κB信号通路缓解脓毒症诱导心肌病的作用机制	首次通过单细胞RNA测序发现Hsp90aa1+毛细血管内皮细胞在SIC中显著增加，并证实Hsp90aa1通过调控NF-κB信号通路影响心肌细胞坏死性凋亡	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病病理过程中的作用机制	小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、酶联免疫吸附测定、经胸超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	小鼠模型和体外细胞模型
244	2025-09-30	Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma 2025-Sep-12, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017 PMID:40946801	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术探讨M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系	创新性地结合单细胞RNA测序与数字空间分析空间转录组学技术研究STAS的空间特征	NA	探索肿瘤相关巨噬细胞影响肺腺癌气腔播散发生发展的机制	肺腺癌患者组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、数字空间分析空间转录组学测序	NA	空间转录组数据、单细胞测序数据	NA
245	2025-09-30	Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用三维肝脏切片模型探究IL-4通过细胞重编程促进肝脏再生的机制	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中证实IL-4的促再生作用，并揭示其调控髓系细胞和肝祖细胞的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究IL-4在肝脏细胞重编程和再生过程中的作用机制	小鼠精密肝脏切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	细胞生物学	肝脏疾病	单核RNA测序、免疫组织化学染色、ATP检测	三维组织培养系统	转录组数据、蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间长达5天
246	2025-09-30	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球牛群中结构变异对种群结构和表型形成的影响	首次在牛群中系统评估结构变异的作用，发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记，并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异	研究样本仅包含2,409个个体，可能无法完全代表全球所有牛种群的遗传多样性	探究结构变异在牛群遗传多样性和表型形成中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409个个体，来自82个牛品种
247	2025-09-30	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	开发了一种名为MouSSE的新方法，用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中估计细胞因子活性	提出了首个专门针对小鼠数据的单细胞水平细胞因子活性预测方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	开发准确估计小鼠单细胞转录组数据中细胞因子活性的计算方法	小鼠单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症、感染反应	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法	改进的方差调整马氏距离技术	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
248	2025-09-30	Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial 2025-Sep, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70141 PMID:41002119	研究论文	评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性及抑制NF-κB的初步抗炎效果	首次使用工程化细胞外囊泡作为NF-κB抑制剂进行临床试验，避免了传统抑制剂导致的广泛免疫抑制	单中心研究，样本量较小，仅评估短期安全性	评估ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应	18名健康志愿者	细胞治疗	炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据	18名健康志愿者
249	2025-09-30	Tensor-cell2cell v2 unravels coordinated dynamics of protein- and metabolite-mediated cell-cell communication 2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.11.02.514917 PMID:40950142	研究论文	介绍Tensor-cell2cell v2计算工具，用于联合分析蛋白质和代谢物介导的细胞间通讯动态变化	首次通过耦合张量分量分析同时分析蛋白质和代谢物介导的细胞通讯，保留各模态独立性和数据结构	NA	开发能解析多种配体类型协调动态的细胞通讯分析工具	脑类器官发育过程中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞转录组学，耦合张量分量分析	张量分解模型	单细胞转录组数据	NA
250	2025-09-30	Sex-related variations in liver homeostasis and disease: From zonation dynamics to clinical implications 2025-Aug-20, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.007 PMID:40846185	综述	本文探讨肝脏在性别差异方面的表现，包括结构、代谢功能和疾病易感性的不同，以及分区异质性的影响	整合单细胞RNA测序和空间蛋白质组学等新技术，揭示与肝脏功能空间异质性一致的性别特异性基因和蛋白表达差异	NA	研究肝脏性别二态性的生物学基础及其对疾病易感性和进展的影响	人类肝脏组织及其分区（汇管区和中央静脉区）	数字病理	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学、数字孪生模型	数字孪生模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	NA
251	2025-09-30	Single-cell transcriptomics identifies an increased Ly6G- neutrophil population and accentuated T-cell cytotoxicity in tobacco flavored e-cigarette exposed mouse lungs 2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638715 PMID:40027777	研究论文	通过单细胞转录组学分析电子烟暴露小鼠肺部的免疫细胞变化	首次在单细胞水平揭示烟草口味电子烟引起Ly6G-中性粒细胞群体增加和T细胞毒性增强的性别特异性免疫反应	样本量较小（每组每性别n=2），仅研究急性暴露效应	确定 flavored e-cig暴露后肺部的免疫景观变化	C57BL/6J小鼠肺部细胞	免疫学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 细胞计数数据, 细胞因子/趋化因子数据	71,725个细胞，来自对照组和处理组（每组每性别2只小鼠）
252	2025-09-30	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出DeepSAS框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	开发了首个基于深度图表示学习的本征-hoc框架，能够从单细胞数据中识别稳健且具有生物学基础的衰老表型	NA	表征衰老细胞并识别相应的衰老相关基因，以增进对衰老和年龄相关疾病的理解	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集中的衰老细胞	生物信息学	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq，Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	健康眼细胞图谱和内部特发性肺纤维化数据集
253	2025-09-30	cp_measure: API-first feature extraction for image-based profiling workflows 2025-Jul-01, ArXiv PMID:41019218	研究论文	介绍cp_measure这一Python库，将CellProfiler的核心测量功能模块化为API优先的工具，用于程序化特征提取	将CellProfiler的特征提取能力转化为模块化API优先工具，实现与Python生态系统的无缝集成	NA	开发适用于机器学习工作流的自动化、可重复图像分析工具	生物图像中的细胞特征	计算生物学	NA	图像分析、特征提取	NA	图像	NA
254	2025-09-30	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示了前庭毛细胞动纤毛具有初级纤毛和运动纤毛的双重分子特征	首次发现前庭动纤毛同时具备初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并证实其具有自主运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、图像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
255	2025-09-30	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观状态的演化过程	建立理论框架解释离散疾病表型为何在单细胞尺度隐藏而在聚合宏观水平显现，并利用状态转换理论揭示细胞类型特异性贡献如何调控疾病表型状态转换	NA	探索单细胞与批量转录组学中编码的癌症特异性信息内容，解析离散疾病定义状态如何从固有噪声的单细胞数据中产生	慢性髓系白血病（CML）进展过程	单细胞测序分析	慢性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	状态转换理论	单细胞转录组数据	NA
256	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空图谱分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	首次整合单核基因组学和空间转录组学技术，在细胞类型和脑区特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证；样本量相对有限（36个小鼠大脑）	阐明热量限制对大脑衰老的分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑（超过50万个细胞）和12个脑切片
257	2025-09-30	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在釉质器官发育中调控Krt8向Krt5过渡的机制	首次发现p63在釉质器官发育中借用皮肤发育的Krt8-to-Krt5过渡机制，通过染色质景观重塑调控细胞分化	研究仅基于小鼠切牙模型，早期p63敲除小鼠的发育停滞限制了对其完整功能的解析	阐明p63在釉质器官细胞类型分化中的具体作用机制	小鼠切牙釉质器官上皮细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、轨迹重建、比较转录组分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	小鼠切牙样本
258	2025-09-30	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织结构	首次提供嗅球的全面分子图谱，揭示嗅觉上皮基因表达程序如何指导嗅球分子结构的形成	研究仅限于小鼠模型，未验证其他物种的适用性	探索脊椎大脑对称性组织原则在分子和细胞水平的具体表现	小鼠嗅球及其中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞	空间转录组学	NA	3D空间转录组学	NA	空间基因表达数据	近一千个分子特征不同的肾小球结构
259	2025-09-30	Mucosal tissue NK cells tune their function between optimal anti-pathogen activity and tissue protection 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647286 PMID:40291684	研究论文	本研究揭示了阴道黏膜组织中NK细胞在抗病原体反应和组织保护之间的平衡功能	首次发现阴道组织NK细胞具有独特的效应和组织保护双重功能，并在稳态和感染状态下表现出不同的功能特征	NA	探索黏膜组织NK细胞在病原体防御和组织保护中的平衡机制	人类和小鼠阴道组织中的NK细胞	免疫学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高参数流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	人类阴道组织样本和小鼠模型
260	2025-09-30	Multi-omics analysis of parthanatos related molecular subgroup and prognostic model development in stomach adenocarcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332988 PMID:41004487	研究论文	通过多组学分析揭示胃腺癌中parthanatos相关分子亚型并开发预后模型	首次系统研究parthanatos相关基因在胃腺癌中的作用，发现新的分子亚型并建立基于机器学习的预后标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索parthanatos相关基因在胃腺癌中的分子特征和临床意义	胃腺癌患者和细胞系	生物信息学	胃腺癌	多组学分析、转录组测序、单细胞RNA测序、Western blot、集落形成、CCK-8、Transwell实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、临床数据	公共数据库中的胃腺癌样本（具体数量未明确说明）