单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-03	IL-25 Enhances B Cell Responses in Type 2 Inflammation Through IL-17RB Receptor 2025-Apr, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16472 PMID:39829150	研究论文	研究IL-25通过IL-17RB受体增强B细胞在2型炎症中的反应	揭示了IL-25通过IL-17RB受体对B细胞的作用机制，并发现IL-17RB+ B细胞在2型炎症中具有独特的转录特征和增强的抗体产生能力	研究主要基于体外实验和有限的组织样本，需要进一步在体内模型中验证	探究IL-25受体(IL-17RB)在B细胞中的诱导和表达，以及IL-17RB表达B细胞对IL-25的反应	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织中的B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和其他2型炎症性疾病	流式细胞术、RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	细胞和分子数据	外周血来源的B细胞和鼻息肉组织样本
242	2025-05-03	A multi-view graph convolutional network framework based on adaptive adjacency matrix and multi-strategy fusion mechanism for identifying spatial domains 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	multi-view graph convolutional network (GCN)	spatial transcriptomics data	多个空间转录组学数据集（未明确提及具体数量）
243	2025-05-03	Protocol for mitochondrial variant enrichment from single-cell RNA sequencing using MAESTER 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103564 PMID:39817913	研究论文	提出一种从单细胞RNA测序数据中富集线粒体DNA变体的协议，以同时探究细胞状态和克隆信息	通过富集线粒体DNA变体，同时获取细胞状态和克隆结构信息，弥补了传统scRNA-seq的不足	需要特定的实验步骤和计算分析工具，可能对实验条件要求较高	开发一种能够同时分析细胞状态和克隆结构的单细胞RNA测序方法	人类原代组织中的细胞状态和克隆动态	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), mtDNA富集, 配对末端测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
244	2025-05-03	An augmented GSNMF model for complete deconvolution of bulk RNA-seq data 2025-Mar-14, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2025036 PMID:40296800	研究论文	本文提出了一种增强的GSNMF模型，用于全面解卷积批量RNA-seq数据，以获得细胞类型特异性基因表达谱和相对细胞丰度	开发了一种新的伪批量组织数据增强、几何结构引导的NMF模型（GSNMF+），通过统计分布模拟伪细胞组成和单细胞RNA-seq数据生成伪批量组织数据，并与原始数据集混合，从而满足NMF的弱可解性条件	尽管在某些数据集上的估计结果与真实值相比表现良好，但对于如何规避不适定性和提高解的精度的全面理解仍然不足	提高批量RNA-seq数据的全面解卷积分析的准确性和可解性	批量RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	GSNMF+, NMF	基因表达数据	多个真实的批量组织数据集
245	2025-05-03	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元和胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术结合iPSC衍生的神经元和胶质细胞3D共培养系统，揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4在阿尔茨海默病中的作用	研究依赖于体外培养系统，可能无法完全模拟体内复杂的脑环境	探究神经元和胶质细胞之间的相互作用机制及其在神经元存活中的作用	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids（3D共培养系统）	基因表达数据	NA
246	2025-05-03	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-03-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	review	本文综述了当前和新兴的创新工具在肾移植排斥反应组织样本表征中的应用	讨论了数字化病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在肾移植排斥反应表征中的潜在应用	Banff分类系统目前仍以活检为中心，主要依赖半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和精细度	增强肾移植排斥反应的组织样本表征	肾移植排斥反应的组织样本	digital pathology	kidney disease	multiplex immunohistochemistry, transcriptomics, single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	deep learning	image, transcriptomic data	NA
247	2025-05-03	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文探讨了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了一个系统性研究TILs的概念框架	提出了一个系统性研究TILs的多维方法，强调了TILs在免疫治疗中的关键作用及其作为生物标志物的潜力	目前大多数研究仅关注主要TIL亚群的丰度，缺乏标准化的量化策略，且未分析其功能特征、空间分布、肿瘤抗原反应性等重要方面	探讨TILs在免疫治疗中的生物学特性和作为生物标志物的潜力，支持该领域未来的发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在免疫治疗中的作用	肿瘤免疫学	多种实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台、先进计算模型	NA	NA	NA
248	2025-05-03	Intratumoral Collagen Deposition Supports Angiogenesis Suggesting Anti-angiogenic Therapy in Armored and Cold Tumors 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409147 PMID:39823457	research paper	该研究分析了胶原沉积与肿瘤血管生成之间的关系，并探讨了抗血管生成治疗在特定肿瘤亚型中的潜在应用	揭示了胶原沉积通过SOX18上调促进血管生成的机制，并提出了抗血管生成治疗在装甲&冷肿瘤中的新应用框架	研究主要基于LUAD数据，其他癌症类型的普遍性需要进一步验证	探究胶原沉积对肿瘤血管生成的影响及其治疗意义	多种癌症类型（重点关注肺腺癌）中的肿瘤微环境	肿瘤生物学	肺腺癌（LUAD）及其他多种癌症	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验	NA	转录组数据、实验数据	多种癌症类型的样本（具体数量未明确说明）
249	2025-05-03	YTHDF2-mediated m6A modification of ONECUT2 promotes stemness and oxaliplatin resistance in gastric cancer through transcriptionally activating TFPI 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101200 PMID:39823826	research paper	研究发现YTHDF2介导的ONECUT2 m6A修饰通过转录激活TFPI促进胃癌干性和奥沙利铂耐药性	揭示了ONECUT2+TFPI+细胞亚群在奥沙利铂耐药性中的作用及其分子机制，并验证了ONECUT2小分子抑制剂的治疗效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证	探索胃癌奥沙利铂耐药性的分子机制并寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和小鼠模型	肿瘤学	胃癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
250	2025-05-03	Investigating subpopulation dynamics in clonal CHO-K1 cells with single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.01.010 PMID:39824362	research paper	通过单细胞RNA测序研究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化	首次在克隆CHO-K1细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了不同稳定性表型细胞中亚群的存在及其基因表达差异	研究仅针对两个克隆CHO-K1细胞群体，未进行多组学分析以更全面表征细胞异质性	探究克隆CHO-K1细胞中亚群的动态变化及其对细胞稳定性的影响	两个具有不同稳定性表型的克隆CHO-K1细胞群体	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个克隆CHO-K1细胞群体在90天培养期间的样本
251	2025-05-03	EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103498 PMID:39826326	研究论文	本文探讨了早期生长反应蛋白1（EGR1）在肾上腺细胞生物学中的双重作用，即调节氧化应激和醛固酮生成	揭示了EGR1在氧化应激和醛固酮生成中的新机制，并发现其在醛固酮生成腺瘤（APAs）中的表达下调	研究主要基于细胞和动物模型，人类样本的临床相关性需要进一步验证	研究EGR1在肾上腺细胞氧化应激和醛固酮生成中的作用及其在APAs发病机制中的潜在意义	人类肾上腺细胞、醛固酮生成腺瘤（APAs）患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质	内分泌学	醛固酮增多症	RNA测序、空间转录组学、免疫组化	NA	基因表达数据、组织样本	人类肾上腺细胞、APAs患者肾上腺组织、继发性醛固酮增多症猪的肾上腺皮质
252	2025-05-03	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老龄小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合老龄化和表面活性蛋白C突变因素，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解老龄化和遗传突变对臭氧暴露肺部反应的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	基因表达数据、流式细胞数据	年轻（8-14周）、中年（44-52周）和老年（>80周）小鼠
253	2025-05-03	scRNA-seq reveals involvement of monocytes in immune response in SLE patients 2025-Mar, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.110994 PMID:39818255	research paper	通过scRNA-seq技术研究系统性红斑狼疮（SLE）患者单核细胞在免疫反应中的作用	揭示了SLE患者外周血单核细胞中IRF1的高表达及其在免疫调节和炎症反应中的作用	样本量较小，未涉及其他免疫细胞的详细分析	探索SLE患者单核细胞的炎症因子，以发现新的诊断靶点	SLE患者和健康志愿者的循环免疫细胞	digital pathology	autoimmune disease	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq data, flow cytometry data	SLE患者和健康志愿者的血液样本
254	2025-05-03	Unveiling the role of MDH1 in breast cancer drug resistance through single-cell sequencing and schottenol intervention 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111608 PMID:39818404	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据揭示乳腺癌和正常上皮细胞的转录组特征，并探讨MDH1基因在乳腺癌耐药性中的作用及Schottenol的干预效果	通过单细胞RNA测序识别乳腺癌细胞异质性，发现MDH1基因的关键调控作用，并首次提出Schottenol通过下调MDH1增强乳腺癌细胞对紫杉醇的敏感性	研究样本量未明确说明，且Schottenol的临床前研究数据有限	探索乳腺癌耐药机制并寻找新的治疗靶点	乳腺癌细胞、正常上皮细胞、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和髓系细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	PAM50分类法	单细胞转录组数据	NA
255	2025-05-03	Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation 2025-Mar, JACC. Asia DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013 PMID:40148022	研究论文	通过单细胞转录组学技术，研究功能性三尖瓣反流（TR）中瓣膜间质细胞的纤维化激活及其分子机制	首次在功能性TR中鉴定了纤维化激活的瓣膜间质细胞（VICs），并揭示了COMP-CD47和FGF2-FGFR1相互作用的改变可能作为潜在治疗靶点	样本量较小（仅10例患者），且未进行功能验证实验	探究功能性TR中三尖瓣细胞的组成变化和基因表达模式，以阐明其发病机制	人类三尖瓣组织（来自5例中重度功能性TR患者和5例非疾病对照）	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光检测	NA	单细胞转录组数据、空间分布数据	10例患者（5例TR患者+5例对照）的84,102个细胞
256	2025-05-03	Characterizing the diabetes-induced pathological changes of the mouse lung by single-cell RNA sequencing 2025-Feb-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123408 PMID:39832739	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病对小鼠肺部病理变化的影响	首次揭示了糖尿病晚期小鼠肺部免疫细胞数量显著增加，且主要为未成熟的多形核髓系来源的抑制细胞（PMN-MDSCs），并发现肺泡细胞在糖尿病早期表现出间质表型及关键细胞因子表达减少	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究糖尿病对肺部病理变化的影响及其机制	糖尿病小鼠的肺部细胞	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	糖尿病小鼠的肺部细胞样本
257	2025-05-03	A unified framework for cell-type-specific eQTL prioritization by integrating bulk and scRNA-seq data 2025-Feb-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2024.12.018 PMID:39824189	research paper	提出了一种整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据的统计框架IBSEP，用于增强细胞类型特异性eQTL的优先排序	IBSEP框架通过分层线性模型整合两种数据类型的汇总统计，克服了各自技术的局限性并利用了各自的优势	scRNA-seq数据样本量较小且存在技术限制	提高细胞类型特异性eQTL的识别精度，以更深入地理解复杂疾病的遗传基础	外周血单核细胞和大脑皮层数据集	基因组学	复杂疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	分层线性模型	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但包括外周血单核细胞和大脑皮层数据集
258	2025-05-03	Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution 2025-Feb-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.12.012 PMID:39824184	研究论文	本研究通过创新的遗传追踪技术和单细胞RNA测序，详细描绘了内胚层在单细胞分辨率下的时空和遗传谱系分化	引入了创新的遗传追踪代码，揭示了早期内胚层区域的多潜能性，挑战了传统的分化模型	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类发育的复杂性	揭示内胚层器官发生的复杂机制，为发育生物学和再生医学提供新见解	小鼠内胚层发育	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、高级成像技术	NA	单细胞RNA测序数据、成像数据	使用新型小鼠品系对14个不同内胚层区域进行追踪
259	2025-05-03	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和谱系追踪技术，研究小鼠肺部在流感损伤后的再生过程，揭示了不同细胞区室的异步响应和损伤相关的持久细胞状态	首次提供了损伤后肺部再生的纵向单细胞图谱，并鉴定出一种损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），该细胞在损伤后持续存在，并与人类肺部疾病中的内皮异常相似	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	理解肺部损伤后的细胞和分子响应机制，以及与人类发育和疾病中的响应相关性	小鼠肺部细胞	单细胞转录组学	肺部疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠肺部细胞样本
260	2025-05-03	Regulation of fibroblast phenotype in osteoarthritis using CDKN1A-loaded copper sulfide nanoparticles delivered by mesenchymal stem cells 2025-Feb-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00573.2024 PMID:39819042	research paper	本研究探讨了通过间充质干细胞(MSCs)递送载有CDKN1A质粒的硫化铜(CuS)纳米颗粒(NPs)对骨关节炎(OA)中纤维母细胞表型的调控及其在软骨修复中的作用	引入了MSCs@CuS@CDKN1A这一纳米工程MSC平台，通过调节CDKN1A表达，不仅增强软骨修复，还能有效减轻纤维母细胞驱动的炎症，标志着OA治疗领域的重大进展	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纳米工程MSC平台在骨关节炎治疗中的应用	纤维母细胞表型、软骨修复	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序、微CT扫描、免疫荧光	小鼠OA模型	转录组数据、影像数据	小鼠OA模型