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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2026-04-01 |
Single-cell transcriptomic profiling of C. elegans Q neuroblast lineage during migration and differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.09.675151
PMID:40964368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对秀丽隐杆线虫Q神经母细胞谱系在迁移和分化过程中的转录组进行解析，揭示了其发育的分子机制 | 首次构建了Q神经母细胞谱系的高分辨率转录组分化图谱，发现了新的基因表达模式，并揭示了Wnt信号通路在左右不对称迁移中的作用 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限，且样本来自特定发育阶段，可能未覆盖所有动态变化 | 探究神经母细胞迁移和分化的分子机制，以理解神经系统发育 | 秀丽隐杆线虫的Q神经母细胞谱系细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的Q谱系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2026-04-01 |
SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-01006-0
PMID:40781193
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病中的循环肿瘤细胞进行全面的单细胞转录组分析 | 开发了SWIFT-seq工作流程，首次实现了对多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞的全面单细胞转录组和B细胞受体测序分析，并建立了基于测序的CTC计数策略和分类器 | 未明确说明样本处理或数据分析的具体技术限制 | 开发非侵入性血液检测方法，以改善多发性骨髓瘤的诊断、监测和预后评估 | 多发性骨髓瘤患者及其前体疾病患者的循环肿瘤细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, B细胞受体测序 | 分类器 | 单细胞转录组数据 | 101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和循环肿瘤细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2026-04-01 |
scSpatialSIM: a simulator of spatial single-cell molecular data
2025-Sep, SoftwareX
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.softx.2025.102223
PMID:41908069
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研究论文 | 本文介绍了scSpatialSIM，一个用于模拟生物真实空间单细胞分子数据的R包 | 开发了一个无需参考数据集即可高效模拟单细胞空间模式的工具，支持细胞聚类、共定位、组织隔室和组织孔洞等特征，并能模拟分类和连续数据 | 仅限于模拟细胞聚类和共定位，而非更广泛的组织水平子域 | 为空间分子数据分析提供基准测试和比较工具，促进空间统计方法的评估 | 空间单细胞分子数据，包括细胞表型和基因/蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics: a bibliometric analysis with large language model on English literatures
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf553
PMID:41139313
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文献计量分析 | 本文利用大语言模型对空间转录组学领域的英文文献进行了文献计量分析 | 首次结合大语言模型对空间转录组学领域进行文献计量分析，使分析结果更全面和具体 | 分析仅基于Web of Science数据库的1197篇文献，可能未涵盖所有相关研究 | 分析空间转录组学领域的研究趋势、期刊分布和关键词，以识别关键研究领域 | 2015年至2024年间Web of Science数据库中的1197篇空间转录组学相关出版物 | 生物信息学 | 癌症 | 文献计量分析，大语言模型 | 大语言模型 | 文本 | 1197篇出版物 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 245 | 2026-04-01 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本文系统评估了整合单细胞RNA测序和单核RNA测序数据以提升批量RNA测序去卷积准确性的策略 | 首次系统比较了多种整合scRNA-seq和snRNA-seq数据的方法，包括主成分偏移、条件与非条件变分自编码器以及跨模态差异表达基因过滤，并提出了优先使用scRNA-seq参考并过滤跨模态差异表达基因的明确指南 | 研究仅在四种组织中进行评估，可能未覆盖所有细胞类型或组织特异性；在缺乏匹配scRNA-snRNA细胞类型的情况下，方法性能可能受限 | 提升批量RNA测序去卷积的准确性，通过整合单细胞和单核RNA测序数据 | 四种不同组织中的单细胞和单核RNA测序数据，以及真实的脂肪组织批量RNA测序样本 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 条件变分自编码器, 非条件变分自编码器 | RNA测序数据 | 四种不同组织的数据集，以及来自多个供体的真实脂肪组织批量样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 246 | 2026-04-01 |
Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis
2025-Aug-15, ArXiv
PMID:40832053
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于量子退火的QUBO方法，用于单细胞RNA测序数据中的特征选择，以识别与细胞分化及抗癌药物耐药性相关的关键基因 | 首次将量子退火赋能的二次无约束二进制优化（QUBO）应用于单细胞RNA测序数据的特征选择，能够揭示传统方法可能遗漏的复杂基因表达模式 | 未提及具体的数据集规模、量子硬件实现细节或与传统方法的定量比较结果 | 开发增强单细胞RNA测序数据分析与解释的特征选择方法 | 人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 量子退火赋能的QUBO（二次无约束二进制优化） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2026-04-01 |
Autoimmune origin for immune checkpoint inhibitor-diabetes revealed by deep immune phenotyping of the pancreas
2025-Aug-14, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011818
PMID:40813111
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研究论文 | 本文通过胰腺深度免疫表型分析，揭示了免疫检查点抑制剂糖尿病（CPI-D）的自身免疫起源 | 首次在CPI-D患者中利用手术切除的胰腺组织进行单细胞RNA测序和免疫表型分析，直接观察胰岛相关的淋巴细胞浸润，为CPI-D的自身免疫机制提供了直接证据 | 研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法代表所有CPI-D患者的情况 | 探究免疫检查点抑制剂糖尿病（CPI-D）的发病机制，特别是其自身免疫或自身炎症起源 | 一名无糖尿病或自身免疫病史的转移性黑色素瘤患者，在接受CPI治疗后发生CPI-D并随后发展为胰腺癌 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序，免疫表型分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，免疫表型数据 | 1名患者的胰腺手术切除组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 248 | 2026-04-01 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 本文回顾了基于图像的细胞表型分析在计算方面的演变，详细介绍了当前流程、讨论了局限性，并强调了未来的发展方向 | 深度学习从根本上重塑了基于图像的细胞表型分析，改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合 | 该领域仍面临重大挑战，需要创新解决方案 | 为研究人员提供导航这一快速发展的领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析的计算方法 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2026-04-01 |
The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages
2025-Jul-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1
PMID:40630529
|
研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中招募型和驻留型亚群在肿瘤控制中的双重作用，并探索了靶向特定巨噬细胞亚群的治疗策略 | 首次明确区分了驻留性间质巨噬细胞亚群在肿瘤中的促瘤或抑瘤功能，并利用空间转录组学证实了其定位和趋化因子谱的差异，同时提出CCR5阻断作为增强肿瘤控制的新方法 | 研究主要基于小鼠模型，人类肿瘤中的巨噬细胞亚群功能可能有所不同，且CCR5阻断疗法的长期安全性和有效性需进一步验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞不同亚群在肿瘤进展和控制中的作用机制，并开发靶向巨噬细胞的治疗策略 | 肿瘤相关巨噬细胞，包括招募型巨噬细胞和驻留型间质巨噬细胞亚群 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤，肺腺癌 | 空间转录组学，基因敲除小鼠模型，CCR5阻断 | Pf4 Cx3cr1小鼠模型 | 空间转录组数据，免疫组织化学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 250 | 2026-04-01 |
Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence
2025-06-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15070938
PMID:40723810
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研究论文 | 提出了一种名为scAttG的新型深度学习框架，通过整合染色质可及性与基因组序列信息，用于scATAC-seq数据的细胞类型注释 | 首次将图注意力网络（GATs）与卷积神经网络（CNNs）相结合，同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征，解决了现有跨组学和组内方法在数据对齐与批次效应方面的局限性 | 论文未明确说明模型在跨物种或跨组织类型应用中的泛化能力，也未详细讨论计算资源需求或运行时间效率 | 开发一种更准确、更稳健的单细胞ATAC-seq数据细胞类型注释方法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | scATAC-seq | GAT, CNN | 基因组序列, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 251 | 2026-04-01 |
Single cell RNA sequencing shows that cells expressing Sox9 postnatally populate most skeletal lineages in mouse bone
2025-Jun-03, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf043
PMID:40143416
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪，揭示了小鼠骨骼中Sox9表达细胞在出生后对多数骨骼谱系的贡献 | 首次证明出生后骨骼中的多种成骨细胞前体均源自Sox9表达祖细胞，并鉴定了一类位于软骨膜和生长板软骨柱之间的独特软骨细胞亚群 | 研究仅基于小鼠模型，未在人类或其他物种中验证 | 探究小鼠骨骼生长过程中成骨细胞谱系的细胞来源 | 小鼠骨骼中的细胞类型，包括生长板软骨细胞、软骨膜细胞和CXCL12富集的网状骨髓基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 252 | 2026-04-01 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654940
PMID:40475580
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学探索了1型糖尿病自然史中胰腺及胰腺引流淋巴结的炎症反应特征 | 首次在人类1型糖尿病中结合空间转录组学与公共单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺及引流淋巴结中淋巴毒素-β等特异性炎症特征 | 样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体，未涵盖疾病所有阶段 | 解析1型糖尿病发病过程中胰腺及引流淋巴结的炎症分子特征 | 人类胰腺组织及胰腺引流淋巴结组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 包括非糖尿病患者和高风险自身抗体阳性个体的胰腺及淋巴结样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 253 | 2026-04-01 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 本文比较了三种不同的细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估了不同细胞核分离方法对核完整性和后续snRNA-seq数据质量的影响，揭示了方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型；样本量可能有限 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及脑组织 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2026-04-01 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络 | Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，利用隐式和显式并行化实现可扩展性，能处理超过1亿个空间解析点 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深度生物学见解，包括基因模块检测、功能注释、基因表达与基因组结构关联以及多样本比较 | 空间转录组数据中的基因表达相关性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 255 | 2026-04-01 |
CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information
2025-02-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030342
PMID:40149878
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研究论文 | 提出CellGAT框架，通过整合多组学信息构建细胞通讯网络 | 首次将蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息整合到细胞通讯网络推断中，并利用图注意力网络（GAT）和节点嵌入算法 | 未明确提及样本量或数据集的局限性 | 推断细胞间通讯并分析其对下游通路、邻近细胞和药物干预的影响 | 多细胞生物中的细胞通讯网络 | 机器学习 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | GAT（图注意力网络） | 基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合物数据、通路信息 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2026-04-01 |
VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030323
PMID:40149859
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研究论文 | 本研究探讨了ESCRT复合体成员VPS25在头颈部鳞状细胞癌中的表达、功能及其在免疫抑制微环境中的作用 | 首次揭示VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT免疫抑制信号轴，促进肿瘤免疫逃逸，并作为免疫治疗反应的潜在预测生物标志物 | 研究主要基于TCGA数据集和细胞系实验，缺乏大规模前瞻性临床队列验证 | 阐明VPS25在头颈部鳞状细胞癌肿瘤进展和免疫微环境调控中的分子机制 | 头颈部鳞状细胞癌组织、CAL27细胞系、肿瘤微环境免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织微阵列图像、单细胞转录组数据 | TCGA数据集样本、HNSCC组织微阵列、CAL27细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 257 | 2026-04-01 |
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cobeha.2024.101478
PMID:41908169
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术研究了腹侧被盖区多巴胺能神经元的分子异质性及其在胚胎发育和成年期的转录特征 | 揭示了腹侧被盖区多巴胺能神经元在发育过程中的高度细胞异质性和分子复杂性 | 未明确提及具体技术限制或样本规模不足 | 探究多巴胺能中脑（包括腹侧被盖区和黑质）的分子异质性及其在发育过程中的变化 | 腹侧被盖区和黑质中的多巴胺能神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2026-04-01 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-Jan, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用，探讨其如何推动对该疾病复杂性的理解 | 利用单细胞转录组学技术，超越传统批量分析的局限，揭示肺动脉高压中细胞亚型的相互作用和转化，为精准医疗提供新靶点 | 单细胞RNA测序分辨率需提升以捕获更精细的细胞变化，处理人体组织样本存在物流障碍，且需整合多种组学方法以全面理解疾病分子机制 | 探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的角色，以促进疾病理解、靶向药物开发和生物标志物发现 | 肺动脉高压中的细胞生态系统，包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 259 | 2026-04-01 |
Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration
2024-12-29, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01917-6
PMID:39734233
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研究论文 | 本研究探索了Tppp3分子在视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的作用 | 首次揭示了Tppp3在哺乳动物视网膜神经节细胞轴突再生中的促进作用，并发现其通过上调Bmp4等基因和神经炎症通路发挥作用 | 研究主要基于啮齿类动物模型，尚未在更高等的哺乳动物中进行验证 | 寻找促进中枢神经系统轴突再生的分子调控因子 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠、猕猴和人类的视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2026-04-01 |
Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioadv/vbaf230
PMID:41092369
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研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞细胞间相互作用数据的端到端降维工作流程，旨在简化细胞对间相互作用模式的分析 | 采用稀疏降维方法（特别是Boosting Autoencoder）来精确定位与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，并提供了包含结果可视化的全面工作流程 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 增强单细胞转录组学数据中细胞间相互作用的下游分析 | 单细胞细胞间相互作用数据，特别是基于已知配体-受体相互作用的细胞对 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | Boosting Autoencoder | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |