单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-16	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	research paper	本文研究了出生后血管生长的设计原则及其与脊椎长度的比例关系	发现了主动脉扩张遵循特定的生物学原则，且与脊椎长度而非体重成比例，揭示了两种独特的动脉细胞增殖波	研究主要关注主动脉，可能不适用于其他血管或组织的生长机制	探索出生后血管生长的设计原则及其调控机制	主动脉及其细胞增殖动态	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	NA
242	2025-07-16	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	本研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	使用空间转录组学方法揭示MR敲除导致CA2神经元获得CA1样分子表型	研究仅关注分子表型和细胞形态变化，未涉及行为学层面的验证	理解MR在控制CA2神经元细胞和突触特性中的作用	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性基因敲除模型	分子表达数据	未明确说明样本量（使用基因工程小鼠模型）
243	2025-07-16	Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma 2024-08-19, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2023-220230 PMID:38373824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了哮喘患者和健康捐赠者的支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应	首次在单细胞水平上揭示了哮喘患者中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染反应的特定损伤	样本量较小(哮喘患者和健康对照各8例)，且仅观察了感染后3天的反应	探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子反应机制	哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞(pBECs)	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	16例(8例哮喘患者和8例健康对照)
244	2025-07-16	scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02201-0 PMID:38409223	research paper	该研究构建了一个基于生成预训练transformer的单细胞生物学基础模型scGPT，用于推进细胞生物学和遗传学研究	将大规模多样化数据集与预训练transformer相结合，构建了首个针对单细胞多组学的生成式AI基础模型scGPT	模型性能依赖于单细胞测序数据的质量和规模	开发适用于单细胞生物学的基础模型，促进细胞生物学和遗传学研究	单细胞测序数据	machine learning	NA	single-cell sequencing	transformer	omics data	超过3300万个细胞
245	2025-07-16	Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601068 PMID:39005427	研究论文	本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者来源的肿瘤类器官(PDOs)模型，揭示了肿瘤异质性与治疗抵抗的分子机制	首次在HNSCC PDOs中发现混合上皮-间质转化(hEMT)样程序与顺铂耐药相关，并鉴定AREG作为潜在治疗靶点	样本量相对有限(31例患者)，需要在更大队列中验证发现	提高对HNSCC肿瘤异质性和治疗抵抗的生物学理解，开发个性化治疗策略	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官模型	肿瘤生物学	头颈部鳞状细胞癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	患者来源类器官(PDO)模型	基因组数据、转录组数据	31例HNSCC患者
246	2025-07-16	Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598925 PMID:38915580	research paper	该研究通过人类神经干细胞（NSCs）探索了皮质障碍的早期发育起源，分析了皮质和神经精神障碍相关基因的表达动态	揭示了疾病特异性关键阶段和跨多种疾病的信号汇聚，模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响，并发现了自闭症患者来源NSCs中脑模式化和NSCs谱系承诺的转录因子反复改变	研究主要基于体外和体内的人类NSCs数据，可能无法完全反映实际发育过程中的复杂性	探索人类大脑功能障碍在发育早期的机制	人类神经干细胞（NSCs）和皮质障碍相关基因	神经科学	自闭症和其他皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
247	2025-07-16	Prognostic gene landscapes and therapeutic insights in sepsis-induced coagulopathy 2024-05, Thrombosis research IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.thromres.2024.03.011 PMID:38513536	研究论文	本研究通过分析脓毒症患者的转录组数据，识别了与凝血相关的关键基因，并开发了预测患者生存的预后模型和列线图	发现了四个关键基因（CFD、FYN、ITGAM和VSIG4）作为脓毒症患者生存的重要预测因子，并揭示了FYN基因在凝血障碍中的核心作用	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有潜在的分子机制	探索脓毒症诱导凝血病（SIC）的预后基因和治疗靶点	脓毒症患者和脓毒症大鼠	数字病理学	脓毒症	转录组分析、单细胞测序、实时定量PCR	预后模型、列线图	转录组数据、单细胞测序数据	脓毒症患者的全血样本和脓毒症大鼠的血液样本
248	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.15.589676 PMID:38659941	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过双重抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制SARS-CoV-2等多种RNA病毒的复制，并揭示了PIP4K2C在病毒入侵、RNA复制及组装/释放中的作用	揭示了PIP4K2C这一未被充分研究的激酶在病毒诱导的自噬调控中的作用，并提出了双重抑制PIP4K2C和PIKfyve作为对抗新兴病毒的候选策略	NA	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2等多种RNA病毒及人类肺类器官	病毒学	COVID-19	脂质组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	分子生物学数据	人类肺类器官
249	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607 PMID:38246225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展过程中的上皮和微环境异质性	首次利用单细胞转录组学解析IPMN向PDAC进展中的上皮和微环境异质性，并发现SPP1作为IPMN癌变的生物标志物	样本量较小（3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC），且所有样本均为手术切除组织	探究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤向胰腺导管腺癌恶性进展的分子机制	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	35,693个细胞，来自3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC
250	2025-07-16	Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610 PMID:38244910	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性、功能表型及细胞间相互作用方面的最新研究进展	利用scRNA-seq技术全面解析TAMs在肿瘤微环境中的异质性和功能变化，为优化肿瘤治疗策略提供新视角	主要基于现有文献综述，缺乏原创性实验数据验证	探讨TAMs在肿瘤微环境中的动态变化及其对肿瘤治疗的影响	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
251	2025-07-16	PGF2α signaling drives fibrotic remodeling and fibroblast population dynamics in mice 2023-12-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172977 PMID:37934604	研究论文	本研究探讨了PGF2α信号在小鼠肺纤维化重塑和成纤维细胞群体动态中的作用	揭示了PGF2α/FPr信号作为TGF-β1非依赖性信号枢纽在特发性肺纤维化(IPF)中的作用，并鉴定了一个易感的成纤维细胞亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PGF2α信号通路在肺纤维化发病机制中的作用	表达Sftpc基因疾病相关错义突变的小鼠模型(IER-SftpcI73T)和Ptgfr-null小鼠	病理生理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、伪时间分析(pseudotime analysis)、体外实验	小鼠疾病模型	基因表达数据	使用IER-SftpcI73T转基因小鼠和Ptgfr-null小鼠进行研究
252	2025-07-16	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类T细胞在不同组织中的异质性及其功能响应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的独特特征，以及跨所有组织的谱系特异性激活状态，包括CD8 T细胞的独特效应状态和CD4 T细胞的干扰素响应状态	研究主要关注健康状态下的T细胞，疾病状态下的T细胞分析相对较少	理解组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
253	2025-07-15	SOD2 expression in patients with triple-negative breast cancer is associated with tumor-infiltrating lymphocytes and prognosis 2025-Aug, Breast cancer research and treatment IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10549-025-07775-7 PMID:40634732	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中超氧化物歧化酶2（SOD2）的表达及其与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和预后的关系	首次发现SOD2表达与TNBC患者的免疫反应和生存结果显著相关，并揭示了其在肿瘤微环境中的潜在调节作用	研究主要依赖于回顾性队列分析，且样本量虽大但来自不同数据库，可能存在异质性	探究SOD2在TNBC中的表达模式及其临床意义	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的手术样本、活检样本及公共数据库中的TNBC样本	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学（IHC）、蛋白质组学、RNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	229例手术样本、144例活检样本、403例福尔马林固定石蜡包埋样本（质量控制后336例）、91例TCGA数据样本、534例公共数据库样本
254	2025-07-15	Phenotypic, transcriptomic, and genomic analyses reveal the spatiotemporal patterns and associated genes of coarse hair density in goats 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.034 PMID:40640980	研究论文	本研究通过表型、转录组和基因组分析揭示了山羊粗毛密度的时空模式及其相关基因	创新性地应用高分辨率微型摄像机成像技术，结合多组学数据，揭示了山羊粗毛密度的遗传调控机制	研究主要集中在大足黑山羊，可能不适用于其他山羊品种	解析动物毛发密度的遗传调控机制	大足黑山羊	基因组学	NA	高分辨率微型摄像机成像、转录组测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据、基因组数据	905张皮肤图像、33个皮肤转录组、272个全基因组序列、182个下载的转录组
255	2025-07-15	C3a-C3aR1-mediated interactions between fibroblast-like synoviocytes and macrophages promote the progression of rheumatoid arthritis 2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43319 PMID:40654154	研究论文	本研究通过成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎（RA）滑膜中成纤维样滑膜细胞（FLS）与巨噬细胞之间通过C3a-C3aR1信号介导的相互作用促进炎症进展的机制	首次发现FLS通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞形成正反馈调节环路促进滑膜炎症，并证实阻断该通路可减轻疾病严重程度	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型，人类RA患者的验证数据有限	探究RA滑膜微环境中细胞间相互作用对疾病进展的影响机制	类风湿性关节炎患者的滑膜组织、胶原诱导关节炎小鼠模型	免疫病理学	类风湿性关节炎	成像质谱流式细胞术（IMC）、单细胞RNA测序	胶原诱导关节炎（CIA）小鼠模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本量（包含RA患者滑膜组织和CIA小鼠模型）
256	2025-07-15	Exploring SERTAD4 as a prognostic biomarker and therapeutic target in breast cancer: insights from multidatabase analyses and in vitro studies 2025-Jul-14, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01792-y PMID:40658117	研究论文	探索SERTAD4作为乳腺癌预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统分析SERTAD4在乳腺癌中的表达模式、临床相关性及分子机制，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索SERTAD4在乳腺癌中的生物学功能及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	乳腺癌组织和细胞系	肿瘤学	乳腺癌	siRNA敲降、分子对接、免疫共沉淀(Co-IP)	NA	基因表达数据、临床样本数据、单细胞测序数据	多个公共数据库(TCGA、GEO等)数据及临床乳腺癌标本
257	2025-07-15	cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data 2025-Jul-14, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399 PMID:40658464	研究论文	介绍了一种名为cytoKernel的鲁棒核嵌入方法，用于评估单细胞数据的差异表达	利用基于核的评分测试，能够检测单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据的全概率分布模式，识别传统方法忽略的多模态特征变化	未明确提及具体局限性	开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据和质谱细胞术数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 质谱细胞术	核嵌入方法	单细胞测序数据, 高维流式数据	模拟数据集和真实数据集（未明确具体数量）
258	2025-07-15	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的新策略	开发了一种选择性在癌组织中生物活化的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并证明其通过直接靶向谷氨酰胺依赖的癌细胞和改变M1/M2巨噬细胞比例发挥抗肿瘤作用	研究仅使用了小鼠模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	两种免疫系统完整的小鼠癌症模型	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种小鼠肿瘤模型
259	2025-07-15	SLC3A2 as a key anoikis-related gene for prognosis and tumor microenvironment remodeling in melanoma 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03125-7 PMID:40643718	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，识别了与黑色素瘤预后相关的失巢凋亡标志物SLC3A2，并验证了其在肿瘤微环境重塑中的作用	首次整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，系统评估了150个失巢凋亡相关基因，并构建了最优预后模型，同时验证了SLC3A2作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	识别黑色素瘤中与失巢凋亡相关的预后标志物并探索其临床意义	黑色素瘤患者样本和细胞系	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序, 机器学习算法(随机生存森林, 梯度提升机), shRNA敲低, 集落形成实验, Transwell迁移实验	随机生存森林 + 梯度提升机	RNA测序数据, 临床数据	多个黑色素瘤队列(TCGA, GSE19234, GSE22153, GSE65904)和单细胞数据集GSE215120
260	2025-07-15	Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment 2025-Jul-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02981-7 PMID:40643756	研究论文	本研究探讨了Zwilch Kinetochore Protein (ZWILCH)在多种癌症中对患者预后的影响及其在细胞增殖、细胞通讯和肿瘤微环境重塑中的作用	首次全面揭示了ZWILCH在肿瘤免疫微环境中的功能机制及其作为多种癌症预后风险因素的作用	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证	探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义	多种癌症类型及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多种癌症	全转录组分析、空间转录组分析、单细胞转录组分析、GSEA、GSVA、KEGG富集分析、Aucell、CRISPR筛选	NA	转录组数据	多种癌症类型的转录组数据集