单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-14	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织中分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，结合V基因使用和转录组分析，首次在组织原位区分浆细胞克隆	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	研究浆细胞在组织中的克隆多样性和分布模式	小鼠肠道中的浆细胞	数字病理学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差鲁棒荧光原位杂交）	NA	图像和转录组数据	细胞培养和小鼠肠道组织样本
242	2025-06-14	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	research paper	研究PRMT5在皮肤发育中的作用及其缺失对表皮分层和角质形成细胞的影响	首次揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤中验证	探究PRMT5在表皮发育和角质形成细胞维持中的作用	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织和角质形成细胞	developmental biology	ectodermal dysplasia, harlequin ichthyosis	single-cell RNA sequencing, ATAC-seq	conditional knockout mouse model	genomic data, transcriptomic data	PRMT5条件性敲除小鼠的表皮组织
243	2025-06-14	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究急性抗体介导排斥反应（AMR）中肾小球的分子特征	首次在AMR中定位了天然免疫细胞（如NK细胞和巨噬细胞）的分子特征，并揭示了HLA II类抗原在肾小球中的上调表达	样本量较小（仅1名患者的4次活检），且治疗后足细胞转录本未恢复的机制尚不明确	探究急性抗体介导排斥反应中肾小球的分子变化特征	肾移植患者的活检样本（特别是肾小球）	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling（数字空间分析）	NA	空间转录组数据	1名患者的4次肾活检样本
244	2025-06-14	GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf232 PMID:40415678	研究论文	提出了一种基于重力启发图自编码器的新型框架GAEDGRN，用于从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络	GAEDGRN通过重力启发图自编码器(GIGAE)捕捉基因调控网络中的复杂有向网络拓扑结构，并设计了基因重要性评分计算方法	未明确提及具体局限性	从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络以深入了解疾病发病机制	基因调控网络(GRNs)	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图自编码器(GIGAE)	基因表达数据	三种GRN类型的七种细胞类型
245	2025-06-14	The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95496-8 PMID:40210990	研究论文	本研究通过空间转录组分析探索了小鼠大脑发育过程中的时空基因表达调控	发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记物，以及能够确定发育阶段背侧内梨状核(DEn)的新分子标记物	研究主要集中在小鼠模型，人类大脑发育的适用性尚需验证	理解大脑发育过程中细胞和分子水平的基因表达调控	胚胎晚期和出生后小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了公开可用的小鼠数据集
246	2025-06-14	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在治疗应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨哺乳动物神经祖细胞时间身份的调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
247	2025-06-14	Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges 2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291 PMID:40024607	综述	本文探讨了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）在单细胞时代的机遇与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术对CAFs进行高分辨率分析，揭示其异质性及不同亚群的特异性表型和功能	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索CAFs在乳腺癌中的分群及其相关生物标志物，强调它们在疾病进展中的作用和靶向治疗的潜力	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
248	2025-06-14	CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis 2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001304 PMID:40073276	研究论文	本研究揭示了CAD通过操纵肿瘤内在的DHO/UBE4B/NF-κB通路并促进巨噬细胞交互作用，从而推动HCC转移的机制	首次发现CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路及巨噬细胞重编程促进HCC转移的新机制	研究样本量相对有限（159例HCC患者，其中37例伴有PVTT），且机制验证主要依赖体外和体内实验	阐明PVTT形成和肿瘤转移的机制，并寻找临床干预的潜在靶点	肝细胞癌（HCC）患者及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	肝癌	多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	159例HCC患者（含37例PVTT病例）
249	2025-06-14	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	综述	本文总结了免疫疗法在癌症治疗中的应用及生物标志物技术的最新进展	评估了多参数、多组学和计算平台在生物标志物发现中的应用，并提出了改进方向	技术依赖性强，数据碎片化问题尚未完全解决	提高免疫疗法在癌症治疗中的精准性和个性化	癌症患者	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
250	2025-06-14	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，识别PCOS的复杂分子网络，并通过伪时间轨迹分析揭示细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量是否足够大以代表更广泛的人群，且仅通过RT-qPCR验证部分基因表达	揭示多囊卵巢综合征(PCOS)的潜在分子机制	多囊卵巢综合征(PCOS)患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	数据集GSE138518, GSE155489和PRJNA600740中的样本
251	2025-06-14	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了脓毒症的预后生物标志物并构建了ceRNA调控网络	发现了与脓毒症预后相关的核心基因GSPT1和NPRL3，并构建了一个由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小（幸存组26例，非幸存组6例），可能影响结果的普遍性	识别脓毒症的预后生物标志物并探索其调控机制	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA）、10×单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	32例脓毒症患者（幸存组26例，非幸存组6例）
252	2025-06-14	DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008 PMID:40502930	research paper	介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库，旨在收集和分析五种高通量测序模式的转录调控信息	提供了一个全面的多组学数据库，整合了五种高通量测序数据，并手动整理了临床并发症注释	数据库目前仅包含487个样本，可能不足以覆盖所有糖尿病亚型和组织类型	为糖尿病研究提供分子资源，促进对糖尿病病理和进展的深入研究	1型和2型糖尿病患者的多种组织样本	生物信息学	糖尿病	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	多组学测序数据	487个样本，涵盖1型和2型糖尿病患者的多种组织
253	2025-06-14	Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury 2025, International journal of nanomedicine IF:6.6Q1 DOI:10.2147/IJN.S519393 PMID:40502982	research paper	该研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物激活SMAD1信号通路，促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞的修复	首次发现外泌体BMPR2通过特异性分子识别和信号激活促进肺修复，为急性肺损伤治疗提供了新策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究巨噬细胞-上皮细胞互作在急性肺损伤修复中的分子机制	巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞	分子生物学	急性肺损伤	动态光散射、透射电镜、免疫印迹、蛋白质组学、分子对接、单细胞RNA测序、近红外成像	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、成像数据	NA
254	2025-06-14	Exploring the role of neutrophils in inflammatory pain hypersensitivity via single-cell transcriptome profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1552993 PMID:40503232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了中性粒细胞在炎症性疼痛超敏反应中的作用及其机制	首次使用scRNA-seq技术分析术后和CFA诱导炎症中CD11b+细胞的组成，并发现CXCR2抑制剂NAMO通过抑制中性粒细胞分化成熟缓解疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索中性粒细胞在炎症性疼痛中的作用及潜在治疗靶点	小鼠术后和CFA诱导的炎症模型中的CD11b+细胞	单细胞转录组学	炎症性疼痛	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	小鼠炎症模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量，但使用小鼠模型
255	2025-06-14	Identification of mitophagy-related biomarkers in severe acute pancreatitis: integration of WGCNA, machine learning algorithms and scRNA-seq 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1594085 PMID:40503237	研究论文	本研究通过整合WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术，识别了严重急性胰腺炎(SAP)中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14，并初步验证了其在SAP炎症调控中的作用	首次将WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术相结合，系统性地识别SAP中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14，并阐明其通过调控巨噬细胞介导炎症的潜在机制	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证尚属初步阶段，需要进一步实验验证MAPK14的具体作用机制	探究线粒体自噬在严重急性胰腺炎发病机制中的作用，寻找潜在治疗靶点	严重急性胰腺炎患者和小鼠模型	生物信息学	胰腺炎	WGCNA, 机器学习算法, scRNA-seq, ssGSEA	机器学习算法(未指定具体模型)	基因表达数据	GSE194331和GSE279876数据集(未明确样本数量)，SAP小鼠模型
256	2025-06-14	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	该文章是对先前发表的一篇关于Inonotus obliquus（桦褐孔菌）改善叶酸诱导的小鼠肾纤维化研究的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
257	2025-06-14	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠肝脏中性别、空间和时间对异源物质解毒和脂蛋白代谢的显著影响，并发现了一种性别二态性的肝循环机制	首次揭示了性别二态性如何影响肝脏的时空功能逻辑，特别是在VLDL生成和再摄取方面的性别差异	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究性别二态性对肝脏功能时空逻辑的影响	小鼠和人类肝脏	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类肝脏样本
258	2025-06-14	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	research paper	该研究探讨了缺氧条件下乳腺癌细胞如何通过MUC1-C促进转移的机制	揭示了缺氧诱导的ROS抵抗记忆在再氧合过程中促进转移的新机制，特别是通过MUC1-C的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床应用的直接证据仍需进一步验证	研究缺氧如何通过MUC1-C促进乳腺癌转移	乳腺癌细胞和循环肿瘤细胞(CTCs)	癌症生物学	乳腺癌	空间转录组学	动物模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据和细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
259	2025-06-14	Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52717-4 PMID:39333520	研究论文	本文介绍了一种合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）在单细胞RNA测序中的应用，证明其性能优于常用的蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	提出了一种新型合成热稳定RNase抑制剂，相比传统RRIs在重现性、通量和实验流程上具有独特优势，并能减少干冰运输需求	未提及具体样本量或实验规模限制	改进单细胞转录组学中的RNase抑制技术	合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）与蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
260	2025-06-14	The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis 2024-01-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1120 PMID:38170765	research paper	研究探讨了CXCR3趋化因子受体在流感发病过程中对CD8+ T细胞依赖性肺病理的促进作用	通过单细胞RNA测序分析揭示了CD8+ T细胞亚群在流感感染期间的多样性，并发现CXCR3阻断可以减轻肺损伤而不影响病毒清除	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CD8+ T细胞在流感控制与肺病理中的双重作用及CXCR3的潜在治疗价值	流感感染的小鼠肺组织中的CD8+ T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	流感感染的小鼠模型