单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29363 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-07-04 |
Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status
2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s43046-025-00284-0
PMID:40484892
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研究论文 | 本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录景观的影响 | 揭示了NF2突变如何影响肿瘤微环境、免疫浸润、细胞因子信号传导及化疗敏感性 | 样本量相对较小（82例），且缺乏实验验证 | 阐明NF2基因突变在胸膜间皮瘤生物学行为和治疗反应中的作用 | 82例胸膜间皮瘤患者 | 肿瘤基因组学 | 胸膜间皮瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序、生物信息学分析（xCell, Cytosig, pRRophetic） | 逻辑回归模型 | 转录组数据 | 82例胸膜间皮瘤患者（来自TCGA数据库） |
| 242 | 2025-07-04 |
Single-Cell RNA Sequencing of Rabbit Sclera at Different Developmental Stages: Unveiling Scleral Cells Atlas and the Heterogeneity of Fibroblasts
2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.6.83
PMID:40576432
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了兔巩膜发育的单细胞转录组图谱，揭示了成纤维细胞的异质性、分化轨迹、基质组表达模式及细胞间通讯 | 首次构建兔巩膜发育的单细胞图谱，揭示了成纤维细胞的异质性及跨物种保守特征 | 研究仅针对新西兰兔，未涉及其他物种或人类样本的直接验证 | 阐明巩膜成纤维细胞的异质性及发育过程中的分子特征 | 新西兰兔巩膜组织（胚胎25天及出生后7天、21天、180天） | 单细胞转录组学 | 近视 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 新西兰兔巩膜组织（E25、P7、P21、P180四个发育阶段） |
| 243 | 2025-07-04 |
Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases
2025-Jun-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae688
PMID:39672802
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research paper | 本研究通过分析系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病的巨噬细胞激活、信号通路及治疗反应，揭示了增强吞噬作用的机制 | 发现SSc患者巨噬细胞中FCGR基因表达升高及FcγR介导的吞噬途径富集，并指出FcγRI和FcγRII水平升高是增强吞噬活性和IL-6驱动炎症的关键因素 | 研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映体内复杂的免疫环境 | 探究SSc及其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型及其机制 | 健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的皮肤和肺巨噬细胞 | 免疫学 | 系统性硬化症及相关风湿性疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术, Western blot, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 来自健康对照者及SSc、RA、PsA和axSpA患者的CD14+单核细胞衍生的巨噬细胞 |
| 244 | 2025-07-04 |
Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3
2025-Jun-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf035
PMID:40184040
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研究论文 | 本文研究了Batf3转录因子在肺组织中CD4+记忆T细胞积累中的作用及其对过敏反应的影响 | 揭示了Batf3通过促进特定CD4+记忆T细胞亚群的发育来调控过敏性反应的分子机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究肺组织中记忆T细胞积累的细胞和分子机制 | 小鼠肺组织中的CD4+记忆T细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | 小鼠哮喘模型 | 基因表达数据 | Batf3缺陷小鼠和对照小鼠 |
| 245 | 2025-07-04 |
Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans
2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03472-y
PMID:40272718
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研究论文 | 该研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的致病联系 | 首次发现CFAP221是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用 | 研究样本仅来自两个中国家庭，样本量较小 | 探索男性不育的遗传学病因 | 两个无关中国家庭的不育患者 | 遗传学 | 男性不育症 | 全外显子测序(WES), Sanger测序, 扫描电镜(SEM), 透射电镜(TEM), 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 显微图像数据 | 两个家庭的不育患者及其家族成员 |
| 246 | 2025-07-04 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
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研究论文 | 利用单细胞转录组学数据，通过细胞类型特异性网络分析，识别与人类骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因 | 结合单细胞转录组学数据和GWAS结果，识别出21个网络驱动基因，这些基因可能通过间充质谱系细胞分化调控骨矿物质密度 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 解析骨矿物质密度GWAS关联的潜在因果基因及其功能背景 | Diversity Outbred小鼠的骨髓基质细胞（BMSC-OBs） | 基因组学 | 骨质疏松症 | scRNA-seq, eQTL/sQTL分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 247 | 2025-07-04 |
Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612512
PMID:39314489
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研究论文 | 本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状血管发育的功能 | 首次系统研究了心脏成纤维细胞与心肌细胞、血管内皮细胞在发育过程中的相互作用，并确定了胶原信号通路的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异；长期成纤维细胞消融的补偿机制需要进一步研究 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和冠状血管发育中的作用机制 | 小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, RNA染色, Pdgfra-CreER控制的DTA消融系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织样本 |
| 248 | 2025-07-04 |
Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia
2025-May-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618
PMID:40279247
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研究论文 | 本文研究了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用 | 揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新功能，并发现其在阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者中的上调 | 研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩大 | 探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制 | 人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者的死后组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病, 帕金森病, 路易体痴呆 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 人类死后组织样本及体外细胞模型 |
| 249 | 2025-07-04 |
A multi-kingdom genetic barcoding system for precise clone isolation
2025-May-21, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02649-1
PMID:40399693
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研究论文 | 介绍了一种多界遗传条形码系统CloneSelect，用于从复杂细胞群中精确分离目标克隆 | 开发了CloneSelect系统，通过CRISPR碱基编辑技术触发目标克隆表达报告基因以实现分离，适用于多种细胞类型 | 未提及该系统在临床应用中的效果或可能存在的技术障碍 | 开发一种能够从复杂细胞群中精确分离目标克隆的技术 | 人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞 | 基因工程 | NA | CRISPR碱基编辑、单细胞RNA测序 | NA | 遗传数据 | 多种细胞类型（人类胚胎肾293T细胞、小鼠胚胎干细胞、人类多能干细胞、酵母细胞和细菌细胞） |
| 250 | 2025-07-04 |
MALADAPTIVE IMMUNE-FIBROTIC AXIS DRIVES IMPAIRED LONG BONE REGENERATION UNDER MECHANICAL INSTABILITY
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564177
PMID:37961650
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research paper | 该研究通过工程化小鼠延迟愈合模型，探讨了机械不稳定性如何通过免疫-纤维化轴影响长骨再生 | 开发了一种可调谐髓内钉小鼠模型，模拟人类肥大性骨不连，揭示了机械不稳定性如何通过免疫-基质细胞相互作用驱动病理过程 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究机械不稳定性对骨折愈合的影响及其免疫学机制 | 小鼠长骨骨折模型 | 骨再生医学 | 骨折愈合障碍 | 空间转录组学、系统免疫分析 | 多变量建模 | 基因表达数据、生物力学数据 | 未明确说明具体样本量的小鼠实验 |
| 251 | 2025-07-04 |
scTsI: an effective two-stage imputation method for single-cell RNA-seq data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf298
PMID:40579791
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research paper | 提出了一种名为scTsI的两阶段插补方法，用于处理单细胞RNA-seq数据中的丢失事件 | scTsI通过两阶段插补算法，保持高表达值不变，避免引入新噪声，并支持稀疏矩阵输入以加速插补过程 | 在处理高丢失率数据、不同类型数据及针对各种下游分析时，现有方法性能可能低于预期 | 减轻单细胞RNA-seq数据中丢失事件对下游分析的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | ridge regression | 基因表达数据 | 多种模拟和真实数据 |
| 252 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2025-07-04 |
DeepExDC interprets genomic compartmentalization changes in single-cell Hi-C data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf301
PMID:40581982
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研究论文 | 提出了一种名为DeepExDC的可解释一维卷积神经网络，用于在单细胞Hi-C数据中进行基因组区室差异分析 | DeepExDC无需任何分布假设和差异模式限制，能够解释跨多个条件的基因组区室变化，且在模拟和实验数据中显示出更高的准确性 | 单细胞水平上的区室化变化计算分析领域尚处于起步阶段 | 开发一种方法用于单细胞Hi-C数据中的基因组区室差异分析 | 单细胞Hi-C数据 | 基因组学 | NA | scHi-C, scRNA-seq, scATAC-seq | 1D CNN | 基因组数据 | 模拟和实验scHi-C数据 |
| 254 | 2025-07-04 |
Computational modeling of single-cell dynamics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf305
PMID:40586321
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综述 | 本文综述了单细胞动态数据的计算建模方法及其在理解生命机制和疾病治疗中的应用 | 概述了单细胞动态数据整合与分析的最新算法进展，并讨论了生物技术和人工智能算法在探索复杂生命过程中的前沿发展 | 未提及具体算法的性能比较或实际应用中的具体限制 | 探讨单细胞动态数据的计算建模方法及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞动态数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞动态数据 | NA |
| 255 | 2025-07-04 |
An order-preserving batch-effect correction method based on a monotonic deep learning framework
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf247
PMID:40586320
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研究论文 | 本文提出了一种基于单调深度学习框架的保留顺序的批次效应校正方法 | 该方法首次在批次效应校正中引入了保留顺序的特性，通过单调深度学习网络实现 | 未提及具体的计算复杂度或在大规模数据集上的性能表现 | 开发一种能够保留基因表达顺序的批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 单调深度学习网络 | 基因表达数据 | NA |
| 256 | 2025-07-04 |
Plasma exosomes from individuals with type 2 diabetes drive breast cancer aggression in patient-derived organoids
2025-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.13.612950
PMID:39345362
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研究论文 | 该研究探讨了2型糖尿病患者血浆外泌体如何通过影响肿瘤微环境中的免疫细胞，促进乳腺癌的侵袭性 | 首次开发了一种从乳腺癌切除标本中生成患者来源类器官（PDOs）的新方法，并保留了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs），用于研究外泌体信号传导 | 研究仅关注了2型糖尿病对乳腺癌的影响，未涉及其他代谢疾病或癌症类型 | 研究2型糖尿病如何通过外泌体信号传导影响乳腺癌的侵袭性和免疫微环境 | 2型糖尿病患者的血浆外泌体和乳腺癌患者来源的类器官 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及2型糖尿病和非糖尿病患者的血浆外泌体及乳腺癌患者来源的类器官 |
| 257 | 2025-07-04 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
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研究论文 | 本文介绍了一种在体外使用类人血浆培养基(HPLM)进行稳定同位素追踪的方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调节 | 开发了在HPLM中培养胶质瘤外植体并进行稳定同位素追踪的新方法，能够更好地模拟体内微环境 | NA | 研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境(TME)下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系(GSC) | 肿瘤代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素追踪(15N2-谷氨酰胺追踪)，空间转录组学 | NA | 代谢组数据，转录组数据 | NA |
| 258 | 2025-07-04 |
SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN
2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573739
PMID:38260586
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研究论文 | 介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据，以进行可解释的样本分类 | SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架，利用图卷积网络分析相邻细胞图，并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性 | 未明确提及具体限制，但可能受限于数据质量和样本量 | 通过整合空间信息与分子数据，准确预测临床表型，如免疫治疗反应 | 转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本 | 空间组学 | 黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学（IMC、CODEX） | GNN（图卷积网络） | 空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据 | CosMx空间转录组学数据集（转移性黑色素瘤）、IMC和CODEX数据集（非小细胞肺癌和结直肠癌） |
| 259 | 2025-07-04 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南 | 首次系统评估了sc/snRNA-Seq数据的定量精确性和准确性，开发了VICE工具用于评估数据质量和预测差异表达基因的真阳性率 | 研究主要基于单核吞噬细胞数据，可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单细胞/单核RNA测序数据 | 生物医学研究 | NA | sc/snRNA-Seq | NA | RNA测序数据 | 23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本 |
| 260 | 2025-07-04 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
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研究论文 | 该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制 | 首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用 | 研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证 | 探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用 | EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri | 病毒学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | EBNA-LP敲除模型 | RNA-seq数据 | 未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞 |