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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-11-15 |
Integration of bulk and single-cell transcriptomic data reveals a novel signature related to liver metastasis and basement membrane in pancreatic cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1671956
PMID:41235257
|
研究论文 | 本研究整合批量与单细胞转录组数据,构建了胰腺癌肝转移和基底膜相关的新型预后模型 | 首次整合单细胞和批量转录组数据识别胰腺癌肝转移和基底膜相关关键基因,并构建六基因预后特征模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 构建胰腺癌肝转移和基底膜相关基因的预后模型,并验证其与免疫微环境和治疗疗效的关联 | 胰腺癌患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,WGCNA分析,机器学习算法 | Cox回归模型,机器学习模型 | 转录组数据,突变数据,临床数据 | TCGA-PAAD队列(训练集)和PACA-AU队列(验证集) | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2025-11-15 |
The single-cell revolution in transplantation: high-resolution mapping of graft rejection, tolerance, and injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1670683
PMID:41235239
|
综述 | 系统总结单细胞测序技术在移植生物学中的应用及其对移植排斥、免疫耐受和损伤机制的高分辨率解析 | 首次系统阐述单细胞技术如何推动移植医学从形态学诊断向分子内表型分析转变,揭示传统方法无法发现的细胞亚群和致病通路 | 临床转化仍面临挑战 | 阐明决定移植物命运的机制并探索单细胞技术在移植领域的临床应用 | 实体器官和胰岛移植 | 数字病理学 | 移植相关疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 243 | 2025-11-15 |
Integrating scRNA-seq and machine learning identifies MNAT1 as a therapeutic target in OSCC
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1663487
PMID:41235252
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,构建了口腔鳞状细胞癌的预后模型并鉴定MNAT1为治疗靶点 | 首次构建基于T细胞相关泛素化基因的预后风险模型,并发现MNAT1在OSCC恶性进展中的促进作用 | 研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 开发口腔鳞状细胞癌的预后预测模型并识别治疗靶点 | 口腔鳞状细胞癌患者样本和Cal27细胞系 | 机器学习 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,WGCNA,LASSO算法,Spearman相关分析,集落形成实验,Transwell实验 | 预后风险模型,机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 口腔鳞状细胞癌患者单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2025-11-15 |
Multiomic Landscape Uncovers TRMT112 as a Central Driver of HPV-Positive Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/5308441
PMID:41235342
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示TRMT112作为HPV阳性头颈鳞状细胞癌核心驱动因子 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组和机器学习方法系统解析HPV+HNSCC的分子机制,发现TRMT112是形成免疫豁免微环境的关键因子 | 基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 解析HPV阳性头颈鳞状细胞癌的分子机制和免疫景观 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 机器学习 | 高维加权基因共表达网络分析, 基因非负矩阵分解, 101种机器学习算法 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | TCGA-HNSC和GSE65858队列患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2025-11-15 |
Glucokinase Regulatory Protein (GCKR) Links Metabolic Reprogramming With Immune Exclusion: Insights From a Pan-Cancer Analysis and Gastric Cancer Validation
2025, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/4240223
PMID:41235343
|
研究论文 | 通过泛癌分析和胃癌验证,揭示了GCKR在代谢重编程与免疫排斥中的关键作用 | 首次系统描绘GCKR在泛癌中的表达和突变图谱,并发现其连接代谢调控与免疫重塑的双重功能 | 研究主要聚焦于胃癌验证,其他癌症类型的机制需要进一步探索 | 探究GCKR在癌症中的遗传和功能作用及其临床意义 | 泛癌数据集和胃癌样本 | 癌症生物学 | 胃癌 | 多组学分析、空间转录组学、单细胞分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | 泛癌数据集和胃癌验证样本 | NA | 空间转录组学,单细胞分析 | NA | NA |
| 246 | 2025-11-15 |
Comprehensive Analysis of the PANoptosis-Related Genes in Stroke Based on Single-Cell RNA-Seq and Spatial Transcriptomics
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/5828665
PMID:41235394
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量RNA测序数据,全面分析缺血性卒中中PANoptosis相关基因的表达特征 | 首次在脑缺血再灌注损伤中系统研究PANoptosis相关分子特征,结合单细胞和空间转录组学技术揭示小胶质细胞亚群的时空动态变化 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证TNFRSF1A作为生物标志物的可靠性 | 探索PANoptosis在缺血性卒中中的作用机制和潜在治疗靶点 | 缺血性卒中患者脑组织样本和小胶质细胞亚群 | 生物信息学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质印迹法 | 多模态交叉分析(MIA), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 基因集富集分析(GSEA) | 基因表达数据, 空间定位数据, 蛋白质数据 | 多个数据集(GSE35338, GSE137482)的脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2025-11-15 |
Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.24.630257
PMID:39763863
|
研究论文 | 本研究通过分析HIV-1治疗中断后病毒反弹前后的血浆蛋白质组和单细胞转录组,发现可检测病毒血症前炎症单核细胞增加 | 首次在可检测HIV-1病毒反弹前观察到CD16单核细胞增加和独特转录特征 | 研究样本量有限,仅关注外周血单个核细胞 | 识别治疗停止后病毒反弹的早期信号,为延长HIV-1缓解期提供策略 | HIV-1感染者的外周血单个核细胞和血浆样本 | 单细胞组学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组测序, 血浆蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 248 | 2025-11-15 |
Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2024-Dec-19, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006
PMID:39743215
|
综述 | 本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型,重点总结了单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究的新发现 | 整合单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术为神经退行性疾病小鼠模型提供新见解 | 承认没有任何小鼠模型是完美的,存在模型局限性 | 研究神经退行性疾病的病因学和潜在治疗方法 | 基因工程小鼠模型,特别是阿尔茨海默病和额颞叶痴呆模型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 249 | 2025-11-15 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键驱动作用 | 首次在ACM中识别出炎症-纤维化空间生态位,并证明抗IL-1β治疗可改善疾病表型 | 研究样本量有限,主要基于患者心肌样本和基因工程小鼠模型 | 探究ACM疾病进展的分子机制并评估靶向IL-1β的治疗潜力 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照供体的心肌样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 250 | 2025-11-15 |
Apoptosis recognition receptors regulate skin tissue repair in mice
2023-12-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86269
PMID:38127424
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示凋亡识别受体在小鼠皮肤组织修复中的调控机制 | 首次在皮肤伤口炎症期间系统描绘细胞动态图谱,发现Axl和Timd4两种胞葬受体在组织修复中的不同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类糖尿病足伤口数据有限,TLR3非依赖性机制尚未完全阐明 | 探究凋亡细胞识别与清除机制如何调控组织修复过程 | 小鼠皮肤伤口模型和人类糖尿病足伤口样本 | 单细胞生物学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2025-11-15 |
Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation
2023-12-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92678
PMID:38127790
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了人类胶质母细胞瘤中肿瘤浸润白细胞的区域差异 | 首次在配对样本中揭示了GBM肿瘤中心、外周浸润区和血液中免疫细胞的区域特异性转录特征 | 样本量较小(仅5例患者),需要更大规模验证 | 解析胶质母细胞瘤肿瘤微环境中免疫细胞的区域异质性 | 人类胶质母细胞瘤患者 | 单细胞组学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例原发性GBM患者的配对样本(肿瘤中心、外周浸润区、血液) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2025-11-15 |
Single-cell sequencing highlights heterogeneity and malignant progression in actinic keratosis and cutaneous squamous cell carcinoma
2023-12-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.85270
PMID:38099574
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌的异质性及恶性进展机制 | 首次通过单细胞RNA测序全面描绘从正常皮肤到光化性角化病再到侵袭性皮肤鳞癌的完整进展过程,发现基底细胞恶性亚型并鉴定关键驱动基因 | 样本量较小(仅6名患者的13个样本),需要更大规模研究验证发现 | 解析皮肤鳞状细胞癌的发病机制和恶性进展过程 | 光化性角化病、原位鳞状细胞癌、皮肤鳞状细胞癌患者组织样本 | 单细胞测序 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 组织图像 | 6名患者的13个样本,共138,982个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 253 | 2025-11-15 |
Neural tube-associated boundary caps are a major source of mural cells in the skin
2023-12-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.69413
PMID:38095361
|
研究论文 | 本研究揭示神经管相关边界帽细胞是小鼠皮肤血管壁细胞的主要来源 | 首次发现边界帽细胞衍生物沿神经迁移至皮肤并分化为血管周细胞和血管平滑肌细胞 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探索边界帽细胞在皮肤血管发育中的新功能 | 小鼠胚胎和新生小鼠的边界帽细胞及其衍生物 | 发育生物学 | NA | Cre报告基因细胞追踪,单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据,细胞追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-11-15 |
Avoiding false discoveries in single-cell RNA-seq by revisiting the first Alzheimer's disease dataset
2023-12-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90214
PMID:38047913
|
研究论文 | 重新分析首个阿尔茨海默病单细胞RNA-seq数据集,通过改进数据处理和差异表达分析方法显著减少假阳性发现 | 采用最佳实践方法重新分析首个AD单核RNA-seq数据,将假发现率0.05下的差异表达基因减少549倍 | 仅针对单个数据集进行重新分析,未涉及其他独立验证数据集 | 评估质量控制和分析方法对疾病相关基因发现的影响,纠正先前研究中的假阳性发现 | 阿尔茨海默病患者脑组织单细胞RNA-seq数据 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2025-11-15 |
Epicardioid single-cell genomics uncovers principles of human epicardium biology in heart development and disease
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01718-7
PMID:37012447
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞衍生的心外膜类器官揭示人类心外膜在心脏发育和疾病中的生物学原理 | 开发了自组织人类多能干细胞衍生的心外膜类器官模型,首次实现了左心室壁典型的心外膜和心肌形态、分子和功能模式 | 类器官模型可能无法完全模拟体内真实心脏环境的复杂性 | 探索人类心外膜在心脏发育和疾病中的生物学功能和作用机制 | 人类多能干细胞衍生的心外膜类器官 | 单细胞基因组学 | 心脏疾病 | 谱系追踪, 单细胞转录组测序, 染色质可及性分析 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-11-15 |
SEACells infers transcriptional and epigenomic cellular states from single-cell genomics data
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01716-9
PMID:36973557
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研究论文 | 提出SEACells算法,可从单细胞基因组学数据中推断转录和表观基因组细胞状态 | 克服单细胞数据稀疏性,同时保留传统细胞聚类所掩盖的异质性 | NA | 从单细胞测序数据中识别代表高度细粒度细胞状态的元细胞 | 单细胞RNA和ATAC测序数据 | 单细胞基因组学 | COVID-19, 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | SEACells算法 | 单细胞基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-11-15 |
Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01747-2
PMID:37156914
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研究论文 | 本研究通过多模态时空表型分析探索人类视网膜类器官发育过程 | 开发了可视化工具包整合多组学数据,构建了首个整合空间分割细胞核的多模态视网膜类器官发育图谱 | NA | 研究人类视网膜类器官发育过程中的空间尺度和分子模态特征 | 人类多能干细胞生成的视网膜类器官和原代成人视网膜组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序,染色质可及性测序,多重蛋白成像 | 基因调控网络 | 空间蛋白质组数据,单细胞转录组数据,表观基因组数据 | 视网膜类器官时间序列样本和原代成人视网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 258 | 2025-11-15 |
Genomic and immune signatures predict clinical outcome in newly diagnosed multiple myeloma treated with immunotherapy regimens
2023-12, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00657-1
PMID:37945755
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研究论文 | 本研究通过整合肿瘤全基因组和微环境单细胞RNA测序数据,揭示了基因组驱动因素和免疫特征对新诊断多发性骨髓瘤患者免疫治疗临床结局的预测价值 | 首次在包含达雷妥尤单抗的免疫治疗方案中,系统整合肿瘤基因组与微环境单细胞测序数据,发现APOBEC突变活性、特定基因缺失和免疫细胞动态变化对治疗反应的预测作用 | 研究基于二期临床试验数据,样本量有限,需要更大规模验证 | 探索影响新诊断多发性骨髓瘤患者接受含达雷妥尤单抗免疫治疗方案临床结局的预测因素 | 新诊断的多发性骨髓瘤患者 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 二期临床试验患者队列 | NA | 全基因组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-11-15 |
Microglia promote anti-tumour immunity and suppress breast cancer brain metastasis
2023-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-023-01273-y
PMID:37957324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因工程小鼠模型揭示了小胶质细胞在乳腺癌脑转移中发挥促炎和抑瘤作用 | 首次明确区分小胶质细胞与其他肿瘤相关巨噬细胞,并发现其在脑转移中独特的免疫促进作用 | 小胶质细胞与其他巨噬细胞的区分在技术上具有挑战性 | 探究小胶质细胞在乳腺癌脑转移中的免疫调节作用 | 小鼠模型和人类小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌脑转移 | 单细胞RNA测序,基因工程小鼠模型 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 260 | 2025-11-15 |
Microfluidics-free single-cell genomics with templated emulsification
2023-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01685-z
PMID:36879006
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研究论文 | 开发了一种无需微流控设备的单细胞基因组学方法——PIP-seq,通过模板乳化技术实现单细胞封装和条形码标记 | 首次提出基于粒子模板乳化的单细胞测序方法,无需专用微流控设备、专业技术或硬件,仅需涡旋混合器即可完成 | NA | 开发更简单、灵活和可扩展的单细胞测序工作流程 | 小鼠-人类混合细胞、人类乳腺组织细胞、混合表型急性白血病细胞 | 单细胞基因组学 | 乳腺癌、急性白血病 | 单细胞RNA测序、多组学测量 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 数千个样品或数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞多组学 | PIP-seq | 粒子模板即时分区测序,支持微孔板和大体积锥形管等多种乳化格式 |