单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-27	Integrative Spatial Omics for Systems-Level Mapping of Pathological Niches 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.12.675904 PMID:41000710	研究论文	开发了一种新型多模态空间组学分析流程，用于在组织微环境中进行系统水平的病理生态位映射	首次整合MALDI-IMS脂质组学、空间转录组学、多重免疫荧光显微镜和组织病理学染色等多种技术，实现跨分子类别的空间分子分析	仅针对阿尔茨海默病和2型糖尿病两种疾病系统进行了验证，需要进一步扩展到更多疾病类型	建立系统水平的病理生态位映射方法，揭示疾病组织中细胞组织与分子分布的关系	人类脑组织（阿尔茨海默病）和人类胰腺组织（2型糖尿病）	空间组学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	MALDI-IMS脂质组学, 空间转录组学, 多重免疫荧光显微镜, 组织病理学染色	多模态整合分析流程	质谱数据, 转录组数据, 图像数据	NA
242	2025-09-27	Vascular Patterning affects Intramembranous Ossification through HIF1α-Vegf Signaling 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.13.676037 PMID:41000870	研究论文	本研究揭示了内皮细胞中Med23蛋白通过调控HIF1α-VEGF信号通路协调血管模式与颅面膜内成骨的关键作用	首次发现Med23介导的血管模式对颅面膜内成骨的指导性作用，并阐明HIF1α-VEGF信号轴在其中的调控机制	研究局限于小鼠胚胎模型，尚未验证在人类发育中的普适性	探究Mediator复合物亚基Med23在内皮细胞中对血管发育和骨骼形成的特异性功能	小鼠胚胎的内皮细胞和神经嵴细胞	发育生物学	颅面畸形	内皮细胞特异性基因敲除、空间转录组学、药理学干预	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、形态学观察数据	胚胎期基因敲除小鼠模型（具体数量未明确说明）
243	2025-09-27	ArchVelo: Archetypal Velocity Modeling for Single-cell Multi-omic Trajectories 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.14.676182 PMID:41000980	研究论文	提出ArchVelo方法，通过单细胞多组学数据建模基因调控并推断细胞轨迹	将染色质可及性表示为共享调控程序的基元集合，并建模其对转录的动态影响	NA	从静态单细胞测量中推断动态细胞过程	小鼠大脑发育、人类造血系统、CD8 T细胞	基因组学	病毒感染	scATAC-seq, scRNA-seq	基元速度模型	单细胞多组学数据	多个生物系统数据集（包括小鼠大脑、人类造血、CD8 T细胞感染模型）
244	2025-09-27	Reference-Informed Spatial Domain Detection Using Weak Supervision for Spatial Transcriptomics 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.11.675689 PMID:41000972	研究论文	提出一种基于参考信息和弱监督对比学习的空间转录组组织分割方法GraphScrDom	首次将专家手动标注（涂鸦注释）与参考单细胞RNA-seq数据的细胞类型特异性基因表达谱相结合，实现弱监督对比学习	需要依赖有限的涂鸦标注和参考单细胞数据	空间转录组数据的组织区域分割和空间域检测	空间转录组数据中的组织空间结构	生物信息学	NA	空间转录组技术、单细胞RNA测序	对比学习模型（GraphScrDom）	空间基因表达数据、组织图像数据	多个空间转录组平台数据（体量和单细胞分辨率）
245	2025-09-27	ZipAEr: A compressive convolutional autoencoder for high-dimensional spatial omics data at subcellular resolution 2025-Sep-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7541289/v1 PMID:41001552	研究论文	提出一种针对亚细胞分辨率空间组学数据的压缩卷积自编码器ZipAEr	在转录水平处理数据（而非细胞水平），保留亚细胞和细胞外空间背景；通过卷积层同时减少空间维度和通道数；在损失函数中引入通道加权机制	NA	开发能够处理高维空间组学数据的高效特征提取方法	空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学	卷积自编码器	空间组学数据	NA
246	2025-09-27	Human Cytomegalovirus Infection of Primary Human Oral Keratinocytes Induces Intermediate Keratinocyte Differentiation and an Altered Innate Immune Response 2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676604 PMID:41000686	研究论文	本研究利用原代人口腔角质形成细胞模型揭示人巨细胞病毒感染通过诱导中间分化表型和改变先天免疫反应促进病毒复制的机制	首次在单细胞水平揭示HCMV感染对口腔角质细胞分化和免疫应答的双重调控作用，并开发了新的scRNA-seq数据可视化工具SciViewer	研究仅限于体外细胞模型，未验证在体感染情况	探究人巨细胞病毒在口腔黏膜的初始感染机制和宿主细胞调控策略	原代人口腔角质形成细胞和HCMV病毒株（TB40E-Gfp和MOLD）	病毒学与细胞生物学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	原代人口腔角质形成细胞培养物
247	2025-09-27	Exhausted-like effector CD8 T cells mediate immune-stromal interactions at mucosal Chronic Graft-versus-Host Disease onset 2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.11.675642 PMID:41000699	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示耗竭样效应CD8⁺ T细胞在口腔黏膜慢性移植物抗宿主病发病机制中的关键作用	首次在cGVHD发病期发现两种具有T_ex表型的CD8⁺ T细胞亚群，并揭示其通过CXCL9-CXCR3轴与基质细胞互导组织损伤	样本量有限，且未深入验证Treg功能异常的具体机制	探究口腔黏膜cGVHD发病的免疫机制	口腔黏膜活检组织中的免疫细胞和基质细胞	免疫学	慢性移植物抗宿主病	单细胞RNA测序、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	cGVHD发病期和移植后6个月的口腔黏膜活检样本
248	2025-09-27	Astrocytic glutamate regulation is shaped by adversity and glucocorticoid signalling 2025-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600362 PMID:41000899	研究论文	通过单核与空间转录组学揭示人类皮质星形胶质细胞的分子多样性及其在精神疾病与逆境暴露下的谷氨酸调控改变	首次在人类样本中系统揭示星形胶质细胞的分子解剖多样性，并证实糖皮质激素信号直接调控谷氨酸功能	样本数量相对有限（约14.5万细胞），性别差异机制需进一步验证	探究逆境暴露与糖皮质激素信号对星形胶质细胞谷氨酸调控的影响及其精神疾病风险机制	人类皮质星形胶质细胞、精神疾病患者、多能干细胞分化星形胶质细胞	神经科学	精神疾病	单核转录组学、空间转录组学、干细胞分化模型、组织学定量分析	2D/3D干细胞分化模型	转录组数据、组织学图像数据	约14.5万个人类皮质星形胶质细胞，超2万个组织学定量星形胶质细胞
249	2025-09-27	Endothelial Type I Interferon signaling modulates the vascular response to ischemic brain injury 2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.09.675258 PMID:41000728	研究论文	本研究揭示了内皮细胞I型干扰素信号在缺血性脑损伤后血管正常化过程中的关键调控作用	首次发现脑内皮细胞特有的I型干扰素特征，并阐明其通过稳定血管连接和抑制VEGF信号通路促进血脑屏障修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化价值需进一步验证	探究免疫信号通路在缺血性中风后血管正常化过程中的调控机制	人类和小鼠缺血性脑卒中组织中的脑内皮细胞	神经血管生物学	缺血性脑卒中	单细胞转录组学、血脑屏障功能检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	使用两种临床相关的小鼠缺血性中风模型
250	2025-09-27	Characterizing intra- and inter-tumor heterogeneity in Ovarian high-grade serous carcinoma subtypes using single-cell and spatial transcriptomics 2025-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.15.676244 PMID:41000843	研究论文	利用单细胞和空间转录组学技术研究卵巢高级别浆液性癌的肿瘤内和肿瘤间异质性	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析HGSC分子亚型与空间表达域的关联	未明确说明研究样本的具体数量	探索HGSC分子亚型与空间基因表达模式之间的关联性	卵巢高级别浆液性癌患者组织样本	空间转录组学	卵巢癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	NA
251	2025-09-27	Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target 2025-Sep-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1 PMID:40964044	研究论文	本研究揭示突变IDH1神经胶质瘤通过上调自噬途径维持生存，并证明自噬抑制可增强放疗敏感性	首次发现mIDH1神经胶质瘤中自噬通路的关键生存作用，并开发基于siRNA纳米颗粒的自噬靶向治疗新策略	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探究mIDH1神经胶质瘤的代谢适应机制并开发新的治疗靶点	人类和小鼠mIDH1神经胶质瘤细胞及动物模型	肿瘤生物学	神经胶质瘤	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, 蛋白质纳米颗粒递送技术	NA	基因组学数据、蛋白质表达数据	人类和小鼠mIDH1神经胶质瘤细胞系及动物模型（具体数量未明确说明）
252	2025-09-27	S3R: Spatially Smooth and Sparse Regression Reveals High-Dimensional Regulatory Networks in Spatial Transcriptomics 2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.06.674629 PMID:40964272	研究论文	提出一种名为S3R的空间平滑稀疏回归框架，用于分析空间转录组数据中分子特征的空间关联模式	结合结构化稀疏性和最小生成树引导的平滑惩罚，能同时保持系数场的局部连贯性和边界锐度	NA	开发能够解析空间转录组数据中高维调控网络的回归方法	空间转录组数据中的分子和细胞特征	生物信息学	NA	空间转录组学	稀疏回归模型	空间转录组数据	涉及人类背外侧前额叶皮层、急性皮肤感染和胰腺导管腺癌等多个数据集
253	2025-09-27	Efficacious suppression of primary and metastasized liver tumors by polyIC-loaded lipid nanoparticles 2025-Sep-10, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001514 PMID:40928035	研究论文	本研究开发了负载polyIC的脂质纳米颗粒用于肝肿瘤治疗，意外发现其单药即可有效抑制原发性和转移性肝肿瘤	意外发现polyIC-LNPs无需联合免疫检查点抑制剂即可作为肝肿瘤单药疗法，通过重塑肝脏免疫微环境发挥抗肿瘤作用	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	开发肝靶向给药策略以降低polyIC的全身毒性，并评估其抗肿瘤效果	小鼠肝肿瘤模型（原发性和转移性）	纳米医学	肝癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多个小鼠肝肿瘤模型
254	2025-09-27	Impact of Data Quality on Deep Learning Prediction of Spatial Transcriptomics from Histology Images 2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.04.674228 PMID:40964396	研究论文	本研究探讨分子数据和图像数据质量对基于深度学习的组织学图像空间转录组预测性能的影响	首次系统研究不同空间转录组技术（Xenium成像与Visium测序）导致的数据质量差异对基因表达预测的影响	插补实验的改进效果有限且无法泛化到测试集之外	评估数据质量对深度学习预测空间基因表达的影响	组织切片的空间转录组数据和H&E染色组织学图像	数字病理学	NA	空间转录组技术（Xenium、Visium）、深度学习	深度学习模型	组织学图像、空间基因表达数据	NA
255	2025-09-27	Spatial Transcriptomics to Study Virus-Host Interactions 2025-Sep, Annual review of virology IF:8.1Q1 DOI:10.1146/annurev-virology-092623-104926 PMID:40523107	综述	探讨空间转录组学在研究病毒-宿主相互作用及病毒致病机制中的应用潜力	提出空间转录组学技术对病毒致病机制研究的变革性潜力	NA	开发新型抗病毒疗法和诱导保护性免疫的策略	植物、动物和人类中的病毒性疾病	空间转录组学	病毒性疾病	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
256	2025-09-27	SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors 2025-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-01006-0 PMID:40781193	研究论文	开发了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于对多发性骨髓瘤及其前体疾病中的循环肿瘤细胞进行全面的转录组分析	首次建立了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器，能够推断细胞遗传学异常，并提出了循环动力学模型	NA	开发非侵入性骨髓瘤诊断和监测方法	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的循环肿瘤细胞和骨髓细胞	单细胞测序	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、B细胞受体测序	CTC分类器、循环动力学模型	单细胞转录组数据	101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和CTC样本
257	2025-09-27	Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation 2025-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00994-3 PMID:40550901	研究论文	本研究揭示PTEN缺失通过先天免疫和NF-κB通路调控前列腺基底细胞可塑性重编程及肿瘤起始的分子机制	首次发现前列腺基底细胞在PTEN缺失后呈现区域特异性重编程轨迹，并阐明先天免疫信号通路在细胞可塑性调控中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探索前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子调控机制	前列腺基底细胞及PTEN基因缺失模型	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、原位表征	基因敲除小鼠模型	基因组学数据、表观遗传学数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型进行研究
258	2025-09-27	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球82个品种2409头牛的SNP和SV变异，揭示结构变异在牛群体结构和表型形成中的关键作用	首次通过泛基因组图谱同时分析SNP和SV对牛群体结构的影响，发现约40.14%的SV未被附近SNP标记，并鉴定出IGFBP7基因的新型增强子	NA	探究结构变异在牛遗传改良和适应性形成中的作用机制	全球82个品种的2409头牛	基因组学	NA	泛基因组图谱分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	82个品种2409头个体
259	2025-09-27	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	本研究利用多供体人肝球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的复合特异性及性别特异性影响机制	首次结合多供体肝球体模型与单细胞RNA测序技术，系统揭示不同PFAS化合物在性别维度上的差异化肝毒性机制	仅采用20μM单一浓度暴露，未考察剂量效应关系；体外模型无法完全模拟人体内环境	阐明不同PFAS化合物导致人类肝功能障碍的具体细胞分子机制	多供体来源的人类肝脏球体（包含多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、脂质染色	多细胞三维肝球体模型	转录组数据、成像数据	多供体来源的肝球体（具体数量未明确说明）
260	2025-09-27	Zebrafish optic nerve injury results in systemic retinal ganglion cell dedifferentiation 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011879 PMID:40971959	研究论文	利用斑马鱼模型研究视神经损伤后视网膜神经节细胞的去分化机制	首次通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼所有RGC亚型在损伤后均出现去分化现象，并发现对侧未损伤眼的系统性转录组响应	研究结果基于斑马鱼模型，与哺乳动物的生物学响应可能存在差异	探索视神经损伤后视网膜神经节细胞的分子保护机制	斑马鱼视网膜神经节细胞	神经科学	视神经病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼视神经损伤模型