单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 32307 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-11-06 |
Targeting neuronal cuproptosis and neuroinflammation with biomimetic nanoparticle for the therapy of radiotherapy-induced brain injury
2025-Oct-30, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种仿生纳米颗粒递送系统，用于治疗放疗引起的脑损伤 | 首次发现神经元铜死亡在放疗性脑损伤中的关键作用，并构建了能够同时抑制铜死亡和神经炎症的双重载药仿生递送系统 | 研究仍处于动物实验阶段，治疗机制仅初步揭示，需要进一步临床验证 | 开发治疗放疗性脑损伤的有效药物递送平台和治疗策略 | 放疗性脑损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脑损伤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据，行为学数据，组织学数据 | 小鼠模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 242 | 2025-11-06 |
Translational framework linking perfluoroheptanoic acid (PFHpA) exposure to metabolic dysfunction associated steatotic liver disease in adolescents
2025-Oct-29, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-025-01168-z
PMID:41162609
|
研究论文 | 开发了一个连接PFHpA暴露与青少年代谢功能障碍相关脂肪肝病的转化研究框架 | 首次将人类队列数据与体外单细胞转录组学整合，揭示短链未受监管的PFAS同系物PFHpA与MASLD的关联 | 样本量相对较小(n=136)，且研究对象仅限于接受减肥手术的肥胖青少年 | 阐明PFAS对代谢功能障碍相关脂肪肝病发展的影响 | 青少年肥胖患者(平均年龄16.8岁)和体外培养的人肝球状体 | 生物医学研究 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组学、肝活检 | LUCID模型 | 血浆样本、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 136名青少年肥胖患者 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 243 | 2025-11-06 |
Cross-expression meta-analysis of mouse brain slices reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03747-8
PMID:41163012
|
研究论文 | 本研究通过跨表达元分析揭示小鼠脑切片中空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 提出'跨表达'概念，避免使用人工标注数据库和细胞类型标签，同时控制细胞内在过程，从基因中心视角研究空间相邻细胞的表达协调 | 方法仅需要基因表达和细胞位置矩阵，但未明确说明对技术批次效应的处理细节 | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 小鼠脑组织切片 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | 跨表达网络分析 | 基因表达矩阵、空间位置数据 | 约2500万个细胞，695个切片来自52个大脑 | 多种技术平台（未具体说明） | 空间转录组学 | 8种不同技术 | 整合了8种不同技术的空间转录组学数据集 |
| 244 | 2025-11-06 |
Principles of protein abundance regulation across single cells in a mammalian tissue
2025-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676955
PMID:41000751
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和蛋白质组学，首次在哺乳动物组织中系统量化了4200多个细胞的蛋白质合成与清除调控机制 | 首次在复杂组织单细胞水平进行蛋白质合成与清除的定量分析，揭示了翻译和蛋白质清除对细胞生长速率的线性依赖关系 | 研究仅限于单一原代组织样本，未验证其他组织或疾病状态下的普适性 | 探究哺乳动物组织中单细胞水平的蛋白质丰度调控机制 | 从小鼠原代组织中分离的4200多个单细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞转录组学，蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，蛋白质丰度数据 | 超过4200个原代组织单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，蛋白质组学 | NA | NA |
| 245 | 2025-11-06 |
Invariant HVC size in female canaries singing under testosterone: Unlocking function through neural differentiation, not growth
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426847122
PMID:41115194
|
研究论文 | 通过体内成像和空间转录组学研究发现，睾酮诱导雌性金丝雀唱歌时HVC核团大小保持不变，而是通过神经元表型和基因网络变化实现功能分化 | 挑战了传统认为HVC核团在功能状态转换时会发生显著大小变化的观点，揭示了功能分化可在稳定解剖框架内通过转录组重组实现 | 研究仅针对雌性金丝雀，未验证其他物种或性别；样本数量有限 | 探究睾酮诱导唱歌行为时HVC核团的神经机制变化 | 成年雌性金丝雀的HVC song control nucleus | 神经科学 | NA | 双光子体内成像，空间转录组学 | NA | 图像数据，转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 246 | 2025-11-06 |
Disrupted developmental signaling induces novel transcriptional states
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418351122
PMID:41118206
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为DAISEE的新算法，用于分析复杂实验设计下收集的单细胞数据中的扰动响应 | 提出了DAISEE算法，能更有效地从混杂变异中分离扰动响应，并发现过度激活的信号传导能在发育胚胎中诱导新的基因表达状态 | NA | 研究发育信号传导扰动对胚胎细胞转录状态的影响 | 5小时龄斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 247 | 2025-11-06 |
Single-cell sequencing uncovers sensory neuron-mediated CGRP signaling as a driver of sarcoma progression
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500161122
PMID:41118222
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示感觉神经元介导的CGRP信号是肉瘤进展的关键驱动因素 | 首次发现感觉神经元通过CGRP信号通路调控骨肉瘤进展，并验证FDA批准的药物干预神经支配可抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能 | 骨肉瘤小鼠模型和人类骨肉瘤样本 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 多组学分析 | TrkA基因敲入小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据, 多组学数据 | 转基因小鼠模型和人类骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 248 | 2025-11-06 |
Spatial gene expression analysis reveals pathological niches in Japanese encephalitis virus neuroinvasion
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2515006122
PMID:41129224
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析日本脑炎病毒在小鼠大脑中的早期感染过程 | 首次在单细胞分辨率下绘制JEV感染过程中病毒RNA和宿主基因表达的空间分布图谱 | 研究仅关注感染早期阶段（1-4天），未涵盖疾病全程发展 | 阐明日本脑炎病毒神经侵袭的细胞动力学和病理生态位 | JEV感染的小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | 脑炎 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠大脑切片（1dpi和4dpi时间点） | NA | 空间转录组学 | NA | 高多重空间转录组平台 |
| 249 | 2025-11-06 |
Single-cell metabolome and RNA-seq multiplexing on single plant cells
2025-Oct-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2512828122
PMID:41134629
|
研究论文 | 本研究开发了一种在单个植物细胞上同时进行单细胞代谢组和RNA测序的多重分析技术 | 首次实现在同一植物细胞上同时进行单细胞RNA测序和单细胞质谱代谢组学分析，实现基因表达与代谢物水平的直接比较 | 概念验证研究，样本量有限，仅使用药用植物叶片细胞 | 阐明植物天然产物生物合成途径的基因与代谢物关系 | 药用植物叶片原生质体 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞质谱代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物浓度数据 | 96孔板分选的单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞代谢组学 | SMART-seq | 微流控机器人分选系统，适用于scMS和SMART-seq单细胞协议 |
| 250 | 2025-11-06 |
Bcl6 expression is associated with a distinct immune landscape and spatial transcriptome in COVID-19
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189134
PMID:40924502
|
研究论文 | 本研究通过多重成像和空间转录组学分析COVID-19患者肺引流淋巴结，揭示Bcl6表达与免疫景观和空间转录组的关联 | 首次在COVID-19背景下基于Bcl6表达水平对反应性滤泡进行分类，并发现不同Bcl6表达水平与特定免疫细胞亚群和分子通路的关联 | 样本来源于尸检组织，可能无法完全反映活体免疫动态；样本量有限 | 探索病毒感染急性期人类淋巴结中滤泡和生发中心免疫反应的调控机制 | COVID-19患者尸检获取的肺引流淋巴结和膈下淋巴结 | 空间转录组学 | COVID-19 | 多重成像, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | COVID-19尸检淋巴结样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 251 | 2025-11-06 |
Insights and advancements in molecular biology techniques in ophthalmology
2025-Oct-22, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110706
PMID:41135834
|
综述 | 本文综述了眼科领域分子生物学技术的最新进展及其在眼部疾病研究中的应用 | 整合了新一代测序技术、单细胞分析和空间转录组学等前沿方法，实现了眼部疾病的高分辨率分子图谱分析 | NA | 总结分子生物学技术在眼科疾病研究中的最新进展和应用前景 | 眼部疾病及其分子机制 | 分子生物学 | 眼科疾病 | 新一代测序，单细胞分析，空间转录组学，流式细胞术，质谱分析，代谢组学 | NA | 基因组数据，转录组数据，蛋白质组数据，代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 252 | 2025-11-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals oocyte-granulosa crosstalk and regulatory networks driving chicken primordial follicle assembly
2025-Oct-16, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148357
PMID:41109371
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示鸡原始卵泡组装过程中卵母细胞与颗粒细胞的互作机制和调控网络 | 首次构建鸡生殖细胞和颗粒细胞的单细胞转录组图谱，发现WNT4/β-catenin通路在卵泡组装后期的核心调控作用 | NA | 阐明鸡原始卵泡组装的调控机制 | 鸡卵巢生殖细胞和颗粒细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP, Pseudotime轨迹分析, CellChat | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 253 | 2025-11-06 |
Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types
2025-Oct-10, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2025.101323
PMID:41142913
|
研究论文 | 开发了一种结合统计和生物物理模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测皮层神经元类型的电生理活动 | 首次将统计模型与基于Hodgkin-Huxley的机制模型相结合，通过可解释的线性稀疏回归模型将基因表达与生物物理模型参数联系起来 | 模型与数据之间存在不匹配问题，需要通过模拟推理来克服 | 建立基因表达与神经元生理特性之间的联系，理解离子通道基因在决定神经放电特性中的机制作用 | 多种皮层细胞类型的神经元 | 计算神经科学 | NA | 单细胞转录组学，多模式Patch-seq数据 | Hodgkin-Huxley模型，线性稀疏回归模型 | 基因表达数据，电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 254 | 2025-11-06 |
Comprehensive multi-omics analysis identifies transferrin receptor as a therapeutic target in esophageal cancer
2025-Oct-09, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148121
PMID:41067362
|
研究论文 | 通过多组学方法鉴定转铁蛋白受体作为食管癌的潜在治疗靶点 | 首次通过整合单细胞RNA测序、转录组分析和基因组关联研究，系统揭示TFRC在食管癌免疫逃逸中的关键作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证 | 识别食管癌的新型生物标志物并探索其在疾病进展中的作用 | 食管癌组织和正常组织样本 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,基因组关联研究,多重免疫荧光检测 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据,基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,多组学分析 | NA | NA |
| 255 | 2025-11-06 |
Stage-specific regulation by autophagy-related transcription factors drives hematopoietic stem cell formation
2025-Oct, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2025.2551671
PMID:40878056
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和metaTF分析揭示了自噬相关转录因子在小鼠造血干细胞发育不同阶段的调控机制 | 首次结合单细胞RNA测序与metaTF分析，系统解析了造血干细胞发育过程中自噬相关转录因子的阶段特异性调控网络 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索自噬相关转录因子在造血干细胞发育过程中的调控机制 | 小鼠造血干细胞发育过程中的六个连续阶段，包括主动脉-性腺-中肾区域、胎肝和成年骨髓 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, metaTF分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎期E10.5、E12.5、E14.5及成年期多个发育阶段的造血干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 256 | 2025-11-06 |
RELA Haploinsufficiency Manifesting as an Atypical Phenotype of Crohn's Disease
2025-Oct-01, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf159
PMID:40876844
|
研究论文 | 本研究通过基因测序和免疫分析揭示RELA单倍体不足导致克罗恩病样非典型表型的机制 | 首次将RELA单倍体不足与克罗恩病样胃肠道表现相关联，并通过多组学分析揭示其免疫机制 | 仅研究单一病例，需要更大样本量验证 | 表征由RELA单倍体不足驱动的非典型克罗恩病样表型的临床、基因组和免疫学特征 | 一名17岁男性患者，患有全肠型克罗恩病、肛周瘘管、慢性皮肤黏膜念珠菌病和慢性淋巴细胞减少症 | 医学遗传学 | 克罗恩病 | 全外显子组测序,Sanger测序,蛋白质建模,Western blotting,免疫荧光,核提取物NF-κB激活测定,质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,蛋白质数据,单细胞转录组数据 | 1例患者及对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 257 | 2025-11-06 |
A Single-Cell Atlas of Transcriptome Changes in the Intestinal Epithelium at the Suckling-to-Weaning Transition in Male Rabbits
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628
PMID:40907661
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子肠道上皮在哺乳到断奶过渡期的细胞类型特异性转录组变化 | 提供了首个兔子肠道上皮单细胞图谱，发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（小鼠缺乏此类细胞），并揭示了固体食物摄入对上皮防御系统和细胞分化的重塑作用 | 研究仅针对雄性兔子，未包括雌性样本；研究聚焦于盲肠区域，未涵盖整个肠道 | 识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化 | 雄性兔子肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年龄匹配的同窝哺乳期雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 258 | 2025-11-06 |
Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture
2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626
PMID:40907663
|
研究论文 | 本研究利用小鼠三维肝脏切片模型探究了白细胞介素-4在肝脏细胞重编程和再生中的作用 | 首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中揭示IL-4促进肝脏再生的细胞重编程机制 | 研究基于小鼠模型，在人类肝脏中的适用性需要进一步验证 | 探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用及治疗潜力 | C57BL/6小鼠的精密切割肝脏切片，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏 | 单细胞生物学 | 肝坏死/肝纤维化 | 单核RNA测序，免疫组织化学染色，ATP检测 | 三维肝脏切片培养系统 | 单细胞转录组数据，蛋白质表达数据 | 8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，包含正常和疾病模型 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-11-06 |
STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf570
PMID:41171708
|
研究论文 | 提出一种用于评估空间转录组学数据聚类性能的计算框架STEAM | 开发了首个专门针对空间转录组学数据的聚类评估算法和指标，通过机器学习分类预测方法评估聚类结果的一致性和可靠性 | NA | 解决空间转录组学数据缺乏真实标签导致的聚类验证难题 | 空间转录组学数据聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习分类和预测方法 | 空间转录组数据，空间蛋白质组数据 | 多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率、正常和病变组织 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 260 | 2025-11-06 |
C3a-C3aR1-Mediated Interactions Between Fibroblast-Like Synoviocytes and Macrophages Promote the Progression of Rheumatoid Arthritis
2025-Jul-14, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43319
PMID:40654154
|
研究论文 | 本研究揭示成纤维样滑膜细胞通过C3a-C3aR1信号通路与巨噬细胞相互作用促进类风湿关节炎进展的机制 | 首次发现FLS与巨噬细胞通过C3a-C3aR1信号形成正反馈环路驱动滑膜炎症 | 研究主要基于小鼠胶原诱导关节炎模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 解析类风湿关节炎滑膜中细胞相互作用机制并探索治疗新靶点 | 类风湿关节炎患者滑膜组织和小鼠关节炎模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序 | NA | 图像,基因表达数据 | 类风湿关节炎与骨关节炎滑膜组织比较，胶原诱导关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |