单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-20	IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity 2023-11, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05991-8 PMID:37581620	研究论文	本研究探讨了早期先天细胞因子（IFNα）和晚期免疫适应性事件（IFNγ）在胰岛素缺陷核糖体产物（DRiP）衍生肽向致糖尿病CD8+ T细胞呈递中的作用	揭示了IFNγ通过诱导免疫蛋白酶体催化亚基PSMB10的表达，在胰岛素DRiP衍生肽向T细胞呈递中的关键作用，并发现PSMB10在1型糖尿病患者的胰腺中被优先破坏的β细胞亚群中上调	研究主要基于体外实验和单细胞转录组学数据，未涉及体内实验验证	阐明免疫蛋白酶体在β细胞免疫原性中的作用，为1型糖尿病治疗提供新靶点	人类胰岛β细胞系EndoC-βH1和1型糖尿病患者的胰腺组织	免疫学	1型糖尿病	单细胞转录组学、siRNA抑制、抗原肽呈递监测	NA	RNA-seq数据	单细胞RNA-seq数据集（GSE218316）
242	2025-07-20	Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model 2023-11, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021 PMID:37369340	研究论文	本研究验证了一种神经精神性狼疮小鼠模型，并发现外周1型干扰素特征升高与神经精神性狼疮症状相关	通过空间转录组学技术揭示了1型干扰素特征在小鼠脑实质中的空间富集模式	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探究1型干扰素在中枢神经系统中的作用及其与神经精神性狼疮症状的关系	神经精神性狼疮小鼠模型	神经科学	系统性红斑狼疮	单核测序, 空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据, 空间转录组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
243	2025-07-20	Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05287-9 PMID:37648811	研究论文	本研究通过机器学习和单细胞测序技术，揭示了线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的潜在调控因素	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了胃癌中线粒体自噬的关键基因和调控网络	研究样本量有限，仅包含13个胃癌样本的28,836个细胞	全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌（GC）	机器学习	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq	SVM-RVF, 随机森林	基因表达数据	13个胃癌样本的28,836个细胞
244	2025-07-20	A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05222-y PMID:37558766	研究论文	本文开发了一个包含卷曲螺旋结构域相关基因的特征，用于预测乳腺癌的预后和治疗效果	首次建立了卷曲螺旋结构域包含蛋白家族在乳腺癌中的预后特征，并通过多数据库验证其预测价值	研究结果需要进一步通过实验验证，且样本来源仅限于公开数据库	开发乳腺癌预后预测模型并评估其治疗效果预测能力	乳腺癌患者	数字病理	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序	LASSO Cox回归模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌患者数据
245	2025-07-20	The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05213-z PMID:37526663	研究论文	本研究探讨了KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌（CLH）诊断、风险分层和化疗敏感性中的作用	首次将KPNA2作为血清生物标志物用于CLH不同阶段的诊断和动态监测，并发现其与化疗药物敏感性的相关性	研究样本量未明确说明，且未进行多中心验证	探索CLH演变过程中的早期诊断生物标志物和治疗靶点	慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	ELISA、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	列线图模型	基因表达数据	NA
246	2025-07-20	Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05075-5 PMID:37458803	研究论文	本研究首次探讨了Cx基因在泛癌中的表达差异和预后意义，并聚焦于LUAD，旨在全面分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	首次在泛癌中探讨Cx基因的表达差异和预后意义，并针对LUAD开发了一个结合风险评分和临床特征的综合预后模型	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性	Connexin基因家族在LUAD中的表达和功能	生物信息学	肺癌	单细胞测序	综合预后模型	基因表达数据	NA
247	2025-07-20	Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05268-y PMID:37580402	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序分析，结合实验验证，探讨了CD226在泛癌中的预后和免疫学意义	首次全面分析了CD226在泛癌中的表达谱及其与免疫治疗反应的关系，并验证了其在肿瘤浸润免疫细胞中的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠B16F10黑色素瘤模型	探究CD226的生物学功能、在肿瘤免疫中的作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力	泛癌样本和小鼠B16F10黑色素瘤模型	肿瘤免疫学	泛癌	单细胞测序、批量测序、基因集富集分析(GSEA)、流式细胞术	小鼠B16F10黑色素瘤模型	测序数据、流式细胞数据	多种癌症类型的样本和小鼠模型
248	2025-07-20	Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05333-6 PMID:37648807	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示了硒代谢在泛癌中的异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联	首次系统描绘了硒代谢在泛癌中的景观，并揭示了其与免疫反应、癌症标志物的相关性，以及通过机器学习预测免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验验证	探索硒代谢在癌症发生发展和免疫反应中的作用	多种癌症类型（泛癌）	生物信息学	泛癌	RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序），GSEA，机器学习	机器学习模型（具体类型未说明）	RNA测序数据	TCGA、GTEx、CCLE数据库及整合的泛癌单细胞数据集
249	2025-07-20	Complement C1q essential for aeroallergen sensitization via CSF1R+ conventional dendritic cells type 2 2023-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.07.016 PMID:37562753	研究论文	本研究揭示了补体C1q通过CSF1R+传统2型树突状细胞在气源性过敏原致敏中的关键作用	首次发现C1q在CSF1R+cDC2s中的选择性富集及其通过C1q-LRP1轴介导过敏反应的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩大样本量	阐明CSF1R+cDC2s识别吸入过敏原的分子机制	小鼠肺树突状细胞和人类支气管肺泡灌洗样本	免疫学	过敏性肺部炎症	单细胞RNA测序、基因敲除模型、支气管肺泡灌洗	基因敲除小鼠模型	转录组数据、蛋白质检测数据	小鼠模型和有限的人类BAL样本
250	2025-07-20	Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05252-6 PMID:37596371	研究论文	本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）模式与甲状腺癌预后的关联，并开发了基于PCD基因的预后指数	利用六种机器学习算法创建了程序性细胞死亡特征（PCDS），并通过SVM模型确定了最佳模型，同时发现了两种具有不同生物学过程和药物敏感性的THCA分子亚型	研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探究PCD与甲状腺癌预后的关系，并开发预后预测模型	甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	机器学习算法（SVM等），非负矩阵分解（NMF）	SVM	基因表达数据，临床数据	568名甲状腺癌患者
251	2025-07-20	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05202-2 PMID:37535162	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个与干性相关的特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建干性相关特征模型，并通过多种算法验证其在预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应中的有效性	研究仅基于现有数据集，需要进一步实验验证	开发一个能够预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干性相关特征模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO	预后预测模型	RNA-seq数据	四个数据集中的肝细胞癌患者样本
252	2025-07-20	A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05208-w PMID:37535163	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面分析了坏死性凋亡在肝细胞癌（HCC）中的潜在作用，并构建了一个基于坏死性凋亡相关基因（NAGs）的预后预测模型	构建了一个5基因预后模型，揭示了HCC中两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现CD5L、CETP和MARCO表达的巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感	研究主要基于TCGA数据库的数据，可能需要更多独立队列验证模型的普适性	探究坏死性凋亡在HCC发展和进展中的作用，并构建预后预测模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序，CIBERSORT算法	预后预测模型	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HCC患者数据
253	2025-07-20	Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05157-4 PMID:37474682	研究论文	基于批量及单细胞RNA测序数据，全面分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后及免疫浸润中的作用	首次构建基于失巢凋亡相关基因的胃癌预后风险模型，并探索其在免疫浸润及治疗反应中的预测价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制模型的泛化能力	探索失巢凋亡相关基因在胃癌预后评估及治疗指导中的潜在应用	胃癌患者及其相关基因表达数据	生物信息学	胃癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序	Cox回归风险模型	RNA测序数据	多个数据集中的胃癌样本
254	2025-07-20	Combinatorial Immunotherapy with Agonistic CD40 Activates Dendritic Cells to Express IL12 and Overcomes PD-1 Resistance 2023-10-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-22-0699 PMID:37478171	研究论文	该研究探讨了通过组合免疫疗法激活树突状细胞表达IL12以克服PD-1抗性的机制	发现了一种新型CCL22+CCL5+ IL12分泌型树突状细胞亚群在克服PD-1抗性中的关键作用，并验证了IL12 mRNA疗法单独使用的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据验证有限	探索克服PD-1抗性的新型免疫治疗策略	小鼠黑色素瘤模型和人类患者样本	免疫治疗	黑色素瘤	单细胞细胞因子分泌分析、单细胞RNA测序	小鼠黑色素瘤模型	基因表达数据、细胞因子分泌数据	多数小鼠显示完全肿瘤消退，人类患者数据有限
255	2025-07-20	MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing 2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad592 PMID:37740957	研究论文	开发了一种名为MuDCoD的方法，用于从单细胞RNA测序数据中检测多主体动态基因网络中的社区	首次提出同时考虑多个主体和多个时间点的网络社区检测方法，填补了现有研究的空白	未明确说明方法在极端数据稀疏情况下的表现	开发能够分析多主体动态基因共表达网络的社区检测方法	人类诱导多能干细胞在分化为多巴胺能神经元过程中的基因网络，以及CD4+ T细胞激活过程中的基因网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于谱聚类的框架	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多主体和多时间点的数据
256	2025-07-20	Single-cell sequencing and bulk RNA data reveal the tumor microenvironment infiltration characteristics of disulfidptosis related genes in breast cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05109-y PMID:37428249	研究论文	通过单细胞测序和大块RNA数据分析乳腺癌中双硫死亡相关基因的肿瘤微环境浸润特征及其对免疫治疗的潜在影响	首次构建基于双硫死亡相关基因的风险特征模型，用于预测乳腺癌患者的总体生存和免疫治疗反应，并发现TNFRSF14作为关键调控基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究双硫死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值及其在免疫微环境中的作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序, 大块RNA测序, hdWGCNA, WGCNA, LASSO分析	风险特征模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
257	2025-07-20	Investigation and verification of GIMAP6 as a robust biomarker for prognosis and tumor immunity in lung adenocarcinoma 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04980-z PMID:37338641	研究论文	本研究探讨了GIMAP6作为肺腺癌预后和肿瘤免疫的稳健生物标志物的作用	首次验证GIMAP6在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，需要更多临床样本验证	探究GIMAP6在肺腺癌发展和肿瘤免疫中的作用	肺腺癌患者和细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	RT-qPCR, western blotting, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据	TCGA和GTEx数据库中的数据集, 实验验证使用的细胞系
258	2025-07-20	Comprehensive landscape of the miRNA-regulated prognostic marker LAYN with immune infiltration and stemness in pan-cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04986-7 PMID:37335337	研究论文	本研究通过生物信息学方法全面分析了LAYN基因在泛癌中的表达、免疫浸润、干细胞特性及其预后标志物潜力	首次从泛癌角度系统研究LAYN基因的功能机制，揭示了其在肿瘤免疫逃逸、干细胞特性和预后中的新作用，并预测了其作为mRNA疫苗和分子治疗新靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证LAYN的具体功能机制	探究LAYN基因在泛癌中的表达特征、功能机制及其作为预后标志物的潜力	LAYN基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	泛癌(包括HNSC、MESO、OV等多种癌症类型)	生物信息学分析、单细胞测序、机器学习	机器学习预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	来自GTEx和TCGA数据库的健康和癌症患者样本
259	2025-07-20	LncRNAs associated with vascular mimicry establish a novel molecular subtype and prognostic model for pancreatic cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05015-3 PMID:37400573	研究论文	本研究通过识别与血管拟态相关的长链非编码RNA，建立了胰腺癌的新型分子亚型和预后模型	首次开发了基于血管拟态相关lncRNA的胰腺癌分子亚型，并构建了新的预后风险模型	研究基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索血管拟态在胰腺癌中的作用并建立相关预后模型	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, NMF算法, lasso回归	预后风险模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
260	2025-07-20	Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer 2023-Oct, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05058-6 PMID:37410142	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了间充质干细胞相关特征在胃癌预后和药物敏感性评估中的价值	开发了一个基于间充质干细胞标记基因的风险特征模型，用于预测胃癌患者的预后和抗肿瘤治疗效果	研究依赖于公开数据库的数据，可能需要进一步实验验证	评估间充质干细胞相关特征在胃癌中的预后价值和药物敏感性	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	风险特征模型	RNA测序数据	TCGA-STAD和GEO数据库中的胃癌患者数据