单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-15	A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate 2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.11.664414 PMID:40791419	研究论文	通过时空转录组分析揭示小鼠前列腺在去势诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达变化	首次发现并描述了一种新型ORX诱导成纤维细胞亚型(OIF)，整合空间转录组和单细胞测序构建了高分辨率时空图谱	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	解析雄激素剥夺治疗过程中前列腺的生物学响应机制	小鼠前列腺组织（背侧、腹侧、外侧和前叶）	数字病理	前列腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据，空间定位数据	小鼠前列腺组织样本（具体数量未明确说明）
242	2025-09-15	Gastruloid patterning reflects division of labor among biased stem cell clones 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.12.664536 PMID:40791385	研究论文	本研究通过谱系追踪和空间转录组学揭示，在类原肠胚模型中，干细胞克隆的预先异质性通过分工促进正确的轴向组织形成	发现细胞异质性（而非同质性）是发育精确性的基础，并提出了偏向性克隆群体协调作用的新模型	研究基于类原肠胚模型，可能不完全反映体内胚胎发育的全部复杂性	探究早期发育中细胞异质性的作用机制及其对轴向模式形成的影响	小鼠干细胞克隆及类原肠胚模型	发育生物学	NA	荧光谱系追踪、空间转录组学、RNA-seq、ATAC-seq、发育信号通路扰动	NA	基因表达数据、表观遗传数据、空间分布数据	多个干细胞克隆群体及混合组合
243	2025-09-15	Cellular basis for cortical network aging in primates 2025-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663725 PMID:40672262	研究论文	本研究通过整合皮层相似性网络和全脑空间转录组学，揭示了灵长类动物大脑皮层网络老化的细胞基础	首次将皮层相似性网络与全脑空间转录组学跨尺度整合，在灵长类动物生命周期队列中揭示细胞类型与宏观网络结构的关系	研究基于猕猴模型，人类直接适用性需进一步验证；跨尺度数据整合存在方法学挑战	探究大脑皮层网络老化的细胞机制	64只猕猴（年龄1-26岁）的大脑皮层组织	神经科学	老年疾病	空间转录组学，皮层相似性网络分析	NA	转录组数据，网络连接数据	64只猕猴大脑样本
244	2025-09-15	Reg2ST: recognizing potential patterns from gene expression for spatial transcriptomics prediction 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf425 PMID:40825238	研究论文	提出Reg2ST深度学习模型，通过基因表达识别潜在模式以预测空间转录组数据	使用对比学习最小化空间转录组与组织学图像的距离，并采用创新方法替代K近邻捕获spot间关系	NA	开发高效准确的空间转录组预测方法以克服传统测序技术成本高、耗时长的问题	人类乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集	数字病理	癌症	空间转录组测序，H&E染色全玻片成像	深度学习，对比学习	基因表达数据，组织学图像	NA
245	2025-09-15	Advances in Collateral Neuroimaging for Acute Ischemic Stroke: Redefining Time and Tissue Windows in the Reperfusion Era 2025 Jul-Aug, Journal of neuroimaging : official journal of the American Society of Neuroimaging IF:2.3Q2 DOI:10.1111/jon.70079 PMID:40820581	综述	本文综述了急性缺血性卒中侧支循环神经影像学的最新进展及其在精准治疗中的作用	整合多模态神经影像技术（如动态CT血管造影、代谢分子成像）和基因组学工具，重新定义卒中治疗的时间与组织窗口	存在技术异质性、验证数据有限及缺乏标准化流程等挑战	探讨侧支循环评估在急性缺血性卒中诊断、患者分层及个性化治疗策略中的关键作用	急性缺血性卒中患者	数字病理学	脑血管疾病	CT血管造影、PET成像、动脉自旋标记、空间转录组学	NA	医学影像（CT/PET/MRI）	NA（综述类文章未涉及具体样本量）
246	2025-09-15	Diabetes-Kidney-Heart Continuum and Its Implication on Therapeutic Management 2025-Jul, Cureus DOI:10.7759/cureus.88561 PMID:40861717	综述	本文综述了2型糖尿病与心肾并发症之间的连续性关系及其治疗管理策略	系统阐述了糖尿病-肾脏-心脏连续体的概念，整合了预防、逆转和延缓三阶段管理策略及新型诊断方法	NA	探讨2型糖尿病血管并发症的连续性病理机制及个体化治疗管理方案	2型糖尿病患者的心血管疾病和慢性肾脏病风险	NA	心血管疾病	单细胞转录组测序、生物标志物检测（BNP、心肌肌钙蛋白、胱抑素C等）	NA	NA	NA
247	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定老年小鼠白色脂肪组织中具有细胞毒性和炎症潜能的Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累	首次在老年小鼠脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其表达颗粒酶M及促炎功能	研究局限于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	比较衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织免疫细胞浸润的差异	年轻正常饮食小鼠、年轻高脂饮食小鼠及老年正常饮食小鼠的性腺白色脂肪组织基质血管组分	单细胞基因组学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	三组小鼠（年轻正常饮食、年轻高脂饮食、老年正常饮食）的性腺白色脂肪组织样本
248	2025-09-15	QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659779 PMID:40667252	研究论文	介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的交互式质量控制报告	开发了专门针对alevin-fry和simpleaf输出结果的标准化QC报告框架，提供交互式HTML报告和丰富注释的H5AD格式输出	NA	为单细胞测序数据提供质量控制和标准化报告	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
249	2025-09-15	Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.658673 PMID:40747415	研究论文	提出HistoTME-v2，一种基于弱监督深度学习的框架，用于从H&E染色病理切片预测肿瘤微环境中细胞类型特异性转录组特征活动及空间分布	扩展为泛癌种分析工具，覆盖25种实体瘤，无需单细胞或区块级标注即可从常规H&E图像预测转录组特征并解析空间分布	性能依赖大规模数据集（内部验证7586张WSI，外部验证5657张WSI），且外部验证集相关性（0.53）略低于内部验证（0.61）	开发低成本、高通量的肿瘤微环境分析工具，推动空间生物学在常规病理工作流程中的应用	肿瘤微环境（TME）中的免疫和基质细胞类型	数字病理	肺癌（非小细胞肺癌）及多种实体瘤（共25种）	弱监督深度学习，空间转录组学（Visium），多重成像（CODEX, IHC）	深度学习框架（具体架构未明确说明）	H&E染色全切片图像（WSI）	内部验证：7586张WSI（6901名患者，24种癌症）；外部验证：5657张WSI（1775名患者，9种癌症）；空间验证：259张WSI（154名患者，7种癌症）
250	2025-09-15	Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.656791 PMID:40661354	研究论文	本研究整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中恶性转化的早期分子与细胞事件	发现一类祖细胞样群体同时激活致癌和抑癌程序，并构建了模拟侵袭性PDAC的微环境生态位	研究基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证	解析良性向恶性转化过程中的分子与细胞机制	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	谱系追踪、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
251	2025-09-15	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.629263 PMID:40661514	研究论文	通过单细胞RNA测序研究狂犬病毒与人类脑细胞类型的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫拮抗如何影响神经嗜性感染的细胞类型特异性转录调控	人类脑细胞共培养体系中的不同细胞类型	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	人类脑细胞共培养样本
252	2025-09-15	WNT signaling in human pluripotent stem cells promotes HDAC2-dependent epigenetic programs and development of retinoic acid-responsive mesoderm 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.06.657928 PMID:40661576	研究论文	本研究揭示了WNT信号通过HDAC2依赖的表观遗传程序促进人源多能干细胞向视黄酸响应性中胚层分化的机制	首次发现WNT信号通过HDAC2（而非E-box转录因子）调控视黄酸响应性中胚层发育，并建立了从hPSCs到KDR+ALDH1A2+中胚层的发育轨迹	E-box转录因子操作未显示明显效果，其具体作用机制仍需进一步探索	探究WNT信号在人多能干细胞向淋巴细胞分化过程中对中胚层形成的调控机制	人多能干细胞（hPSCs）及其中胚层祖细胞	干细胞生物学	NA	scRNA-seq, ATAC-seq, 基因调控网络建模, 基因敲除/过表达, 化学筛选	NA	单细胞转录组数据, 表观基因组数据	NA
253	2025-09-15	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	研究论文	本研究探讨了使用anakinra预防CAR-T细胞疗法相关毒性的效果，并通过单细胞RNA测序分析了突破性毒性的分子机制	首次结合单细胞RNA测序分析anakinra预防下突破性毒性的免疫信号机制，并发现IFN-γ通路的关键作用	每日一次anakinra预防对大多数患者不足以避免需要住院治疗的毒性	评估anakinra预防CAR-T疗法毒性的效果并探索相关分子机制	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	临床试验患者群体（具体数量未明确说明）
254	2025-09-15	Characterization of hyperoxia-induced senescent lung macrophages in neonatal mice 2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.652066 PMID:40654880	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析新生小鼠高氧诱导的衰老肺巨噬细胞特征	首次系统表征高氧诱导的衰老肺巨噬细胞异质性，揭示其代谢重编程（向糖酵解和磷酸戊糖途径转换）及功能特征	基于小鼠模型数据，未直接验证人类样本中的相关性；样本时间点有限（仅pnd7）	探究高氧暴露下新生小鼠肺衰老巨噬细胞的分子特征和功能属性	新生小鼠肺组织细胞（特别是巨噬细胞）	生物医学研究	支气管肺发育不良	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	小鼠单细胞RNA测序数据集（GSE207866），包含高氧组（SD7, O2D7）和空气对照组（AirD7）
255	2025-09-15	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响机制	整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，首次在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下解析热量限制的抗衰老分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类大脑的响应机制可能存在差异	阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑的超过50万个细胞，以及12个老年小鼠脑切片
256	2025-09-15	Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651528 PMID:40654992	研究论文	本研究探讨老年人对流感疫苗的免疫反应减弱现象，重点关注CD4+ T细胞和髓系细胞反应	通过单细胞转录组学揭示老年人髓系细胞干扰素转录特征减弱，首次明确髓系细胞编程改变导致抗病毒T细胞反应降低	研究主要基于体外和离体实验，可能需要更多体内验证	评估老年人对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异	老年人和年轻成年人的免疫细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞转录组学，体外和离体检测	NA	人类样本数据，转录组数据	涉及老年人和年轻成年人的多个人类样本
257	2025-09-15	Pan-cancer landscape of basement membrane: multi-omics research and single-cell sequencing validation 2025 May-Jun, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2025.2539645 PMID:40799172	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序验证，研究基底膜在泛癌中的调控基因表达、突变特征及其与肿瘤免疫的关系	首次在泛癌层面系统分析基底膜调控基因的异质性，并揭示其与免疫检查点表达和免疫功能障碍的关联	研究主要依赖TCGA数据库的批量转录组数据，需进一步实验验证功能性机制	探究基底膜在癌症进展和转移中的作用，及其与肿瘤免疫微环境的相互作用	33种癌症类型的基因表达数据和肿瘤样本	生物信息学	泛癌研究	单细胞转录组测序、免疫组化、单样本基因集富集分析(ssGSEA)、拷贝数变异分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、拷贝数变异数据	来自TCGA数据库的33种癌症类型的大规模样本集合
258	2025-09-15	Deconvolution and Phylogeny Inference of Diverse Variant Types Integrating Bulk DNA-seq with Single-cell RNA-seq 2025-Jan-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.24.634791 PMID:39975330	研究论文	开发一种整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据的方法TUSV-int，用于解卷积和推断包含多种变异类型的克隆谱系树	首次整合bulk DNA-seq和scRNA-seq数据，同时支持SNV、CNA和SV多种变异类型的解卷积和系统发育推断	未提及具体样本量限制或计算复杂度问题，但暗示scDNA-seq数据稀缺可能影响方法广泛应用	提高癌症克隆谱系重建的分辨率和准确性，特别是针对结构变异和局灶性拷贝数变异	癌症基因组数据，特别是乳腺癌数据	计算生物学	乳腺癌	bulk DNA-seq, scRNA-seq, 整数线性规划(ILP)	整数线性规划(ILP)模型	基因组测序数据，RNA测序数据	使用已发表的乳腺癌数据集进行验证，具体样本量未明确说明
259	2025-09-15	Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429 PMID:40933310	研究论文	本研究通过整合多种算法分析心力衰竭患者的RNA测序数据，识别并验证关键基因及其在脂肪酸代谢中的作用	结合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭特异性基因，并通过单细胞数据分析揭示SMCO4和CSDC2在心肌细胞中的特异性表达及代谢调控功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅在肥大心肌细胞模型中进行，未涉及更多体内模型或临床样本验证	识别心力衰竭心肌组织中的核心致病机制及相关特征基因	心力衰竭患者的心肌组织转录组数据及肥大心肌细胞模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, RT-qPCR, PCA, UMAP, SingleR, CellMarker	NA	转录组测序数据，单细胞RNA-seq数据	基于五项研究的转录组数据，具体样本量未明确说明
260	2025-09-15	Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S534876 PMID:40933395	研究论文	通过整合分析揭示CDKN1A在糖尿病足溃疡愈合障碍中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，鉴定CDKN1A作为糖尿病伤口愈合障碍的核心调控因子，并发现FOS是其上游转录因子	NA	探究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用及其分子机制	糖尿病足溃疡（DFUs）组织	生物医学研究	糖尿病并发症	scRNA-seq, 孟德尔随机化（MR）, 转录因子分析	NA	基因表达数据	NA