单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-01	E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5 2025-Apr-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662 PMID:40300357	研究论文	本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减少肝脏炎症的机制	揭示了TRIM38通过与HSPA5相互作用并促进K63依赖性泛素化来稳定HSPA5，从而促进M2巨噬细胞标记物的表达，改善肝脏脂肪变性	TRIM38在肝脏发病机制中的具体作用机制仍需进一步研究	研究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用，以确定控制炎症的关键靶点	巨噬细胞TRIM38和HSPA5	分子生物学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MASLD患者的肝脏巨噬细胞
242	2025-05-01	Advances in CRISPR/Cas13a-based biosensors for non-coding RNA detection 2025-Apr-25, Talanta IF:5.6Q1 DOI:10.1016/j.talanta.2025.128223 PMID:40300474	综述	本文综述了基于CRISPR/Cas13a的生物传感器在非编码RNA检测中的进展	整合了多种信号转导系统（如荧光、电化学、比色法、表面增强拉曼光谱等）的CRISPR/Cas13a生物传感器，为实时诊断应用提供了新方法	当前技术仍面临临床诊断和个性化医疗中的挑战，如工作流程复杂、处理时间长和技术难度高	探讨CRISPR/Cas13a生物传感器在非编码RNA检测中的应用及其在临床诊断和个性化医疗中的潜力	非编码RNA	生物传感器	NA	CRISPR/Cas13a, PCR, NGS, ELISA, smFISH, nanopore sequencing, scRNA-seq	NA	RNA	NA
243	2025-05-01	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	research paper	该研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序，揭示了大脑发育过程中区域差异的代谢机制如何影响大脑生长	发现了FAM210B作为关键调控因子，通过调节线粒体功能和乳酸产生，促进祖细胞自我复制分裂，从而影响大脑区域生长	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探究大脑发育过程中区域扩张的发育机制	小鼠大脑的祖细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑单细胞数据
244	2025-05-01	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	research paper	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块	InSituCor能够识别不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因，从而揭示更有意义的生物学关系	未明确提及具体的技术限制或数据适用范围	探索空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因	空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	NA	空间转录组数据	NA
245	2025-05-01	Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010365 PMID:40280564	research paper	该研究探讨了肿瘤内微生物群在三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测中的作用	首次证实肿瘤内微生物群可作为预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	样本量相对较小(89例患者)，且仅针对早期三阴性乳腺癌患者	探索肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	89例早期三阴性乳腺癌女性患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA sequencing, scRNA-seq	machine-learning models	genomic sequencing data, transcriptome data	89例早期三阴性乳腺癌女性患者
246	2025-05-01	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Apr-24, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	研究论文	研究探讨了Neuroprotectin D1 (NPD1)和GPR37在化疗引起的周围神经病变(CIPN)及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元中的表达及其在CIPN疼痛慢性化中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖的方式保护感觉神经元免受化疗药物损伤的机制	研究主要基于动物模型，人类DRG样本的数据有限	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用	小鼠背根神经节(DRG)神经元、巨噬细胞和人类DRG样本	神经科学	周围神经病变	空间转录组学分析	Gpr37基因敲除小鼠模型	mRNA表达数据、行为学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞、人类DRG样本
247	2025-05-01	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-Apr-24, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别出6个具有诊断意义的枢纽基因，并验证了其在ICM中的表达	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的生物标志物及其相关通路	缺血性心肌病患者组织和ICM大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA测序(包括批量RNA测序和单细胞RNA测序)，RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	使用了GSE46224和GSE116250两个数据集，以及ICM大鼠模型
248	2025-05-01	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	利用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织	首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了其分子结构如何由上皮基因表达程序指导	研究仅限于小鼠嗅球，未涉及其他脑区或其他物种	探索脊椎动物大脑对称性的分子和结构基础	小鼠嗅球中的肾小球、僧帽细胞和颗粒细胞	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
249	2025-05-01	Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2423677122 PMID:40244673	研究论文	本文研究了Semaphorin 6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化依赖的乳酸积累在病理性血管生成中的作用	揭示了SEMA6A通过相分离机制招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环的新机制	研究主要聚焦于视网膜缺血性疾病中的血管生成，可能不适用于其他类型的血管疾病	探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制	内皮细胞(ECs)和视网膜病理性血管生成	分子生物学	视网膜缺血性疾病	CUT&Tag, scRNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	NA
250	2025-05-01	St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426187122 PMID:40244680	研究论文	本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用	首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群在中枢神经系统损伤后的作用，并鉴定St3gal5作为调控CD177糖基化的关键酶	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探索中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控机制	人类和小鼠的中性粒细胞	免疫学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序、糖蛋白组学	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类和小鼠样本
251	2025-05-01	Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development 2025-Apr-16, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155981 PMID:40300524	研究论文	通过免疫基因组学分析揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节特征	揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发病机制中的关键作用，并识别了其特征性亚群及其功能通路	研究主要基于基因组关联研究和单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探索免疫细胞亚群与癌症发展之间的因果关系	612种免疫细胞特征和91种癌症类型，以及黑色素瘤样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤	Mendelian Randomization分析、单细胞RNA测序、计算去卷积分析	NA	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	612种免疫细胞特征和91种癌症类型的基因组关联研究数据，以及黑色素瘤样本的单细胞RNA测序数据
252	2025-05-01	Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke 2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL37429 PMID:40302336	研究论文	通过跨物种多组学分析揭示缺血性中风中的髓系细胞驱动的内皮氧化应激	整合了bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学和流式细胞术数据，揭示了髓系细胞在中风后如何通过炎症和代谢机制影响血脑屏障的破坏	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探索缺血性中风中外周和中枢免疫反应的相互作用及其对血脑屏障的影响	人类和小鼠模型中的缺血性中风	生物医学研究	缺血性中风	bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、流式细胞术	小鼠tMCAO模型	RNA-seq数据、流式细胞数据、空间转录组数据	人类和小鼠模型中的缺血性中风样本
253	2025-05-01	Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882 PMID:39762147	research paper	通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异	构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗	神经母细胞瘤（NB）患者	digital pathology	neuroblastoma	multiomics profiling, single-cell transcriptome sequencing	MSRS	multiomics data, single-cell transcriptome data	NA
254	2025-05-01	Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048 PMID:39741411	research paper	本研究揭示了脓毒症诱导的血小板减少症（SIT）中巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路影响巨核细胞生成的机制	首次发现BTK抑制剂BGB-3111通过调节巨噬细胞极化和Rap1/NF-κB信号通路改善SIT	研究主要基于小鼠模型，人类患者中的验证仍需进一步研究	探究脓毒症诱导血小板减少症的发病机制及潜在治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型中的巨噬细胞与巨核细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	SIT患者和小鼠模型
255	2025-05-01	Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445 PMID:39774774	research paper	该研究探讨了人类外周血中识别ALK和NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况	首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体	样本量较小，仅包括10名ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和6名健康供者	研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在作用	ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞	免疫学	间变性大细胞淋巴瘤	TCRαβ单细胞测序	NA	细胞反应数据	10名患者和6名健康供者
256	2025-05-01	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	通过整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	揭示了与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关的两种独立进化轨迹，并发现肿瘤-基质界面是肿瘤生态的一个独特状态	NA	研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃腺癌	digital pathology	gastric adenocarcinoma	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
257	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖的机制	首次发现内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖，为糖尿病治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
258	2025-05-01	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究抗生素诱导的肠道菌群失调对小鼠角膜稳态的影响及短链脂肪酸的修复作用	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现短链脂肪酸可修复角膜完整性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的调控机制及短链脂肪酸的治疗潜力	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
259	2025-05-01	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	研究论文	本研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次整合了来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者数据，结合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，全面分析了LNM对免疫微环境和预后的影响	研究结果主要基于回顾性队列分析，需要前瞻性研究进一步验证	探究淋巴结转移对结直肠癌肝转移患者预后及免疫微环境的影响	结直肠癌肝转移患者	数字病理学	结直肠癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学	NA	RNA测序数据, 蛋白质组学数据, 临床数据	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
260	2025-05-01	Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes 2025-Apr, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02204-w PMID:39760782	研究论文	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）与β细胞质量减少之间的复杂相互作用，进一步阐明3c型糖尿病（T3cDM）发病机制	首次使用单细胞RNA测序分析PDAC TME，揭示内分泌细胞与肿瘤细胞、免疫细胞及成纤维细胞的相互作用及基因表达变化	研究样本量有限，未涉及长期随访数据	阐明PDAC TME如何通过病理变化导致β细胞减少及T3cDM发生	胰腺导管腺癌患者及非糖尿病患者的胰腺组织	肿瘤微环境研究	胰腺癌、3c型糖尿病	单细胞RNA测序、TUNEL染色、RT-qPCR、CCK8检测	NA	基因表达数据、病理组织数据	供体正常胰腺组织、非糖尿病患者及T3cDM患者的癌旁组织