单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30333 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-08-03 |
Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment
2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society
IF:3.8Q1
DOI:10.1111/wrr.70061
PMID:40579885
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研究论文 | 该研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性 | 首次应用空间转录组学技术检测烧伤组织中空间基因表达模式，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达差异 | 提供了该技术在烧伤组织研究中的注意事项，需要未来研究进一步验证 | 理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域 | 人类烧伤组织 | 数字病理学 | 烧伤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 未明确说明样本数量 |
| 242 | 2025-08-03 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
|
研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通讯 | 开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，适用于批量、单细胞和空间转录组数据 | 未明确提及具体局限性 | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | bulk, single cell和spatial transcriptomics | crossWGCNA | 转录组数据 | NA |
| 243 | 2025-08-03 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
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研究论文 | 提出了一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | cytoKernel利用单细胞数据的全概率分布模式，能够检测到传统方法忽略的多模态特征变化 | 方法主要针对单细胞RNA测序和高维流式或质谱细胞术数据，可能不适用于其他类型的数据 | 开发一种更全面的单细胞数据差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术, 质谱细胞术 | 核嵌入方法 | 单细胞数据 | 多个公开可用的单细胞RNAseq和质谱细胞术数据集 |
| 244 | 2025-08-03 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
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研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基因调控网络的作用 | 采用单细胞网络推断方法整合单细胞RNA测序与SCENIC流程，构建了基底上皮细胞的基因调控网络，并识别了与癌症起始和进展相关的独特亚群 | 单细胞数据固有的挑战性可能影响结果的可靠性 | 探究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其在乳腺癌治疗中的潜在应用 | P4HA1敲除小鼠和对照小鼠的基底上皮细胞 | 基因调控网络分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, SCENIC流程 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两组小鼠（5Ht对照和6Ho P4HA1敲除） |
| 245 | 2025-08-03 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
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综述 | 本文综述了乳腺癌休眠领域的研究现状，强调了解决肿瘤休眠以减少转移复发的紧迫性 | 提出了整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的新方法，以揭示休眠机制 | 当前研究存在数据矛盾、模型不足和缺乏生物标志物等问题 | 减少乳腺癌转移复发，提高临床治疗效果 | 乳腺癌休眠中的播散性肿瘤细胞(DTCs) | 肿瘤学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA |
| 246 | 2025-08-03 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
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研究论文 | 开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于在单细胞水平上检测表观遗传标记组合并保留基因组的三维结构 | Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，同时保留基因组的三维结构 | 技术尚未在其他组织或疾病模型中广泛验证 | 研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 表观遗传学 | NA | Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应） | NA | 图像 | 数百个单基因目标在相同单个细胞内 |
| 247 | 2025-08-03 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Jun-13, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学揭示LMNA心肌病谱系中失调的途径 | 发现了与LMNA DCM相关的多个新蛋白质，并确定了这些蛋白质在心肌细胞中的差异基因表达 | 样本量相对较小，且仅针对特定遗传背景的群体 | 探索LMNA DCM的发病机制和进展途径 | 携带可能致病/致病性LMNA变异的个体及其家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | OLINK平台蛋白质组学分析 | NA | 血浆蛋白质数据 | LMNA DCM患者41例，肌节蛋白DCM患者18例，表型阴性家族成员55例 |
| 248 | 2025-08-03 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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研究论文 | 本研究揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉区（PP区）的募集驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制 | 首次揭示了THRSP通过MIF介导的CD74+LAMs在肝脏PP区的募集驱动MASH进展的空间分区机制，并发现THRSP抑制剂C6可显著改善MASH | 研究主要基于小鼠模型，人类MASH患者样本验证仍需进一步开展 | 探究MASH进展中肝脏门静脉区空间分区的分子机制 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织 | 肝脏病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH） | 空间转录组学（ST）、CellPhoneDB分析、基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据、基因表达数据 | MASH小鼠模型和患者肝脏组织（具体数量未明确说明） |
| 249 | 2025-08-03 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
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研究论文 | 介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用 | 开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用 | 研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织 | 免疫代谢 | 肥胖 | scRNAseq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠) |
| 250 | 2025-08-03 |
High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.09.642133
PMID:40161839
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研究论文 | 通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，研究阿尔茨海默病(AD)GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应 | 首次系统性地将CRISPRi筛选与scRNA-seq技术结合，揭示了AD GWAS变异如何调控小胶质细胞状态和炎症反应 | 研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能与体内真实情况存在差异 | 阐明AD遗传风险因素对小胶质细胞炎症反应的调控机制 | 人类诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的小胶质细胞(iMGLs) | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi, CROP-seq, scRNA-seq | hiPSC衍生的小胶质细胞模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 119个AD GWAS位点的CRISPRi筛选 |
| 251 | 2025-08-03 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力 | 揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体 | 生物医学 | 骨质疏松 | 光谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据、基因表达数据 | 恒河猴模型 |
| 252 | 2025-08-03 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
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研究论文 | 通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性 | 首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化 | 样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌 | 探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性 | 肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节） |
| 253 | 2025-08-03 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系 | 首次揭示了STC1表达与胃癌免疫浸润及T细胞耗竭的关联，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于公开数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织样本和公共数据库中的RNAseq数据 | 生物信息学 | 胃癌 | RNAseq, ssGSEA, TIMER, scRNA-seq, GSEA | Cox回归分析 | RNA测序数据和微阵列数据 | 来自TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 |
| 254 | 2025-08-03 |
Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139
PMID:40740774
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research paper | 通过单细胞测序和实验验证识别CTSC驱动的食管鳞状细胞癌（ESCC）进展 | 整合多个单细胞数据集，构建基于凋亡相关基因的风险模型，并通过实验验证CTSC在ESCC进展中的作用 | 样本量较小（18个样本），且仅针对ESCC进行研究 | 探究ESCC肿瘤微环境（TME）的分子机制并构建预后相关基因的风险模型 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境和恶性细胞亚型 | digital pathology | esophageal squamous cell carcinoma | single-cell sequencing, immunohistochemistry (IHC), in vitro and in vivo experiments | COX regression analysis | single-cell RNA-seq data, immunohistochemistry data | 92,714 cells from 18 samples |
| 255 | 2025-08-03 |
Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591
PMID:40740771
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由Macro_SPP1/C1QC巨噬细胞和CD8_Tex_C1 T细胞驱动的基质免疫抑制屏障，及其在免疫治疗抵抗中的作用 | 首次识别了由特定巨噬细胞和T细胞亚群构成的免疫抑制屏障，并揭示了其通过MIF-CD74/CXCR4/CD44轴驱动免疫抑制的分子机制 | 研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些细胞亚群的功能及其在免疫治疗抵抗中的具体作用 | 探究胃癌免疫治疗抵抗的细胞和分子机制 | 胃癌组织中的免疫细胞及其相互作用网络 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk-RNA测序、免疫荧光 | 无监督聚类 | 转录组数据、空间数据 | NFHGC队列数据集（具体样本量未明确说明） |
| 256 | 2025-08-03 |
Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874
PMID:40740776
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研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习，揭示了一种与免疫原性细胞死亡相关的特征，用于结直肠癌的预后分层和治疗优化 | 整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，鉴定了11个与预后相关的ICD基因，并构建了一个优化的11基因ICD相关特征（ICDRS） | 需要进一步的验证研究来指导个性化治疗策略 | 系统表征免疫原性细胞死亡（ICD）在结直肠癌（CRC）中的预后意义和治疗潜力 | 结直肠癌（CRC）患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组数据分析 | StepCox [forward], RSF | 转录组数据 | 训练和验证数据集中的结直肠癌患者 |
| 257 | 2025-08-03 |
Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563
PMID:40740783
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，开发了一个程序性细胞死亡（PCD）评分预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）的预后并阐明肿瘤微环境的差异 | 开发了一个基于17个PCD相关基因的预测模型，揭示了PCD评分与肿瘤微环境及免疫细胞耗竭的关系，并鉴定了关键致癌基因UBE2E1 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立队列的外部验证 | 评估肝细胞癌的预后并阐明肿瘤微环境差异 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序（ST-seq） | PCD评分预测模型 | 转录组数据 | 363名TCGA数据库患者和221名GEO数据库患者 |
| 258 | 2025-08-03 |
Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1640645
PMID:40740859
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文献综述 | 本文综述了利用3-D空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位的研究进展 | 整合3-D空间转录组学技术揭示骨肉瘤中免疫逃逸生态位的空间分层结构及其与治疗抵抗的关系 | 主要基于临床前研究数据，尚未在临床队列中得到全面验证 | 阐明骨肉瘤免疫微环境的空间异质性以突破当前治疗瓶颈 | 骨肉瘤肿瘤生态系统及其免疫逃逸生态位 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 3-D空间转录组学（3-D ST） | NA | 空间转录组数据 | NA（文献综述不涉及具体样本量） |
| 259 | 2025-08-03 |
Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1556373
PMID:40740863
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研究论文 | 本研究探讨了外周免疫细胞在早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的预测价值 | 首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测标志物 | 回顾性研究设计可能存在选择偏倚，样本量相对有限 | 评估外周免疫细胞对早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 | 免疫治疗 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 倾向评分匹配(PSM) | ROC曲线分析 | 基因表达数据, 临床数据 | 203名患者 |
| 260 | 2025-08-03 |
Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519114
PMID:40740974
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研究论文 | 通过多组学分析和机器学习，研究发现平滑肌细胞中的FABP4是动脉粥样硬化的致病因子 | 结合单细胞RNA测序和机器学习技术，识别出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞，并发现FABP4作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于体外实验和计算预测，需要进一步的体内实验验证 | 探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用，并寻找潜在治疗靶点 | 平滑肌细胞（SMCs） | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、qRT-PCR | LASSO回归、随机森林、支持向量机（SVM） | 基因表达数据 | 475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs |