单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-08-07	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Jul-30, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	介绍了一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute，该框架专注于预定义的标记基因以提高生物相关性和计算效率	SmartImpute采用改进的生成对抗插补网络（GAIN）和多任务判别器，在插补缺失值的同时保留真实的生物零值	NA	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的插补效果，以更深入地了解细胞异质性和疾病进展	单细胞RNA测序数据，包括头颈部鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的数据集	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌、肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	生成对抗插补网络（GAIN）	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万个细胞的数据集
242	2025-08-07	A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases 2025-Jul-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL40818 PMID:40765357	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，识别了一个与胰腺导管腺癌预后相关的14基因面板，并构建了一个基于深度学习的ER风险评分系统	首次提出了一个与efferocytosis相关的14基因面板，用于预测胰腺导管腺癌的预后，并通过实验验证了关键基因的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限，未来需要更多实验和临床数据支持	探索efferocytosis在胰腺导管腺癌进展中的作用，并开发预后预测模型	胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic data analysis, Boyden chamber analyses, immunohistochemical staining, cell cycle analyses, multiplex immunofluorescence staining	LASSO regression, random survival forest (RSF), deep learning	RNA-seq data, clinical data	来自TCGA和GEO数据库的数据，以及多个生物信息学网站的额外数据库
243	2025-08-07	Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis 2025-Jul-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1 PMID:40766255	research paper	该研究揭示了Foxp3+调节性T细胞（Tregs）在隐球菌性脑膜脑炎（CM）中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的关键作用	首次明确了Tregs在CM中的核心免疫调节作用，发现其通过IL-10产生和CCR8/CCL1轴介导的招募机制保护神经元，并验证了低剂量IL-2免疫复合物治疗增强Tregs的潜在治疗价值	Areg缺失未显示生存效应，其具体调节机制仍需进一步研究	探究中枢神经系统感染中天然免疫调节机制及其对神经保护的作用	人类CM患者和小鼠CM模型的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	中枢神经系统感染/隐球菌性脑膜脑炎	NanoString分析、scRNA-seq、流式细胞术	小鼠CM模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类CM患者样本和实验小鼠模型
244	2025-08-07	Targeting FGFR4 abrogates HNF1A-driven metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jul-29, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02408-5 PMID:40731412	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制作为潜在治疗策略的有效性	首次发现HNF1A-FGFR4轴在PDAC转移中的关键作用，并验证了两种FGFR4抑制剂对转移的阻断效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行临床转化验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略	胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠转移模型	肿瘤学	胰腺癌	scRNA-seq, TMA分析, UMAP空间分析, RNA干扰, 药物抑制实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据, 组织芯片数据, 空间转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含多种PDAC细胞系和小鼠模型
245	2025-08-07	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合如何影响持久同源性（PH）聚类的拓扑特征和生物学信号检测	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同源性技术，为高维数据的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对生物学信号检测的影响	研究仅涵盖了八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法代表所有生物学条件	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物学信号检测的影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同源性（PH）	NA	单细胞RNA测序数据	涵盖八种组织类型的scRNA-seq数据集
246	2025-08-07	Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics 2025-Jul-29, ArXiv PMID:40766882	研究论文	评估在空间转录组学中整合表型特征的策略	使用变分自编码器（VAE）从细胞裁剪中提取信息丰富的低维表示，并评估其在多模态整合中的效果	研究在有限数据集大小、类别不平衡和基于边界框分割等现实实验约束下进行	探索如何最佳利用空间上下文并将空间转录组学与基于成像的模态整合	小鼠回肠MERFISH数据集	数字病理学	NA	MERFISH, 变分自编码器（VAE）	VAE	图像, 转录组数据	公开可用的小鼠回肠MERFISH数据集
247	2025-08-07	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	整合多种空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络，揭示黑色素瘤、基底细胞癌和鳞状细胞癌的微环境特征	NA	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接实验	NA	空间单细胞多组学数据	超过500,000个体的遗传关联数据
248	2025-08-07	Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza 2025-Jul-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08507-9 PMID:40715353	研究论文	本研究开发了猪特异性T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）富集引物，用于配对单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫受体分析，以研究流感病毒感染下猪的免疫反应	开发了与10× Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，用于单细胞免疫受体分析	研究仅针对猪模型，结果可能不直接适用于人类或其他动物	研究自然杀伤T（NKT）细胞对猪肺部TCR和BCR受体库的影响，并追踪流感病毒感染后T细胞的克隆扩增	CD1D表达和CD1D缺陷猪的冷冻保存肺细胞，以及流感A病毒（IAV）疫苗接种和感染猪的肺液T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq），10× Genomics VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	CD1D表达和CD1D缺陷猪的肺细胞，以及IAV疫苗接种和感染猪的肺液T细胞
249	2025-08-07	Identification and Mechanistic Studies of Key Genes in Thalamic Hemorrhage Pain by Multi-omics 2025-Jul-25, Journal of integrative neuroscience IF:2.5Q3 DOI:10.31083/JIN38130 PMID:40767016	研究论文	通过多组学方法识别并研究丘脑出血疼痛中的关键基因及其机制	整合转录组学、蛋白质组学、代谢组学、核糖体分析和单细胞RNA测序等多组学数据，识别出8个关键基因及其相关分子通路	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明丘脑出血疼痛的发病机制并寻找潜在治疗靶点	丘脑出血疼痛小鼠模型	多组学分析	丘脑出血疼痛	转录组学、蛋白质组学、代谢组学、Ribo-seq、scRNA-seq	小鼠模型	多组学数据	THP小鼠模型及对照组
250	2025-08-07	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究探讨了全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示了WGD作为一种持续的突变过程在卵巢癌中的作用，并开发了新的WGD时序方法doubleTime	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	探究WGD对肿瘤进化和免疫调节的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，RNA表达数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
251	2025-08-07	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究发现了与中国人群慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并探讨了其潜在机制	首次发现嗅觉受体基因OR2A25中的rs61731397-C变异与CRS风险相关，并揭示了该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响鼻黏膜免疫反应的机制	研究主要基于中国人群，结果在其他族群中的普适性需要进一步验证	鉴定中国人群CRS的遗传风险变异并阐明其机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、Western blot	NA	基因组数据、RNA测序数据、蛋白质数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列
252	2025-08-07	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其机制	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在牙釉质形成中的关键作用，并鉴定了其直接调控的8个靶基因	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	KMT2D基因及其在牙釉质形成中的作用	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
253	2025-08-07	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	本研究评估了TNF抑制剂依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序和分子对接技术，揭示了依那西普在老年COVID-19患者中缓解自身免疫样表现的机制及其对SARS-CoV-2 Omicron变体刺突蛋白的强亲和力	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究，缺乏随机对照试验	评估依那西普在老年COVID-19患者中的治疗效果及其作用机制	老年COVID-19患者	医学研究	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标数据、单细胞测序数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
254	2025-08-07	Novel diagnostic biomarkers regulating macrophages autophagy in ischemic cardiomyopathy: An analysis integrating bulk RNA sequencing with single-cell RNA sequencing 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152907 PMID:40300424	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探索了缺血性心肌病(ICM)中巨噬细胞自噬相关的新型诊断生物标志物	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统探索了ICM中巨噬细胞自噬相关生物标志物及其作用通路	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于大鼠模型，尚未进行临床样本验证	探索缺血性心肌病中巨噬细胞自噬相关的诊断生物标志物及其作用机制	缺血性心肌病患者组织样本和大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	批量RNA测序(bulk RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	WGCNA, PPI网络分析	基因表达数据	两个GEO数据集(GSE46224和GSE116250)及ICM大鼠模型
255	2025-08-07	Single-cell RNA and TCR repertoire analysis identify markers of virus-specific T cells 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152904 PMID:40305898	研究论文	通过单细胞RNA和TCR库分析识别病毒特异性T细胞的标记物	发现了一组上调基因作为增殖抗原特异性T细胞的标记物，有助于早期分离病毒抗原反应性T细胞	研究样本来自健康供体，未在患者群体中验证	识别抗原特异性T细胞的生物标志物，以改进过继性细胞疗法	健康供体的外周血单个核细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序、TCR库分析	NA	单细胞RNA测序数据、TCR序列数据	健康供体的外周血单个核细胞
256	2025-08-07	Interpretable Machine Learning reveals the Role of PANoptosis in the Diagnosis and Subtyping of NAFLD 2025-05, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152909 PMID:40311345	研究论文	本研究通过可解释机器学习揭示了PANoptosis在非酒精性脂肪肝病(NAFLD)诊断和分型中的作用	首次整合多组数据集和可解释机器学习方法，揭示PANoptosis在NAFLD中的关键作用，并构建了高精度的诊断模型	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能存在限制	探索PANoptosis在NAFLD诊断、分型和免疫微环境重塑中的作用	非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者	机器学习	非酒精性脂肪肝病	可解释机器学习、单细胞测序、分子对接	SHAP分析、列线图	基因表达数据	多个数据集(具体数量未明确说明)
257	2025-08-07	Epitope Tagging with Genome Editing in Mice Reveals That the Proton Channel OTOP1 Is Apically Localized and Not Restricted to Type III "Sour" Taste Receptor Cells 2025-Feb-05, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1560-24.2024 PMID:39592233	研究论文	通过在小鼠中进行基因组编辑和表位标记，研究发现质子通道OTOP1位于味觉细胞的顶端，且不仅限于III型'酸'味觉受体细胞	揭示了OTOP1在味觉细胞中的精确定位，并发现其不仅存在于III型味觉受体细胞中，还存在于I型味觉受体细胞中	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究质子通道OTOP1在味觉系统中的细胞和亚细胞定位	小鼠味觉系统中的OTOP1蛋白	分子生物学	NA	基因组编辑、高分辨率成像、scRNA-seq	NA	图像数据、基因表达数据	雄性和雌性HA-OTOP1小鼠
258	2025-08-07	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和年轻化研究中的应用及发现	采用单细胞组学技术对脑衰老进行高维解析，并提出组合年轻化干预策略的新思路	主要基于现有单细胞组学研究进行综述，缺乏原创性实验数据	探讨脑衰老的细胞机制及年轻化干预策略	大脑细胞（特别是神经干细胞）及其相互作用	单细胞组学	阿尔茨海默病,帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA
259	2025-08-07	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术解析了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次在单细胞水平揭示了正常和炎症状态下结肠肌层巨噬细胞的异质性，并发现Lyve1+ MMφ亚群在结肠炎期间消失的现象	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明结肠炎期间结肠肌层免疫细胞群的动态变化	结肠肌层巨噬细胞(MMφ)	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类溃疡性结肠炎患者样本
260	2025-08-07	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	新增单细胞转录组学数据挖掘和分析资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	未明确提及具体限制	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物，包括传染病媒介	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	组学数据	NA