单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-14	Comprehensive pan-cancer single-cell analysis reveals glycolysis-related signatures as predictive biomarkers for immunotherapy response and their role in bladder cancer 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114381 PMID:40058104	研究论文	本研究通过全面的泛癌单细胞分析，揭示了糖酵解相关特征作为免疫治疗反应的预测生物标志物及其在膀胱癌中的作用	发现了一个与免疫治疗反应强烈相关的Glycolysis.Sig，并在预后和免疫反应中表现出优异的预测性能	研究结果主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究糖酵解在泛癌中的作用，特别是在膀胱癌中的角色	34个单细胞RNA测序队列、8个接受ICI治疗的批量RNA测序队列和TCGA批量泛癌RNA测序队列	生物信息学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	34个scRNA-seq队列、8个ICI治疗的bulk RNA-seq队列和TCGA泛癌RNA-seq队列
242	2025-05-14	Multi-transcriptomics reveals niche-specific expression programs and endothelial cells in glioblastoma 2025-Apr-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06185-z PMID:40234880	研究论文	该研究通过多转录组学方法揭示了胶质母细胞瘤中特定微环境的表达程序及内皮细胞的特征	发现了胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞（PAN）和微血管增生（MVP）区域的特定分子表达和细胞组织差异，并识别了两种不同的内皮细胞表型	研究未完全阐明这些特定组织病理学特征的分子和细胞组分的空间组织	探究胶质母细胞瘤中坏死周围假栅栏细胞和微血管增生区域的分子表达和细胞组织差异	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胶质母细胞瘤患者的样本
243	2025-05-14	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序中的过度聚类问题	通过控制重复使用相同数据进行差异表达分析的影响，防止过度聚类，适用于多种聚类算法	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序中的聚类分析，避免过度聚类导致的误导性结果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据
244	2025-05-14	Central FGF19 signaling enhances energy homeostasis and adipose tissue thermogenesis through sympathetic activation in obese mice 2025-Apr-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00488.2024 PMID:40059865	research paper	该研究探讨了中枢FGF19信号通过激活交感神经促进肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的作用机制	揭示了FGF19不仅通过减少摄食，还通过激活交感神经促进白色和棕色脂肪组织产热的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	阐明中枢FGF19信号改善肥胖小鼠能量代谢的作用机制	饮食诱导肥胖(DIO)小鼠	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序	小鼠肥胖模型	RNA测序数据、生理指标数据	未明确说明数量的饮食诱导肥胖小鼠
245	2025-05-14	Genome-Scale Metabolic Modeling of Human Pancreas with Focus on Type 2 Diabetes 2025-Apr, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1089/omi.2024.0211 PMID:40068171	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和通用Human1模型，生成了非糖尿病和2型糖尿病状态下α、β、δ和PP细胞的基因组尺度代谢模型，并通过通量平衡分析研究了代谢活动的变化	首次在单细胞分辨率下生成胰腺细胞的基因组尺度代谢模型，并揭示了2型糖尿病中不同胰岛细胞代谢活动的变化	研究主要基于计算模型，需要进一步实验验证	深入理解2型糖尿病的病理生理学并发现新的分子靶点	人类胰腺中的α、β、δ和PP细胞	计算生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序, 通量平衡分析	基因组尺度代谢模型	RNA测序数据	NA
246	2025-05-14	Expression of co-signaling molecules TIM-3/Galectin-9 at the maternal-fetal interface 2025-Apr, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.03.002 PMID:40068377	研究论文	研究母胎界面共刺激分子TIM-3/Galectin-9的表达及其在维持免疫耐受微环境中的作用	首次系统研究了Galectin-9和TIM-3在母胎界面的分布和功能，揭示了它们与妊娠维持的潜在关联	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内功能验证	探究母胎界面免疫耐受微环境的分子机制	母体蜕膜组织和胎盘来源细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、多重免疫组化	NA	转录组数据、免疫组化数据	未明确说明样本数量
247	2025-05-14	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究神经丝轻链（NfL）在神经元损伤后如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL通过激活小胶质细胞在神经退行性疾病中的作用，并提出了NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	探究NfL在神经退行性疾病中的释放机制及其对髓系细胞的激活作用	神经元、小胶质细胞和髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型中的神经元和小胶质细胞
248	2025-05-14	Transcriptional signatures of hippocampal tau pathology in primary age-related tauopathy and Alzheimer's disease 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115422 PMID:40085647	研究论文	本研究通过GeoMx空间转录组学技术，量化了原发性年龄相关tau蛋白病（PART）和阿尔茨海默病（AD）海马神经元中tau病理存在与否的mRNA表达，揭示了两种疾病中与神经元内tau蛋白相关的转录特征	首次在PART和AD中发现了与神经元内tau蛋白相关的相似转录变化，提示可能存在共同的机制关系	研究仅针对海马区域的tau病理，未涉及其他脑区	探究PART和AD中tau病理的转录相似性及基因表达变化	PART和AD患者的海马神经元	神经科学	阿尔茨海默病	GeoMx空间转录组学	NA	转录组数据	NA
249	2025-05-14	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成中的作用	首次发现近端小管细胞可以贡献于Henle环薄降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在调控这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育过程中的起源	发育中的小鼠肾脏细胞	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	小鼠模型	单细胞转录组数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
250	2025-05-14	Protocol for single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics of bladder Ewing sarcoma 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103687 PMID:40067823	研究论文	本文介绍了一种从膀胱尤文肉瘤组织中分离单细胞并获取高质量空间转录组数据的实验方案	提出了一种结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究膀胱尤文肉瘤的新方法	未提及具体样本量或实验结果的验证数据	开发研究膀胱尤文肉瘤细胞异质性和空间基因表达模式的实验方法	膀胱尤文肉瘤组织	数字病理学	膀胱尤文肉瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间位置数据	NA
251	2025-05-14	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个细菌细胞的方案，用于单细胞RNA-seq分析	提供了一种方便高效的单个细菌细胞分离和单细胞测序方案，可应用于其他昆虫细胞	NA	开发一种从粉虱中分离单个细菌细胞并进行单细胞RNA-seq分析的方案	粉虱中的细菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
252	2025-05-14	Interferon-γ-stimulated antigen-presenting cancer-associated fibroblasts hinder neoadjuvant chemoimmunotherapy efficacy in lung cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102017 PMID:40056907	research paper	该研究通过单细胞测序分析揭示了抗原呈递癌症相关成纤维细胞(apCAFs)如何通过干扰素γ刺激的途径阻碍肺癌新辅助化疗免疫疗法的疗效	首次发现apCAFs通过JAK1/2-STAT1-IFI6/27途径扩张并促进PD-L2表达，揭示了其通过PD-L2-RGMB轴触发FOXP1调节性T细胞积累的新机制	研究样本量未明确说明，且机制研究主要在体外模型中进行，需要更多临床验证	探究新辅助化疗免疫疗法(NCIT)在非小细胞肺癌中疗效受限的机制	非小细胞肺癌(NSCLC)患者和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序分析	NA	单细胞测序数据	未明确说明(来自NCIT队列)
253	2025-05-14	Periarteriolar niches become inflamed in aging bone marrow, remodeling the stromal microenvironment and depleting lymphoid progenitors 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412317122 PMID:40063797	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠骨髓基质细胞在衰老过程中的变化，揭示了衰老骨髓中动脉周围微环境的炎症变化及其对淋巴祖细胞的影响	首次在衰老骨髓中鉴定出五种转录不同的LepR细胞亚群，并揭示了动脉周围微环境炎症变化与淋巴祖细胞耗竭的机制	研究仅基于小鼠模型，人类骨髓衰老的类似机制尚未验证	探究骨髓基质细胞在衰老过程中的变化及其对造血干细胞微环境的影响	小鼠骨髓中的LepR基质细胞、内皮细胞和造血干细胞	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2月龄、12月龄和24月龄小鼠的骨髓基质细胞
254	2025-05-14	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了反复植入失败（RIF）患者子宫内膜中不同区域和细胞类型的基因表达差异，并探索了潜在的治疗靶点	首次在RIF患者中应用空间转录组学技术，揭示了子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性基因表达变化，并提出了潜在的治疗化合物	样本量较小（RIF组和对照组各8例），且研究结果需要进一步的实验验证	探索反复植入失败（RIF）的分子机制并寻找潜在治疗靶点	人类子宫内膜组织	生殖医学	不孕症	空间转录组学	NA	基因表达数据	16例（8例RIF患者和8例生育能力正常的对照）
255	2025-05-14	Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410095122 PMID:40067893	研究论文	本研究探讨了在Duchenne肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩张及其致病性激活的机制	揭示了在CCR2缺陷的DMD小鼠模型中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩张和致病性激活，以及FAPs通过CSF-1刺激巨噬细胞增殖的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩张机制及其致病作用	mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和对照小鼠的骨骼肌驻留巨噬细胞	肌肉疾病研究	Duchenne肌营养不良症	单细胞RNA测序分析和基于谱系追踪的巨噬细胞起源研究	小鼠模型	基因表达数据和细胞谱系数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多组小鼠的比较研究
256	2025-05-14	Intensive stress impedes hair follicle growth through triggering cell cycle arrest of hair follicle stem cells 2025-Mar-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403343R PMID:40059814	研究论文	研究高强度压力通过触发毛囊干细胞的细胞周期停滞来阻碍毛囊生长的机制	揭示了高强度压力通过交感神经系统/去甲肾上腺素/cAMP通路抑制毛囊生长的细胞周期	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究高强度压力对毛囊生长的具体影响及其机制	小鼠的毛囊干细胞和HaCaT细胞	细胞生物学	脱发	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠皮肤样本
257	2025-05-14	Transcriptomic and metabolic profiling reveals the effects of long-term microwave exposure on testicular tissue 2025-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118040 PMID:40086029	研究论文	本研究通过转录组学和代谢组学分析，探讨了长期微波暴露对睾丸组织的影响	首次结合bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面解析微波辐射对睾丸组织的转录和代谢影响	研究仅使用大鼠模型，结果可能无法完全反映人类情况	探究长期微波辐射对男性生殖系统的影响	大鼠睾丸组织	生物医学	男性生殖系统疾病	bulk RNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序、染色质可及性测序	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞数据	经过六周微波辐射处理的大鼠样本
258	2025-05-14	Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids 2025-Mar-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1164 PMID:40073136	research paper	该研究利用人类脑类器官模型和多组学分析，探讨了氧气在早期神经发育中的关键作用	揭示了第4至6周期间脑类器官内氧气张力升高与神经发生的关系，并发现通过缺氧处理或神经球蛋白基因沉默可抑制这一现象	研究基于体外模型，可能无法完全反映体内神经发育的复杂性	探究氧气在早期神经发育中的作用机制	人类脑类器官	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、多组学分析、先进显微镜技术	人类脑类器官模型	多组学数据	NA
259	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression 2025-Mar-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01564-7 PMID:40082276	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化以及肥大细胞在免疫抑制中的分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后组织样本，揭示了放疗后肥大细胞在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用	研究样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究宫颈癌放疗后肿瘤微环境变化，为提高放疗治疗效果提供依据	宫颈癌患者放疗前后的组织样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	3例宫颈癌患者的52,506个细胞
260	2025-05-14	Exosome-mediated effects of BRCA1 on cardiovascular artery disease 2025-Mar-13, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09996-4 PMID:40080209	研究论文	研究探讨了M1巨噬细胞来源的外泌体（Exo）中BRCA1对冠状动脉粥样硬化疾病（CAD）的影响	揭示了BRCA1通过外泌体介导对心肌细胞凋亡和平滑肌细胞行为的调控作用，为CAD治疗提供了新的分子靶点	NA	探究BRCA1在外泌体中对CAD进展的影响	M1巨噬细胞、心肌细胞、平滑肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、慢病毒转染	NA	RNA-seq数据	NA