单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-13	Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1535504 PMID:40196737	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了琥珀酸在卵巢癌中的作用机制及其潜在治疗靶点	首次结合生物信息学和单细胞测序技术分析琥珀酸在卵巢癌中的治疗靶点及免疫微环境特征	样本量未明确说明，且未进行体内外实验验证关键枢纽基因的功能	探究琥珀酸在卵巢癌中的潜在治疗靶点及作用机制	卵巢癌患者的肿瘤免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
242	2025-06-13	Gene set optimization for single cell transcriptomics 2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting) DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14 PMID:40487192	research paper	本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法，以提高基因集测试的统计功效和可解释性	利用Human Protein Atlas单细胞类型图谱中的信息，计算细胞类型特异性基因和基因集权重，从而优化基因集集合	该方法依赖于Human Protein Atlas的数据，可能受限于该数据库的覆盖范围和准确性	优化单细胞转录组数据的基因集测试方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	81种人类细胞类型
243	2025-06-13	Multi-omics analysis and single-cell sequencing revealed the lysosome associated molecular subtypes and prognostic model development of papillary thyroid carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325486 PMID:40493560	研究论文	通过多组学分析和单细胞测序揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）中溶酶体相关的分子亚型，并开发了预后模型	开发了一个基于溶酶体相关基因（LAGs）的评分系统用于风险分层，并通过单细胞测序验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究溶酶体在PTC中的基因组和生物学特征，并开发预后模型	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	数字病理学	甲状腺癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、qRT-PCR、集落形成实验、Transwell实验	LAG评分系统	基因组数据、单细胞测序数据	TCGA和GEO数据库中的PTC样本
244	2025-06-13	Malignant epithelial cell marker-driven risk signature enables precise stratification in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610991 PMID:40496864	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了食管癌的细胞图谱，并基于恶性上皮细胞的标记基因开发了一个多基因风险评分模型，用于预测预后、免疫状态和潜在药物反应	首次在单细胞水平上系统表征了食管癌上皮细胞的异质性，并基于恶性上皮细胞标记基因开发了一个具有预测预后、免疫状态和药物反应能力的六基因风险模型	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性	开发一个能够精确分层食管癌患者预后和指导个性化治疗的风险模型	食管鳞状细胞癌(ESCC)患者组织和细胞系	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, inferCNV分析, SCENIC, Monocle, qRT-PCR	多基因风险评分模型	RNA测序数据	TCGA和GEO(GSE53624)队列数据，以及ESCC组织样本和细胞系
245	2025-06-13	Deciphering mitochondrial dysfunction in keratoconus: Insights into ACSL4 from machine learning-based bulk and single-cell transcriptome analyses and experimental validation 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.013 PMID:40496889	研究论文	通过基于机器学习的批量转录组和单细胞转录组分析及实验验证，探讨了圆锥角膜中线粒体功能障碍的作用，特别是ACSL4基因的关键角色	首次将ACSL4基因鉴定为圆锥角膜的潜在生物标志物，并揭示了其在基质刚度变化下的表达模式	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内实验中验证ACSL4的功能	探讨圆锥角膜中线粒体功能障碍的分子机制	圆锥角膜患者及体外培养的人基质角膜细胞	数字病理学	圆锥角膜	转录组分析、定量PCR、Western blot、单细胞测序	多种机器学习模型	转录组数据、单细胞数据	104个线粒体相关差异表达基因，体外培养的人基质角膜细胞
246	2025-06-13	[ELUCIDATION OF PATHOGENESIS IN HUMAN INFLAMMATORY SKIN DISEASES USING SINGLE-CELL RNA-SEQ ANALYSIS] 2025, Arerugi = [Allergy] DOI:10.15036/arerugi.74.107 PMID:40500185	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
247	2025-06-13	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据高质量地转换为人类同源基因数据	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码，即可实现非人类转录组的人类同源基因转换	未明确提及具体限制	促进药理学转录组数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源基因转换	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤、脊髓损伤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
248	2025-06-13	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，揭示了显著的遗传变异性并发现了潜在必需基因候选	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并采用跨物种机器学习方法预测了必需单拷贝基因	研究仅针对Haecon-5株，与其他菌株的比较仍需进一步验证	为宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学研究提供基因组资源	Haemonchus contortus寄生虫的Haecon-5株	基因组学	寄生虫感染	比较基因组分析、机器学习、单细胞RNA-seq	跨物种机器学习模型	基因组序列、转录组数据	1个Haecon-5株基因组（约280 Mb）和19,234个蛋白质编码基因模型
249	2025-06-13	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	research paper	本文探讨了癌症组织中基质组蛋白的多样化模式及其在肿瘤微环境中的作用	利用多种组学方法（包括表观组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）及新技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）研究癌症基质组	癌症基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明	揭示癌症基质组在肿瘤微环境中的调控作用及其临床意义	癌症组织中的基质组蛋白	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表观组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	NA	组学数据	NA
250	2025-06-13	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究人类胚胎发生过程中，血源性内皮细胞（HE）在不同缺氧条件下对造血过程的影响及其对氧化应激的响应	揭示了不同HE来源的血细胞谱系在缺氧条件下的转录变化及氧化应激反应的差异，特别是红细胞对氧化应激的易感性和CD45细胞的抗性机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨缺氧和氧化应激如何影响血源性内皮细胞衍生的造血谱系	人类胚胎中的血源性内皮细胞及其衍生的血细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
251	2025-06-13	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特性在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组相关	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究抗体在结核分枝杆菌限制中的机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
252	2025-06-13	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	该研究揭示了Dhx36解旋酶在小鼠心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过解析启动子G-四链体结构调控关键心脏基因网络，影响心肌细胞分化和传导系统形态发生	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	小鼠胚胎和新生心脏	心血管发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	基因组数据，表观基因组数据	未明确说明数量的基因敲除小鼠样本
253	2025-06-13	The frequency of CD38+ alveolar macrophages correlates with early control of M. tuberculosis in the murine lung 2024-10-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52846-w PMID:39358361	研究论文	本文通过多模态单细胞RNA测序在小鼠模型中展示了不同肺泡巨噬细胞亚群在结核病进展或控制中的不同作用	揭示了CD38阳性和阴性肺泡巨噬细胞在结核病控制中的动态作用及其表观遗传预激活机制	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究肺泡巨噬细胞亚群在结核病控制中的作用机制	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	免疫学	结核病	多模态单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
254	2025-06-13	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次发现卵巢成纤维细胞在雌激素刺激下分泌MDK，通过MDK-LRP1轴促进胃癌细胞迁移和侵袭	样本量较小（18例患者），且仅关注了雌激素-MDK-LRP1这一条信号通路	探究胃癌卵巢转移的分子机制	胃癌患者的卵巢转移瘤样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	18例胃癌患者的45个肿瘤样本
255	2025-06-13	CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung 2024-Jul-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1 PMID:39070650	研究论文	本研究通过多模态单细胞RNA测序分析，揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核病早期控制结核分枝杆菌增殖中的关键作用	首次鉴定出CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞(moAMs)和组织驻留肺泡巨噬细胞(TR-AMs)作为细菌生长的重要控制者，并发现CD38 TR-AMs在感染前具有独特的染色质特征	研究主要关注小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究不同巨噬细胞亚群在结核病感染过程中的动态作用和调控机制	肺泡巨噬细胞亚群	免疫学	结核病	多模态scRNA-seq分析, scATAC-seq分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及多个感染时间点的巨噬细胞亚群分析
256	2025-06-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	research paper	该研究开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性及其在髓鞘再生中的作用	开发了Clec7a-CreER这一新型遗传工具，首次实现了对PAMs和DAMs的精准追踪和操纵，揭示了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能	研究主要聚焦于PAMs和DAMs，其他小胶质细胞亚群的功能尚未完全阐明	探究小胶质细胞状态的可塑性及其在中枢神经系统发育和疾病中的功能	增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs)	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 可诱导Cre-loxP系统	NA	基因表达数据	多个发育阶段和疾病模型中的小胶质细胞
257	2025-06-13	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-05, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	研究探讨了雄性特异性致死蛋白3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	首次在啮齿动物中研究了Msl3在减数分裂进入中的作用，并发现其功能丧失不影响精子发生	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或灵长类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、条件性敲除小鼠模型	条件性敲除小鼠模型	RNA-seq数据	NA
258	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
259	2025-06-13	Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus 2023-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008 PMID:37673202	研究论文	通过RNA测序分析比较了抗性和易感性羊羔对Haemonchus contortus感染的黏膜转录组差异	首次利用单细胞RNA测序数据注释差异表达基因，揭示了抗性羊羔中内皮细胞和簇细胞的显著表达增加及其在抗性机制中的作用	样本量较小（每种羊羔各4只），且研究仅针对特定年龄段的羊羔	探索羊羔对Haemonchus contortus感染的抗性机制	Santa Ines和Ile de France羊羔的皱胃组织	转录组学	寄生虫感染	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA序列数据	8只羊羔（SI和IF各4只）
260	2025-06-12	3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration 2025-Sep, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028 PMID:40487240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定了来自髌下脂肪垫的骨骼干细胞，并利用其外泌体结合3D打印技术开发了一种新型水凝胶支架，用于增强骨软骨缺损的再生	利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞，开发了结合外泌体的3D打印水凝胶支架，显著促进骨软骨同步修复	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床试验	开发一种新型骨软骨再生策略	骨骼干细胞及其外泌体、骨软骨缺损	组织工程	骨软骨缺损	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、流式细胞术、3D打印技术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	大鼠骨软骨缺损模型