单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-04-26	p53 mutation biases squamocolumnar junction progenitor cells towards dysplasia rather than metaplasia in Barrett's oesophagus 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332095 PMID:39353725	研究论文	本研究探讨了p53突变在Barrett食管（BE）向食管腺癌（EAC）进展过程中对贲门祖细胞命运和功能的影响	揭示了p53突变在慢性损伤环境下如何通过Notch激活抑制祖细胞向化生分化，直接促进发育不良	研究主要基于小鼠模型，人类BE中的具体机制仍需进一步验证	阐明p53突变在BE向EAC恶性转化中的细胞机制	L2-IL1β小鼠模型中的Cck2r+贲门祖细胞	癌症生物学	食管腺癌	谱系追踪、scRNA-seq、类器官培养、原位移植、计算分析	小鼠疾病模型（L2-IL1β）	单细胞转录组数据、病理学数据	未明确说明实验动物数量，但涉及多组学分析
242	2025-04-26	TIMP1 Mediates Astrocyte-Dependent Local Immunosuppression in Brain Metastasis Acting on Infiltrating CD8+ T Cells 2025-Jan-13, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0134 PMID:39354883	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序解析了脑转移瘤相关星形胶质细胞的异质性，发现了一类能够抑制浸润T细胞抗肿瘤活性的星形胶质细胞亚群，并揭示了TIMP1在其中的关键作用	首次发现pSTAT3+星形胶质细胞通过分泌TIMP1调控CD63+ CD8+ T细胞功能，提出了联合免疫检查点阻断与星形胶质细胞介导的局部免疫抑制的治疗策略	研究主要基于小鼠和人类脑转移模型，临床转化效果需进一步验证	探究脑转移瘤中星形胶质细胞对免疫治疗的调控机制	脑转移瘤相关星形胶质细胞和浸润CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	脑转移瘤	单细胞RNA测序	小鼠和人类脑转移模型	RNA测序数据	NA
243	2025-04-26	Development of the TP53 mutation associated hypopharyngeal squamous cell carcinoma prognostic model through bulk multi-omics sequencing and single-cell sequencing 2025 Jan-Feb, Brazilian journal of otorhinolaryngology IF:1.7Q2 DOI:10.1016/j.bjorl.2024.101499 PMID:39341197	研究论文	本研究基于TP53突变构建了一个预测下咽鳞状细胞癌（HPSCC）患者预后的模型	结合bulk多组学测序和单细胞测序技术，识别出关键基因POLD2和POLR2G，构建了预后模型，并验证了其预测能力	证据等级为5级，可能意味着研究样本量有限或 retrospective 性质	开发基于TP53突变的HPSCC预后预测模型	下咽鳞状细胞癌患者	数字病理学	下咽鳞状细胞癌	bulk多组学测序, 单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA和GSE65858等多个GEO数据集的数据
244	2025-04-26	Single-cell Profiling of Intrahepatic Immune Cells Reveals an Expansion of Tissue-resident Cytotoxic CD4+ T Lymphocyte Subset Associated With Pathogenesis of Alcoholic-associated Liver Diseases 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101411 PMID:39349248	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了酒精相关肝病(ALD)患者肝内免疫细胞的转录组特征，揭示了GZMK+CD4+ T淋巴细胞亚群在疾病进展中的关键作用	首次在ALD患者肝脏中发现并表征了具有组织驻留特征和终末效应状态的GZMK+CD4+ T细胞亚群，并证实其在肝纤维化区域的显著富集	研究样本量有限，且尚未阐明GZMK+CD4+ T细胞促进ALD进展的具体分子机制	阐明酒精相关肝病的免疫致病机制	健康人群、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者和酒精相关肝病(ALD)患者的肝脏免疫细胞	单细胞组学	酒精相关肝病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	健康对照、MASLD和ALD患者的肝脏样本(具体数量未明确说明)
245	2025-04-26	Pathogenesis of Germinal Matrix Hemorrhage: Insights from Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023446 PMID:39401848	review	本文综述了单细胞转录组学在揭示人类胎儿大脑生发基质中神经发生和血管生成新机制方面的最新进展	利用单细胞转录组学揭示了免疫-血管相互作用在生发基质血管形态发生中的关键作用，以及促炎因子如何破坏这一过程导致出血	NA	阐明生发基质出血的发病机制并探索治疗干预措施	人类胎儿大脑生发基质中的神经发生和血管生成过程	生物医学	新生儿疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
246	2025-04-26	The Human Milk-derived Peptide Drives Rapid Regulation of Macrophage Inflammation Responses in the Neonatal Intestine 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101420 PMID:39414025	研究论文	本研究探讨了母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150在调节新生儿肠道先天免疫稳态中的作用及其对坏死性小肠结肠炎的保护机制	首次鉴定了母乳细胞外囊泡中的β-酪蛋白衍生肽CASB135-150，并阐明其通过破坏FHL2/TRAF6复合物抑制NF-κB信号通路的分子机制	研究主要基于大鼠坏死性小肠结肠炎模型，人体内的效果尚需进一步验证	探索母乳肽对新生儿肠道先天免疫稳态的调节作用	母乳细胞外囊泡中的肽CASB135-150及其对巨噬细胞炎症反应的调控	免疫学	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共免疫沉淀(co-IP)、RNA测序(RNA-seq)	大鼠坏死性小肠结肠炎模型	分子生物学数据、测序数据	未明确说明具体样本数量（使用大鼠模型和体外培养的骨髓来源巨噬细胞）
247	2025-04-26	Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01591-x PMID:39467967	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别了特发性帕金森病(IPD)的潜在生物标志物SNRPE、COX7C和RPS27	首次在全血样本中识别出与IPD相关的关键基因和分子机制，并通过表观遗传学和RNA干扰验证了这些基因的调控	研究样本仅来自血液，未直接验证这些生物标志物在脑组织中的功能	寻找适用于特发性帕金森病的生物标志物	特发性帕金森病患者	生物信息学	帕金森病	基因表达分析、GO和KEGG通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、microRNA数据	124个差异表达基因(来自未明确数量的IPD患者血液样本)
248	2025-04-26	Machine learning identification of NK cell immune characteristics in hepatocellular carcinoma based on single-cell sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01581-z PMID:39433650	研究论文	本研究利用单细胞测序和大规模RNA测序技术，结合机器学习方法，识别肝细胞癌中具有NK细胞免疫特征的分子标志物	首次发现CD7在肝细胞癌中的高表达及其与预后的相关性，并验证了CD7高表达的NK细胞对肝癌细胞生长的抑制作用	样本量较小(8例正常肝组织和8例肝癌组织)，需要更大规模的研究验证结果	识别肝细胞癌中NK细胞的免疫特征分子标志物，并开发预后预测系统	肝细胞癌组织和正常肝组织中的NK细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，大规模RNA测序，RT-qPCR，MTS，流式细胞术	机器学习模型	RNA测序数据	8例正常肝组织和8例肝癌组织
249	2025-04-26	Challenges and Opportunities in the Clinical Translation of High-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Jan, Annual review of pathology DOI:10.1146/annurev-pathmechdis-111523-023417 PMID:39476415	review	本文回顾了高分辨率空间转录组学技术在临床转化中的挑战与机遇	探讨了空间转录组学技术在亚细胞分辨率下数字化基因表达的潜力，及其在疾病机制识别和个性化治疗中的应用	讨论了高分辨率空间转录组学技术在快速转化中面临的挑战	推动空间转录组学技术在临床病理学中的应用，以实现个性化医疗	常规收集和存档的临床样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, next-generation sequencing	deep learning	gene expression data	NA
250	2025-04-26	Therapeutic targets for hepatocellular carcinoma identified using proteomics and Mendelian randomization 2025-Jan, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16785 PMID:39477889	研究论文	本研究利用蛋白质组学和孟德尔随机化方法识别了与肝细胞癌风险相关的10种蛋白质生物标志物，并探讨了其在HCC治疗中的潜在应用	首次通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法系统识别HCC相关蛋白标志物，并深入分析其细胞表达特征、蛋白互作网络及成药性	研究结果主要基于欧洲人群数据，需要在其他种族群体中进行验证	发现肝细胞癌的新型治疗靶点和蛋白标志物	肝细胞癌相关蛋白质	生物医学研究	肝细胞癌	蛋白质组学、孟德尔随机化(MR)、单细胞测序、KEGG通路分析、PPI网络分析	孟德尔随机化模型	蛋白质组数据、基因组数据	多个GWAS数据集(7个已发表研究)、DeCODE队列、FinnGen队列和UK Biobank数据
251	2025-04-26	RAC2 as a Tumor-Suppressive Biomarker Associated with T Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Jan, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2024.0142 PMID:39479793	研究论文	本研究探讨了RAC2在乳腺癌中的肿瘤抑制作用和与T细胞浸润的关联	首次揭示了RAC2作为乳腺癌预后和诊断标志物的潜力，并阐明了其与免疫浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究RAC2在乳腺癌中的作用及其临床意义	乳腺癌组织和健康组织	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化分析、基因集分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌数据集
252	2025-04-26	S100A8/A9 high-expression macrophages mediate renal tubular epithelial cell damage in acute kidney injury following acute type A aortic dissection surgery 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1530741 PMID:40270593	研究论文	探讨S100A8/A9高表达巨噬细胞在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中对肾小管上皮细胞的损伤作用	首次揭示S100A8/A9通过促进巨噬细胞向M1表型转化并激活TNF信号通路在急性肾损伤中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在临床患者中进行验证	阐明S100A8/A9在急性A型主动脉夹层手术后急性肾损伤中的分子机制	肾小管上皮细胞和巨噬细胞	分子生物学	急性肾损伤和急性A型主动脉夹层	转录组测序和单细胞测序	小鼠AKI模型和RAW264.7细胞模型	基因表达数据和细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和TCMK-1、RAW264.7细胞系
253	2025-04-26	Single-cell RNA sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: tumor heterogeneity, microenvironment, resistance, and prognostic markers 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1583250 PMID:40270607	综述	本文综述了单细胞RNA测序在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的应用，探讨了肿瘤异质性、微环境、耐药机制和预后标志物	整合单细胞RNA测序与空间转录组学和单细胞多组学数据，以进一步阐明疾病机制并识别新的治疗靶点	未提及具体样本量或研究局限性	加深对弥漫性大B细胞淋巴瘤的理解，推动精准治疗策略的发展	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单细胞多组学	NA	RNA测序数据	NA
254	2025-04-26	Mapping Cell Identity from scRNA-seq: A primer on computational methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.051 PMID:40270709	review	本文提供了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中细胞身份注释的计算方法概述	对现有工具进行分类并讨论其关键优势、局限性和应用范围	未提及具体方法的性能比较或实验验证	为scRNA-seq数据中的细胞身份注释提供计算方法指南	单细胞RNA测序数据和相关的计算方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
255	2025-04-26	Investigation of the role of GEM in systemic lupus erythematosus through multi-omics joint analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569605 PMID:40270963	研究论文	通过多组学联合分析探究GEM在系统性红斑狼疮中的作用	首次通过单细胞RNA测序结合细胞实验揭示GEM基因在SLE成纤维细胞中的调控机制	研究局限于体外细胞实验，未进行动物模型验证	阐明GEM基因在系统性红斑狼疮发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者的成纤维细胞	生物医学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, qRT-PCR, 细胞功能实验	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
256	2025-04-26	Epithelial and macrophage cell interaction in cervical cancer through single-cell RNA-sequencing and spatial analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537785 PMID:40270962	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间分析研究宫颈癌中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了宫颈癌肿瘤微环境中上皮细胞和巨噬细胞的相互作用及其对预后的影响	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于样本量和数据质量	探索宫颈癌肿瘤微环境的细胞组成和免疫学特征	宫颈癌患者的肿瘤微环境细胞	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 免疫组化	基因集变异分析(GSVA), 肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评分	基因组数据, 转录组数据, 临床生存数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌样本数据
257	2025-04-26	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本研究旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后标志物，并识别膀胱癌（BLCA）中的关键枢纽RBP	首次将RBMS3识别为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	开发RBP预后标志物并识别膀胱癌中的关键RBP	膀胱癌（BLCA）	生物信息学	膀胱癌	scRNA-Seq, 生物信息学分析	风险模型	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	NA
258	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
259	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
260	2025-04-26	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	结合对抗域适应策略、对比损失和自步学习机制，实现了全局分布匹配和判别性特征表示，优于现有方法	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并提高细胞类型注释准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	基因表达数据	多个真实数据集（未提及具体数量）