单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-23	Single-nucleus transcriptional and chromatin accessibility analyses of maturing mouse Achilles tendon uncover the molecular landscape of tendon stem/progenitor cells 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619991 PMID:39484401	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和单核RNA及ATAC测序分析，揭示了小鼠跟腱成熟过程中肌腱干细胞/祖细胞（TSPCs）的分子特征	鉴定出CD55和CD248作为TSPCs的新型表面抗原标记物，并揭示了调控这些细胞群的候选上游转录因子	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	探索肌腱干细胞/祖细胞的分子特征及其在肌腱修复中的作用	2周和6周龄小鼠的跟腱细胞	分子生物学	肌腱和韧带损伤	单细胞RNA测序、单核RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	2周和6周龄小鼠的跟腱细胞
242	2025-07-23	Single-Cell Analysis of Host Responses in Bovine Milk Somatic Cells (bMSCs) Following HPAIV Bovine H5N1 Influenza Exposure 2025-06-03, Viruses DOI:10.3390/v17060811 PMID:40573402	研究论文	通过单细胞RNA测序分析牛乳体细胞在H5N1流感病毒暴露后的宿主免疫反应	首次在单细胞水平上揭示了牛乳腺对H5N1病毒暴露的免疫反应动态，包括细胞类型变化和细胞因子表达模式	未在单细胞RNA测序数据中观察到病毒reads，免疫反应可能仅由病毒成分暴露引起而非实际感染	理解牛乳腺对H5N1病毒暴露的宿主免疫反应机制	体外暴露于H5N1病毒的牛乳体细胞(bMSCs)	免疫学	H5N1禽流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR	NA	单细胞转录组数据	来自感染农场的H5N1分离株暴露的牛乳体细胞
243	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的响应模式	首次利用单细胞RNA测序技术定义了晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的两种响应模式，并揭示了耐药性的主要特征	研究样本量相对有限，且仅针对特定治疗方案	探索晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的分子响应机制	晚期肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例晚期肝细胞癌患者的RNA测序样本（317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
244	2025-07-23	Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach 2025-Jun, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222 PMID:40113007	research paper	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据集，重新定义了脊髓损伤后巨噬细胞的表型	采用无偏倚的方法识别脊髓损伤后生物学上保守的巨噬细胞群体，强调了数据共享和开放数据在重新定义巨噬细胞异质性中的价值	研究仅分析了7天后的数据，且样本来自年轻雌性小鼠，可能限制了结果的普遍性	探索脊髓损伤后巨噬细胞的异质性	脊髓损伤后的巨噬细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq	Seurat pipeline, SingleR	基因表达数据	三个独立的scRNA-seq数据集，来自接受中胸段脊髓挫伤的年轻雌性小鼠
245	2025-07-23	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术研究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因同时表达以及低或无表达状态，并发现低表达状态可显著降低抗体对感染细胞的识别	研究仅使用了3D7和IT4两种克隆寄生虫系，可能无法完全代表自然界中的多样性	探究疟原虫var基因表达的转录可塑性及其在免疫逃避和慢性感染中的作用	恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)的var基因家族	基因组学	疟疾	单细胞转录组学(scRNA-seq)、富集探针和便携式微孔系统	NA	转录组数据	3D7和IT4两种克隆寄生虫系
246	2025-07-23	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	research paper	该论文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞分割的形态学合理性和计算效率	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能需要更多平台验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	digital pathology	renal cell carcinoma	spatial transcriptomics	probabilistic segmentation model (Proseg)	spatial transcriptomics data	来自肾细胞癌患者的样本数据
247	2025-07-23	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	本研究揭示了脑膜来源的视黄酸（RA）通过抑制Notch和Sox2信号通路调控神经发生的分子机制	首次发现脑膜来源的RA通过抑制Notch信号通路和Sox2表达促进神经发生，揭示了RA在协调新皮质发育中的新机制	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常发育情况	探究脑膜来源RA调控端脑神经前体细胞神经发生的分子机制	Foxc1突变胚胎的端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
248	2025-07-23	Exploring the immune environment of glioblastoma through single-cell RNA sequencing in humanized mouse models 2025-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.17.654526 PMID:40475625	研究论文	通过在人源化小鼠模型中进行单细胞RNA测序，探索胶质母细胞瘤的免疫环境	建立了一种独特的人源化胶质母细胞瘤小鼠模型，该模型利用患者来源的异种移植物（PDXs）在人源化小鼠中重现了肿瘤的免疫微环境	模型依赖于特定类型的免疫缺陷小鼠和人脐带血来源的造血干细胞，可能限制了其广泛适用性	研究胶质母细胞瘤的免疫环境并评估新疗法，特别是免疫疗法	人源化小鼠模型中的胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物（PDXs）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学	人源化小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学数据	两种免疫缺陷小鼠模型，使用人脐带血来源的CD34+造血干细胞进行人源化
249	2025-07-23	Human airway epithelial B-cell activating factor is reduced in early life but is virally induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	研究论文	研究人类气道B细胞在早期生命中的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用，特别是在病毒感染时的BAFF产生机制	揭示了BAFF/BAFF受体轴在早期生命B细胞成熟和存活中的关键作用，以及病毒通过JAK/STAT信号诱导BAFF产生的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	理解早期生命中气道B细胞的发育动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞	免疫学	呼吸道病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同年龄组的儿科患者
250	2025-07-23	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	该研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何通过激活邻近的造血干细胞促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了骨髓脂肪酸代谢通过调控Vcam1表达促进HFpEF的新机制	研究主要基于动物模型，人类样本验证有限	阐明HFpEF发病机制中免疫系统的作用	HFpEF患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压小鼠模型	基因表达数据、代谢组数据	患者样本和动物模型（具体数量未说明）
251	2025-07-23	Sex differences in adenosine deaminase activity associate with disparities in SARS-CoV-2 innate immunity 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112418 PMID:40343269	研究论文	该研究探讨了性别差异在腺苷脱氨酶（ADA）活性上的表现及其与SARS-CoV-2先天免疫差异的关联	揭示了ADA活性性别差异与hERV和ISG表达的关系，以及IL-18在性别特异性ADA2表达中的作用	研究样本可能有限，且机制尚未完全阐明	探究性别差异在抗病毒免疫中的机制	健康人群和COVID-19患者的血液和肺部单核细胞群体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康人群和COVID-19患者的血液和肺部样本
252	2025-07-23	Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403195R PMID:40322970	研究论文	本研究探讨了遗传学和脂质代谢物与严重SARS-CoV-2感染的关系，通过RNA测序和脂质代谢分析揭示了特定脂质介质与疾病严重程度的相关性	首次发现特定脂质介质（如AA和EPA）与COVID-19严重程度显著相关，并揭示了这些脂质与DNA损伤通路的关联	样本量较小（10名感染者和10名未感染者），且仅针对祖先SARS-CoV-2毒株进行研究	探究脂质代谢物和基因表达与SARS-CoV-2感染严重程度的关系	COVID-19患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆样本，以及鼻咽拭子样本	生物医学研究	COVID-19	bulk RNA-seq, 脂肪酸组分析, 单细胞RNA-seq数据分析	NA	RNA测序数据, 脂质代谢数据	20名受试者（10名感染者+10名未感染者）的PBMCs和血浆样本，58名参与者的鼻咽拭子样本
253	2025-07-23	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	研究论文	本文介绍了首个以免疫为重点的猕猴单细胞多组织图谱RIRA，通过对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的优势和局限	首次构建了猕猴免疫参考图谱RIRA，并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	在T细胞和自然杀伤细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记，且共享的表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混合	准确解释单细胞RNA测序数据，理解其与免疫细胞功能和谱系定义的差异和限制	猕猴免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多组织样本（具体数量未提及）
254	2025-07-23	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质信号的动态变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调控因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR筛选，多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据，患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
255	2025-07-23	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞功能，并发现CD患者造血干细胞（HSCs）亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且机制研究依赖小鼠异种移植模型	阐明SCT后免疫系统重建机制，评估其作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成年患者（n=19）的血液、肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF（质谱流式细胞术）、scRNA-seq（单细胞RNA测序）、小鼠异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、质谱流式数据	19例难治性CD患者
256	2025-07-23	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文探讨了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在急性肺损伤中的新治疗靶点	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	研究主要聚焦于PA诱导的急性肺损伤，其他类型的肺损伤是否适用尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用及其在急性肺损伤治疗中的应用	巨噬细胞极化和急性肺损伤	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
257	2025-07-23	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱	通过高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，识别了与纤维化进程和消退相关的成纤维细胞亚型及其生物分子环境	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类数据的验证仍需进一步扩展	探索肺纤维化进程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	NA
258	2025-07-23	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，揭示了皮层发育的动态细胞亚型特异性，并验证了特定模块在细胞命运决定中的作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他分子层面的验证	探索人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
259	2025-07-23	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对脆弱和坏死动脉粥样硬化组织中造血细胞转录组分析的影响，证明了冷冻保存样本可用于大规模生物样本库	研究中观察到颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞的缺失，可能是由于动脉内膜切除术中丢失了外膜层	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10× Genomics工作流程	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本(3个来自冠状动脉，2个来自颈动脉)
260	2025-07-23	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本研究探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，利用常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和效用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析和MHC I类免疫肽组学	研究样本量未明确说明，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用仍需进一步验证	评估立体定向活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成潜力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	NA