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当前共找到 38102 篇文献,本页显示第 241 - 260 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
241 2026-04-02
Frequency-domain kernels enable atlas-scale detection of spatially variable genes
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种名为FLASHS的新方法,用于在空间转录组学中检测空间可变基因,该方法通过频域核实现高精度、良好校准和大规模计算 FLASHS方法将空间测试移至频域,利用随机傅里叶特征和稀疏草图技术,无需构建距离矩阵即可在零膨胀数据上进行多尺度核测试,并通过峰度校正零假设保持校准 NA 开发一种准确、校准良好且可扩展的方法,用于识别空间转录组学中的空间可变基因 空间转录组学数据,包括艾伦大脑MERFISH图谱中的394万个细胞和人类心脏组织 空间转录组学 NA 空间转录组学 频域核方法 空间转录组数据 50个数据集,覆盖9个平台,包括艾伦大脑MERFISH图谱中的394万个细胞 NA 空间转录组学 NA NA
242 2026-04-02
COUP-TFII promotes macrophage-myofibroblast transition by attenuating HIF-1α-mediated glycolysis
2026-Mar-18, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3
研究论文 本研究探讨了COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化中通过抑制HIF-1α介导的糖酵解促进巨噬细胞-肌成纤维细胞转化的机制 揭示了COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化中的新作用机制,即通过调控HIF-1α依赖的糖酵解途径促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,未涉及人类临床样本验证,且具体信号通路细节需进一步探索 探究COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化进程中的调控机制 巨噬细胞、DB/DB糖尿病肾病小鼠模型 NA 糖尿病肾病 Western blotting、单细胞测序、免疫荧光 NA 蛋白质表达数据、单细胞测序数据、GEO数据库数据 未明确样本数量,使用DB/DB糖尿病肾病小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
243 2026-04-02
High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种名为ITEC的无监督方法,用于高保真地自动重建胚胎中每个细胞的完整谱系和命运图 提出ITEC方法,通过迭代追踪与错误校正实现无监督的细胞谱系重建,在斑马鱼胚胎数据中达到超过99.7%的准确率 NA 重建活体胚胎的完整细胞谱系和命运图,以探索发育生物学中的关键形态发生过程 斑马鱼、小鼠等胚胎的细胞 计算机视觉 NA 空间转录组学 NA 图像 四个跨物种数据集,包括斑马鱼和小鼠胚胎,总计1850万个细胞 NA NA NA NA
244 2026-04-02
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一个名为UniST的统一生成式人工智能框架,用于从稀疏的连续切片中计算重建密集且连续的三维空间转录组学景观 提出了一个统一的生成式AI框架,整合了核点卷积与交叉注意力层、基于光流的插值以及图自编码器与隐式神经表示三个互补模块,以解决稀疏、异质的三维ST数据重建问题,而无需改变底层实验技术 未明确提及该计算框架在处理极低质量或高度降解组织样本时的性能,也未讨论其计算资源需求或在不同物种间的普适性限制 开发一个通用的计算解决方案,以经济高效且可扩展的方式重建三维空间转录组学景观,从而更真实地研究组织结构和疾病生物学 小鼠胚胎数据集和三维人类癌症组织 空间转录组学 癌症 空间转录组学 生成式AI框架(整合核点卷积、交叉注意力层、光流插值、图自编码器、隐式神经表示) 三维空间转录组学数据(点云、连续切片) 未明确指定具体样本数量,涉及小鼠胚胎数据集和两种三维人类癌症组织 NA 空间转录组学 NA NA
245 2026-04-02
Predicting targeted- and immunotherapeutic response outcomes in melanoma with single-cell Raman spectroscopy and AI
2026-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文提出了一种结合单细胞拉曼光谱和机器学习的方法,用于快速分析黑色素瘤细胞并预测其对靶向和免疫疗法的反应 开发了一种非破坏性、单细胞水平的拉曼光谱结合机器学习方法,用于预测黑色素瘤的靶向和免疫治疗反应,该方法成本较低且能反映影响肿瘤行为的生化改变 研究样本量有限(9例患者来源样本),且方法在更广泛临床环境中的验证仍需进一步研究 预测黑色素瘤对靶向和免疫治疗的反应,以改善精准医疗中的治疗选择评估 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例已知对靶向和免疫治疗抑制剂(如bemcentinib、cabozantinib、dabrafenib、nivolumab等)具有耐药性特征的黑色素瘤患者来源样本 机器学习 黑色素瘤 单细胞拉曼光谱 随机森林 光谱数据 小鼠和人类黑色素瘤细胞系,以及9例患者来源样本 NA 单细胞拉曼光谱 NA NA
246 2026-04-02
In Vivo CRISPR Screening Identifies the Glutamate Receptor GRIA2 as Promoting Peritoneal Metastasis of Gastric Cancer via Calcium-Dependent β-Catenin Activation
2026-Mar-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过体内CRISPR筛选发现谷氨酸受体GRIA2通过钙依赖性β-连环蛋白激活促进胃癌腹膜转移 首次通过体内全基因组CRISPR/Cas9筛选鉴定出GRIA2作为胃癌腹膜转移的关键驱动因子,并揭示了癌症相关成纤维细胞通过谷氨酸旁分泌轴促进转移的新机制 研究主要基于小鼠模型和临床样本分析,尚未在人体中进行直接干预验证 探索胃癌腹膜转移的新治疗靶点 胃癌细胞、腹膜转移灶、癌症相关成纤维细胞 癌症生物学 胃癌 CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、临床病理数据 细胞系来源和患者来源的类器官异种移植小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
247 2026-04-02
Spatially defined danger zone shapes gastric cancer progression through CCDC80+ fibroblast-induced CD8+ T cell dysfunction
2026-Mar-07, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过空间转录组学识别了胃癌中的“危险区”,揭示了其通过CCDC80+成纤维细胞诱导CD8+ T细胞功能障碍来驱动癌症进展的机制 首次定义了胃癌中的空间“危险区”,并发现CCDC80+成纤维细胞通过CXCL12-CXCR4信号招募并诱导CD8+ T细胞功能障碍,为预后预测和免疫治疗提供了新靶点 研究主要基于小鼠模型和人类样本的观察,机制验证虽包括共培养实验,但临床转化和体内功能验证仍需进一步探索 探究胃癌肿瘤微环境的空间异质性及其对癌症进展和免疫抑制的影响 小鼠侵袭性肿瘤和人类胃癌样本 数字病理学 胃癌 空间转录组学,单细胞分析,非负矩阵分解,XGBoost分类器,LightGBM模型 XGBoost, LightGBM 空间转录组数据,单细胞数据,H&E切片图像 未明确指定样本数量,但涉及小鼠肿瘤和人类胃癌队列 NA 空间转录组学,单细胞分析 NA NA
248 2026-04-02
CRISPR-based functional genomics for dissecting therapeutic dependency in primary acute myeloid leukemia samples
2026-Mar-05, Molecular cell IF:14.5Q1
研究论文 本研究开发了一种优化的基于CRISPR的功能基因组学平台,用于直接研究原发性急性髓系白血病样本中的癌症依赖性和细胞异质性 将CRISPR功能基因组学平台直接应用于异质性原发性肿瘤(特别是患者来源的异种移植和原发性AML样本),而非仅限于小鼠模型或已建立的癌细胞系,并结合Perturb-seq在单细胞水平解析扰动效应 研究主要聚焦于急性髓系白血病,平台在其他癌症类型中的普适性有待进一步验证 开发并应用CRISPR功能基因组学平台,以直接剖析原发性癌症样本中的治疗依赖性和耐药机制 患者来源的异种移植模型和原发性急性髓系白血病样本 功能基因组学 急性髓系白血病 CRISPR-Cas9基因敲除、CRISPR干扰、单细胞RNA测序 NA 基因组测序数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
249 2026-04-02
COL8A1-positive cancer-associated fibroblasts are drivers of 5-fluorouracil resistance in colorectal cancer
2026-Mar-05, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了COL8A1阳性癌症相关成纤维细胞通过COL8A1/ITGB1介导的上皮-间质转化轴驱动结直肠癌对5-氟尿嘧啶耐药的新机制 首次鉴定出COL8A1阳性成纤维细胞亚群作为5-FU耐药的关键驱动因素,并阐明了其通过COL8A1/ITGB1信号轴诱导EMT的具体分子机制 研究样本量相对有限(24个队列),体内验证主要在异种移植模型中进行,缺乏更接近人体微环境的模型验证 探究结直肠癌中5-氟尿嘧啶获得性耐药的基质细胞驱动机制 结直肠癌组织、癌症相关成纤维细胞、肿瘤细胞系、小鼠异种移植模型 单细胞组学 结直肠癌 单细胞RNA测序、多组学分析、CRISPR/Cas9基因编辑、siRNA干扰、免疫化学分析 细胞通讯模型 单细胞转录组数据、多组学数据、体外实验数据、体内实验数据 24个结直肠癌队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
250 2026-04-02
Atlas-guided discovery of transcription factors for T cell programming
2026-Mar, Nature IF:50.5Q1
研究论文 本研究通过构建一个整合转录组和表观遗传数据的综合图谱,系统性地定义了驱动CD8 T细胞不同状态的转录因子,并利用CRISPR筛选和单细胞RNA测序技术,揭示了调控T细胞分化的关键因子,为细胞免疫疗法提供了新靶点 构建了首个整合九种CD8 T细胞状态的转录和表观遗传数据的综合图谱,并利用in vivo Perturb-seq技术(CRISPR筛选与单细胞RNA测序结合)系统性地鉴定了调控T细胞分化的转录因子,包括新发现的ZSCAN20和JDP2等TEX选择性因子 研究主要基于小鼠模型,人类T细胞验证数据有限;平台虽全面,但可能未覆盖所有T细胞状态或环境因素 系统性发现和验证调控CD8 T细胞不同分化状态的转录因子,以优化细胞免疫疗法设计 CD8 T细胞,特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(TRM) 免疫学与计算生物学 癌症与慢性病毒感染 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表观遗传分析、CRISPR筛选、in vivo Perturb-seq NA 转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据 涉及九种CD8 T细胞状态,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
251 2026-04-02
Deconvolving cell-type-specific gene expression profiles from bulk RNA-seq samples
2026-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文开发了一种基于U-Net的深度学习算法BLUE,用于从bulk RNA-seq样本中解卷积细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 利用U-Net架构的强大特征提取和表示学习能力,首次实现从bulk RNA-seq数据中准确预测细胞类型特异性基因表达谱,性能显著优于现有解卷积算法 未明确说明算法对实验成本的依赖程度或数据规模要求 整合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势,利用现有bulk RNA-seq数据集进行细胞类型特异性分析 bulk RNA-seq样本中的细胞类型比例和基因表达谱 自然语言处理 癌症 bulk RNA-seq, scRNA-seq U-Net RNA-seq数据 NA NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
252 2026-04-02
Exploring the developmental mechanisms of tea plant trichomes using genomics and single-cell transcriptome sequencing
2026-Mar, Horticulture research IF:7.6Q1
研究论文 本研究通过基因组测序和单细胞转录组测序,探索了茶树毛状体的发育机制 首次提供了三倍体茶树品种的高质量染色体级别基因组组装,并构建了木本植物的单细胞图谱,鉴定了毛状体特异性标记基因和发育轨迹 NA 探索茶树毛状体的发育机制,为茶树育种提供遗传资源 福鼎大白茶(三倍体白茶品种)及其叶片组织 基因组学 NA PacBio长读长测序、Hi-C支架、单核RNA测序 NA 基因组序列、单细胞转录组数据 叶片组织混合样本 PacBio 长读长测序、Hi-C、单核RNA-seq NA NA
253 2026-04-02
Oncolytic Zika virus therapy leverages CCR2+ monocytes to boost anti-glioblastoma T cell responses
2026-Feb-23, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究探讨了溶瘤寨卡病毒(ZIKV)通过激活CCR2+单核细胞来增强抗胶质母细胞瘤CD8+ T细胞反应的机制 揭示了ZIKV通过CCR2+单核细胞介导的T细胞反应增强机制,为克服胶质母细胞瘤免疫抑制提供了新策略 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 探究ZIKV治疗胶质母细胞瘤的免疫机制,特别是单核细胞在其中的作用 胶质母细胞瘤小鼠模型中的CCR2+单核细胞和CD8+ T细胞 数字病理学 胶质母细胞瘤 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
254 2026-04-02
Spatial transcriptomics maps early B-cell and T-cell activation in hidradenitis suppurativa
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了化脓性汗腺炎早期阶段B细胞和T细胞的免疫激活先于皮肤隧道和三级淋巴结构形成 首次在化脓性汗腺炎中明确了免疫激活的时间顺序,发现早期病变中已存在显著的B细胞富集、17型T细胞通路激活和中性粒细胞浸润,并识别出表达促炎细胞因子、抗原呈递机制和免疫球蛋白的多功能B细胞 研究样本量相对有限(156个感兴趣区域),且仅与痤疮聚合症和银屑病进行了比较,可能未涵盖所有炎症性皮肤病的异质性 阐明化脓性汗腺炎中免疫激活与晚期结构形成的时序关系 化脓性汗腺炎、痤疮聚合症和银屑病的皮肤组织样本 数字病理学 皮肤炎症性疾病 空间转录组学、单细胞RNA测序 NA 转录组数据 156个感兴趣区域 NA 空间转录组学, 单细胞RNA测序 NA NA
255 2026-04-02
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究利用公开可用的单细胞测序数据集,解析肝硬化中疾病相关的免疫细胞亚型、基因表达谱及转录因子活性变化,以理解其在疾病发生和进展中的作用 通过整合多种生物信息学工具,首次在单细胞水平系统描绘了肝硬化的细胞可塑性及免疫微环境重编程图谱,并识别出关键的免疫调控轴和潜在治疗靶点 研究依赖于公开数据集,可能受限于样本来源、测序平台和批次效应,且为观察性分析,需进一步实验验证 解析肝硬化中免疫细胞的动态变化、细胞间通讯网络及转录调控机制,以揭示疾病进展的免疫学基础 肝硬化患者的肝脏单细胞RNA测序数据 数字病理学 肝硬化 单细胞RNA测序 Seurat, Monocle, CellChat 单细胞RNA测序数据 35,017个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
256 2026-04-02
Single-cell atlas of the transcriptome and chromatin accessibility in the human retina
2026-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1
研究论文 本研究构建了一个整合双模态的人类视网膜细胞图谱,包含约390万个细胞,识别了超过130种细胞类型 整合了转录组和染色质可及性数据,创建了首个大规模、多供体、多实验室的人类视网膜细胞参考图谱 NA 深入理解视网膜的分子特征和细胞多样性,以促进对视网膜功能和病理的研究 人类视网膜细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 约390万个细胞,来自125名不同祖先背景的供体 NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq NA NA
257 2026-04-02
Gut Microbiome, Immune Cells, and Heart Failure: A Multi-Omics Mendelian Randomization Study
2026-Jan-23, Cardiology IF:1.9Q3
研究论文 本研究通过多组学孟德尔随机化分析,探讨了肠道微生物组通过免疫细胞对心力衰竭的因果影响 首次结合肠道微生物组、免疫细胞和心力衰竭的GWAS数据,利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术,通过eQTL孟德尔随机化分析揭示微生物与免疫互作在心力衰竭中的因果机制 研究依赖于公开的GWAS摘要数据,可能受限于样本异质性和潜在混杂因素,且因果推断基于遗传工具变量,需实验验证 探究肠道微生物组通过免疫调节对心力衰竭发病的因果关系 肠道微生物分类群、免疫细胞(如CD4+T细胞、NK/T细胞)和心力衰竭患者及健康对照 生物信息学 心血管疾病 全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析 孟德尔随机化(MR)模型 遗传摘要数据、单细胞转录组数据 基于公开GWAS和单细胞测序数据,具体样本数未明确说明 NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
258 2026-04-02
Loss of HOXA10 activates NLRP3 for epithelial plasticity and pyroptosis in endometrium during embryo implantation
2026-01-15, Reproduction (Cambridge, England)
研究论文 本研究揭示了转录因子HOXA10通过抑制NLRP3来维持子宫内膜上皮细胞特性,其下调会激活NLRP3介导的炎症小体形成和细胞焦亡,从而为胚胎植入创造条件的分子机制 首次发现HOXA10通过直接调控NLRP3表达来控制胚胎植入过程中的上皮重塑,并阐明了NLRP3在诱导上皮可塑性(pEMT)和细胞焦亡中的双重功能 研究主要基于小鼠模型,在人类子宫内膜中的验证尚需进一步研究;NLRP3抑制剂MCC950的具体作用机制和长期影响有待深入探索 探究胚胎植入过程中子宫内膜上皮细胞重塑的分子调控机制 小鼠子宫内膜(特别是腔上皮细胞) 生殖生物学/发育生物学 生殖系统疾病(胚胎植入相关) CUT&RUN测序,单细胞RNA-seq,免疫染色 NA 基因组学数据,转录组数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
259 2026-04-02
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-01-14, Cells IF:5.1Q2
研究论文 本研究利用患者来源的iPSC皮质类器官,揭示了ALG13-CDG是一种大脑特异性低糖基化疾病,通过多组学与功能分析阐明了其导致皮质网络功能障碍的机制 首次通过人类皮质类器官模型揭示ALG13-CDG的大脑特异性糖基化缺陷机制,并整合多组学与电生理记录发现早期网络活动低下及兴奋/抑制失衡的发育时序异常 类器官模型虽能模拟早期发育,但无法完全再现成熟大脑的复杂结构与环路;研究样本量有限;机制验证仍需进一步体内实验 阐明ALG13-CDG疾病中ALG13功能缺失对大脑糖基化及神经发育的影响机制 ALG13-CDG患者来源的iPSC皮质类器官 神经发育疾病研究 先天性糖基化障碍(CDG) 单细胞RNA测序、蛋白质组学、糖蛋白质组学、N-聚糖成像、脂质组学、代谢组学、MEA电生理记录 人类皮质类器官模型 多组学数据(转录组、蛋白质组、糖基化组、脂质组、代谢组)及电生理信号 ALG13-CDG患者来源的iPSC皮质类器官(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA-seq, 多组学分析 NA NA
260 2026-04-02
Single-cell transcriptome sequencing reveals hepatocyte heterogeneity in response to radiation-induced liver injury and regeneration
2026-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了辐射诱导肝损伤后肝细胞的异质性反应与再生机制 首次在辐射诱导肝损伤模型中,结合单细胞和单核RNA测序以及蛋白质组学分析,系统描绘了肝细胞亚群在空间和时间上的动态响应,并验证了人类肝组织中的保守通路激活 研究主要基于大鼠模型,人类样本验证有限;未深入探讨长期再生效果或临床转化潜力 阐明辐射诱导肝损伤的分子机制及肝细胞再生过程 大鼠肝细胞及人类肝组织 数字病理学 肝损伤 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 蛋白质组学分析 NA 转录组数据, 蛋白质组数据 大鼠模型及人类肝组织样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 NA NA
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