单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-17	Transcriptomic Plasticity of Human Alveolar Macrophages Revealed by Single-Cell RNA Sequencing Following Drug Exposure: Implications for Therapeutic Development 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094439 PMID:40362676	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究药物暴露后人类肺泡巨噬细胞的转录组可塑性，为治疗开发提供新见解	揭示了肺泡巨噬细胞转录程序的可塑性，并证实药物可以重编程这些细胞的表型	研究仅基于体外实验，未在体内模型中验证	探讨肺泡巨噬细胞的转录可塑性及其在肺纤维化治疗中的潜在应用	人类肺泡巨噬细胞	单细胞转录组学	肺纤维化	scRNA-seq, qPCR	NA	RNA测序数据	NA
242	2025-05-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Stem Cell-Derived Exosomes Attenuate Inflammatory Gene Expression in Pulmonary Oxygen Toxicity 2025-May-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094462 PMID:40362698	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了干细胞来源的外泌体在减轻肺氧毒性炎症基因表达中的作用	首次报道了外泌体在肺氧毒性中的作用及机制，并整合了单细胞RNA测序和批量分析技术	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究干细胞外泌体保护肺组织的机制及潜在分子调控网络	小鼠肺氧毒性模型	单细胞转录组学	肺氧毒性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠模型
243	2025-05-17	A Transfer Learning Framework for Predicting and Interpreting Drug Responses via Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094365 PMID:40362602	research paper	提出一个基于迁移学习的框架，通过单细胞RNA测序数据预测和解释药物反应	设计了一个共享编码器将批量和单细胞测序数据投影到统一的潜在空间进行药物反应预测，并通过先验生物知识引导的稀疏解码器增强可解释性	临床样本获取有限，且单细胞RNA测序药物反应数据的系统收集和利用仍有限	提高药物反应预测的性能和可解释性，理解药物反应的分子机制	单细胞RNA测序药物反应数据集	machine learning	cancer	scRNA-seq	transfer learning	RNA sequencing data	五个精选的单细胞RNA测序数据集
244	2025-05-17	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal transcriptional cell lineage heterogeneity in extracranial arteriovenous malformation 2025-May, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.005 PMID:40118698	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示颅外动静脉畸形中转录细胞谱系的异质性	首次在单细胞水平上描绘了颅外动静脉畸形（eAVMs）的分子图谱，鉴定了MAFB+ nidus内皮细胞的存在，并揭示了血管周围细胞和免疫细胞之间的转录变异和失调的细胞间相互作用	样本量较小（9例eAVMs样本和2例非病变组织对照），且空间转录组分析仅在一个eAVM样本上进行	在单细胞水平上生成eAVMs的分子信息概览	颅外动静脉畸形（eAVMs）的组织样本	单细胞转录组学	血管畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq），10x Visium空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	9例eAVMs样本和2例非病变组织对照
245	2025-05-17	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调节的表达模式	首次系统揭示了分泌钙蛋白表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要集中于前脑区域，其他脑区的调控机制尚未完全阐明	阐明分泌钙蛋白作为神经元标记物的表达调控机制及其与神经元活动的关系	人类胎儿前脑、小鼠皮层神经元、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠、体外培养细胞
246	2025-05-17	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间表观遗传机制如何驱动免疫失调，重点关注HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	利用全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学和染色质可及性测定等新技术，揭示了HIV如何利用宿主表观基因组逃避免疫监视和促进病毒持久性的关键机制	NA	研究急性HIV感染期间表观遗传重编程对病毒持久性和免疫功能障碍的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	表观遗传学	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性测定	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA
247	2025-05-17	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	研究论文	本文提出了一种名为CHOIR的新方法，用于改进单细胞数据中细胞类型和状态的显著性检测	CHOIR通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树上进行统计推断，显著提高了细胞群识别的准确性和可靠性	NA	改进单细胞数据聚类方法，提高细胞类型和状态识别的准确性	单细胞数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、空间转录组学和多组学数据	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
248	2025-05-17	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	研究论文	本研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱	首次系统地描述了鸡基因组上的功能变异，揭示了调控变异的分子机制及其在复杂性状解释中的应用	研究仅基于鸡的基因组数据，未涉及其他非哺乳动物羊膜动物的比较	理解鸡基因组的基因调控机制及其在复杂性状中的作用	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
249	2025-05-17	Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08852-z PMID:40205047	研究论文	本研究探讨了免疫检查点分子TIM-3在小胶质细胞中的功能及其在阿尔茨海默病中的作用	揭示了TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态的新机制，并提出了靶向小胶质细胞TIM-3治疗阿尔茨海默病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	探究TIM-3在小胶质细胞中的功能及其与阿尔茨海默病的关系	小胶质细胞和阿尔茨海默病小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序、单细胞RNA测序	5×FAD转基因小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用5×FAD小鼠模型
250	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，特别是在皮肤黑色素瘤中，桥粒基因突变率超过70%，这些突变通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未在转移性黑色素瘤中观察到类似现象，且具体信号通路机制尚未完全阐明	探究桥粒基因突变对肿瘤微环境的影响及其在黑色素瘤发生发展中的作用	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除	角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（人类黑色素瘤活检组织）
251	2025-05-17	Circular RNA discovery with emerging sequencing and deep learning technologies 2025-May, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02157-7 PMID:40247051	review	本文综述了环状RNA（circRNA）的发现、表征和功能分析算法的最新突破，并探讨了整合大规模circRNA测序数据的挑战及人工智能驱动算法的未来发展潜力	结合长读长和单细胞RNA测序技术与深度学习算法，以前所未有的分辨率和规模研究circRNA	circRNA的低表达水平和高序列相似性给检测和表征带来挑战	探索circRNA在基因调控和疾病发病机制中的作用	环状RNA（circRNA）	生物信息学	NA	长读长测序、单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
252	2025-05-17	Decoupled GNNs based on multi-view contrastive learning for scRNA-seq data clustering 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf198 PMID:40366859	research paper	提出了一种基于多视角对比学习的解耦图神经网络（scDeGNN）方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	通过构建两个邻接矩阵生成不同视角，使用解耦图神经网络训练，结合多层感知机和对比学习层优化特征表示，显著提高了聚类性能	未明确提及计算资源消耗或模型在大规模数据集上的可扩展性限制	解决单细胞RNA测序数据聚类中的高维度和复杂性挑战	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GNN, MLP	基因表达数据	九个来自不同生物体和组织的真实scRNA-seq数据集
253	2025-05-17	Supplementation of Forskolin and Linoleic Acid During IVC Improved the Developmental and Vitrification Efficiency of Bovine Embryos 2025-Apr-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094151 PMID:40362390	研究论文	本研究评估了在体外培养（IVC）中添加福斯高林和亚油酸（FL）对牛胚胎冷冻存活、脂质含量和玻璃化过程中生存能力的影响	首次使用脂质代谢组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术揭示了FL通过调节脂质代谢降低胚胎脂滴含量，从而提高冷冻存活率的机制	研究仅针对牛胚胎，结果可能不适用于其他物种	提高体外培养牛胚胎的发育能力和玻璃化效率	牛胚胎	生殖生物学	NA	脂质代谢组学, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	脂质组学数据, 基因表达数据	726种已鉴定脂质（26种差异表达），1079个差异表达基因（DEGs）
254	2025-05-17	Deciphering Anticancer Mechanisms of Calycosin in Lung Adenocarcinoma Through Multi-Omics: Targeting SMAD3-Mediated NOTCH Signaling in the Tumor Microenvironment 2025-Apr-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17091455 PMID:40361382	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制，特别是通过靶向SMAD3介导的NOTCH信号通路在肿瘤微环境中的作用	首次揭示了毛蕊花素通过靶向SMAD3调控NOTCH信号通路在单核细胞/巨噬细胞中的作用，从而抑制肿瘤生长、侵袭和免疫逃逸	研究主要基于体外和计算分析，缺乏体内实验验证	探究毛蕊花素在肺腺癌中的抗癌机制	肺腺癌（LUAD）及其肿瘤微环境	肿瘤学	肺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学、分子对接	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
255	2025-05-17	Identification and Exploration of Pyroptosis-Related Genes in Macrophage Cells Reveal Necrotizing Enterocolitis Heterogeneity Through Single-Cell and Bulk-Sequencing 2025-Apr-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26094036 PMID:40362275	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序技术，识别和探索了巨噬细胞中与细胞焦亡相关的基因，揭示了坏死性小肠结肠炎（NEC）的异质性	发现了一个新的巨噬细胞亚群，并阐明了TREM1在NEC进展中促进细胞焦亡的生物学功能和分子机制	研究中提到的五个潜在诊断标记基因未在摘要中具体列出，可能影响结果的验证和应用	识别与NEC和细胞焦亡相关的细胞群和基因，探索潜在的治疗靶点	坏死性小肠结肠炎（NEC）患者和THP-1细胞	数字病理学	坏死性小肠结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、免疫荧光染色、PCR、Western blot	NA	RNA测序数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及NEC患者肠道组织和THP-1细胞
256	2025-05-17	New Insights and Implications of Cell-Cell Interactions in Developmental Biology 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093997 PMID:40362237	综述	本文综述了2008年至2023年间与发育生物学相关的细胞间相互作用(CCIs)研究，系统收集和分类了93种分析工具和39个数据库，并通过案例研究展示了其实际应用	利用高通量技术如单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)系统解析细胞间调控网络，并构建了全面的数据库和分析框架	当前分析框架在空间定位和单细胞分辨率下跨膜状态验证方面存在解释性限制	推动发育生物学中细胞间相互作用(CCIs)研究的应用和临床转化	细胞间相互作用(CCIs)及其在胚胎发育中的调控网络	发育生物学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
257	2025-05-17	Exploring the Role of Circadian Rhythm-Related Genes in the Identification of Sepsis Subtypes and the Construction of Diagnostic Models Based on RNA-seq and scRNA-seq 2025-Apr-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093993 PMID:40362233	研究论文	探讨昼夜节律相关基因在脓毒症亚型识别及基于RNA-seq和scRNA-seq的诊断模型构建中的作用	首次基于昼夜节律相关基因识别脓毒症亚型，并利用多种机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于公共数据库数据，未进行独立队列验证	识别脓毒症亚型并构建诊断模型	脓毒症患者和对照组的基因表达数据	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	随机森林, 支持向量机, 广义线性模型, xgboost	基因表达数据	来自GEO数据库的脓毒症和对照组RNA-seq数据集
258	2025-05-17	Dual Disruption of EGFR/PI3K Signaling: IGF2BP2 Targeting Reverses Anti-EGFR Resistance in CAFs-Infiltrated Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093941 PMID:40362183	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白IGF2BP2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的致癌作用及其作为治疗靶点的潜力	首次发现IGF2BP2通过m6A依赖机制稳定EGFR和PIK3R1 mRNA，同时靶向EGFR/PI3K信号通路克服抗EGFR耐药性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床验证	探索OSCC中RNA结合蛋白的调控机制并开发新的治疗策略	口腔鳞状细胞癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	癌症生物学	口腔鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA-seq、RIP-seq、RIP/MeRIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	小鼠异种移植模型和基因敲除小鼠模型	RNA测序数据和蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本数量，涉及组织微阵列、体外细胞实验和小鼠模型
259	2025-05-17	Spatial Omics in Clinical Research: A Comprehensive Review of Technologies and Guidelines for Applications 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093949 PMID:40362187	review	本文全面综述了空间组学技术在临床研究中的应用及其相关指南	整合分子分析与空间组织背景，提供高分辨率的基因表达、蛋白质相互作用和表观遗传修饰分析	数据复杂性和整合方面存在挑战	探讨空间组学技术在疾病机制和治疗反应中的应用	癌症、神经学和免疫学领域	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, proteomics, epigenomics	NA	molecular data, spatial data	NA
260	2025-05-17	Paeonol Relieves Chronic Neuropathic Pain by Reducing Communication Between Schwann Cells and Macrophages in the Dorsal Root Ganglia After Injury 2025-Apr-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26093964 PMID:40362205	研究论文	本研究探讨了芍药醇通过减少损伤后背根神经节中雪旺细胞与巨噬细胞之间的通讯来缓解慢性神经性疼痛的机制	揭示了芍药醇通过抑制IL-34-CSF1R相互作用来减轻神经性疼痛的新机制	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探究芍药醇治疗神经性疼痛的机制	雪旺细胞、巨噬细胞和SD大鼠	神经科学	神经性疼痛	scRNA-seq、ELISA、PCR、western blot、免疫组织化学、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、行为数据	32只SD大鼠