单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-07	Tenascin-C expression in relation to tumor-stroma interaction in ameloblastoma 2025-Sep-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104237 PMID:40912374	研究论文	本研究探讨了细胞外基质糖蛋白Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示肿瘤-间质相互作用通过增强肿瘤源性TN-C表达促进成釉细胞瘤细胞迁移，并发现TN-C在侵袭前沿和恶性转化区域特异性高表达	NA	阐明Tenascin-C在成釉细胞瘤进展中的分子机制及临床意义	成釉细胞瘤标本、AM-1细胞系和人牙周膜成纤维细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	免疫组化分析、RNA原位杂交、空间转录组学、共培养实验	NA	组织切片图像、基因表达数据	成釉细胞瘤标本（具体数量未注明）和体外细胞系模型
242	2025-09-07	Spatial and Functional Characterization of IL1RL1+ Mast Cells Reveals Immune Regulatory Roles in Renal Cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究揭示了IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次通过单细胞和空间转录组技术系统解析IL1RL1+肥大细胞在肾癌微环境中的空间分布和免疫功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于数据库分析和实验验证，临床样本的多样性和机制深度有待进一步拓展	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式、细胞定位及免疫调节功能	肾透明细胞癌(ccRCC)组织及肿瘤微环境中的IL1RL1+肥大细胞	肿瘤免疫学	肾癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、多重免疫组化(mIHC)、基因敲除实验	NA	基因表达数据、空间转录数据、免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本（具体数量未明确说明），包含肿瘤组织和癌旁正常组织
243	2025-09-07	GreenCells: A comprehensive resource for single-cell analysis of plant lncRNAs 2025-Sep-03, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110678 PMID:40912654	研究论文	开发了一个名为GreenCells的综合性数据库，专门用于在单细胞水平探索植物长链非编码RNA（lncRNA）	首个专门针对植物lncRNA的单细胞分析资源，填补了现有数据库主要关注蛋白质编码基因而忽略lncRNA的空白	NA	研究植物lncRNA在单细胞分辨率下的表达和功能	八种植物的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	整合了八种植物的scRNA-seq数据，识别了2,177个lncRNA标记基因和68,869个蛋白质编码标记基因
244	2025-09-07	Establishment of Drosophila intestinal cell lines as tools for multiomic screening and deciphering intestinal biology 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17336-z PMID:40897748	研究论文	本研究建立了首个果蝇肠道细胞系，用于多组学筛选和肠道生物学研究	首次成功建立果蝇肠道来源的细胞系，填补了该模型系统长期缺乏肠道细胞系的空白	NA	建立果蝇肠道细胞系工具，用于研究肠道发育、上皮组织和害虫管理	果蝇胚胎肠道细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、3D球体培养	NA	基因表达数据、形态学数据	三个细胞系（包括L15系）
245	2025-09-07	Single cell RNA seq reveals the pro-regenerative phenotype of thrombospondin-2 deficient dermal fibroblasts 2025-Sep-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15839-3 PMID:40897801	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示血小板反应蛋白-2缺陷型真皮成纤维细胞具有促再生表型	首次在单细胞水平证明TSP2缺失导致Sox10+多能祖细胞富集并减少纤维化亚群，发现PDGF-β促存活信号增强和BMP4分化信号抑制的新机制	NA	探究血小板反应蛋白-2缺失对真皮成纤维细胞异质性和组织修复能力的影响	野生型和TSP2基因敲除小鼠的皮肤成纤维细胞	单细胞组学	组织修复与再生	scRNA-seq（单细胞RNA测序），免疫染色，计算机模拟分析	NA	单细胞转录组数据，图像数据	野生型和TSP2 KO小鼠的皮肤成纤维细胞样本
246	2025-09-07	Spatial transcriptomics of retinoblastoma: a visual window on intra-patient heterogeneity 2025-Sep-02, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14814-5 PMID:40898088	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析视网膜母细胞瘤的组织异质性，揭示组织学观察与分子分型之间的强相关性	首次在视网膜母细胞瘤中实现相邻分子亚型1和2的空间映射，并挑战了视网膜细胞瘤与高分化亚型1的现有诊断界限	仅基于单个病例的16个感兴趣区域进行分析，样本量有限	探索视网膜母细胞瘤的瘤内异质性及分子分型与组织学特征的关系	视网膜母细胞瘤肿瘤组织及非肿瘤视网膜组织	数字病理学	视网膜母细胞瘤	空间转录组学，免疫组织化学	NA	空间转录组数据，组织学图像	1例原发性眼球摘除病例，16个感兴趣区域
247	2025-09-07	A single-cell transcriptome atlas of pig skin reveals cellular heterogeneity from embryonic development to postnatal aging 2025-Sep-02, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02390-w PMID:40898171	研究论文	构建猪皮肤从胚胎发育到出生后衰老的单细胞转录组图谱，揭示细胞异质性和关键细胞类型的功能动态	首次在猪模型中跨10个发育阶段系统绘制皮肤单细胞图谱，发现新型AUTS2⁺成纤维细胞亚型并解析其神经调节功能	NA	解析哺乳动物皮肤发育和衰老的细胞分子机制	Chenghua猪皮肤组织	单细胞组学	皮肤生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	443,529个细胞，涵盖胚胎56天至出生后7年共10个发育阶段
248	2025-09-07	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep-02, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示了PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的变构机制，并发现麦角胺作为潜在抑制剂	首次结合单细胞RNA测序与分子动力学模拟解析PRKX-CDC37变构通路，并鉴定出HIS161关键靶点及纳米级亲和力抑制剂	研究主要基于计算模拟和体外实验，尚未进行体内验证或临床前研究	解析PRKX激酶的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞系及PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟, siRNA敲低	AlphaFold预测模型, MD模拟	基因表达数据, 蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
249	2025-09-07	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Sep, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	提出一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学	首次将T细胞动态行为数据与单细胞转录组学整合，揭示与T细胞行为相关的基因程序	需要使用者具备基础细胞培养、成像和编程技能，实验周期长达一个月	分析T细胞与肿瘤细胞相互作用中的分子驱动机制	患者来源肿瘤类器官（PDO）与工程化T细胞的共培养体系	免疫肿瘤学	癌症	scRNA-seq, 荧光激活细胞分选, 活体成像	BEHAV3D平台扩展协议	成像数据、转录组数据	NA
250	2025-09-07	Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome 2025-Sep-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf252 PMID:40372706	研究论文	通过单细胞转录组测序分析白塞综合征患者主动脉组织的细胞和分子变化	首次在单细胞水平揭示白塞综合征患者主动脉组织的细胞组成、功能及细胞间通讯差异	样本量较小（仅3例患者和3例对照），且来自单一医疗中心	分析白塞综合征患者病变主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯	人类主动脉组织样本（来自白塞综合征患者和动脉粥样硬化患者）	单细胞组学	白塞综合征	单细胞RNA测序（SeekOne® MM High Flux Single Cell Transcriptome Kit V4.1）	Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1	单细胞转录组数据	6例参与者（3例白塞综合征患者，3例动脉粥样硬化对照）
251	2025-09-07	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Sep, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	提出LaGrACE方法，通过整合组学数据和临床信息评估基因程序失调	结合组学与临床数据估计基因程序失调的新方法，能识别具有生物学意义和预后价值的分子亚型	NA	开发评估基因程序失调的工具以揭示疾病亚群的分子机制	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）和单细胞RNA-seq药物扰动数据集	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病	RNA-seq	NA	组学数据、临床信息	多个临床和单细胞RNA-seq数据集
252	2025-09-07	A semi-supervised Bayesian approach for marker gene trajectory inference from single-cell RNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf454 PMID:40802529	研究论文	提出一种半监督贝叶斯框架BayesTraj，用于从单细胞RNA测序数据中稳健推断细胞分化轨迹	结合谱系拓扑和标记基因表达的先验知识，通过概率混合模型和参数函数捕捉基因动态，采用HMC进行后验推断	NA	从静态单细胞转录组数据中准确推断细胞发育层次和命运转换的时序关系	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯概率模型，HMC	基因表达数据	模拟和真实数据集（具体数量未说明）
253	2025-09-07	After the bite: cellular responses to mosquito blood feeding 2025-Sep, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2025.07.018 PMID:40803965	研究论文	通过单细胞转录组学和代谢组学分析埃及伊蚊中肠和脂肪体组织在吸血后的细胞响应	首次在吸血后蚊子组织中鉴定新细胞类型和标记物，并揭示转录组和代谢响应及病毒感染的动态过程	NA	解析蚊子吸血后组织层面的细胞生态系统及其功能	埃及伊蚊（Aedes aegypti）的中肠和脂肪体组织	单细胞组学	虫媒病毒传染病	单细胞转录组学, 代谢组学	NA	转录组数据, 代谢组数据	NA
254	2025-09-07	Comprehensive in silico analyses of keratin heterodimerisation 2025-Aug-29, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2025.151513 PMID:40912191	研究论文	本研究通过整合多种计算方法系统研究角蛋白异源二聚化机制	开发结合AlphaFold Multimer建模、界面质量评估和能量计算的高通量计算流程，首次系统揭示角蛋白异源二聚化结构原则	计算方法仍需实验数据进一步验证，部分二聚化机制尚未完全阐明	探究角蛋白异源二聚化的特异性配对偏好和分子基础	角蛋白异源二聚体及波形蛋白同源二聚体	计算生物学	NA	AlphaFold Multimer建模、VoroIF-GNN界面评估、相互作用能计算、空间转录组学分析	神经网络（GNN）	蛋白质结构数据、转录组数据	多种角蛋白对及波形蛋白参考体系
255	2025-09-07	Hair follicle epithelial stem cells contribute to interfollicular epidermis during homeostasis 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.193496 PMID:40627455	研究论文	本研究揭示毛囊KROX20标记的干细胞群体在稳态下对表皮更新的贡献	首次发现毛囊Krox20谱系细胞迁移至表皮并参与其稳态维持	研究仅基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究表皮稳态维持的细胞来源机制	小鼠毛囊和表皮细胞	细胞生物学	NA	谱系追踪、空间转录组学	NA	基因表达数据、显微图像	多种报告基因小鼠品系
256	2025-09-07	Bridging the gap of late-gestation nephrogenesis using a non-human primate model 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.18.670897 PMID:40894529	研究论文	利用非人灵长类模型研究晚期妊娠肾发生的分子机制	首次在恒河猴中发现妊娠晚期特有的分化肾单位祖细胞谱系，并揭示WNT和SEMA信号通路成分的组成性转变	样本量有限（n=9），且依赖公共数据库进行跨物种比较	探究灵长类晚期妊娠肾单位形成的分子基础	恒河猴和人类胎儿肾脏组织	发育生物学	肾脏疾病	scRNA-Seq, RNAScope™, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个恒河猴胎儿肾脏样本+8个人类公共数据集样本
257	2025-09-07	Single-cell spatial transcriptomics unravels the cellular landscape of abdominal aortic aneurysm 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190534 PMID:40857411	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术解析腹主动脉瘤的细胞空间异质性，揭示GPNMB高表达巨噬细胞通过诱导平滑肌细胞表型转换促进疾病发展	首次应用超高分辨率空间转录组技术Seq-Scope揭示AAA中细胞类型的空间分布特征及细胞间相互作用	研究基于小鼠模型，人类AAA中的适用性需进一步验证	解析腹主动脉瘤的细胞空间组成和分子机制	Apoe-/-小鼠的血管组织	空间转录组学	心血管疾病	Seq-Scope空间转录组技术、scRNA-seq、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	NA
258	2025-09-07	Cytoplasmic dynamics are overlooked in single nuclei RNA-seq but can be rescued by CytoRescue, a generative AI model to recover cytoplasm enriched gene 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670239 PMID:40894560	研究论文	提出一种名为CytoRescue的生成式AI模型，用于从单核RNA测序数据中恢复细胞质富集基因的表达信号	首次开发生成式AI模型解决snRNA-seq中细胞质信号缺失问题，采用raw-in-raw-out设计便于现有流程集成	模型性能依赖于训练数据的质量和代表性，在特定细胞类型或条件下的泛化能力需进一步验证	提升单核RNA测序技术对细胞质转录本的检测能力，实现更全面的转录组分析	单核RNA测序数据，特别是细胞质富集基因的表达信号	生物信息学	肺癌	单核RNA测序(snRNA-seq)	生成式AI模型	基因表达数据	NA
259	2025-09-07	Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.14.670195 PMID:40894696	研究论文	本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过驱动肝星状细胞的纤维化基因程序促进儿童原发性硬化性胆管炎的胆管周围纤维化	首次整合空间转录组、批量RNA测序和蛋白质组学技术，系统性解析胆管周围纤维化区域的细胞互作网络，并识别出17个巨噬细胞纤维化驱动基因和6个肝星状细胞效应基因	研究主要聚焦儿科患者群体，成年患者中的普适性仍需验证；空间互作机制的因果性需进一步功能实验证实	阐明原发性硬化性胆管炎胆管周围纤维化的细胞互作机制	儿童原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本	空间多组学	自身免疫性肝病	MERSCOPE空间转录组、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学、MR弹性成像	NA	空间转录组数据、RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据	包含不同纤维化阶段的PSC患者、自身免疫性肝炎患者及肝硬度异常患者的组织与血浆样本
260	2025-09-07	Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor 2025-Aug-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1 PMID:40894019	研究论文	本研究利用空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路	首次结合空间转录组学与多组学分析MRT免疫细胞浸润，发现骨骼肌发育因子上调与CD8+T细胞浸润相关，并识别肿瘤相关巨噬细胞特异性基因	样本量有限且为观察性研究，需进一步验证机制	探究恶性横纹肌样瘤免疫细胞浸润的分子机制	恶性横纹肌样瘤（MRT）样本	数字病理学	儿科癌症	空间转录组学，多组学分析	NA	转录组数据，空间表达数据	未明确样本数量的MRT肿瘤样本