单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-19	The immune landscape of pediatric (extra)cranial solid tumors: A systematic review and integration of immunohistochemistry and single-cell RNA sequencing data 2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115708 PMID:40857838	系统综述	通过整合免疫组化和单细胞RNA测序数据，系统分析儿童（颅外）实体瘤的免疫微环境特征	首次系统整合IHC和sc/snSeq数据，构建儿童肿瘤免疫图谱并开发公开可用的交互式热图工具	分析方法存在异质性，部分肿瘤类型样本量有限	揭示儿童实体瘤的独特免疫景观以指导免疫治疗策略开发	儿童颅内外实体瘤（35种肿瘤类型）	肿瘤免疫学	儿童实体瘤（包括脑瘤和软组织肉瘤等）	免疫组化(IHC), 单细胞/单核RNA测序(sc/snSeq)	NA	分子生物学数据（基因表达）、蛋白质表达数据	47项IHC研究（2187个肿瘤样本），26项sc/snSeq研究（272个肿瘤样本）
242	2025-09-19	Expression and Clinical Implications of LAG-3 in Small Cell Lung Cancer 2025-Sep-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202502183R PMID:40960909	研究论文	本研究评估了LAG-3在小细胞肺癌中的表达及其作为免疫治疗生物标志物的潜力	首次系统评估28种免疫检查点分子在SCLC中的表达，发现LAG-3表达最高且与预后正相关	NA	探索PD-L1之外可能适用于免疫检查点抑制剂的分子标志物	小细胞肺癌细胞系和肿瘤样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	多个公共数据集和内部数据集（包括CCLE、IMpower133等）
243	2025-09-19	Screening and Validation of Genes Associated With Lysosomal-Dependent Cell Death in Colorectal Cancer 2025-Sep-18, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.70024 PMID:40964747	研究论文	本研究通过筛选与溶酶体依赖性细胞死亡相关的基因，构建结直肠癌的风险模型和预后生物标志物	首次将溶酶体依赖性细胞死亡相关基因与结直肠癌预后关联，并构建包含ATP6V0A4、CLU和IL13RA2的多基因风险模型	NA	识别结直肠癌的潜在治疗靶点和预后指标	结直肠癌患者和正常样本	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq, 单细胞测序, Cox回归分析, LASSO分析	Cox风险比例模型	基因表达数据	TCGA-CRC和GSE17538数据集中的结直肠癌样本及临床样本
244	2025-09-19	Spatial transcriptomics of intraductal carcinoma of the prostate 2025-Sep-18, Histopathology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/his.15551 PMID:40964799	研究论文	利用空间转录组学技术研究前列腺导管内癌的基因表达和拷贝数变异特征	首次应用Visium空间基因表达平台分析IDC-P的转录组和CNV模式，揭示其与常规腺癌的生物学差异及潜在分子多样性	样本量较小（n=6），需谨慎解读结果并在更大队列中进一步验证	表征前列腺导管内癌（IDC-P）的分子特征及其与预后的关系	前列腺导管内癌（IDC-P）组织样本	数字病理学	前列腺癌	Visium空间基因表达平台，主成分分析，差异基因表达分析，InferCNV分析	NA	空间转录组数据，基因表达数据，拷贝数变异数据	6例前列腺癌患者样本
245	2025-09-19	KC1036, a multi-kinase inhibitor with anti-angiogenic activity, can effectively suppress the tumor growth of Ewing sarcoma 2025-Sep-18, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-10008-6 PMID:40965696	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析尤文肉瘤的肿瘤微环境细胞通讯网络，并评估新型多激酶抑制剂KC1036在临床前模型中的抗肿瘤效果	首次绘制尤文肉瘤的全面细胞通讯图谱，并发现KC1036（靶向VEGFR2、MET和AXL）在临床前模型中比现有药物（pazopanib、cabozantinib、doxorubicin）具有更优疗效	研究基于临床前模型（CDX和PDX），尚未进行人体临床试验	开发尤文肉瘤的替代治疗策略，特别是针对化疗耐药患者	尤文肉瘤细胞系、细胞系衍生异种移植模型（CDX）和初治患者衍生异种移植模型（PDX）	肿瘤学研究	尤文肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、异种移植模型	NA	基因表达数据	多个细胞系及CDX/PDX模型（具体数量未明确说明）
246	2025-09-19	Deciphering context-specific gene programs from single-cell and spatial transcriptomics data with DeCEP 2025-Sep-17, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279689.124 PMID:40841173	研究论文	提出DeCEP计算框架，用于从单细胞和空间转录组数据中解析上下文特异性基因程序	利用功能基因列表和有向图构建功能网络，基于网络拓扑识别上下文依赖的枢纽基因，并在特定背景下实现更细粒度的基因程序表征	NA	解析生物系统中复杂的基因程序，理解其在健康和疾病中的作用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 癌症	scRNA-seq, ST	计算框架（基于功能网络和拓扑分析）	基因表达数据	模拟和真实生物数据集（包括正常肝组织、阿尔茨海默病和癌症案例）
247	2025-09-19	A complete Sigmodon hispidus genome and dynamic single-cell transcriptomics reveal evolutionarily conserved responses to RSV infection 2025-Sep-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adw7535 PMID:40961223	研究论文	本研究报道了棉鼠（Sigmodon hispidus）的完整基因组和RSV感染过程中的单细胞转录组图谱，揭示了其作为人类RSV感染模型的进化保守性	首次提供了棉鼠的染色体级别基因组和呼吸道单细胞转录组动态图谱，揭示了RSV感染的靶细胞类型和宿主-病毒互作机制	NA	探索棉鼠作为人类呼吸道合胞病毒（RSV）研究模型的分子基础和治疗靶点发现	棉鼠（Sigmodon hispidus）和呼吸道合胞病毒（RSV）	基因组学	呼吸道病毒感染	单细胞转录组测序（scRNA-seq），系统发育分析	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
248	2025-09-19	PD-1-targeted cis-delivery of an IL-2 variant induces a multifaceted antitumoral T cell response in human lung cancer 2025-Sep-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr3718 PMID:40961225	研究论文	研究PD1-IL2v融合蛋白通过靶向PD-1介导IL-2变体递送，在人类肺癌模型中激发多维度抗肿瘤T细胞反应	首次在人类模型系统中揭示PD1-IL2v通过同时靶向CD8和CD4 T细胞诱导抗肿瘤反应，并发现CXCR6上调和CXCL13表达增强等新机制	研究基于肺癌患者来源肿瘤片段平台，尚未进行大规模临床试验验证	开发新一代癌症免疫疗法，研究PD-1靶向IL-2变体递送对肿瘤免疫反应的调控机制	人类肺癌模型系统中的T细胞（CD8 T细胞和常规CD4 T细胞）	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）, 患者来源肿瘤片段（PDTF）平台	NA	基因表达数据	肺癌患者来源肿瘤片段（具体数量未明确说明）
249	2025-09-19	Immune landscape in liver of neonatal mice with phlebotomy-induced anemia 2025-Sep-17, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-025-04361-x PMID:40962864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了放血诱导贫血新生小鼠肝脏的免疫细胞图谱	首次在新生小鼠放血诱导贫血模型中揭示肝脏免疫景观变化，发现单核细胞增多和淋巴细胞减少的现象	研究基于小鼠模型，结果向人类早产儿的直接转化需谨慎	探究贫血对新生小鼠肝脏造血微环境和免疫细胞组成的影响	新生C57BL/6小鼠	免疫学	贫血	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
250	2025-09-19	Glycans on non-structural protein 1 prevent premature T-cell mediated dengue virus clearance 2025-Sep-17, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00311-6 PMID:40962941	研究论文	本研究揭示了登革病毒非结构蛋白1（NS1）上N207位聚糖通过调控PD-L1/PD-1轴抑制早期炎症反应和T细胞凋亡的免疫逃避机制	首次发现NS1蛋白N207位聚糖缺失可加速病毒清除并减弱免疫病理，揭示PD-L1/PD-1轴在登革热发病机制中的新作用	研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究登革病毒NS1蛋白糖基化修饰的生物学功能及其在免疫调节中的作用	登革病毒NS1蛋白糖基化突变体及感染小鼠的免疫应答	病毒免疫学	登革热	RNA测序（bulk和单细胞）、细胞因子检测、免疫表型分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	临床相关重症登革热小鼠模型
251	2025-09-19	Infiltrating macrophages replace Kupffer cells and play diverse roles in severe alcohol-associated hepatitis 2025-Sep-17, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01343-1 PMID:40962953	研究论文	本研究揭示了严重酒精相关性肝炎中浸润巨噬细胞的多样功能及其对疾病进展的作用	发现sAH中存在独特的C1Q巨噬细胞群体，可能通过清除凋亡中性粒细胞和调节炎症反应发挥双重作用	人类样本来源于肝移植供体，可能无法完全代表疾病早期阶段；动物模型与人类疾病存在物种差异	探究严重酒精相关性肝炎中巨噬细胞亚群的组成、功能及其在疾病进展中的作用机制	人类肝移植样本（sAH和AC患者）和酒精性肝损伤实验小鼠模型	肝脏病理学	酒精性肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据，组织病理学数据	人类肝移植样本（sAH和AC患者），C1q KO、S100a8 KO、Apoe KO及WT小鼠
252	2025-09-19	Treg activation during allograft tolerance induction requires mitochondrion-induced TGF-β1 in type 1 conventional dendritic cells 2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178960 PMID:40644411	研究论文	本研究揭示了1型常规树突状细胞（cDC1s）通过线粒体代谢诱导TGF-β1表达，进而促进抗原特异性调节性T细胞生成和心脏同种异体移植耐受的机制	首次发现cDC1s线粒体代谢激活是移植耐受诱导的关键分子机制，并证明其通过TGF-β1调控抗原特异性Treg生成	研究基于小鼠模型，尚未在人类临床环境中验证	探究cDC1s在实体器官同种异体移植耐受诱导中的作用机制	小鼠心脏同种异体移植模型和Flt3L衍生的cDC1s细胞	免疫学	移植免疫	单细胞RNA测序、代谢分析、基因敲除模型	NA	基因表达数据、代谢特征数据	使用cDC1缺陷小鼠模型和体外培养的cDC1s细胞
253	2025-09-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Granzyme K+ CD8+ T Cells as a Target for Mitigating Plaque Instability Following Radiation 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.040632 PMID:40913272	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了放疗后斑块不稳定的机制，并识别出颗粒酶K+ CD8+ T细胞作为关键致病因素	首次结合双模态同步光学相干断层扫描-血管内超声成像与单细胞转录组学，动态评估放疗对斑块稳定性的影响，并发现GZMK+ CD8+ T细胞亚群的致病作用	研究基于兔和小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究放疗诱导动脉粥样硬化斑块不稳定的细胞分子机制	兔颈动脉斑块及ApoE-/-小鼠的动脉粥样硬化病变	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 光学相干断层扫描(OCT), 血管内超声(IVUS), 生物信息学分析, 流式细胞术, 基因敲除	NA	基因表达数据, 影像数据	兔模型和小鼠模型（ApoE-/-小鼠分未照射、早期照射和晚期照射三阶段）
254	2025-09-19	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Dynamic Cell Populations and Immune Infiltration in Moyamoya Disease 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.041168 PMID:40913267	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了烟雾病病理动脉中的细胞组成动态变化和免疫浸润机制	首次构建烟雾病浅颞动脉的单细胞转录组图谱，发现自然杀伤T细胞通过特定通路促进血管细胞增殖和迁移的新机制	样本量较小（2例患者和3例对照），仅使用浅颞动脉样本可能无法完全代表颅内血管变化	阐明烟雾病的细胞组成和分子机制，探索免疫细胞在血管病理中的作用	烟雾病患者和健康对照者的浅颞动脉样本	单细胞组学	烟雾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外实验验证	NA	单细胞转录组数据	5例个体（2例MMD患者+3例健康对照），共26,371个细胞
255	2025-09-19	Single-Cell Transcriptomics of Human Pericarotid Lymph Nodes Indicating Stability of Carotid Atherosclerotic Plaques 2025-Sep-16, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039777 PMID:40932121	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨颈动脉周围淋巴结与斑块稳定性之间的关系	首次在单细胞水平揭示颈动脉周围淋巴结与动脉粥样硬化斑块稳定性的关联，并识别出关键的免疫细胞亚群和功能	样本仅来自严重颈动脉狭窄患者，可能无法推广到其他人群或疾病阶段	探索淋巴结功能与动脉粥样硬化之间的关系，特别是在单细胞水平	106名接受颈动脉内膜切除术的严重颈内动脉狭窄患者	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序，T/B细胞受体测序	NA	转录组数据	106名患者
256	2025-09-19	Caloric restriction promotes resolution of atherosclerosis in obese mice, while weight regain accelerates its progression 2025-Sep-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172198 PMID:40627456	研究论文	研究短期热量限制和体重反弹对肥胖小鼠动脉粥样硬化的影响及其机制	发现Fcgr4+巨噬细胞亚群在热量限制期间积累并促进斑块坏死核心清除，而体重反弹导致该细胞消失并加速疾病进展	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究体重循环（减重与反弹）对动脉粥样硬化炎症过程的直接影响	肥胖高胆固醇血症小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
257	2025-09-19	PPARγ accelerates OSCC progression via Th17 polarization and CEBPA/IL-17C signaling 2025-Sep-16, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06296-6 PMID:40954243	研究论文	本研究揭示了PPARγ通过促进Th17细胞分化和激活CEBPA/IL-17C信号通路加速口腔鳞状细胞癌进展的机制	发现PPARγ/CEBPA/IL-17C/IL-17A信号轴在促进Th17分化和肿瘤相关炎症中的作用	NA	探索PPARγ在调节肿瘤微环境及其对OSCC进展的影响	口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞、CD4+T细胞、动物模型	肿瘤免疫学	口腔癌	免疫组化(IHC)、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、体外共培养、体内皮下肿瘤模型	NA	基因表达数据、单细胞数据	NA
258	2025-09-19	Single-cell transcriptome analysis suggests cells of the tumor microenvironment as a major discriminator between brain and extracranial melanoma metastases 2025-Sep-16, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00691-2 PMID:40954493	研究论文	通过单细胞转录组分析比较脑转移和颅外转移黑色素瘤，揭示微环境细胞是主要区分因素	发现肿瘤细胞表达高度同质，但微环境（尤其免疫细胞）是脑转移与颅外转移差异的主要驱动因素	NA	探究脑转移与颅外转移黑色素瘤的分子差异及其微环境作用	黑色素瘤脑转移（MBM）和颅外转移（ECM）患者样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq），细胞类型特异性伪批量分析	NA	单细胞RNA测序数据	25例样本（15例脑转移，10例颅外转移）
259	2025-09-19	Multi-omics analysis reveals the attenuation of the interferon pathway as a driver of chemo-refractory ovarian cancer 2025-Sep-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102316 PMID:40885189	研究论文	通过多组学分析揭示干扰素通路减弱是化疗耐药卵巢癌的驱动因素	首次发现化疗耐药性卵巢癌与干扰素I型通路活性降低及缺氧通路增强相关，并证实干扰素I型活性可独立预测化疗反应	研究基于观察性试验数据，需进一步实验验证临床干预效果	探究卵巢高级别浆液性癌化疗耐药性的分子驱动机制	化疗耐药卵巢癌患者治疗前活检样本	多组学分析	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、空间蛋白质分析	NA	基因组、转录组、蛋白质组数据	DECIDER观察性试验入组的化疗耐药患者活检样本
260	2025-09-19	RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases 2025-Sep-16, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.08.017 PMID:40961941	研究论文	开发了一个名为RetiGene的专家策划基因图谱，用于整合遗传性视网膜疾病的基因和变异数据	通过整合多种数据源（包括变异数据、RNA测序和功能注释）创建了全面的专家策划基因图谱	NA	解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整的问题，支持分子诊断和基因研究	遗传性视网膜疾病相关基因	基因组学	遗传性视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 测序数据	NA