单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-11	Discovery of Endothelial-Monocyte Crosstalk in Ischemic-Reperfusion Injury Following Liver Transplantation Based on Integration of Single-Cell RNA and Transcriptome RNA Sequencing 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70336 PMID:39993960	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，研究了肝移植后缺血再灌注损伤中内皮细胞与单核细胞的相互作用	首次揭示了肝窦内皮细胞（LSECs）与单核细胞在肝缺血再灌注损伤中的互作机制，并鉴定了ANXA1-FPR2轴的关键作用	研究主要基于数据库和小鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	阐明肝移植后缺血再灌注损伤的细胞互作机制	肝窦内皮细胞和单核细胞	数字病理学	肝病	scRNA-seq, 转录组RNA测序, 免疫荧光, 流式细胞术, Western Blot	小鼠模型	RNA测序数据, 图像数据	来自GEO数据库的肝移植患者数据和小鼠模型
242	2025-05-11	Bulk and Single-Cell Transcriptomic Reveals Shared Key Genes and Patterns of Immune Dysregulation in Both Intestinal Inflammatory Disease and Sepsis 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70415 PMID:39993996	研究论文	本研究通过批量转录组和单细胞转录组分析，揭示了炎症性肠病（IBD）和脓毒症在免疫失调方面的共同关键基因和模式	首次通过单细胞RNA测序评估免疫细胞异质性，并利用机器学习算法构建和验证脓毒症的诊断标志物	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些基因和细胞类型在疾病中的具体作用机制	探究IBD和脓毒症共有的分子和病理生理机制	炎症性肠病（IBD）和脓毒症患者及小鼠模型	生物信息学	炎症性肠病, 脓毒症	RNA测序, 单细胞RNA测序, 实时PCR, Western blot	机器学习算法	转录组数据	NA
243	2025-05-11	Decoding Müllerian Duct Epithelial Regionalization 2025-Feb, Molecular reproduction and development IF:2.7Q2 DOI:10.1002/mrd.70018 PMID:39994938	综述	本文综述了Müllerian导管上皮区域化的分子机制及其在女性生殖道器官发育中的作用	总结了转录因子、信号通路和表观遗传因子在Müllerian导管区域特异性分化中的关键作用，并提出了未来研究方向	主要基于小鼠模型研究，人类相关数据有限	解析Müllerian导管沿头尾轴分化的分子机制，为女性生殖道异常和疾病的防治提供新思路	Müllerian导管及其衍生的女性生殖道器官（输卵管、子宫、宫颈和上阴道）	发育生物学	女性生殖道异常	单细胞测序、类器官培养	NA	NA	NA
244	2025-05-11	Integrative Analysis of Cuproptosis-Related Mitochondrial Depolarisation Genes for Prognostic Prediction in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70438 PMID:40008552	研究论文	通过整合铜死亡相关线粒体去极化基因的分析，构建了非小细胞肺癌的预后预测模型	结合单细胞测序和机器学习方法，鉴定了10个与铜死亡相关的风险基因，并构建了高特异性和准确性的预后风险预测模型	研究依赖于特定数据集，模型的泛化能力需要进一步验证	预测非小细胞肺癌患者的预后并指导个性化治疗策略	非小细胞肺癌患者及其相关基因	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞测序，qPCR	机器学习方法	转录组数据，单细胞数据，空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了多种数据集
245	2025-05-11	Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Provides Insights into IgA Nephropathy 2025-Jan-29, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15020191 PMID:40001494	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨IgA肾病的免疫特征和分子机制	利用scRNA-seq技术揭示了IgA肾病中的免疫特征和细胞间相互作用	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的广泛性	理解IgA肾病的复杂分子机制并开发生物标志物和特异性治疗策略	IgA肾病患者的免疫细胞和肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
246	2025-05-11	Genomic and Transcriptomic Approaches Advance the Diagnosis and Prognosis of Neurodegenerative Diseases 2025-Jan-24, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16020135 PMID:40004464	review	本文综述了基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的最新进展	介绍了基因组学和转录组学技术（如全基因组测序、单细胞RNA测序和CRISPR筛选）在神经退行性疾病早期诊断和个性化预后中的革命性应用	将基因组学发现转化为临床实践仍面临疾病异质性和神经退行性病理生理学复杂性的挑战	探讨基因组学和转录组学技术在神经退行性疾病诊断和预后中的应用	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病和肌萎缩侧索硬化症）	基因组学和转录组学	神经退行性疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、全基因组关联研究（GWAS）、多基因风险评分（PRS）和空间转录组学	NA	基因组和转录组数据	NA
247	2025-05-11	Shiba: A versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596331 PMID:38895326	research paper	开发了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台间的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和非注释的剪接事件方面具有更高的准确性、灵敏度和可重复性，解决了连接读段不平衡的问题，显著减少了假阳性	NA	开发一种全面的方法，用于整合转录本组装、剪接事件识别、读段计数和差异剪接分析	RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实RNA-seq数据集
248	2025-05-11	Integrated RNA sequencing analysis and machine learning identifies a metabolism-related prognostic signature in clear cell renal cell carcinoma 2025-01-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85618-7 PMID:39799252	research paper	该研究通过整合RNA测序分析和机器学习，识别出透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中与代谢相关的预后特征	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)构建具有代谢差异的恶性细胞层次结构，并开发了基于机器学习的代谢相关预后特征(MRPS)	需要进一步研究验证MRPS在其他癌症类型中的适用性	探究代谢重编程如何影响ccRCC患者的异质性和预后	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者	machine learning	肾癌	scRNA-seq	machine learning	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但比较了51个已发表的签名
249	2025-05-11	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	review	本文综述了研究巨噬细胞的经典和新型生物物理方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法学进展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、微流控技术、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
250	2025-05-11	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	该研究揭示了钙联蛋白（CANX）通过MEK/ERK/BNIP3通路促进胶质母细胞瘤（GBM）进展的机制	首次发现CANX通过激活MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬，从而促进GBM进展和化疗耐药	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探索GBM化疗耐药的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤细胞系和GBM颅内异种移植小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电镜、Western blot、免疫荧光、流式细胞术	GBM颅内异种移植小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据	未明确说明具体样本量，涉及多种GBM细胞系和小鼠模型
251	2025-05-11	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT途径加剧同种异体移植动脉新生内膜病变的机制	首次鉴定出CD34+ PI16+成纤维祖细胞亚群，并揭示其通过分泌CCL11激活平滑肌细胞PI3K/AKT信号通路促进新生内膜增生的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体组织中验证	探究CD34+干细胞/祖细胞在移植动脉粥样硬化中的作用机制	同种异体移植动脉的新生内膜病变	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组化	多种基因修饰小鼠模型(BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER等)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	多种基因修饰小鼠模型
252	2025-05-11	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	research paper	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化(IPF)中的诊断价值	首次系统分析了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断潜力	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索IPF的新型诊断生物标志物	特发性肺纤维化患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、WGCNA、单细胞RNA测序	ROC曲线分析	基因表达数据	四个GEO数据集
253	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	通过单细胞RNA测序技术识别银屑病关节炎的生物标志物	发现TNFAIP3和NFKBIA在银屑病关节炎CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制，并作为潜在的生物标志物	样本量较小（3例PsA患者、3例PsC患者和2例健康对照）	识别区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	外周血单个核细胞（PBMCs）中的免疫细胞	数字病理学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3例PsA患者、3例PsC患者和2例HC
254	2025-05-11	Multiomics in silico analysis identifies TM4SF4 as a cell surface target in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0307048 PMID:39999090	research paper	通过多组学计算机分析鉴定TM4SF4作为肝细胞癌的细胞表面靶点	首次通过多组学计算机分析鉴定出TM4SF4作为肝细胞癌的潜在治疗靶点，具有在癌细胞中高表达而在正常组织中低表达的特性	研究主要基于计算机分析，需要进一步的实验验证TM4SF4作为治疗靶点的有效性和安全性	寻找肝细胞癌的细胞表面靶点以减少细胞免疫治疗的脱靶毒性	肝细胞癌(HCC)细胞	生物信息学	肝细胞癌	多组学计算机分析, scRNA-seq, 免疫组化	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	791例HCC样本(来自四个独立数据集), 15,787个HCC细胞(scRNA-seq数据)
255	2025-05-11	Tumor microenvironment-driven resistance to immunotherapy in non-small cell lung cancer: strategies for Cold-to-Hot tumor transformation 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2025.14 PMID:40342732	综述	本文综述了非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）驱动的免疫治疗耐药机制，并提出了将冷肿瘤转化为热肿瘤的策略	提出了一个多维框架来转化冷肿瘤为热肿瘤，并强调了新兴技术在解码TME异质性和个性化治疗中的关键作用	综述性文章，未涉及具体实验验证	克服非小细胞肺癌免疫治疗的耐药性	非小细胞肺癌及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米医学	NA	NA	NA
256	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织
257	2025-05-11	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤细胞粘附分子（MCAM）在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次提出sMCAM作为肝硬化和HCC的预后血液生物标志物，并证明其诊断性能与现有标志物相当	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	生物标志物研究	肝硬化和肝细胞癌（HCC）	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	转录组数据和血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
258	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
259	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
260	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量