单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-04	SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573739 PMID:38260586	研究论文	介绍了一种名为SORBET的几何深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据，以进行可解释的样本分类	SORBET是首个在空间转录组学数据上进行表型预测的框架，利用图卷积网络分析相邻细胞图，并通过新颖的数据增强技术确保预测的稳健性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据质量和样本量	通过整合空间信息与分子数据，准确预测临床表型，如免疫治疗反应	转移性黑色素瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌样本	空间组学	黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌	空间转录组学、空间蛋白质组学（IMC、CODEX）	GNN（图卷积网络）	空间转录组学数据、空间蛋白质组学数据	CosMx空间转录组学数据集（转移性黑色素瘤）、IMC和CODEX数据集（非小细胞肺癌和结直肠癌）
242	2025-07-04	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确性和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南	首次系统评估了sc/snRNA-Seq数据的定量精确性和准确性，开发了VICE工具用于评估数据质量和预测差异表达基因的真阳性率	研究主要基于单核吞噬细胞数据，可能不适用于所有细胞类型	提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞/单核RNA测序数据	生物医学研究	NA	sc/snRNA-Seq	NA	RNA测序数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
243	2025-07-04	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种新型疱疹病毒限制因子，其在抵抗疱疹病毒感染中的作用机制	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要关注EB病毒和疱疹病毒saimiri，对其他DNA病毒的适用性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EB病毒(EBV)和疱疹病毒saimiri	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞
244	2025-07-04	[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases] 2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250360103 PMID:40599292	综述	本文综述了近年来牙周病动物模型的复制方法及其特点，并提出了一个整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架	提出了整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架，以克服现有研究挑战	当前可用的牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求	研究牙周病的病理机制及治疗方法	啮齿类动物模型	牙周病研究	牙周病	空间转录组学、单细胞测序、荧光成像	NA	NA	NA
245	2025-07-04	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643805 PMID:40166301	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的TCR使用多样性、细胞毒性降低以及对常见儿童病原体反应能力的不足	揭示了新生儿MR1T细胞与成人相比具有更广泛的TCR使用多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力的限制	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1-5-OP-RU-tetramer(+)细胞进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在新生儿败血症中的作用	新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	单细胞RNA测序/TCR测序（scRNA-seq/scTCR-seq）	NA	基因表达数据和TCR序列数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本
246	2025-07-04	SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors 2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472 PMID:39387817	研究论文	开发了一种名为SpatialDeX的参考自由方法，用于在固体肿瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积	SpatialDeX是一种基于回归模型的方法，无需单细胞RNA-seq参考即可估计肿瘤ST点中的细胞类型比例，并在性能上与基于参考的方法相当，优于其他参考自由方法	NA	开发一种无需单细胞RNA-seq参考的方法，用于解析空间转录组数据中的细胞类型比例，以更深入地了解肿瘤微环境的动态	固体肿瘤的空间转录组数据	数字病理学	肿瘤	空间转录组学(ST)	回归模型	基因表达数据	NA
247	2025-07-04	Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing 2025-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00755-4 PMID:39537987	research paper	该研究通过Xenium空间转录组学技术识别了一种在伤口愈合过程中诱导产生的具有促炎特征的p21高表达衰老细胞群，并发现清除这些细胞可以加速伤口闭合	首次识别并描述了p21高表达衰老细胞群在伤口愈合中的独特作用，揭示了其通过NF-κB抑制部分介导的机制	未明确p21高表达衰老细胞群的具体分子机制及其与其他类型衰老细胞的相互作用	探究衰老细胞在组织重塑中的多功能性，特别是p21高表达细胞在伤口愈合中的作用	p21高表达的衰老细胞	生物医学	伤口愈合	Xenium空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
248	2025-07-04	Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S516125 PMID:40599557	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）的发病率上升、分子遗传学特征、治疗进展及个性化诊断和治疗的新趋势	总结了TNBC的最新治疗进展，包括免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物的应用，以及机器学习成像和空间转录组学等诊断工具的进展	作为综述文章，未涉及原始研究数据，主要依赖已有文献的综合分析	探讨TNBC的发病率、分子机制、治疗选择和诊断技术的进展	三阴性乳腺癌（TNBC）及其患者群体	数字病理学	乳腺癌	机器学习成像、空间转录组学	NA	NA	NA
249	2025-07-04	Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831 PMID:40599775	研究论文	本研究通过分析肝癌中与失巢凋亡相关基因的表达、突变和拷贝数变异，建立了预后风险评分模型，并探讨了其与肿瘤微环境特征和免疫治疗反应的关系	首次在肝癌中鉴定了两种不同的失巢凋亡亚型，并开发了一个基于TTC26和TPX2的双基因预后模型，揭示了TTC26在肝癌细胞增殖、迁移和侵袭中的促进作用	研究主要基于公共数据集，需要更多独立队列验证模型的临床适用性	阐明失巢凋亡相关基因在肝癌中的预后意义和治疗相关性	肝癌患者和肝癌细胞系	肿瘤基因组学	肝癌	WGCNA, LASSO Cox回归, 单细胞RNA-seq	预后风险评分模型	基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据集中的肝癌样本
250	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1576067 PMID:40599812	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肺内皮细胞（PECs）研究中的新见解及其在生理和病理条件下的应用	利用scRNA-seq技术揭示了PECs在表型多样性和分子特征上的异质性，及其在肺微环境中的空间定位依赖性	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	探讨scRNA-seq在PECs研究中的应用及其对肺病理生理学治疗的推动作用	肺内皮细胞（PECs）	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
251	2025-07-04	Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration 2024-12-29, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01917-6 PMID:39734233	研究论文	本文研究了Tppp3在视网膜神经节细胞(RGCs)神经保护和轴突再生中的作用	首次揭示了Tppp3在哺乳动物轴突再生中的作用，并开发了一种新的RGC神经保护和轴突再生治疗策略	研究仅基于啮齿动物模型，尚未在人类中进行验证	探索促进中枢神经系统(CNS)轴突再生的分子调节剂	视网膜神经节细胞(RGCs)和视神经	再生医学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序，批量RNA测序	视神经挤压(ONC)模型	RNA测序数据	小鼠、猕猴和人类的RGCs
252	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果的效果	首次在颅脑放射治疗小鼠模型中验证了RZ通过增加BDNF水平改善认知功能的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索缓解放射治疗引起的认知功能障碍（RICD）的神经保护方法	接受颅脑放射治疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	接受9 Gy颅脑放射的成年小鼠，分为RT+Vehicle和RT+RZ组
253	2025-07-04	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-11-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了局灶性皮质发育不良IIb型（FCD IIb）中异常神经元和气球细胞区域的转录变化	首次在FCD IIb中构建了异常神经元和气球细胞区域的转录组空间图谱，揭示了这些区域在mTOR信号通路、自噬和炎症反应中的潜在作用	样本量较小（仅3例患者），可能影响结果的普遍性	探究FCD IIb中异常神经元和气球细胞区域的分子特征及其在癫痫发生中的作用	局灶性皮质发育不良IIb型患者的脑组织样本	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	3例FCD IIb患者的新鲜冷冻脑组织样本
254	2025-07-04	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节Kupffer细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用	揭示了selgantolimod通过调节Kupffer细胞转录组和细胞间通讯，间接抑制HBV进入肝细胞的新机制	研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要更多体内实验验证	阐明selgantolimod在肝脏微环境中的免疫调节作用和对HBV感染的抑制机制	Kupffer细胞、肝细胞和HBV病毒	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq、RNA-seq	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了公开的单细胞RNA-seq数据和实验模型
255	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的潜力	首次在颅脑放疗小鼠模型中验证了RZ通过提升BDNF水平改善认知功能及神经保护作用，并采用空间转录组学揭示其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证效果	探索缓解颅脑放疗引起的认知功能障碍（RICD）的治疗方法	接受颅脑放疗的成年小鼠	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠颅脑放疗模型	基因表达数据、行为学数据、蛋白质水平数据	未明确说明小鼠数量，实验组包括RT+Veh和RT+RZ组
256	2025-07-04	Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys 2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023 PMID:38721662	研究论文	本文通过标准化方法验证了一组抗体，用于在人类肾脏中通过免疫荧光显微镜识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质区室	开发了一种用于二维和三维循环免疫荧光(CyCIF)的器官映射抗体面板，提供了比标准荧光显微镜更详细的组织分割和体积评估方法	NA	解决抗体验证标准化不足导致的人类研究不可重复性问题	正常人肾脏组织	数字病理学	NA	循环免疫荧光显微镜(CyCIF)	NA	图像	NA
257	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
258	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
259	2025-07-04	Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma 2024-05-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06735-1 PMID:38806469	研究论文	本研究探讨了芳烃受体核转位子（ARNT）在胶质母细胞瘤（GBM）发病机制中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	揭示了ARNT通过激活p38 MAPK信号通路促进GBM化疗耐药的新机制，并发现通过干扰ARNT/p38α蛋白相互作用可恢复替莫唑胺敏感性	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ARNT在GBM发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	慢病毒shRNA沉默、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据集中的GBM组织样本和体外培养的GBM细胞系
260	2025-07-04	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性主动脉夹层（AAD）中的治疗作用及其机制	揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来保护AAD的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的直接证据尚不充分	探索CBD对AAD的治疗效果及其分子机制	小鼠AAD模型和人类主动脉血管平滑肌细胞（HAVSMCs）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠AAD模型	RNA测序数据、病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类AAD样本