单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-05-16	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-May-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络	首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络	研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因	牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞	基因组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天）
242	2025-05-16	Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis 2025-May-13, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae374 PMID:40071389	研究论文	本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制	首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷	研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响	探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制	抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型	神经科学	自身免疫性脑炎	免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序	动物模型	电生理数据、基因表达数据、行为学数据	未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG
243	2025-05-16	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，并验证了其在免疫治疗反应和预后预测中的有效性	首次结合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建前列腺癌预后模型，并利用机器学习优化模型性能，同时在单细胞和空间转录组水平验证了模型的生物学机制	研究主要基于TCGA数据集，需要在更多独立队列中进行外部验证	开发前列腺癌的预后预测模型并探索个性化治疗策略	前列腺癌患者	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
244	2025-05-16	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-May-13, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	首次整合网络毒理学与单细胞测序技术揭示PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的分子机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏体内外实验验证	阐明多溴联苯醚诱导皮肤毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联靶点	网络毒理学	银屑病	单细胞测序、分子对接分析	NA	基因组数据、蛋白质互作数据	139个PBDEs与银屑病的重叠靶点
245	2025-05-16	Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis 2025-May-13, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738 PMID:40367638	研究论文	本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型，探讨了H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官的机制及其导致的细胞损伤和功能障碍	揭示了H1N1流感病毒通过血液传播感染肝脾等肺外器官的途径，并比较了病毒性败血症与细菌性败血症在细胞死亡和器官功能障碍方面的差异	研究仅使用小鼠模型，结果可能需要进一步在人体中验证	阐明病毒性败血症中流感病毒传播和器官损伤的病理机制	C57BL/6J雄性小鼠	病毒学	病毒性败血症	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但设置了生存和致死模型组及细菌性败血症对照组
246	2025-05-16	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-May-13, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究探讨了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移（CRLM）进展的机制	揭示了LCA通过TGR5-CCL3-MDSCs轴促进CRLM的新机制，并发现MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明CRLM进展的免疫抑制机制并探索新的免疫治疗策略	结直肠癌肝转移（CRLM）小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、代谢组数据、免疫组化数据	四个小鼠队列（CRC、CRLM、LCA-fed CRC、LCA-fed CRLM）
247	2025-05-16	KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis 2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073378446250417123724 PMID:40370232	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力	首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义	宫颈癌患者样本和细胞系	生物信息学	宫颈癌	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集
248	2025-05-16	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
249	2025-05-16	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	研究论文	通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者	研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、RNA测序	机器学习	测序数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193）
250	2025-05-16	Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02584-2 PMID:40354008	研究论文	该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联	首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用	研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性	探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制	前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学)	生物信息学	前列腺癌	SMR分析、共定位分析、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据
251	2025-05-16	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	研究论文	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态	首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性	研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异	阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制	小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪	NA	转录组数据、空间定位数据	E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本
252	2025-05-16	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	research paper	该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果	9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应	研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证	探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应	IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞	肿瘤免疫治疗	癌症	单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠肿瘤模型
253	2025-05-16	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境	首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用	研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验	阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征	口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间分布数据	来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据
254	2025-05-16	TCREMP: a bioinformatic pipeline for efficient embedding of T-cell receptor sequences from immune repertoire and single-cell sequencing data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	研究论文	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列数字化，基于其与常见观察序列的相似性，为比较分析提供参考点，并有助于解码TCR库样本中的抗原特异性预测	NA	改进TCR测序数据的处理，并用于追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	NA
255	2025-05-16	Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer 2025-May-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长	首次发现肿瘤相关非髓鞘雪旺细胞在结肠癌中的增加及其与临床不良预后的关联，揭示了c-Jun在雪旺细胞激活和肿瘤促进中的核心作用	未明确雪旺细胞激活的具体上游信号通路，且体内实验模型可能需要进一步验证	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用机制	结肠癌组织中的雪旺细胞	肿瘤微环境研究	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床数据	结肠癌组织样本与正常组织样本的比较
256	2025-05-16	Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients 2025-May-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688 PMID:40350141	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了癫痫患者中颞叶回的空间稳态破坏的细胞和分子机制	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了癫痫患者中颞叶回的细胞和空间转录组变化，并鉴定了与空间稳态破坏相关的关键基因	样本量较小，且仅针对中颞叶回进行研究，未涵盖其他脑区	阐明癫痫患者中颞叶回的细胞和空间转录组变化及其与癫痫的关系	癫痫患者的中颞叶回组织	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、空间转移张量（STT）算法	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	癫痫患者和对照组的中颞叶回组织样本
257	2025-05-16	The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium 2025-May-09, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117479 PMID:40367543	研究论文	本研究旨在通过LCDM培养基从猪囊胚期胚胎中建立猪胚胎干细胞系，并从X染色体活性的角度分析其特征	首次在猪孤雌生殖胚胎干细胞中观察到X染色体侵蚀样状态，并发现X染色体活性与干细胞多能性状态密切相关	猪原始态胚胎干细胞系尚未成功建立，且缺乏标准化的表征和评估标准	建立猪胚胎干细胞系并研究X染色体活性与干细胞多能性的关系	猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM)	干细胞生物学	NA	XIST RNA-FISH、免疫荧光染色、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	分子标记数据、表观遗传特征数据	NA
258	2025-05-16	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的效果，并使用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)分析IFN-γ对恶性髓系原始细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病, 骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据, 单细胞RNA测序数据	7名患者
259	2025-05-16	Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain 2025-May-08, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014 PMID:40367951	research paper	该研究通过单细胞分辨率空间转录组学技术，构建了乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴端脑及小脑的全面单细胞图谱，揭示了羊膜动物大脑细胞类型在进化中的保守性和多样性	首次在跨物种水平上系统比较了羊膜动物大脑细胞类型的进化特征，发现了鸟类与哺乳类在兴奋性神经元和小脑细胞类型上的显著差异，并鉴定出鸟类特有的浦肯野细胞亚型	研究仅涵盖部分代表性物种，可能无法完全反映所有羊膜动物的进化特征	探索羊膜动物大脑复杂性和认知功能进化的遗传机制	乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑及小脑细胞	基因组学	NA	单细胞分辨率空间转录组学	NA	单细胞基因表达数据	超过130万个细胞
260	2025-05-16	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	review	本文综述了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	总结了单细胞测序揭示的TAN亚型多样性，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性	缺乏全面的TAN分类系统	探讨TAN亚群在癌症免疫治疗中的变化及其作用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA