单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
242	2025-09-14	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	研究论文	本研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛具有独特的分子特征，兼具初级纤毛和运动纤毛的特性	首次通过单细胞RNA测序发现前庭动纤毛同时富集初级纤毛和运动纤毛相关基因，并证实其具有自发运动能力	NA	阐明前庭动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序，免疫染色，活体成像	NA	基因表达数据，图像数据	成年牛蛙、小鼠、斑马鱼和人类的前庭毛细胞样本
243	2025-09-14	Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187381 PMID:40548376	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq分析揭示了AP-1转录因子家族在组织驻留记忆T细胞（TRM）成熟过程中的关键作用	定义了跨皮肤和小肠上皮淋巴细胞的时间性TRM特征，并首次发现AP-1转录因子在成熟TRM细胞中的特异性表达和染色质可及性	NA	阐明TRM细胞分化和效应功能启动的分子机制	CD8+ TRM细胞（来自皮肤和小肠上皮淋巴细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光（CyCIF）成像	线性模型	基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织成像数据	10个发育时间点的单细胞RNA-seq数据（包含新生成和公开数据）
244	2025-09-14	Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658729 PMID:40568143	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序分析多发性硬化症患者的免疫细胞，揭示了干扰素信号和CD8 T细胞毒性在慢性神经炎症中的关键作用	首次将放射学特征（PRL）与单细胞水平的免疫表型关联，并发现B细胞清除治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制	样本量有限（34例MS患者和5例健康对照），且治疗组样本较少（仅6例接受B细胞清除治疗）	探究多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制及其与疾病进展的关系	多发性硬化症患者和健康成年人的脑脊液及血液免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNAseq, scTCR-seq, 流式细胞术, 蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 蛋白质组数据	34例多发性硬化症患者（17例未治疗，6例B细胞清除治疗）和5例健康对照
245	2025-09-14	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	研究论文	利用高通量人血管类器官分化技术揭示脑 cavernous 畸形蛋白的共有和独特功能	结合hiPSC高通量血管类器官分化、CCM基因敲除、单细胞RNA测序和高内涵成像，首次系统比较CCM1/2/3功能差异并可视化嵌合类器官中的细胞行为	研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂微环境	探究CCM3突变为何比CCM1/2突变导致更严重表型的分子机制	人诱导多能干细胞(hiPSCs)分化的血管类器官	生物医学研究	脑血管畸形	hiPSC分化、基因敲除、单细胞RNA测序、高内涵成像	NA	基因表达数据、成像数据	96孔板格式的高通量类器官培养
246	2025-09-14	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 (PIK3R1) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文报道了一种PIK3R1基因的新型移码突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化（ALS）的机制研究	首次发现PIK3R1 c.1710dup突变通过单倍剂量不足引起AKT激活、神经元电功能紊乱和凋亡增加	NA	探究PIK3R1基因突变在神经系统疾病中的致病机制	携带PIK3R1 c.1710dup突变的免疫缺陷合并ALS患者	分子病理学	肌萎缩侧索硬化	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、脑类器官培养	NA	基因测序数据、RNA表达数据、细胞功能数据	1例患者及其诱导多能干细胞衍生模型
247	2025-09-14	Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655817 PMID:40568097	研究论文	本研究通过空间转录组学和流式细胞术揭示了CD4 T辅助2细胞通过替代性激活单核来源髓系细胞抑制肺部真菌清除的机制	发现替代性激活髓系细胞并非真菌的固有复制场所，且真菌主要存在于细胞外环境，提出了T辅助2细胞-髓系回路驱动细胞外真菌持续存在的新机制	NA	探究潜伏性真菌感染中无法产生灭菌免疫的机制	隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构	免疫学	肺部真菌感染	空间转录组学, 流式细胞术, 命运图谱, 小鼠遗传工具	NA	空间转录组数据, 流式细胞数据	NA
248	2025-09-14	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹和重编程机制，及其对免疫治疗响应的影响	发现巨噬细胞从免疫刺激（M1样）向免疫抑制（M2样）状态转变的动态轨迹，并证明特定基因失活可阻断该过程，增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需进一步验证临床适用性	探究肿瘤微环境中巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序），假时间分析	NA	RNA测序数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本（具体数量未明确说明）
249	2025-09-14	An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302118 PMID:40929130	研究论文	本研究提出了一种改进的玉米叶片细胞核分离方法，用于单细胞转录组学研究，有效减少叶绿体污染	利用叶绿体自发荧光特性，在FACS步骤中有效去除叶绿体，从而显著降低污染并提高测序数据比对率	方法目前仅针对玉米叶片进行验证，尚未在其他高叶绿体含量植物组织中测试	开发适用于高叶绿体含量植物组织的单核RNA测序细胞核分离方案	玉米叶片组织	植物生物学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), DAPI染色	NA	转录组测序数据	NA
250	2025-09-14	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	研究揭示了呼吸道病毒感染后长期肺纤维化的免疫-上皮祖细胞异常生态位机制	首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞互作通过IFNγ/TNF-IL-1β轴抑制肺泡再生并驱动纤维化	基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证	阐明新冠病毒等呼吸道病毒后遗症（PASC）的分子机制并探索治疗策略	病毒感染后肺纤维化小鼠模型及三个呼吸道PASC患者队列	免疫病理学	呼吸道病毒感染后遗症	空间转录组学、成像技术、细胞因子中和疗法	NA	基因表达数据、影像数据、临床样本数据	三个患者队列（具体样本数未注明）及小鼠模型
251	2025-09-14	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本研究通过多模态方法揭示了CD8+ T细胞分化状态与急性髓系白血病治疗反应的关系	发现早期记忆CD8+ T细胞分化为两种不同终末状态，并揭示向衰老状态倾斜的分化轨迹与治疗抵抗相关	NA	探究CD8+ T细胞分化状态和功能障碍与AML治疗反应的关系	急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	整合多个独立数据集的AML CD8+单细胞图谱
252	2025-09-14	From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2390823 PMID:39263926	综述	探讨胎儿环境暴露通过脐带血DNA甲基化影响疾病起源的机制及其研究挑战与前景	强调脐带血DNA甲基化作为胎儿表观遗传窗口的重要性，并指出单细胞测序等新兴技术对解决现有局限的潜力	存在组织特异性问题、甲基化芯片覆盖范围有限以及细胞组成变异等混杂因素	阐明环境暴露与表观基因组的相互作用，推动从生命最早阶段促进终身健康的预防策略和个性化医疗	胎儿及其脐带血样本	表观遗传学	多类疾病（如肥胖、神经发育障碍）	DNA甲基化分析、单细胞测序	NA	表观遗传数据（DNA甲基化）	NA（未指定具体样本数量）
253	2025-09-14	Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3535 PMID:37338187	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，识别了与类风湿关节炎（RA）相关的铜死亡关键基因DLAT，并探讨其与免疫细胞浸润的关联	首次在RA中鉴定铜死亡相关基因特征，发现DLAT作为枢纽基因与滤泡辅助T细胞高度相关，并通过实验验证其功能	研究样本量有限，机制研究仍需深入	识别与RA发病机制相关的铜死亡枢纽基因	类风湿关节炎患者样本和永生化人软骨细胞	生物信息学	类风湿关节炎	生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序、细胞实验	NA	基因表达数据、单细胞数据	RA患者和正常样本（具体数量未说明）
254	2025-09-14	Exploration of s new biomarker in osteosarcoma and association with clinical outcomes: TOP2A+ cancer associated fibroblasts 2023-11, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3528 PMID:37246449	研究论文	本研究探索骨肉瘤中TOP2A+癌症相关成纤维细胞作为新型生物标志物及其与临床预后的关联	首次系统研究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的作用，并识别出致癌性CAF亚群TOP2A+ CAFs	样本量较小（仅6例单细胞RNA测序数据），需要更大规模验证	探究骨肉瘤中癌症相关成纤维细胞的角色并开发预后预测模型	骨肉瘤患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	生物信息学	骨肉瘤	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)，LASSO回归模型	LASSO回归，列线图模型	RNA测序数据，临床数据	6例单细胞RNA测序数据，88例骨肉瘤样本的预后基因数据
255	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneous response of interlamellar cell mass to hypoxic stress in crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110584 PMID:40701446	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究鲫鱼鳃中间层细胞团（ILCM）对缺氧应激的异质性响应	首次在鲫鱼鳃中应用scRNA-seq揭示ILCM细胞在缺氧下的比例变化、功能抑制及细胞凋亡机制	研究聚焦于鲫鱼特定细胞类型，结果可能不直接适用于其他物种或组织	探究鱼类鳃部细胞对缺氧应激的分子响应机制与适应策略	鲫鱼（Carassius auratus）鳃部的中间层细胞团（ILCM）	单细胞组学	缺氧应激	scRNA-seq（单细胞RNA测序），组织学分析	NA	单细胞转录组数据，组织切片图像	未明确样本数量，但涉及鲫鱼鳃部细胞的scRNA-seq分析
256	2025-09-13	Hemocyte diversity in crustaceans 2025-Nov, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110612 PMID:40750028	综述	本文回顾了甲壳动物血细胞多样性的研究进展，探讨传统形态学分类的局限性及单细胞RNA测序等新技术带来的新发现	引入单细胞RNA测序技术揭示传统形态学分类的不足，发现新的分子标记和潜在血细胞亚型	NA	总结甲壳动物血细胞类型与功能的研究历史与最新进展	甲壳动物（如小龙虾和虾）的血细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	分子标记数据	NA
257	2025-09-13	Nkx2.5 triggers vascular remodeling in chicken but not in emu wing mesoderm 2025-Nov, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2025.08.007 PMID:40812617	研究论文	本研究通过对比鸡和鸸鹋胚胎中Nkx2.5基因的表达效应，揭示了其在肢体中胚层血管重塑中的物种特异性功能	首次发现Nkx2.5在鸡翅膀中胚层过表达可诱导血管生成程序，但在正常发育的鸸鹋翅膀中不产生类似效应	研究主要基于模式生物鸡和鸸鹋的对比，结论向其他物种的推广需谨慎	探究Nkx2.5转录因子在肢体中胚层发育中的细胞效应和物种差异	鸡胚胎和鸸鹋胚胎的翅膀中胚层组织	发育生物学	NA	局部电穿孔基因过表达、单细胞RNA测序分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	鸡胚胎实验样本和鸸鹋胚胎scRNA-seq数据集
258	2025-09-13	Molecular insights into the causal role of TG/IDL in rheumatoid arthritis: Integrating Mendelian randomization and single-cell RNA sequencing 2025-Oct-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123883 PMID:40754101	研究论文	本研究结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序，探讨TG/IDL与类风湿性关节炎的因果关系及分子机制	首次整合MR和scRNA-seq方法，鉴定出ABCA1、PLTP和GAS6等关键基因介导TG/IDL与RA的关联	NA	明确TG/IDL与类风湿性关节炎的因果关联并探索其分子机制	类风湿性关节炎患者滑膜组织、CIA小鼠模型和成纤维样滑膜细胞	生物医学研究	类风湿性关节炎	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、GWAS	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
259	2025-09-13	Gastric dilation following vertical sleeve gastrectomy reflects adaptive stem cell-driven regeneration without association with weight regain or increased cancer risk 2025-Oct-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123899 PMID:40816501	研究论文	本研究探讨垂直袖状胃切除术后胃扩张的机制及其与体重恢复和癌症风险的关联	挑战了胃扩张导致体重恢复的传统假设，揭示其与干细胞驱动的适应性再生及潜在抗癌保护机制相关	NA	探究VSG术后胃扩张的生物学机制及临床意义	饮食诱导肥胖小鼠模型和VSG患者的胃体上皮样本	NA	肥胖及相关并发症	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明）
260	2025-09-13	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Oct, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤骨髓微环境中对髓源性抑制细胞的影响	首次在单细胞水平将MDSCs按MIF表达分为不同亚群，并发现MIF+MDSCs通过RETN-CAP1通路与浆细胞相互作用	研究基于公开数据集GSE124310，样本来源和数量可能受限，需要进一步实验验证	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs的相互关系及其在多发性骨髓瘤中的作用机制	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	单细胞组学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, 流式细胞术, CellChat分析	NA	单细胞RNA测序数据	GSE124310数据集中的多发性骨髓瘤和正常样本