单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-19	Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression 2025-Jun-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088 PMID:40526981	research paper	本研究揭示了巨噬细胞中Atp6v0d2通过调节XBP1介导的胆固醇代谢抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的关键作用	首次发现巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过XBP1/内质网应激通路调控胆固醇代谢和巨噬细胞表型转换，并阐明了其通过Trem2+巨噬细胞胞葬作用影响MASH进展的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明Atp6v0d2在MASH发病中的功能机制并探索其作为治疗靶点的潜力	骨髓源性巨噬细胞和MASH肝脏组织	分子病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型	Atp6v0d2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	多种基因工程小鼠模型（Atp6v0d2fl/fl;Lyz2-cre、Atp6v0d2-/-等）在两种饮食诱导肥胖模型（GAN和CDAHFD）中的研究
242	2025-06-19	Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery 2025-Jun-16, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534 PMID:40527241	研究论文	该研究通过将单细胞RNA测序数据转换为语义上有意义的图像表示（称为“基因组图谱”），揭示了与衰老相关的基因互作模式变化，并构建了高精度的组织特异性炎症衰老时钟	提出了一种新的方法，通过空间编码转录组互作将scRNA-seq数据转换为图像表示，从而揭示衰老相关的基因互作模式变化，而非仅关注基因表达谱的变化	NA	识别精确的免疫遗传衰老标志物，并构建高精度的组织特异性炎症衰老时钟	衰老过程中的基因互作模式	生物信息学	衰老相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
243	2025-06-19	Elevated CD14 in B cells associates with reduced ovarian cancer risk via CD80 + dendritic cell interaction: a multi-omics study 2025-Jun-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02956-8 PMID:40517355	研究论文	通过多组学研究探讨B细胞中CD14升高通过CD80+树突状细胞相互作用降低卵巢癌风险的机制	首次揭示了CD14在B细胞中的表达与卵巢癌风险降低的关联，并发现CD80在髓系树突状细胞中作为中介分子	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究B细胞及免疫分子对卵巢癌风险的影响机制	卵巢癌患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞(PBMCs)	多组学分析	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、中介分析	NA	单细胞转录组数据、eQTL和pQTL数据库数据	NA
244	2025-06-19	A Prognostic Lysine Crotonylation Signature Shapes the Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673381518250529110617 PMID:40525440	研究论文	本研究通过分析赖氨酸巴豆酰化相关基因（CRGs）在肝细胞癌（HCC）中的表达，建立了一个8基因风险评分模型，用于预测HCC患者的预后和免疫微环境特征	首次揭示了CRGs在HCC中的预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并开发了一个结合风险评分和列线图的预测模型	需要开发标准化的巴豆酰化测量方法，并在不同病因的HCC中进行验证，同时需要进一步研究巴豆酰化调节剂的功能影响	探索CRGs在HCC中的预后和治疗相关性	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤学	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序、CIBERSORT、OncoPredict	Cox和LASSO回归分析	转录组和临床数据	来自TCGA和GEO数据库的HCC患者数据
245	2025-06-19	Systematic Pan-Cancer Analysis of the Oncogenic and Immunological Function of Stanniocalcin-1 (STC1) 2025-Jun-13, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673358794250531003706 PMID:40525442	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，系统性分析了STC1在泛癌中的致癌和免疫学功能	首次系统性揭示了STC1作为新型泛癌因子的双重作用：既通过EMT和干性调控促进肿瘤进展，又参与免疫微环境重塑	实验验证部分仅针对胃腺癌(STAD)进行了组织芯片和细胞系验证，其他癌症类型的实验证据不足	确立STC1的泛癌预后意义并阐明其与免疫特征的关联	33种癌症类型(TCGA泛癌数据集)和胃腺癌(STAD)组织样本	癌症基因组学	泛癌研究(重点关注胃腺癌)	多组学分析(UALCAN/cBioPortal/HPA/GTA)、多重荧光染色、Western blot、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、组织芯片图像数据	TCGA泛癌数据集+30例STAD组织芯片+STAD细胞系
246	2025-06-19	DNA damage repair (DDR) related prognostic risk model in multiple myeloma based on single-cell and bulk sequencing 2025-Jun-13, DNA repair IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.dnarep.2025.103857 PMID:40527059	研究论文	基于单细胞和批量测序数据，构建了多发性骨髓瘤中DNA损伤修复相关基因的预后风险模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据筛选DDR基因，并构建了多发性骨髓瘤的预后模型，发现了关键的DDR相关基因	研究结果需要进一步实验验证，样本量可能有限	研究多发性骨髓瘤中DNA损伤修复基因的作用及其对疾病预后的影响	多发性骨髓瘤患者	基因组学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, 差异表达分析	预后风险模型	RNA测序数据	训练和验证队列中的多发性骨髓瘤患者样本
247	2025-06-19	Multi-omics characterization of prognostic signature and novel molecular subtypes associated with anoikis and in vitro validation of CDKN2A in thyroid carcinoma 2025-Jun-08, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156956 PMID:40527061	研究论文	本研究通过多组学方法分析了甲状腺癌中与失巢凋亡相关的基因，并验证了CDKN2A在其中的关键作用	首次建立了甲状腺癌的多组学分子亚型，并提供了失巢凋亡在甲状腺癌中的全面调控框架	研究主要基于TCGA数据库，需要进一步实验验证	探索甲状腺癌中失巢凋亡相关基因的调控机制及其在分子分型和治疗中的应用	甲状腺癌患者	生物信息学	甲状腺癌	多组学分析（转录组、甲基化、miRNA）、单细胞测序	风险评分模型	多组学数据	TCGA数据库中的甲状腺癌患者样本
248	2025-06-19	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	research paper	该研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	研究发现CSF-1R抑制加剧BMF，促进M1巨噬细胞极化，而JAK抑制剂baricitinib则减轻BMF，促进M2极化，揭示了髓系细胞在BMF中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	探索髓系细胞在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的作用及潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血（AA）样本	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA样本（具体数量未提及）
249	2025-06-19	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	本文报告了一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后的长期临床和免疫学结果	首次报道了同种异体胸腺移植后19年的长期随访结果，揭示了移植胸腺中T细胞的独特生物学特性	仅为一例个案研究，样本量有限	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成年患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、免疫学数据、测序数据	1例患者+年龄匹配对照
250	2025-06-19	Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes 2025-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419 PMID:40318561	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态	首次在Sjögren病患者外周血单核细胞中发现B和T淋巴细胞的独特基因表达模式，特别是Th1细胞的激活状态	研究样本仅限于外周血单核细胞，未涉及唾液腺等直接受累组织	探究Sjögren病的发病机制	Sjögren病患者和对照组的B和T淋巴细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞转录组分析	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	Sjögren病患者和对照组的外周血单核细胞样本
251	2025-06-19	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage-Endothelial Cell Crosstalk in Viral Myocarditis 2025-Jun, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70440 PMID:40525609	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了病毒性心肌炎中巨噬细胞与内皮细胞的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术系统分析了病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用，特别是发现了巨噬细胞通过VEGFA信号通路促进血管生成的心脏保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	阐明病毒性心肌炎中免疫细胞与基质细胞的相互作用机制	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型	单细胞组学	心肌炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	不同时间点的病毒感染小鼠心脏组织和外周血单个核细胞(PBMCs)
252	2025-06-19	Insulin-Degrading Enzyme Regulates mRNA Processing and May Interact with the CCR4-NOT Complex 2025-05-28, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110792 PMID:40497968	研究论文	该研究探讨了胰岛素降解酶（Ide）在mRNA处理和蛋白质稳态中的潜在作用	发现Ide可能与CCR4-NOT复合体相互作用，共同调控基因表达	提出的模型是推测性的，需要进一步实验验证	阐明Ide在细胞生理学和蛋白质稳态中的更广泛功能	人和小鼠的胰岛细胞	分子生物学	NA	蛋白质组学、转录组学、邻近生物素化技术	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
253	2025-06-19	Molecular Fingerprint of Endocannabinoid Signaling in the Developing Paraventricular Nucleus of the Hypothalamus as Revealed by Single-Cell RNA-Seq and In Situ Hybridization 2025-05-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110788 PMID:40497964	研究论文	通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子指纹	首次描述了内源性大麻素信号在下丘脑室旁核神经元发育过程中的纳米级结构，并提供了2-AG和AEA信号传导的时空图谱	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索下丘脑室旁核在发育过程中内源性大麻素信号传导的分子机制	小鼠下丘脑室旁核的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠胎儿和出生后发育阶段的样本
254	2025-06-19	The cGAS/STING Pathway: Friend or Foe in Regulating Cardiomyopathy 2025-05-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110778 PMID:40497954	综述	本文综述了cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的关键作用及其潜在治疗靶点	整合了人类单细胞RNA测序数据和系统文献综述，识别了现有的分子干预措施并突出了有前景的治疗靶点	cGAS/STING通路在心肌病相关炎症中的精确分子机制仍不清楚且存在争议，未来研究需验证这些发现并促进其临床转化	探讨cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的作用及其潜在治疗策略	心肌病中的cGAS/STING信号通路	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	scRNA-seq数据和临床样本	公开可用的人类scRNA-seq数据和临床样本
255	2025-06-19	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-05-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞系中的动态表达模式及其在细胞间通讯中的潜在作用	Dchs1在心脏发育中的具体分子机制尚未完全阐明	阐明Dchs1在心脏发育过程中的表达模式和功能	Dchs1基因及其在心脏发育中的作用	发育生物学	心血管疾病	免疫组化、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
256	2025-06-19	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	该研究构建了一个高分辨率的多模态人类成人肺部空间和表观基因组图谱，用于解析肺部疾病的易感空间区域	整合了单核RNA测序和染色质可及性测序技术，首次在单核分辨率下构建了人类肺部的高分辨率多模态图谱，并鉴定了新的转录调控因子	研究仅基于11名健康成年人的样本，可能无法完全代表肺部疾病的多样性	构建高分辨率的人类肺部参考图谱，以解析肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	单核RNA测序数据、染色质可及性数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	49个肺部组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人
257	2025-06-19	Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651101 PMID:40475445	研究论文	本研究优化了单细胞长读长测序协议，以提高胰腺胰岛中异构体的检测能力	优化了5'端文库制备协议，并展示了胰岛素转录本的靶向耗竭策略在提高信息读取检测中的效用	技术挑战包括读长不足和较高的错误率，以及高丰度转录本可能掩盖低丰度转录本的识别	优化单细胞长读长测序技术，以更准确地检测胰腺胰岛中的剪接变体	胰腺胰岛中的单细胞RNA	基因组学	糖尿病	单细胞长读长测序	NA	RNA序列数据	NA
258	2025-06-19	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	该研究探讨了黑色素瘤中酪氨酸酶如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶在黑色素瘤中抑制T细胞的抗肿瘤活性，并通过CRISPR/Cas9技术敲除酪氨酸酶基因，揭示了其对肿瘤免疫微环境的影响	研究基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制	B16黑色素瘤模型和PD-1缺陷小鼠	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	B16黑色素瘤模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用小鼠模型进行研究
259	2025-06-19	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711，激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中LINC01711通过miR-4510/NELFE轴激活TXN，促进糖酵解作用的新机制	研究未涉及LINC01711在其他类型癌症中的作用，且临床样本量有限	探索CAF来源的外泌体在乳腺癌进展中的作用机制	乳腺癌细胞及CAF来源的外泌体	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞测序、降维分析、聚类分析、细胞注释	NA	单细胞测序数据	GEO数据库中的乳腺癌单细胞测序数据
260	2025-06-19	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	研究论文	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理性成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠肺纤维化模型